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基于高通量测序的北柴胡根转录组SSR位点信息分析

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西北农业学报 2023年

作者：王彬彬高妍夏郭欣慰纪宏亮王敬王晖河北省高校特产桑蚕应用技术研发中心中国医学科学院药用植物研究所承德医学院蚕业研究所

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 73... 详细信息

以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明:从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5～11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组SSR位点丰富、可用性较强,将促进柴胡的种质资源评价及分子标记辅助育种等工作。

关键词：北柴胡根转录组 SSR 位点信息

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滇黄精转录组SSR位点信息分析

北方园艺 2022年第22期 104-109页

作者：陈浩钱华丽徐哲苏建云陈小磊季鹏章云南中医药大学中药学院云南昆明650500

以滇黄精转录组测序所获得的53081条Unigene为试材,采用MicroSAtellite(MISA)软件检索出滇黄精的SSR位点,研究其分布频率和重复基序类型等特征,并利用Primer 3.0软件对检索出的SSR基序设计引物,筛选出符合要求的引物对,以期为滇黄精遗... 详细信息

以滇黄精转录组测序所获得的53081条Unigene为试材,采用MicroSAtellite(MISA)软件检索出滇黄精的SSR位点,研究其分布频率和重复基序类型等特征,并利用Primer 3.0软件对检索出的SSR基序设计引物,筛选出符合要求的引物对,以期为滇黄精遗传连锁图谱的绘制、优良品种的辅助育种、种间的分子鉴别等研究提供参考依据。结果表明:在滇黄精转录组中共检索出9037个SSR位点,分布于6960条Unigene中,SSR位点的发生频率是13.11%。单核苷酸重复是滇黄精SSR主要基序类型,其中尤以A/T基序的出现频率最高,占SSR位点总数的54.00%。通过设计与筛选,最终获得10320个SSR引物对。滇黄精转录组中的SSR位点具有丰富的类型,较高的出现频率以及较高的多态性潜能,为滇黄精SSR分子标记的开发与应用奠定了基础。

关键词：滇黄精转录组 SSR 位点信息

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金钗石斛转录组SSR位点信息分析

中国中药杂志 2017年第1期42卷 63-69页

作者：李清李标郭顺星中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193

SSR是应用于金钗石斛鉴定和遗传多样性研究的重要分子标记之一。为开发新的SSR标记,寻求快速鉴别金钗石斛的方法,该文通过生物信息学手段对金钗石斛转录组序列进行SSR位点搜索、分析,并设计出SSR特异性引物。结果显示,从金钗石斛转录组... 详细信息

SSR是应用于金钗石斛鉴定和遗传多样性研究的重要分子标记之一。为开发新的SSR标记,寻求快速鉴别金钗石斛的方法,该文通过生物信息学手段对金钗石斛转录组序列进行SSR位点搜索、分析,并设计出SSR特异性引物。结果显示,从金钗石斛转录组中搜索到32 709个SSR,分布与26 742条unigenes中,SSR位点发生频率为12.90%,平均每3 748 bp含1个SSR位点。其中,单核苷酸是最主要重复类型,占SSR总数的72.18%,其次是二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的15.97%,11.19%。而在所有重复基元中,A/T出现频率最高,AG/CT次之。通过设计、筛选,该研究共获得62 157对SSR位点特异性引物。从中随机挑选20对引物进行PCR扩增,17对扩增出清晰、可重复的条带,扩增率为85.0%。选择3种石斛检测引物多态性,共获得多态性引物13条。以上结果表明,金钗石斛转录组测序产生的unigenes信息可作为开发SSR标记的有效来源,其中的SSR位点出现密度大、类型丰富、多态性潜能高,在金钗石斛及其近缘种的分子鉴定、遗传多样性与分子育种等方面具有较好的应用前景。

关键词：金钗石斛转录组 SSR 位点信息

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穿心莲转录组SSR位点信息分析

中国中药杂志 2018年第12期43卷 2503-2508页

作者：李俊仁陈秀珍汤小婷何瑞詹若挺广州中医药大学中药资源科学与工程研究中心岭南中药资源教育部重点实验室国家中成药工程技术研究中心南药研发实验室

为了探讨穿心莲转录组中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,并为开发穿心莲分子标记奠定基础,该研究以穿心莲转录组测序获得的43 683条Unigene为对象,采用Micro SAtellite（MISA）软件分析其中的SSR位点信息,并利用Primer3.0软件对... 详细信息

