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肝癌免疫相关预后标志物的分析

郑州大学学报（医学版） 2020年第6期55卷 779-785页

作者：鞠铭伊毕佳卫倩江龙洋齐傲霜宋昕樾关秋彤张明赵琳魏敏杰孙明立中国医科大学药学院药理学教研室辽宁省分子靶向抗肿瘤药物药理学研究与评价实验室辽宁省肿瘤免疫多肽药物工程研究中心沈阳110122

目的:筛选与免疫相关的、稳定的肝癌预后标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌患者的相关数据,筛选出差异表达的肝癌免疫相关基因。通过对这些基因进行单因素、多因素分析,筛选肝癌预后标志物。用DAVID在线工具进行GO和... 详细信息

目的:筛选与免疫相关的、稳定的肝癌预后标志物。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载肝癌患者的相关数据,筛选出差异表达的肝癌免疫相关基因。通过对这些基因进行单因素、多因素分析,筛选肝癌预后标志物。用DAVID在线工具进行GO和KEGG富集途径分析。利用HPA数据库和GSE14520对结果进行验证。结果:本研究获得了一个由9个与肝癌免疫相关的基因(PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5)组成的肝癌预后标志物,这一标志物与肝癌患者的总生存期显著相关(P<0.001)。结论:由PSMD14、STC2、SPP1、ISG20L2、MAPT、NR6A1、PSME3、HSP90AA1和CSPG5组成的标志物可作为评估肝癌预后的分子标志物,为肝癌的有效免疫治疗策略提供了新的见解。

关键词：癌症基因组图谱基因表达汇编人类蛋白质图谱肝癌免疫预后标志物

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基于CNN的蛋白质分类模型对比研究

基于CNN的蛋白质分类模型对比研究

作者：梁炳琛山东大学

学位级别：硕士

蛋白质是人类生存必不可少的物质,小到细胞,大到人体的各个器官,都离不开各种各样蛋白质的参与。利用高倍显微镜可以实现人类细胞蛋白质的可视化,这些图像通常用于生物医学研究,帮助人类更深入地理解细胞的复杂性,也为未来人类战胜各种... 详细信息

蛋白质是人类生存必不可少的物质,小到细胞,大到人体的各个器官,都离不开各种各样蛋白质的参与。利用高倍显微镜可以实现人类细胞蛋白质的可视化,这些图像通常用于生物医学研究,帮助人类更深入地理解细胞的复杂性,也为未来人类战胜各种疾病提供了可能性。近年来,一方面高倍显微镜的成像技术趋于成熟,利用高倍显微镜可以大批量地获取细胞的蛋白质图像,形成以人类蛋白质细胞图谱图像数据集为代表的大样本数据集。另一方面,从2012年的AlexNet开始,利用卷积神经网络处理图像问题的算法也进入了高速发展期,模型的分类效果逐年提高,利用大数据方法对人类细胞蛋白质细胞图谱进行分析,探寻数据集中种种可能的规律成为了热门,学者们借此机会使用CNN处理蛋白质问题,尤其是和蛋白质相关的图像问题。过去,蛋白质细胞图像分类集中于单分类模型的讨论,基于一组不同的细胞识别某种蛋白质,每一个分类器仅能识别一种蛋白质。而现实中,单个细胞往往由多种蛋白质构成,蛋白质之间也并不是完全独立,本文希望用多标签学习的方法对人类蛋白质细胞图谱进行建模,基于一组不同的细胞识别其中包含的不同蛋白质,即输出空间包含多个元素,那这样就需要考虑到标签间的关系逻辑和分布特征。本文先是对数据处理所应用到的方法和原理进行解释,包括数据增广、上采样、标准化等方法。其次,本文针对数据集的特点选择了几种CNN结构,从AlxetNet开始,以时间轴的顺序罗列出五种模型结构,在阐述部分囊括了每个模型的产生背景,以及对各个网络模型的特点和优势。之后,本文对多标签学习的定义、模型评估方法、常用方法、存在的问题进行介绍,选择适用于人类蛋白质细胞图谱图像数据集的多标签学习方法。在实践部分,本文利用数据增广、上采样等方法对人类蛋白质细胞图谱图像数据集进行处理,以热图、直方图等形式进行可视化分析,深挖数据集的特点。根据数据集的特点设置损失函数、优化方法及评估指标,并利用调参技巧找到效果较好的学习率、阀值等超参数,最终建立对照实验。本文创新性的针对人类蛋白质细胞图谱图像数据建模,得到的InceptionV3模型有低损失、高性能的特征,比之前的模型效果更优。

关键词：人类蛋白质图谱图像分类多标签学习卷积神经网络

黄连素对人耐紫杉醇去势性前列腺癌细胞活力、增殖及HMGB1表达的影响

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贵州医科大学学报 2021年第6期46卷 632-638页

