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人感染新型H10N3禽流感病毒分子溯源

微生物学通报 2023年第3期50卷 1231-1244页

作者：王慎骄祁贤余慧燕邓斐黄浩頔许可鲍倡俊江苏省疾病预防控制中心江苏南京210009

【背景】1997年香港地区发生人感染禽流感事件以来,禽流感病毒成为持续威胁人类健康和公共卫生的重要病原体。【目的】对一例人感染新型H10N3禽流感病毒病例开展分子溯源研究。【方法】流感病毒分型检测采用RT-qPCR法,在下一代测序平台... 详细信息

【背景】1997年香港地区发生人感染禽流感事件以来,禽流感病毒成为持续威胁人类健康和公共卫生的重要病原体。【目的】对一例人感染新型H10N3禽流感病毒病例开展分子溯源研究。【方法】流感病毒分型检测采用RT-qPCR法,在下一代测序平台上完成病毒基因组测序,序列和系统进化分析采用BLAST和MEGA 6.1等生物信息学软件。【结果】2021年4月从严重呼吸道疾病患者体内分离到一株病毒,经核酸检测和序列分析,结果表明其为H10N3亚型禽流感病毒。从患者居所附近的农贸市场分离到一株基因高度同源的H10N3亚型禽流感病毒。分离株是一种新的基因重配H10N3禽流感病毒,其血凝素hemagglutinin(HA)和神经氨酸酶neuraminidase(NA)组合最早在2019年华东地区的家禽中检测到,6个内部基因来源于近年来中国南方家禽中流行的H9N2病毒。病毒的HA蛋白的裂解位点含有1个碱性氨基酸R,未插入多个碱性氨基酸,理论上不属于高致病性禽流感病毒。HA蛋白受体结合位点228位氨基酸残基由G突变为S,理论上增强了对人SAα2,6受体的亲和力。另外,未发现PB2蛋白E627K突变,但591位氨基酸残基由Q突变为K,理论上增强了对人体的适应力和致病性。【结论】本研究报道了一例人感染H10N3禽流感病毒病例的分子流行病学特征,揭示了活禽市场在禽流感病毒基因重配和机会性外溢感染人过程中起重要作用。

关键词：禽流感病毒 H10N3亚型人感染

云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因序列分析

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中国热带医学 2023年第7期23卷 692-696,714页

作者：陈瑶瑶杨映芳孙艳红刘照生周洁楠云南省疾病预防控制中心云南昆明650022 怒江州疾病预防控制中心云南怒江673100

目的了解云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)分子特征,为云南省人禽流感防控提供科学依据。方法通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)方法对2例流感样病例标本进行流感病毒分型检测,应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒基因组序列测定,使用Mega7.0软件进行血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因序列比对和进化树构建。结果 Real-time RT-PCR检测结果显示2例流感样病例标本为H9N2亚型阳性,通过基因组序列测定,获得2份标本的HA和NA全长。序列系统进化分析表明2株AIV HA和NA均与A/Chicken/Zhejiang/HJ/2007在同一进化分支中,属于G57型。2株AIV HA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.92%和95.00%,NA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.31%和82.03%,与2015—2020年国内获得的人感染H9N2流行株的HA核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.29%~96.94%(93.77%~98.43%)、92.84%~94.92%(94.18%~96.23%),NA核苷酸(氨基酸)同源性分别为91.81%~97.60%(77.82%~94.83%)、94.38%~97.22%(85.47%~94.55%)。2株AIV HA蛋白裂解位点序均为PSRSSR↓GLF,符合低致病性禽流感的特征,HA蛋白受体结合位点分析显示,109、161、163、191、202、203、234位氨基酸与参考株保持一致,而198位氨基酸突变为T。HA蛋白上还发现N166D和168N突变,两株AIV均具有7个潜在糖基化位点。NA基因红细胞结合位点分析发现369、402、403、432处存在氨基酸变异,NA基因均表现为63~65位氨基酸缺失,2株AIV分别存在4个和5个潜在糖基化位点,未发现耐药位点突变。结论云南省H9N2 AIV的HA和NA基因上受体结合位点、红细胞结合位点和糖基化位点都有不同程度的变异,应加强监测与防控。