为了探讨穿心莲转录组中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,并为开发穿心莲分子标记奠定基础,该研究以穿心莲转录组测序获得的43 683条Unigene为对象,采用Micro SAtellite（MISA）软件分析其中的SSR位点信息,并利用Primer3.0软件对符合鉴定要求的SSR基元设计引物和进行初步验证,同时用Blast软件对含SSR的Unigene进行功能分析。结果显示,在穿心莲转录组中共搜索到14 135个SSR位点,分布于9 973条Unigene中,SSR位点出现频率为32.36%。二核苷酸和三核苷酸是SSR序列中最主要的重复类型,共占SSR总数的75.54%。SSR所包含的重复基元中,AT/AT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元类型。通过设计、筛选,共获得4 740对具有潜在多态性的SSR引物组合,随机挑选的20对引物中有10对可以扩增出与预期大小吻合的条带。通过基因功能注释发现,含SSR的Unigene主要与穿心莲的基础代谢功能相关。以上结果表明,穿心莲转录组中SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,同时SSR序列的功能分析也为穿心莲功能基因的定位研究和分子标记辅助育种提供了有利参考。

关键词：穿心莲转录组 SSR 位点信息

膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究

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中国中药杂志 2016年第8期41卷 1430-1434页

作者：常越闫嵩刘振鹏任伟超刘玠马伟黑龙江中医药大学药学院黑龙江哈尔滨150040

该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析。结果表明,进行测序所得... 详细信息

该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析。结果表明,进行测序所得的reads的平均长度为413 bp,约86%的reads参与了拼接,拼接的N50长度为1 205 bp,所测得的unigene数量基本涵盖了全部转录组信息;黄芪转录组搜索到1 729个SSR位点,SSR的发生频率为9.24%,SSR在黄芪整个转录组中出现的频率为13.42%,SSR的平均距离为7.97 kb。一共发现核心重复序列127种,占优势的是二核苷酸型中的TG/AC型,出现的频率占总SSR位点的4.25%。黄芪转录组的测序结果揭示了黄芪转录组的整体表达特征,并得到大量黄芪转录组unigene序列,并且黄芪转录组SSR位点出现频率高,类型多样,多态性潜能高。

关键词：膜荚黄芪转录组测序 SSR 位点信息

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半夏转录组中的SSR位点信息分析

中药材 2014年第9期37卷 1566-1569页

作者：王森张震姜倪皓张广辉沙本才杨生超陈军文中南林业科技大学林学院湖南长沙410004 云南农业大学/云南省优势中药材规范化种植工程研究中心云南昆明650201

目的：分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。方法：利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索。结果：从搜索序列中发现... 详细信息

目的：分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础。方法：利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索。结果：从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24%,分布密度为1/4.33 kb。二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15%和41.50%。AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54%和11.84%。87.14%的基序长度集中在12-20bp。结论：半夏转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、密度大、多态性潜能较高,在半夏遗传多样性研究、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面具有很大的应用潜力。

关键词：半夏转录组 SSR 位点信息

太子参转录组中SSR位点信息分析及其多态性分析

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分子植物育种 2018年第23期16卷 7754-7759页

作者：韦德群周涛江维克李军张成刚贵阳中医学院

为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主... 详细信息

为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

关键词：太子参 SSR 转录组位点信息

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薄壳山核桃转录组中的SSR位点信息分析

分子植物育种 2019年第10期17卷 3305-3311页

作者：贾展慧宣继萍张计育王刚贾晓东郭忠仁江苏省中国科学院植物研究所

通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigen... 详细信息

通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigene进行SSR搜索,并应用Primer3进行SSR引物设计。从搜索序列中发现了10 303个SSR,分布于9 871条Unigenes中,出现频率为18.31%,分布密度为1/4.06 kb。二核苷酸和单核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的44.27%和40.64%;优势重复基元为A/T、AG/CT和AAC/GTT,分别占单核苷酸的39.66%、二核苷酸的35.22%和三核苷酸的4.90%。88.86%的基序长度集中在10~20 bp。成功设计了5 547对SSR引物。通过对薄壳山核桃高通量转录组序列的SSR信息的研究,表明薄壳山核桃转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有较高的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可以为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面提供有效的理论依据。

关键词：薄壳山核桃转录组 SSR 位点信息引物设计

基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

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淡水渔业 2019年第6期49卷 10-14页

作者：孟玮蒋艳琳张林杨天燕周剑光浙江省海洋水产研究所浙江省海洋渔业资源可持续利用技术研究重点实验室农业农村部重点渔场渔业资源科学观测实验站浙江舟山316021 浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 中国水产科学研究院长江水产研究所农业农村部水产品质量安全风险评估实验室(武汉)武汉430223

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点... 详细信息

为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106084条。所有的Unigene中,共识别17619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10~66 bp均有分布,大部分集中在10~24 bp,占SSR总数的87.24%。

关键词：江鳕(Lota lota) 转录组 RNA-seq SSR 位点信息