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基于cpSSR和nSSR标记的地方柑橘资源‘枳雀’亲本分析

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果树学报 2018年第10期35卷 1161-1169页

作者：李航杨晓明丁德宽王小丽谢宗周叶俊丽彭抒昂邓秀新柴利军华中农业大学园艺林学学院.园艺植物生物学教育部重点实验室武汉430070 赣州市果业技术指导站江西赣州341000 城固县果业技术指导站陕西汉中723200 赣州市柑桔科学研究所江西赣州341000

【目的】分析地方柑橘资源‘枳雀’的亲本类型和来源,为进一步改良、开发与利用地方柑橘资源提供理论依据。【方法】以包含‘枳雀’在内的分属于柑橘属、枳属、金柑属的21份柑橘种质为材料,运用cpSSR和nSSR标记计算各SSR位点等位基因数(... 详细信息

【目的】分析地方柑橘资源‘枳雀’的亲本类型和来源,为进一步改良、开发与利用地方柑橘资源提供理论依据。【方法】以包含‘枳雀’在内的分属于柑橘属、枳属、金柑属的21份柑橘种质为材料,运用cpSSR和nSSR标记计算各SSR位点等位基因数(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)、多态性信息含量(PIC),构建基于DICE相似系数的UPGMA(非加权配对算术平均法)聚类树,进而分析‘枳雀’的亲本来源。【结果】10对cpSSR引物扩增出37个多态性条带,平均每个位点3.70个,平均Shannon信息指数(I)为0.98;14对nSSR引物扩增出62个多态性条带,平均每个位点4.43个,平均多态性信息含量(PIC)为0.57,平均期望杂合度(He)为0.63。【结论】根据cpSSR和n SSR分析,结合形态学证据,认为‘枳雀’的母系亲本为柚类或者具有柚类母本血缘的杂交柑橘品种,父本是一个具有枳的血缘的杂交柑橘品种。cpSSR与nSSR结合使用可比较准确地鉴定柑橘杂种。

关键词：柑橘 '枳雀’ 亲本分析 SSR

植物种群交配系统、亲本分析以及基因流动研究

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植物生态学报 2001年第2期25卷 144-154页

作者：何田华葛颂中国科学院植物研究所系统与进化植物学开放研究实验室北京100093

在过去的二十年中 ,有关植物种群交配与散布过程的研究与日俱增 ,重点集中在利用母本子代系列 (Ma-ternal progeny arrays)来估计种群间自交与异交的相对比例 ,种群的花粉散布与雄性育性变异的模式。早期的研究主要依靠排除法来确定亲... 详细信息

在过去的二十年中 ,有关植物种群交配与散布过程的研究与日俱增 ,重点集中在利用母本子代系列 (Ma-ternal progeny arrays)来估计种群间自交与异交的相对比例 ,种群的花粉散布与雄性育性变异的模式。早期的研究主要依靠排除法来确定亲本 ,但几乎同时也意识到基因流动事件几乎是检测不到的。在大多数估计中 ,难以做到为大多数非迁移子代确定唯一的亲本。因此 ,基因流动与雄性育性的最大似然性方法得以引入该领域的研究。本文介绍了用单位点和多位点模型来估计家系与种群自交与异交的相对频率 ,着重阐述了目前可用于亲本分析与基因流的估计方法。最后介绍了我们对木根麦冬交配系统与亲本分析的研究以及亲本分析将来的研究方向。

关键词：亲本分析交配系统基因流动排除分析最大似然性分析植物种群

合丰(合交、合农、佳豆)号系列大豆品种的亲本分析

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大豆科学 2023年第2期42卷 147-156页

作者：郭美玲郭泰刘忠堂王志新郑伟李灿东徐杰飞赵星棋黑龙江省农业科学院黑龙江哈尔滨150086 黑龙江省农业科学院佳木斯分院/国家大豆区域技术创新中心/国家大豆产业技术体系佳木斯综合试验站/三江平原主要作物育种栽培重点实验室黑龙江佳木斯154007