关键词：人感染 H9N2禽流感血凝素神经氨酸酶云南省

甘肃省人感染和外环境来源的H9N2禽流感病毒基因特征分析

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中华流行病学杂志 2020年第8期41卷 1345-1351页

作者：李保娣何军李红育张慧徐丛杉于德山李建兵何健甘肃省疾病预防控制中心兰州730020 安徽省疾病预防控制中心合肥230601 嘉峪关市疾病预防控制中心 735100

目的分析甘肃省发现的人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法对甘肃省2016年流感样病例中发现并确诊的1例人感染H9N2禽流感病毒病例进行病原学分析,并使用MEGA 7.0等软件解析该毒株全基因组特征。结果该毒株HA、NA、MP、NP、NS... 详细信息

目的分析甘肃省发现的人感染H9N2禽流感病毒分离株全基因组特征。方法对甘肃省2016年流感样病例中发现并确诊的1例人感染H9N2禽流感病毒病例进行病原学分析,并使用MEGA 7.0等软件解析该毒株全基因组特征。结果该毒株HA、NA、MP、NP、NS、PA、PB1和PB2各个基因片段与甘肃省2014-2019年外环境中分离获得的H9N2禽流感病毒各基因片段高度相似,且均>90%;其HA基因属于BJ/94-like支系,PB2和MP属于G1/97-like支系,PB1、PA、NS和NP基因属于F/98-like支系,MP和PB2与H7N9、H10N8和H5N6亲缘关系较近;氨基酸序列比对发现HA裂解位点呈PSRSSR↓GLF排列,发生H183N和Q226L突变,有7个HA糖基化位点;NA茎部62~64位均缺失ITE 3个氨基酸;M2-31N、NS1-42S、PA-356R和PA-409N突变。结论人感染H9N2禽流感病毒为偶发感染,但甘肃省外环境中分离的H9N2禽流感病毒具有一系列哺乳动物适应性分子标记,提示人群感染风险较高,需多部门加强监测,共同应对流感大流行。

关键词： H9N2禽流感病毒全基因组序列比对人感染

人感染H7N9禽流感流行病学特征及病例死亡危险因素研究

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人感染H7N9禽流感流行病学特征及病例死亡危险因素研究

作者：朱云娇安徽医科大学

学位级别：硕士

目的针对2013～2017年安徽省人感染H7N9禽流感的基本情况进行流行病学的描述,并对其特征进行综合分析。对安徽省2013～2017年不同流行季内人感染H7N9禽流感病例的流行病学特征进行对比分析,在对相关病例流行病学特征分析的基础上,探索... 详细信息