作者：张健彭煜晖李毅梁欣明付文莉张婷柏华禹文峰吴昌学张启芳贵州医科大学地方病与少数民族疾病教育部重点实验室&贵州省医学分子生物学重点实验室贵州贵阳550004 贵州医科大学第三附属医院医学中心实验室贵州都匀558000

目的探讨黄连素(BBR)对去势抵抗性前列腺癌(CRPC)紫杉醇(PTX)耐药细胞活力、增殖及高迁移率族蛋白1(HMGB1)表达的影响。方法取对数生长期的PTX耐药前列腺癌细胞株DU145 R,用0、5、10、20、30及50μmol/LBBR处理,采用细胞计数试剂盒8(CC... 详细信息

目的探讨黄连素(BBR)对去势抵抗性前列腺癌(CRPC)紫杉醇(PTX)耐药细胞活力、增殖及高迁移率族蛋白1(HMGB1)表达的影响。方法取对数生长期的PTX耐药前列腺癌细胞株DU145 R,用0、5、10、20、30及50μmol/LBBR处理,采用细胞计数试剂盒8(CCK8)分别于48和72 h评估6组DU145 R细胞的细胞活力;分别用二甲基亚砜(DMSO)、10及20μmol/L BBR处理对数生长期的DU145 R细胞,采用细胞克隆形成实验检测3组DU145 R细胞的克隆形成数;利用Oncomine数据库与人类蛋白质图谱数据库(HPA)分别分析HMGB1 mRNA及蛋白在前列腺癌和正常组织中的表达,利用TIMER2.0数据库分析HMGB1表达与前列腺癌患者生存的相关性;取对数生长期细胞DU145及DU145 R(分为0、10及20μmol/L BBR处理组),采用蛋白印迹法检测2组细胞中HMGB1蛋白表达。结果与0μmol/L BBR组相比,各浓度组DU145 R细胞的细胞活力降低(P蛋白表达增加(P蛋白表达下调(P<0.05)。结论BBR可抑制CRPC PTX耐药细胞增殖、细胞活力及HMGB1的表达。

关键词：前列腺肿瘤前列腺癌细胞紫杉醇耐药 Oncomine数据库人类蛋白质图谱高迁移率族蛋白1 黄连素

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IL-33和炎症细胞因子在结肠腺癌中的表达及相关性

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海南医学 2023年第12期34卷 1678-1682页

作者：段芷颖陈火英雷可陈小红史悦娇夏承明孙燕中南民族大学生命科学学院湖北武汉430074 桂林医学院第二附属医院检验科广西桂林541004 武汉市第三医院湖北武汉430000

目的基于人类蛋白质图谱(HPA)数据库探讨细胞因子白细胞介素33(IL-33)和炎症细胞因子在结肠腺癌(COAD)中的蛋白质表达差异及相关性。方法COAD患者IL-33和炎症细胞因子的表达通过TIMER 2.0数据库进行分析,为了进一步验证,借助HPA生物信... 详细信息

目的基于人类蛋白质图谱(HPA)数据库探讨细胞因子白细胞介素33(IL-33)和炎症细胞因子在结肠腺癌(COAD)中的蛋白质表达差异及相关性。方法COAD患者IL-33和炎症细胞因子的表达通过TIMER 2.0数据库进行分析,为了进一步验证,借助HPA生物信息学分析和免疫组化,检测了15例健康人和47例COAD患者结肠组织IL-33和炎症细胞因子(TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1)的蛋白表达水平,并且基于免疫组织化学的蛋白表达数据分析COAD患者结肠组织IL-33与炎症细胞因子的相关性。结果HPA数据库中提取出相应条件下的所有样本,通过免疫组织化学和生物信息学分析IL-33和炎症细胞因子(TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1)的差异表达,确定了四种促炎和抗炎细胞因子,IL-33表达与TNF相关性,具体结果显示:HPA024426、CAB078469、CAB078477、CAB023406和CAB000361抗体,分别检测COAD结肠组织IL-33、TNF、IL-4、IL-6和TGF-β1阳性细胞的表达,COAD癌变结肠组织IL-33和TNF的表达升高,而IL-4和IL-6的表达降低,且IL-33与TNF的表达呈正相关性,差异有统计学意义(P<0.05)。此外,TIMER 2.0数据库进一步证实了COAD患者IL-33和炎症细胞因子的表达水平上调。结论结肠组织IL-33调控COAD炎症促进其发生、发展,特异性靶向IL-33可能是COAD免疫治疗的有效新策略。

关键词：结肠腺癌白细胞介素33 炎症细胞因子人类蛋白质图谱结肠组织

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