为深入了解合丰(合交、合农、佳豆)号系列大豆品种的亲本选用情况,本文对黑龙江省农业科学院佳木斯分院大豆育成品种所涉及的亲本进行了分析,通过总结已往的亲本选用经验,为今后品种改良创新提供技术指导。截止到2022年,佳木斯分院共育... 详细信息

为深入了解合丰(合交、合农、佳豆)号系列大豆品种的亲本选用情况,本文对黑龙江省农业科学院佳木斯分院大豆育成品种所涉及的亲本进行了分析,通过总结已往的亲本选用经验,为今后品种改良创新提供技术指导。截止到2022年,佳木斯分院共育成大豆品种119个,包括杂交大豆品种3个。涉及亲本124个,包括国内祖先亲本11个,国外亲本13个,国内直接亲本(创新种质与选育品种)100个;骨干亲本或核心亲本(育成品种≥2个)46个,一般亲本78个(育成品种1个)。其中北丰11和合丰50分别育成品种9个,满仓金育成品种7个,合丰34和合丰35分别育成品种6个,黑河45、北豆5号和HOBBIT分别育成品种5个,黑河43、合农69、合丰55、垦丰16和黑河38分别育成品种4个,秃荚子、荆山朴、克4430-20、合丰26、绥农10、华疆4号、黑河35、合农71、美国扁茎大豆、日本小粒豆和黑农54等11个亲本分别育成品种3个,黑河54、黑龙江41(俄罗斯)、合丰24、钢201、俄亥俄、绥农14、公84112-1-3、合丰39、合丰41、合丰42、合丰51、合丰57、北丰9号、九丰10、合93-793、垦农19、合农68、黑农48、克山1号、绥02-529和黑交01-1032等21个亲本分别育成品种两个。分院选用的亲本中农家品种(地方品种)占亲本总数的8.87%;自育亲本材料占亲本总数的34.68%;引自国内(黑龙江、吉林、辽宁和内蒙古)的亲本材料占亲本总数的46.03%;引自国外(美国、日本、俄罗斯和意大利)的亲本材料占亲本总数的10.48%。这些亲本材料包括超早熟亲本5个,极早熟亲本3个,早熟亲本42个,中早熟亲本63个,中熟亲本1个,中晚熟亲本9个,晚熟亲本1个。分析结果说明分院选用亲本来源广泛,既体现地理远缘又有生态差异,既体现遗传基础改良又有遗传多样性,既体现正宗的血统又拓宽血缘关系,保证了品种改良创新与水平提升,这一做法与经验值得推广与借鉴。

关键词：合丰(合交、合农、佳豆)系列大豆品种亲本分析

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黄淮海地区近20年来育成大豆品种亲本分析

大豆科学 2018年第4期37卷 503-510页

作者：王彩洁李伟张礼凤徐冉张彦威林延慧山东省农业科学院作物研究所山东济南250100

为了解黄淮海地区育成品种的亲本情况,对包括北京地区、河北省、山西省、山东省、河南省、江苏省和安徽省等黄淮海地区近20年来育成品种的亲本进行了系统的分析。结果表明:1996-2016年黄淮海地区共育成了415个品种,其中北京地区育成品... 详细信息

为了解黄淮海地区育成品种的亲本情况,对包括北京地区、河北省、山西省、山东省、河南省、江苏省和安徽省等黄淮海地区近20年来育成品种的亲本进行了系统的分析。结果表明:1996-2016年黄淮海地区共育成了415个品种,其中北京地区育成品种最多,为87个,江苏省育成品种最少,为39个。北京地区平均每个品种含有亲本数最少,为1.08个,安徽省平均每个品种含有亲本数最多,为1.39个。北京地区和安徽省亲本多使用外地种质,北京地区和河北省使用国外种质育成品种较多,河南省亲本多来自本省。分析还发现来自河南省的豫豆8号、豫豆10号和来自北京地区的中黄13、早熟18以及来自山东省的鲁豆4号和鲁豆11等品种在多个地区当作亲本使用,育成了较多的品种。