目的针对2013～2017年安徽省人感染H7N9禽流感的基本情况进行流行病学的描述,并对其特征进行综合分析。对安徽省2013～2017年不同流行季内人感染H7N9禽流感病例的流行病学特征进行对比分析,在对相关病例流行病学特征分析的基础上,探索死亡病例与存活病例在流行病学特征及临床特征上的差异。探究病例死亡的危险因素,为临床治疗提供相对科学的理论依据。方法1安徽省2013～2017年102例人感染H7N9禽流感流行病学特征分析数据录入采用Excel 2016软件,统计学分析采用SPSS 23.0软件。符合正态分布均数比较使用t检验,对于非正态分布资料,采用中位数和四分位数间距(Inter-quartile range,IQR)进行描述,用Mann-Whitney U检验进行比较。对于计数资料或分类资料的比较主要采用检验,检验水准α=0.05。使用Arc GIS 10.2软件绘制病例发病地点分布图。2 安徽省2013～2017年99例人感染H7N9禽流感病例死亡危险因素分析以2013年3月30～2017年8月31日期间,安徽省各级医疗卫生机构报告的人感染H7N9禽流感99例确诊病例为研究对象(102名病例中删除了3例相关数据严重缺失病例)。采用Epi Data 3.1软件建立数据库,使用Excel 2016软件整理数据,采用SPSS23.0软件进行统计学分析和绘制受试者工作特征(Receiver operating characteristic,ROC)曲线。符合正态分布均数比较使用t检验,对于非正态分布资料,采用中位数和四分位数间距(Inter-quartile range,IQR)进行描述,用Mann-Whitney U检验进行比较。计数资料或分类资料的比较主要采用χ检验,并计算比值比(Odds ratio,OR)值和95%的可信区间(Confidence Interval,CI)。检验水准α=0.05。结果:1人感染H7N9禽流感流行病学特征安徽省自2013年第一波疫情以来,截止到2017年8月31日出现第五波疫情,通过中国疾病预防控制信息系统报告5波疫情人感染H7N9禽流感病例102例,累计死亡51例。病例发病时间分布:高发月份为每年2～5月份,但第5波疫情较前4波疫情相比发病有所提前,且出现病例数上升但病死率下降趋势。病例发病年龄分布:2013～2017年总确诊病例102例全部报告年龄信息,年龄为3岁～91岁,中位年龄为58岁,各年龄组之间,确诊病例发生死亡可能性存在显著性差异,且年龄越大,病死率越高。病例发病性别分布:102例确诊病例中有27例女性,75例男性。5个流行季内确诊的人感染H7N9病例在性别构成上无统计学差异(χ=9.14,P=0.06);病例发病职业分布:在确诊的102例病例中,农民有25例,离退休人员有23例;病例发病地区分布:安徽省2013～2017年的五个流行季内,累计确诊102例人感染H7N9禽流感病例,其中有64例来自城市地区,有38例来自农村地区。不同流行季内确诊病例在居住地(农村或城市)上的差异不存在统计学意义(χ=2.02,P=0.73);病例暴露史:在102例病例中,61例病例有过活禽相关接触史,占59.8%,其中暴露于家养/散养活禽的有24例,占39.34%,暴露于养殖场活禽的病例有5例,占7.84%,暴露于农贸市场活禽的病例有45.90%,其他暴露形式的有4例,占6.60%;病例患基础性疾病史:确诊病例中男性基础性疾病患病率为60.0%(45/75),女性基础性疾病患病率为48.1%(13/27),不同性别在患有基础性疾病的患病率上不存在差异(χ=1.14,P=0.29);而不同年龄组人感染H7N9禽流感病例患基础性疾病表现为随着年龄的增加,病例中患基础性疾病的比例显著增加;病例出现并发症:在确诊的102例人感染H7N9禽流感病例中,有83例病例在治疗的过程中出现了并发症。61例男性,22例女性;0～14岁组有4人出现并发症,15～44岁组有17人出现并发症,45～59岁组有24人出现并发症,60～69岁组有22人出现并发症,70岁以上组中有16人出现并发症;病程:102例确诊病例从发病到首次入院、发病到确诊、入院到确诊时间间隔、发病到首次使用奥司他韦治疗、使用奥司他韦到死亡或者治愈时间间隔、发病到首次使用达菲时间间隔的中位数分别为4天、7天、3 天、6天、14天、6天,确诊病例从入院到确诊的时间间隔在五个不同的流行季内存在差异,差异有统计学意义(Z=9.97,P=0.04)。2人感染H7N9禽流感病例死亡危险因素分析死亡病例主要随H7N9禽流感疫情的出现而发生,38例男性,占死亡总数的76.00%,12例女性,占死亡总数的24.00%。死亡病例大部分是年级较大者,其平均年龄为64岁,年龄最小的为28岁,最大的为91岁,60岁及以上死亡病例占总死亡病例的68.00%(34/50

关键词：人感染 H7N9禽流感流行病学特征死亡危险因素

合肥市1例同病房密切接触者确诊人感染H7N9禽流感调查

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中国公共卫生 2017年第7期33卷 1122-1124页

