检索结果-南通市图书馆

运用SNP芯片评估马身猪保种群体的遗传结构

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

畜牧兽医学报 2021年第4期52卷 920-931页

作者：蔡春波张雪莲张万峰杨阳高鹏飞郭晓红李步高曹果清山西农业大学动物科学学院太谷030801

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含... 详细信息

旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度,分析保种群体的遗传多样性;采用Plink软件构建状态同源(identity by state, IBS)距离矩阵和分析连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH),采用Gmatix软件构建G矩阵,分析保种群体的亲缘关系;采用Mega X软件构建群体进化树,分析保种群体的家系结构。结果显示,39头保种马身猪中共检测到43 832个SNPs位点,平均基因型检出率为0.980 1;通过质控的SNPs位点有28 859个,其中72.4%具有多态性,该款SNP芯片适用于分析马身猪的遗传多样性。有效等位基因数为1.563 4,多态信息含量为0.412,最小等位基因频率为0.258,表明马身猪保种群体的遗传多样性比较丰富;平均观察杂合度为0.354 1,平均期望杂合度为0.349 9,说明马身猪保种群体出现了分化;平均IBS遗传距离为0.284 2,其中公猪为0.285 2,IBS距离矩阵和G矩阵结果均表明部分种猪之间存在亲缘关系;ROH共有8 131个,其中46.15%的长度在400~600 Mb之间,平均近交系数为0.237,说明保种群体的近交程度高;群体进化树结果表明,马身猪保种群体来源于3个家系,各家系的个体数量差异明显。马身猪保种群体的遗传多样性较丰富,但近交程度高,家系少,各家系的个体数量差异大,容易引起遗传多样性的丢失,因此,需从原种场引入新的血统,扩大保种群体数量,降低近交系数。

关键词：马身猪保种群体 SNP芯片遗传多样性亲缘关系家系结构

浦市黑猪保种群体基于SNP芯片的遗传结构分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

福建农业学报 2023年第11期38卷 1312-1320页

作者：邓缘崔清明陈四海左剑波刘莹莹朱吉任慧波胡雄贵李华丽喻国均陈晨彭英林湖南省畜牧兽医研究所湖南长沙410131 湖南省泸溪县畜牧水产事务中心湖南泸溪416100

【目的】通过SNP芯片技术分析浦市黑猪群体遗传多样性和家系结构,为保护和利用浦市黑猪资源提供支撑。【方法】利用“中芯一号”50K SNP芯片,对79头成年浦市黑猪(10头公猪、69头母猪)进行SNP测定,采用多种分析软件(Plink、 Gmatix及Mega... 详细信息

【目的】通过SNP芯片技术分析浦市黑猪群体遗传多样性和家系结构,为保护和利用浦市黑猪资源提供支撑。【方法】利用“中芯一号”50K SNP芯片,对79头成年浦市黑猪(10头公猪、69头母猪)进行SNP测定,采用多种分析软件(Plink、 Gmatix及Mega X)对群体遗传多样性和亲缘关系开展分析,进而构建群体家系结构。【结果】在79头浦市黑猪中共检出57 466个SNPs位点,平均基因型检出率为99.15%。遗传多样性分析提示SNP位点具有多态性,群体存在近交(有效群体含量Ne仅为1.5,且平均观察杂合度群体平均状态同源(Idengtical by state,IBS)遗传距离为(0.294 9±0.072 6),公猪为(0.277 1±0.091 8),共检测到长纯合片段(Runs of hemozygosity,ROH)(29.60±16.12)个,其中长度在0~100 Mb的占40.5%,且群体基于ROH的平均近交系数为0.108。IBS距离矩阵、G矩阵结果以及群体ROH值的分析结果均反映出群体内个体之间存在较近的亲缘关系。根据群体进化树结果,将群体划分成2个含公猪的家系,以及1个不含公猪的家系。【结论】浦市黑猪群体家系少,各家系的个体数量差异大,近交程度高。因此,应注重引入或创建新的血统,扩大有效群体含量,降低近交系数。