关键词：大豆黄淮海地区育成品种亲本分析

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21个高山杜鹃引进品种的亲本分析

河南农业大学学报 2015年第5期49卷 622-627页

作者：解玮佳王继华卢红春李树发彭绿春蔡艳飞张露李世峰云南省农业科学院花卉研究所国家观赏园艺工程技术研究中心云南昆明650205

收集整理21个高山杜鹃引进品种的系谱资料,研究其祖先亲本进行品系归类,并对各品系的祖先亲本和直接亲本组成进行分析。结果表明,21个高山杜鹃引进品种来源于23个祖先亲本,其中1个育成品种、6个国外野生种、1个国内野生种和15个类型不详... 详细信息

收集整理21个高山杜鹃引进品种的系谱资料,研究其祖先亲本进行品系归类,并对各品系的祖先亲本和直接亲本组成进行分析。结果表明,21个高山杜鹃引进品种来源于23个祖先亲本,其中1个育成品种、6个国外野生种、1个国内野生种和15个类型不详;按祖先亲本来源分类,21个高山杜鹃引进品种分属于高加索杜鹃花杂种群、腺柱杜鹃花杂种群和美国山石南杜鹃花杂种群3类杂种群;在21个高山杜鹃引进品种中,腺柱杜鹃花杂种群的品种更具有多样性,而高加索杜鹃花杂种群、美国山石南杜鹃花杂种群2个杂交群内的品种间有相对较近的亲缘关系;21个高山杜鹃引进品种的亲本种质资源利用率低,种质局限性有待改进,挖掘云南特殊种质与引进品种开展杂交育种是扩宽其品种遗传基础的有效途径。

关键词：高山杜鹃引进品种亲本分析

三种常用亲本分析软件效率的比较——以鹅掌楸属树种控制授粉子代亲本分析为例

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分子植物育种 2013年第2期11卷 241-248页

作者：李博潘文婷李康琴李火根南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

在亲本分析中,常用基于最大似然法的软件(如CERVUS,COLONY和PAPA)进行亲本推定,但不同软件各有其特点,其分析结果与亲本推定效率有时相差较大。为比较三种常用亲本分析软件(CERVUS3.0,COLONY2.0和PAPA2.0)的效率及特点,本文以包含278个... 详细信息

在亲本分析中,常用基于最大似然法的软件(如CERVUS,COLONY和PAPA)进行亲本推定,但不同软件各有其特点,其分析结果与亲本推定效率有时相差较大。为比较三种常用亲本分析软件(CERVUS3.0,COLONY2.0和PAPA2.0)的效率及特点,本文以包含278个鹅掌楸潜在亲本及90个鹅掌楸已知亲本的子代群体为材料,利用13对EST-SSR位点信息,分析子代亲本并与其真实亲本进行对照,进而评价三种亲本分析软件的效率,期望为林木亲本分析软件选择提供参考。研究结果表明,13个SSR位点在实验群体中检测出的等位基因数(A)、观测杂合度(Ho)及Shannon多样性指数(I)平均值分别为5.23,0.4766和1.4636,表明该批引物多态性高,适合用于亲本分析。就亲本分析效率而言,总体上看,谱系清楚的子代远高于谱系不清的子代,单亲分析远高于双亲分析。三种软件的分析效率及特点各有差别。对于谱系不清的林下更新子代苗木,双亲分析时,三种软件的分析效率差别不大。但单亲分析时,CERVUS与COLONY软件分析效率较高,其亲本推定的准确率分别为78.87%和69.90%,高于PAPA软件的分析效率。而对于谱系清楚的控制授粉子代,双亲分析时,采用PAPA软件对异交子代亲本推定准确率为34.72%,高于CERVUS及COLONY软件;而CERVUS与COLONY软件则适合于自交子代的亲本分析,其亲本推定的准确率分别可达83.33%及81.2%,远高于PAPA软件。

关键词：亲本分析 CERVUS COLONY PAPA 效率鹅掌楸属

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自然定居青冈幼苗的亲本分析

武汉植物学研究 2000年第3期18卷 174-180页

作者：陈小勇宋永昌华东师范大学环境科学系上海200062

采用遗传排除法和似然分析法进行青冈幼苗的亲本分析。共采用了 5个等位酶多态位点 ,累积排除概率为 71 .57%。采用遗传排除法仅能为 1株幼苗确定唯一的亲本 ,其余幼苗均有多个亲本。似然分析揭示出各幼苗有 1或 2对亲本 ,分析表明由成... 详细信息