作者：张泽华宋仁杰孟令胜孔德华刘俊李思兆周超孙娟安徽省第二人民医院重症医学科合肥230041

目的分析安徽省合肥市1例同病房密切接触者人感染H7N9禽流感病例的流行病学特征,为制定人感染H7N9禽流感病毒相关防控措施提供参考依据。方法对安徽省合肥市1例同病房密切接触者进行流行病学调查,并采集呼吸道及血液标本应用逆转录聚合... 详细信息

目的分析安徽省合肥市1例同病房密切接触者人感染H7N9禽流感病例的流行病学特征,为制定人感染H7N9禽流感病毒相关防控措施提供参考依据。方法对安徽省合肥市1例同病房密切接触者进行流行病学调查,并采集呼吸道及血液标本应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测H7N9病毒核酸。结果病例谷某于2016年12月22日确诊为人感染H7N9禽流感病例,无明显禽类接触史;12月18日该病例曾密切接触同病房闫某,后闫某确诊为H7N9禽流感病例且死亡;2人病毒核酸检测均为同种同源禽流感病毒核酸阳性;除闫某外,其他与谷某密切接触者均未出现人感染H7N9禽流感病毒症状。结论谷某可能为一起医院内感染疫情的续发病例,人传人的可能性大,但单传染力有限,非持续。

关键词： H7N9禽流感人感染同病房密切接触者调查

辽宁省2016-2017年人感染H7N9禽流感病例流行病学研究

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中国预防医学杂志 2019年第7期20卷 561-564页

作者：孙佰红王璐璐孙海波王子江孙英伟姚文清辽宁省疾病预防控制中心辽宁沈阳110005

目的分析辽宁省2016-2017年人感染H7N9禽流感疫情情况,为制定防控策略提供科学依据。方法对'人感染H7N9禽流感信息系统'辽宁省2016-2017年本地报告的5例人感染H7N9禽流感确诊病例为研究对象,对流行病学资料、外环境监测数据进行描述性... 详细信息

目的分析辽宁省2016-2017年人感染H7N9禽流感疫情情况,为制定防控策略提供科学依据。方法对'人感染H7N9禽流感信息系统'辽宁省2016-2017年本地报告的5例人感染H7N9禽流感确诊病例为研究对象,对流行病学资料、外环境监测数据进行描述性流行病学分析。结果截止2018年6月,辽宁省共确诊人感染H7N9禽流感5例,2016年1例,2017年4例,其中死亡病例4例,男女比例为4∶1,发病年龄中位数62岁;>50岁4例;农民打工者2例,退休职工2例;均为散发病例,分布于3个地市的5个县区;从发病后到首次就诊、确诊及使用奥司他韦进行抗病毒治疗的时间中位数分别为3 (3~4)d、11(9~12) d和8(7~10) d;均有禽类相关暴露史;400名密切接触者中在1周的医学观察期内,除8例出现流感样症状(H7N9检测结果为阴性)外,其他人员均正常;连续2年外环境加强监测禽流感病毒核酸检测阳性率分别为3.24%和8.70%。结论辽宁省人感染H7N9禽流感病例的基本人口学特点和主要感染途径均未发生明显变化。需加强禽类管理,防止疫情的发生与扩散。

关键词：人感染 H7N9禽流感流行病学分析外环境

安徽省部分地区医务人员对人感染 H7N9禽流感知信行调查

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中国预防医学杂志 2019年第7期20卷 574-578页

作者：朱玉良龚磊朱梦刘伯熙王斐吴金菊侯赛吴家兵中国疾病预防控制中心中国现场流行病学培训项目北京100050 黑龙江省疾病预防控制中心安徽省疾病预防控制中心内蒙古自治区综合疾病预防控制中心芜湖市疾病预防控制中心合肥市疾病预防控制中心

目的了解医务人员对H7N9禽流感知信行状况,为禽流感病例的早诊早治提供科学依据。方法采用统一的调查问卷对3个县各级医疗机构医务人员开展调查,分析医务人员知信行状况。结果回收有效问卷394份,回收率96.59%(394/408),其中女性205人,占... 详细信息