关键词：浦市黑猪保种群体 SNP芯片遗传多样性亲缘关系

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

杞麓鲤保种群体的遗传结构分析

淡水渔业 2023年第2期53卷 21-28页

作者：刘娟袁林聪李伟斌白寿有李进荣蔡实旺尹馨玉孔令富武祥伟云南农业大学动物科学技术学院昆明361021 元江县鱼种技术推广站云南元江653300

杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)是云南特有水产种质资源,为研究杞麓鲤保种群体的遗传结构,本研究开发了15个多态性高的杞麓鲤微卫星(SSR)分子标记,并对保种群体进行了SSR分析。结果显示:杞麓鲤保种群体40个个体的平均等位基因数为7.8个... 详细信息

杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)是云南特有水产种质资源,为研究杞麓鲤保种群体的遗传结构,本研究开发了15个多态性高的杞麓鲤微卫星(SSR)分子标记,并对保种群体进行了SSR分析。结果显示:杞麓鲤保种群体40个个体的平均等位基因数为7.8个,有效等位基因数为3.2~8.9,期望杂合度为0.6964~0.9000,多态信息含量为0.6476~0.8770,保种群体遗传多样性水平较高。基于突变模型与等位基因分布均检测到了保种群体的瓶颈效应,近交系数F is为0.2497,保种群体存在近交现象,并且10个SSR位点偏离Hardy-Weinberg平衡。结果表明杞麓鲤保种群体的遗传多样性较高,但经历了瓶颈效应,不利于继续保种。

关键词：杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia) 微卫星遗传结构种质资源保种群体瓶颈效应

基于SNP芯片撒坝猪保种群体的遗传结构分析

同方期刊数据库博看期刊评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国饲料 2022年第17期 7-11页

作者：邓俊刘艺端许文坤孙利民戚敏云南省畜牧总站云南昆明650225

试验旨在从分子水平分析撒坝猪保种群体的遗传结构变化以及遗传多样性,拓宽遗传背景,指导和促进撒坝猪的保种工作。利用“京芯一号”SNP 芯片对云南省楚雄州种猪场 100 头保种撒坝猪群体的 DNA 进行遗传群体结构分析。结果表明:撒坝猪... 详细信息

试验旨在从分子水平分析撒坝猪保种群体的遗传结构变化以及遗传多样性,拓宽遗传背景,指导和促进撒坝猪的保种工作。利用“京芯一号”SNP 芯片对云南省楚雄州种猪场 100 头保种撒坝猪群体的 DNA 进行遗传群体结构分析。结果表明:撒坝猪保种群体的有效群体含量(Ne)为 21,群体的多态性标记比例(PN)为 0.533,群体的期望杂合度(He)为 0.263,观察杂合度(Ho)为 0.275;G 矩阵表明公畜与母畜之间基因组亲缘关系呈中等;100 头撒坝猪保种群体可分为 A ~ G 7 个家系;在 100 头撒坝猪保种群体中,共检测到 3552 个长纯合片段(ROH),长度在 8.20 ~621.32 Mb,每头撒坝猪含有 2 ~ 53 个 ROH,且平均个体 ROH 长度为(319.38±111.39)Mb。该撒坝猪保种群体基于ROH 的近交系数(F_(ROH))平均为 0.130,中位数大于 0.125。本研究表明,该保种撒坝猪群体内家系数量适中,个别家系公畜数量较少,各家系个体数差异明显,群体中可能存在非撒坝猪的外来血缘,个体亲缘关系呈中等程度,近交程度较高,需要进行合理选配或者从原种场引入新的血统方式来确保撒坝猪遗传资源的多样性。

关键词：撒坝猪保种群体遗传多样性 SNP芯片亲缘关系家系结构

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

畜禽保种群体大小和适宜性别比例的探讨

中国畜牧杂志 1991年第3期27卷 27-28页

作者：张晓岚北京农业大学畜牧系

一个畜禽的保种群体应该有多大,群体中的公母畜比例多少为宜,这些都是“优化”保种方案需要解决的问题。为了使保种群体在相当长的一段时间内,主要性状和与其相关的性状的基因频率不发生太大的变化,就要在保种期内不与其他品种杂交,除... 详细信息

一个畜禽的保种群体应该有多大,群体中的公母畜比例多少为宜,这些都是“优化”保种方案需要解决的问题。为了使保种群体在相当长的一段时间内,主要性状和与其相关的性状的基因频率不发生太大的变化,就要在保种期内不与其他品种杂交,除淘汰不符合保种目标的个体外不作严格的选择,群体内进行随机交配或有意识避免高度的近交。这里讨论的保种群体大小的前提是:群体内随机交配;100年内近交系数不超过0.1;大家畜(马、