采用遗传排除法和似然分析法进行青冈幼苗的亲本分析。共采用了 5个等位酶多态位点 ,累积排除概率为 71 .57%。采用遗传排除法仅能为 1株幼苗确定唯一的亲本 ,其余幼苗均有多个亲本。似然分析揭示出各幼苗有 1或 2对亲本 ,分析表明由成体自交形成的幼苗占41 .1 8% ,与种群个体间交配的概率也较大 ,为 1 7.65%。成体之间的繁殖成功率变化较大 ,有9个个体的繁殖成功率为 0。个体 2 4的繁殖成功率最大 ,占总的 39.4% ,种群外花粉和种子对幼苗的贡献率达 1 8.4%。根据幼苗与亲本间的距离计算的种子扩散距离以 5～ 1 0 m最多 ,占 62 .5% ;其次为 1 0～ 1 5m,而扩散距离为 0～ 5m的种子比例最小 ;虽然青冈主要是以重力扩散种子 ,但由于坡度较大 ( 30°) ,加上树冠遮荫对种子萌发和幼苗生长的影响 ,形成以上种子扩散格局。

关键词：遗传排除似然分析亲本分析幼苗青冈种群

对濒危植物金钱松遗传多样性及亲本分析的研究

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对濒危植物金钱松遗传多样性及亲本分析的研究

作者：刘骏南京大学

学位级别：硕士

金钱松是我国特有的单属种植物,在裸子植物松科的系统发育、古生态和古气候的研究方面具有重要的意义。由于地质变迁、生态恶化、数量不多、天然更新能力低等原因,致使此树种成为濒危植物种。对于濒危物种种群间和种群内遗传多样性的评... 详细信息

金钱松是我国特有的单属种植物,在裸子植物松科的系统发育、古生态和古气候的研究方面具有重要的意义。由于地质变迁、生态恶化、数量不多、天然更新能力低等原因,致使此树种成为濒危植物种。对于濒危物种种群间和种群内遗传多样性的评估,目前已成为保护遗传学中一个最主要的研究内容。对濒危植物交配系统的研究,对于繁育生物学和生物多样性保护和管理也具有重要的意义,根据濒危植物的交配系统可以制定正确的监测濒危物种遗传多样性的取样策略,同时也可以指导迁地人工繁育的进行。近年来,对于松科植物遗传多样性和基因流的研究越来越多,但大部分的研究仍都是停留在通过同工酶标记来分析松科种群的遗传多样性以及花粉和种子的散布特征。只有极少数学者用到SSR分子遗传标记技术,由于成本较高,对操作技术和条件的要求性较为严格,目前在国内,应用SSR标记技术分析松科种群遗传结构和基因流仍处于起步阶段。另外在对松科植物种群中种子和花粉传播特征的研究上,目前研究的重点仍旧是通过分析种群中种子的亲本来得到花粉的传播特征,而对于种群中实生苗的亲本分析,目前的大部分研究仍旧缺乏足够的亲本判别能力,不能清楚的判别种群中实生苗亲本的性别。本研究通过SSR分子遗传标记技术对一片天然连续分布的金钱松种群进行了遗传多样性和交配系统分析,并利用核SSR和叶绿体SSR对种群中的所有实生小苗进行了亲本分析。研究的结果主要有：(1)本次研究成功的筛选出了5对核SSR引物和2对叶绿体SSR引物。在种群中共检测到平均等位基因数为8.6,每个位点的等位基因数为5～14。通过Cervus软件分析得到SSR位点总的遗传排除率达到0.99以上。(2)金钱松天然群体具有较高的遗传多样性,种群中成木和实生苗的Shannon多样性指数均在1.2以上,平均期望杂合度分别为0.639和0.614。(3)在对该种群的遗传多样性分析中,发现种群的固定指数F大于0,且种群的平均观察杂合度小于期望杂合度,这说明该群体中杂合子略微不足,有近亲交配的倾向,可能是受到周围居民生活的干扰导致。(4)金钱松属于以异交为主的混合交配系统,该天然种群的平均多位点异交率为0.846,其平均单位点异交率为0.792,近交系数为0.054。(5)本研究综合运用核SSR和叶绿体SSR标记,成功的得到了该种群实生苗的亲本分析,在总共120株小苗中,有85棵(70.8%)找到了互补亲本对,有36棵(30%)小苗找到了单一亲本。另外有4株小苗没有找到亲本,与另外17株没有发现母本的小苗在一起被认为是外来种群种子的迁徙。

