检索结果-南通市图书馆

作者：潘多东南大学

学位级别：硕士

传统的转录组测序技术对群体细胞进行测序,最终反映的是群体细胞基因表达的平均值,这样往往会掩盖某些关键的信息。事实上细胞具有异质性,即使是在相同的细胞群中,细胞间的基因表达水平也是存在差异的。单细胞转录组测序(single-cell RN... 详细信息

传统的转录组测序技术对群体细胞进行测序,最终反映的是群体细胞基因表达的平均值,这样往往会掩盖某些关键的信息。事实上细胞具有异质性,即使是在相同的细胞群中,细胞间的基因表达水平也是存在差异的。单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,sc RNAseq)技术提取单个细胞的转录本进行测序,根据单细胞转录谱的相似与差异,可以鉴定细胞类型、研究细胞异质性问题。得益于高精确度和高灵敏度,sc RNA-seq技术被广泛用于研究复杂的组织或器官,而构建细胞图谱是单细胞研究的一个重要方面,用于表征组织器官中复杂的细胞组成。细胞图谱通常来源于单个sc RNA-seq数据集,然而,单次的实验难以捕获所有的细胞和基因,也就无法获得细胞的全景信息。数据整合为收集更全面的细胞信息、构建更完整的细胞图谱带来了更多可能。目前,sc RNA-seq技术飞速发展之下已经积累了相当数量的数据集和细胞图谱,但集成多个数据集构建整合细胞图谱的研究还是寥寥无几。本论文以人类肝脏为研究对象,基于数据整合绘制了人类正常肝脏组织和人类肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织的整合细胞图谱,并构建了人类肝脏单细胞转录组数据库Seu Liver Atlas以供查询和参考。本论文完成的主要研究成果如下:(1)绘制了人类正常肝脏组织整合细胞图谱(human normal liver tissue integrated cell atlas,Liver i Atlas)。本论文设计了统一的sc RNA-seq数据处理流程和可用的整合细胞图谱绘制流程,收集并处理了6个人类正常肝脏组织的sc RNA-seq数据,评估了4种整合方法的整合效果,选择最优的整合方法用于绘制Liver i Atlas,并验证可靠性。结果表明,Seurat是适合本研究的整合方法;Liver i Atlas中共注释到10种主要细胞类型和24种细胞亚型;在单细胞类型鉴定中,以Liver i Atlas为参考谱的准确率高于以单个数据集为参考谱和自动注释工具的准确率,验证了Liver i Atlas具有可靠性。(2)绘制了人类HCC组织整合细胞图谱(human HCC tissue integrated cell atlas,HCC i Atlas)。本论文首先通过拷贝数变异分析细胞恶性与否,按照流程对5个人类HCC组织非恶性细胞的sc RNA-seq数据进行处理,评估并选择最优的整合方法用于绘制HCC i Atlas,并验证可靠性。结果表明,Seurat是适合本研究的整合方法;HCC i Atlas中共注释到8种主要细胞类型和22种细胞亚型;在单细胞类型鉴定中,以HCC i Atlas为参考谱的验证结果高于以单个数据集为参考谱和自动注释工具的准确率;在群体细胞组分反卷积中,HCC i Atlas同样具有可靠性和应用价值。(3)构建了人类肝脏单细胞转录组数据库Seu Liver Atlas。Seu Liver Atlas收录了来自6个sc RNA-seq数据集的Liver i Atlas和来自3个sc RNA-seq数据集的HCC i Atlas,前者包含27个样本、52,435个细胞和37,982个基因,后者包含47个样本、83,006个细胞和29,487个基因。Seu Liver Atlas中还设计了3张数据表:对应于Liver i Atlas和HCC i Atlas的2张细胞类型特异性表达基因数据表(前者3,916项条目,后者2,514项条目),以及1张人类肝脏单细胞转录组数据信息表(26项条目)。Seu Liver Atlas共有四个页面:主页、图谱、数据集和帮助。Seu Liver Atlas展示了动态的UMAP图谱和细胞组分图,典型标志基因和细胞类型特异性表达基因的信息,以及聚焦人类肝脏单细胞转录组研究的数据文献信息。Seu Liver Atlas提供了多种功能,包括图谱信息的交互式浏览,细胞图谱数据下载,特定于基因和细胞类型的即时搜索、组织特异和细胞类型特异的基因列表筛选及下载,数据文献的即时搜索和链接。Seu Liver Atlas可以在肝脏单细胞转录组研究领域发挥作用,包括数据整合分析、细胞类型注释、基因功能富集、群体组织细胞组分反卷积、鉴定单细胞类型等方面,具有应用价值。

关键词：单细胞转录组测序人类肝脏肝细胞癌数据整合细胞图谱

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军事医学科学院蛋白质组学研究进展

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中国科学：生命科学 2011年第10期41卷 775-784页

作者：钱小红姜颖王建朱云平李栋魏开华王恒梁军事医学科学院

蛋白质组学是后基因组时代生命科学研究的热点和前沿领域.军事医学科学院是国内最早开展蛋白质组研究的单位之一,其蛋白质组学研究的发展不仅对中国蛋白质组研究起到重要的引领作用,也对国际蛋白质组学的发展做出了重要贡献.本文将重点... 详细信息

蛋白质组学是后基因组时代生命科学研究的热点和前沿领域.军事医学科学院是国内最早开展蛋白质组研究的单位之一,其蛋白质组学研究的发展不仅对中国蛋白质组研究起到重要的引领作用,也对国际蛋白质组学的发展做出了重要贡献.本文将重点介绍军事医学科学院的科学家在国际人类肝脏蛋白质组计划以及疾病蛋白质组、病原微生物蛋白质组等领域的研究成果.

关键词：蛋白质组学人类肝脏表达谱肝病蛋白质相互作用血清多肽病原微生物

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转基因技术成功在猪体内培育出人类肝

引用

中华医学信息导报 2002年第8期17卷 13-13页

作者：卢维吉林大学新民校区行政办本报通讯员130021

本报通讯员、吉林大学新民校区行政办(130021)卢维报道该校生物医学工程研究所胡春光博士在导师颜炜群教授指导下,应用基因转录技术利用猪肝成功制出类肝。他们期待在不久的将来,类肝可用于人类的肝移植手术。

关键词：转基因技术猪体人类肝脏肝移植手术类肝细胞器官再造技术

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