关键词：畜禽保种群体性别比例

山瑞鳖保种群体遗传多样性分析及微卫星标记开发

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

山瑞鳖保种群体遗传多样性分析及微卫星标记开发

作者：黄松茂云南农业大学

学位级别：硕士

山瑞鳖(Palea steindachneri)是《国家重点保护野生动物名录》二级野生保护动物,形态与中华鳖(Pelodiscus sinensis)相似,主要分布于我国云南、广西、贵州、广东等南方山区,云南省是山瑞鳖的主要栖息分布地之一。由于山瑞鳖对环境比较敏... 详细信息

山瑞鳖(Palea steindachneri)是《国家重点保护野生动物名录》二级野生保护动物,形态与中华鳖(Pelodiscus sinensis)相似,主要分布于我国云南、广西、贵州、广东等南方山区,云南省是山瑞鳖的主要栖息分布地之一。由于山瑞鳖对环境比较敏感,而近年来水利工程的修建等人为因素对山瑞鳖原有的栖息地造成了破坏,使其在自然界的竞争中处于劣势状态,恢复其自然种群结构已刻不容缓。目前对于山瑞鳖的研究主要集中在生物学特性、人工繁育和驯化养殖方面,利用分子生物技术对山瑞鳖的研究进展较缓慢,还未有人研究山瑞鳖基因组SSR位点信息,这严重制约了山瑞鳖种质资源的保护与开发利用。因此,研究山瑞鳖保种群体遗传结构和遗传多样性并开发SSR标记是非常有必要的。本研究以云南山瑞鳖保种群体为研究对象,利用分子生物技术对保种群体进行了初步研究。主要研究结果如下:(1)参照已发表文献的山瑞鳖线粒体Cytb基因引物,扩增得到F代群体和F代群体共45个个体的线粒体Cytb基因序列。用DNAStar和MEGA软件剪切校对后序列长度为1000bp,碱基A、T、C和G的平均含量分别为31.28%、27.19%、30.18%和11.35%,共检测到9个多态位点,其中5个为单一多态位点,4个简约信息位点。在两个群体中共检测到9种单倍型,其中F代群体有7种单倍型,F代群体有3种单倍型,单倍型间没有明显的谱系结构,亲缘关系较近。两个群体内遗传背景单一,个体间平均遗传距离较小,随着保种代数的增加群体的遗传多样性水平也在逐渐降低,近交现象明显。中性检验和核苷酸歧点分布图显示,F代群体和F代群体历史上可能经历过扩张。(2)利用二代高通量测序方法测定了山瑞鳖简化基因组,从拼接的序列中检测微卫星位点,并使用毛细管电泳筛选多态性微卫星标记。共获得5.355Gb原始数据,组装contig检测到21690个SSR位点,以单核苷酸重复基序位点(43.77%)最多,六核苷酸重复基序最少,占比仅1.05%,二核苷酸重复类型的主要基序为AC/AG。选取F代保种群体中差异性大的8个样本筛选设计的200对引物,有189对可以扩增出稳定的条带,其中7对具有较高的多态性。(3)利用7对多态性SSR引物分析了F代保种群体的遗传多样性,结果显示,群体平均多态信息指数(PIC)为0.26,平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)均值较为接近,分别是0.30和0.32,有一个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P保种群体的杂合度水平偏低,遗传多样性水平较低,外部环境对群体的影响较小。群体平均近交系数(F)为0.0638,说明群体内没有明显的遗传分化,杂合子缺失,遗传结构单一,可能在保种过程中存在近亲繁殖的现象。综上所述,本研究分析了山瑞鳖线粒体Cytb基因序列特征,通过简化基因组测序开发了山瑞鳖SSR分子标记。分析了两个群体的遗传多样性和遗传结构,为山瑞鳖云南群体今后的保种和保护提供科学依据,在今后的保种过程中应尽量避免亲缘关系较近的两个个体交配,利用分子生物技术辅助育种,防止出现近交衰退现象。