关键词：遗传多样性 SSR 亲本分析交配系统 STR多型分析

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华北落叶松种子园遗传多样性及亲本分析

华北落叶松种子园遗传多样性及亲本分析

作者：于大德北京林业大学

学位级别：硕士

华北落叶松是我国华北地区营造丰产林的首选树种,其育种研究有很重要的价值。种子园是针叶树育种的有效途径之一,我国自上世纪60年代开始营建华北落叶松种子园,但目前缺乏对种子园生产群体的遗传多样性评价,且亲子代群体经选优后是否存... 详细信息

华北落叶松是我国华北地区营造丰产林的首选树种,其育种研究有很重要的价值。种子园是针叶树育种的有效途径之一,我国自上世纪60年代开始营建华北落叶松种子园,但目前缺乏对种子园生产群体的遗传多样性评价,且亲子代群体经选优后是否存在遗传变异也不清楚,使得下一步育种工作的开展、以及育种策略的制定缺乏相应的信息支持。本研究采用微卫星(SSR)分子标记技术,针对河北省龙头山林场华北落叶松良种基地种子园中一代、二代、三代优树生产群体进行遗传多样性分析,对子代群体进行亲本分析,以揭示种子园亲子代间遗传多样性变化及家系间的遗传变异情况,综合评价该种子园的遗传资源。主要研究结果如下：1.从210对SSR引物中,共筛选出10对多态性较好,电泳结果清晰的EST-SSR引物,用于实验分析。2.10对EST-SSR引物每个位点上的等位位点数为2-5个不等。一、二、三代的平均有效等位位点数分别为1.92个,1.81个,2.07个,Shannon指数分别为0.7127,0.7052,0.7908。经方差分析,三代间遗传多样性没有显著差异。3.种子园群体杂合度及遗传分化的研究结果显示,一至三代群体的观测杂合度均高于期望杂合度,偏离Hardy-Weinberg平衡,杂合子较多。4.通过对一至三代三个群体的F-统计量及基因流的计算,得出平均Fis及Fit均小于0,故群体中杂合子过量。Fst数值较小,基因流数值远高于自然群体,说明子代群体与亲代群体问遗传分化较小,遗传变异主要存在于每代群体内,而非群体间。5.经10对EST-SSR分子标记分析得出,一代群体中保留22个个体即可获得99%以上的有效等位位点数,而二、三代群体中,仅需保留16个个体即可以获得整个群体99%以上的有效等位位点数。6.二代、三代群体亲本分析的结果表明,子代群体与已知母本的位点错配率较高,二代为65%,三代为83%,说明绝大部分子代的真实母本并非记录的母本。另在80%的置信水平上,二代40个无性系中,有15个无性系可以同时确定两个亲本。三代30个个体中,仅有3个可以同时确定其父、母本,亲本分析的方法可以协助确定子代的真实亲本。本研究揭示了华北落叶松种子园亲子代之间遗传多样性没有显著变化,在后续育种工作中,可以继续进行高世代优树选择而不必过度担心遗传多样性的降低。采用分子标记进行亲本分析,结果显示传统的采种及种植过程导致家系记录错误率较高,因而引入BWB育种理论,采用分子标记准确鉴定育种群体家系组成,并简化杂交环节,将成为未来种子园育种的发展趋势。

关键词：华北落叶松种子园遗传多样性微卫星(SSR) 亲本分析