目的了解医务人员对H7N9禽流感知信行状况,为禽流感病例的早诊早治提供科学依据。方法采用统一的调查问卷对3个县各级医疗机构医务人员开展调查,分析医务人员知信行状况。结果回收有效问卷394份,回收率96.59%(394/408),其中女性205人,占52.03%;平均年龄(37.29±9.14)岁;来自乡镇医疗机构的占62.18%,县级医疗机构占37.82%。医务人员对个人防护、病毒分型、传染源和治疗方法的知晓率分别为94.92%、91.37%、90.86%、90.61%,早期使用抗病毒药物(48h)知晓率仅为41.37%,H7N9病毒对禽类不致病为23.60%,患者转诊条件知晓率为66.53%。知识得分为(16.27±2.44)分,LJ县较其他2个县知识得分较低(OR=0.47,95%CI:0.25~0.89);态度行为得分为(7.21±1.25)分,县级医院较乡镇医疗机构有较高的态度行为得分(OR=2.02,95%CI:1.26~3.23)。结论安徽省LJ、NL和FC 3个县的县级和乡镇医疗机构的医务人员对H7N9禽流感知识和态度行为方面认识不足,应加强医务人员对H7N9禽流感知识和态度行为方面的培训,尤其是LJ地区、乡镇医疗机构的医务人员。

关键词：人感染 H7N9禽流感医务人员知识态度行为

长沙市活禽市场人H9N2亚型禽流感感染来源的研究

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中华疾病控制杂志 2019年第5期23卷 567-572页

作者：张如胜黄政刘晓蕾姚栋陈静芳袁洁欧新华孙边成长沙市疾病预防控制中心

目的探讨人H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的感染来源。方法对2014-2015年长沙市活禽市场环境开展AIV核酸监测,收集全球人感染H9N2 AIV病例数据,利用MEGA 6软件对全球人感染H9N2 AIV、活禽市场环境H9N2 AIV和部分禽H9N2... 详细信息

目的探讨人H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)的感染来源。方法对2014-2015年长沙市活禽市场环境开展AIV核酸监测,收集全球人感染H9N2 AIV病例数据,利用MEGA 6软件对全球人感染H9N2 AIV、活禽市场环境H9N2 AIV和部分禽H9N2 AIV血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)及非结构蛋白(nonstructural protein,NS)基因进行进化分析。结果 2014-2015年长沙市活禽市场环境中H9 AIV的核酸阳性率最高(占44.76%),污染较为严重。全球共报告27例人感染H9N2 AIV病例,绝大多数病例经治疗后康复,流行病学调查显示59.26%(16/27)的病例明确有禽类或活禽市场暴露史。HA、NA及NS进化分析显示2013-2016年分离自湖南、广东的人源H9N2 AIV分离株与湖南和广东辖区活禽市场环境中分离到的H9N2 AIV亲缘关系近,核苷酸相似性高达97%~99%。结论活禽市场是人H9N2 AIV的感染来源之一。

关键词：新发传染病 H9N2 禽流感病毒人感染来源活禽市场

人感染H7亚型禽流感流行状况和H7N9亚型禽流感的生物学特性

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国际流行病学传染病学杂志 2013年第2期40卷 75-79页

作者：郭潮潭浙江省医学科学院生物工程研究所杭州310013

流感病毒属于正黏病毒科，其基因组为分8个节段的负链单股RNA，编码11个已知蛋白。其中，2个病毒表面的糖蛋白、血液凝集素（HA）和神经氨酸酶（NA）是血清学区分多种病毒亚型的依据。目前，已经在野生水鸟中确定了16种HA和9种NA亚型，... 详细信息

流感病毒属于正黏病毒科，其基因组为分8个节段的负链单股RNA，编码11个已知蛋白。其中，2个病毒表面的糖蛋白、血液凝集素（HA）和神经氨酸酶（NA）是血清学区分多种病毒亚型的依据。目前，已经在野生水鸟中确定了16种HA和9种NA亚型，野生水鸟是所有甲型流感病毒的自然保存宿主。

关键词：禽流感人感染 H7亚型 H7N9亚型流行特性