关键词：山瑞鳖保种群体 Cytb基因 SSR 遗传多样性

鼋人工保种群体遗传多样性分析及骨骼系统研究

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

鼋人工保种群体遗传多样性分析及骨骼系统研究

作者：谢敏敏南京农业大学

学位级别：硕士

鼋(Pelochelys cantorii)属于龟鳖目(Testudines)、鳖科(Trionychidae)、鼋属(Pelochelys),是我国地区体型最大的水生龟鳖动物之一,也是整个珠江流域,乃至我国南部地区水系生态系统健康的重要指示物种。并且因为鼋的种族延续历史源远流... 详细信息

鼋(Pelochelys cantorii)属于龟鳖目(Testudines)、鳖科(Trionychidae)、鼋属(Pelochelys),是我国地区体型最大的水生龟鳖动物之一,也是整个珠江流域,乃至我国南部地区水系生态系统健康的重要指示物种。并且因为鼋的种族延续历史源远流长,因此它在对环境变迁以及生物进化等等方面的研究都具有重要的科学价值。鼋在历史上广泛分布在我国东南亚地区,但由于不正当的贸易、人类的滥捕滥杀以及水利工程等原因,鼋的生存的环境不断恶化,其群数量大幅减少。如今,鼋已成为极端濒危物种,我国范围内仅人工圈养条件下保有性成熟13只。在此背景下,为了加强对濒危动物鼋的保护及管理工作,中国水产科学研究院珠江水产研究所与高明鼋繁育保护基地合作,以4只性成熟鼋(2雌,2雄)为保种基础,从2015年始至2020年成功驯养了鼋子一代800余只,并于2020年挑选20只4至5龄健康幼体进行野化适应性保护试验。但是2只母本鼋所获得的人工保种子代群体遗传结构尚不明确,急需科学的管理方式获得健康的、遗传多样性高的鼋子二代个体来实现人工增殖放流,以恢复珠江流域鼋野外种群。本研究利用鼋转录组数据设计三核苷酸重复及四核苷酸重复微卫星引物3万余对,选择其中230对进行引物合成,经过两次筛选共获得10个扩增效率高且具有较高特异性的微卫星标记,并且构建多重PCR体系,比较分析2019年生子一代鼋和2020年生子一代鼋的遗传多样性。根据Nei氏遗传距离构建进化树和进行叶贝斯算法分析,可将182个鼋子一代个体划分为2个亚群。并解剖2只死亡的幼鼋个体,对其骨骼进行观察并详细描述、手绘插图,同时与中华鳖对比其部分骨骼。本实验结果对鼋F2的遗传保护工作和形态学研究具有一定的应用价值。1.微卫星的开发。利用鼋转录组数据设计三核苷酸重复及四核苷酸重复微卫星引物3万余对,选择其中230对进行引物合成,经过两次筛选共获得10个优良的微卫星标记。2.微卫星多重PCR的建立及鼋子一代群体遗传多样性分析。用筛选的微卫星引物构建多重PCR体系,比较分析2019年生及2020年生的子一代鼋的遗传多样性。实验结果显示,10个微卫星位点多具有多态信息含量(PIC)范围为0.313～0.674,平均值为0.401,其中2个位点具有高度多态信息含量(PIC≥0.5)。子一代鼋等位基因数(Na)为2～5;有效等位基因数(Ne)为1.6349～3.6142;观测杂合度(Ho)为0.3407～0.8132,平均值为0.5819;平均期望杂合度(He)为0.3894～0.7253,平均值为0.4932。3.鼋子一代聚分析。依据2019年与2020年分别产的103只与79只子一代鼋的微卫星数据,先用Popgene1.3.2软件将单个样本视作一个群体,计算每个个体的Nei氏标准遗传距离,得出MEGA5.0软件构建的两两差异度聚类(进化树),得到每个个体间的分类关系。再利用Structure软件在模拟亚群数的情况下,基于贝叶斯算法推算子一代鼋的分群状况和血统构成,并用Clummp软件制图。对子代进行聚类分析,为后期F3子代的选育奠定基础。4.骨骼系统解剖研究。以鼋和中华鳖为研究对象,采用虫蚀对幼鼋、中华鳖进行骨骼标本制备。对鼋的整个骨骼系统形态特征做出描述、绘制成图。鼋骨骼由外骨骼(背甲及腹甲)和内骨骼(中轴骨和附肢骨)所构成。且对比鼋和中华鳖的骨骼结构结果发现,二者在头骨及颈椎骨存在明显差别,如吻突的长度及颈椎结构等。该研究结果不仅可以丰富鳖科动物的基础生态学学资料,同时也为鼋的物种鉴定、龟鳖类动物的进化及其对生态环境的适应性提供骨骼学上的根据。

关键词：鼋微卫星保种群体遗传多样性骨骼系统

基于线粒体Cytb基因序列的山瑞鳖保种群体遗传多样性分析

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

黑龙江水产 2022年第3期41卷 3-9页

作者：黄松茂赵玉姣张铭枭刘霄姚创孔令富武祥伟云南农业大学动物科学技术学院云南省高校高原渔业资源保护与可持续利用重点实验室云南昆明650201

为研究云南地区山瑞鳖(Palea steindachneri)保种群体遗传多样性和遗传结构。该研究基于线粒体细胞色素b(Cytb)基因,利用PCR扩增和测序技术,分析了2个云南地区山瑞鳖保种群体的单倍型分布情况、遗传距离、遗传结构和群体历史动态等,扩... 详细信息

为研究云南地区山瑞鳖(Palea steindachneri)保种群体遗传多样性和遗传结构。该研究基于线粒体细胞色素b(Cytb)基因,利用PCR扩增和测序技术,分析了2个云南地区山瑞鳖保种群体的单倍型分布情况、遗传距离、遗传结构和群体历史动态等,扩增得到F_(3)代群体和F_(4)代群体共45个个体的线粒体Cytb基因序列。用DNAStar和MEGA软件剪切校对后序列长度为1000bp,碱基A、T、C和G的平均含量分别为31.28%、27.19%、30.18%和11.35%。在两个群体中共检测到9种单倍型,其中F_(3)代群体有7种单倍型,F_(4)代群体有3种单倍型,单倍型间没有明显的谱系结构,亲缘关系较近。两个群体内遗传背景单一,个体间平均遗传距离较小,随着保种代数的增加群体的遗传多样性水平也在逐渐降低,近交现象明显。中性检验和核苷酸歧点分布图显示,F_(3)代群体和F_(4)代群体历史上可能经历过扩张。研究结果表明,该保种群体的群体内遗传多样性较低,在今后的保种过程中应采取不同的保种策略,避免近亲繁殖。

关键词：山瑞鳖 Cytb基因保种群体遗传多样性遗传结构

维普期刊数据库博看期刊

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于微卫星标记的鼋亲子鉴定技术

水生生物学报 2022年第12期46卷 1932-1938页

作者：谢敏敏王亚坤魏成清陈辰刘晓莉李伟洪孝友朱新平中国水产科学研究院珠江水产研究所农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室广州510380

为研究鼋(Pelochelys cantorii)保种群体的遗传信息,利用鼋转录组文库,筛选出了10对微卫星引物,以此建立了基于2组各含5个微卫星位点多重PCR体系的鼋亲子鉴定技术,并应用2组微卫星多重PCR体系,通过ABI3130遗传分析仪及PopGene3.2和CERVU... 详细信息

为研究鼋(Pelochelys cantorii)保种群体的遗传信息,利用鼋转录组文库,筛选出了10对微卫星引物,以此建立了基于2组各含5个微卫星位点多重PCR体系的鼋亲子鉴定技术,并应用2组微卫星多重PCR体系,通过ABI3130遗传分析仪及PopGene3.2和CERVUS软件对56只子一代鼋进行个体基因型检测和群体遗传多样性分析,结果显示,鼋子一代群体的平均等位基因数为2.3,微卫星位点的平均多态信息含量为0.3829,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.6305和0.4767,处中高度水平。对子代进行亲子分析,10个微卫星位点的累积排除概率分别为73.14%(NE-1P)、90.98%(NE-2P)和98%(NE-3P),能够满足亲子鉴定的需要。且4只亲本在生殖选择中表现出差异。鼋多重PCR亲子鉴定技术的建立为群体遗传多样性分析、家系鉴定管理和选择育种提供了有效的技术手段。

关键词：微卫星亲缘鉴定保种群体繁殖力遗传多样性鼋