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TOMM40在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

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TOMM40在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

作者：嵇如月吉林大学

学位级别：硕士

目的:本研究通过生信数据库、二维液相-色谱质谱联用技术、免疫印迹技术、免疫组织化学技术挖掘了结直肠癌（Colorectal cancer,CRC）组织和配对的癌旁组织中线粒体外膜转位酶40（Translocase of outer mitochondrial membrane 40,TOMM4... 详细信息

目的:本研究通过生信数据库、二维液相-色谱质谱联用技术、免疫印迹技术、免疫组织化学技术挖掘了结直肠癌（Colorectal cancer,CRC）组织和配对的癌旁组织中线粒体外膜转位酶40（Translocase of outer mitochondrial membrane 40,TOMM40）蛋白表达量的差异,通过细胞功能实验进一步验证了TOMM40的蛋白表达量对结直肠癌细胞生物学功能的影响,为结直肠癌的诊治工作提供了新的方向,也为探究结直肠癌的发生发展机制提供了另一种可能。方法:1.查阅Timer数据库和GEPIA数据库确定TOMM40在结直肠癌中表达情况,通过Cbioportal数据库获得TOMM40的共表达基因。2.二维液相色谱-质谱联用技术检测16对结直肠癌及其癌旁组织的TOMM40蛋白表达情况,再通过Western Blot验证二维液相色谱-质谱联用技术检测结果。通过免疫组织化学技术对临床组织样本进行分析,检测40对结直肠癌组织及其癌旁组织蜡块中TOMM40的蛋白表达情况。3.选取SW620结直肠癌细胞系作为目标细胞系,构建TOMM40过表达和沉默表达的细胞株,并通过荧光显微镜、RT-q PCR技术及Western Blot试验进行验证,而后通过细胞增殖实验、细胞迁移和侵袭实验、细胞凋亡实验检测TOMM40蛋白表达量的变化对细胞生物学功能的影响。结果:***40在结直肠癌组织中上调表达。2.二维液相色谱-质谱联用技术及Western Blot验证了TOMM40在结直肠癌组织中上调表达。免疫组化学技术对临床组织样本分析后,也证实了TOMM40在结直肠癌组织中是上调表达的。3.成功构建了瞬时转染的SW620过表达及沉默表达细胞系。细胞增殖实验及细胞迁移和侵袭实验表明过表达TOMM40可促进细胞的增殖、迁移及侵袭,沉默表达TOMM40可抑制细胞的增殖、迁移及侵袭。细胞凋亡实验表明过表达TOMM40可抑制细胞的凋亡,沉默表达TOMM40可促进细胞的凋亡。结论:***40在结直肠癌组织中是上调表达的。***40上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭功能,TOMM40上调表达可抑制结直肠癌细胞的凋亡。TOMM40沉默表达可抑制结直肠癌细胞的增殖、迁移、侵袭,并促进结直肠癌细胞的凋亡。***40有潜力作为结直肠癌诊断及治疗的生物标志物。

关键词：生物信息学 TOMM40 结直肠癌免疫组化二维液相色谱-质谱联用技术增殖迁移侵袭凋亡

结直肠癌中LMCD1的差异表达及生物学作用的研究

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结直肠癌中LMCD1的差异表达及生物学作用的研究

作者：赵晨蕊吉林大学

学位级别：硕士

LMCD1在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究目的:本研究采用生信技术、二维液相色谱-质谱联用技术、Western blot技术和免疫组化技术研究了LMCD1蛋白在结直肠癌组织和癌旁组织中的差异表达,通过细胞功能实验进一步验证了LMCD1蛋白的差... 详细信息

LMCD1在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究目的:本研究采用生信技术、二维液相色谱-质谱联用技术、Western blot技术和免疫组化技术研究了LMCD1蛋白在结直肠癌组织和癌旁组织中的差异表达,通过细胞功能实验进一步验证了LMCD1蛋白的差异表达在结直肠癌细胞中的生物学功能作用,在肠癌的早期筛查方面提供了新的目标,也在结直肠癌生物机制作用的探究中提供了一个新的战略思路。方法:1.通过Timer数据库确定LMCD1在结直肠癌中的差异表达。通过TCGA数据库挖掘正常结直肠组织和结直肠癌组织的基因表达谱数据,经过统计测算,再次确证LMCD1在结直肠癌中的表达情况。通过TISIDB数据库发现LMCD1与癌免疫亚型的关联。通过Cbioportal数据库挖掘LMCD1的基因突变和共表达基因情况。通过Linked Omics数据库得到LMCD1正负相关基因热图和功能富集图。通过STRING数据库探究LMCD1蛋白之间的相互作用。2.二维液相色谱-质谱联用技术检测24例结直肠癌及癌旁组织中蛋白LMCD1的表达情况。免疫组化技术检测45例肠癌组织及癌旁组织中LMCD1的蛋白表达情况。3.成功构建LMCD1过表达和沉默表达SW620细胞株,通过观察绿色荧光、RT-q PCR技术及Western blot试验验证转染效率,通过细胞增殖实验、细胞划痕实验检测LMCD1蛋白差异表达对细胞生物学功能的影响。结果:***1在结直肠癌等多种肿瘤中上调表达。2.二维液相色谱-质谱联用技术表明LMCD1在结直肠癌组织中高表达,免疫印迹和免疫组化也进一步进行了验证。3.成功构建瞬时转染SW620过表达及敲低表达细胞株,细胞功能实验表明过表达LMCD1可促进细胞的增殖和迁移功能,而沉默表达LMCD1可抑制细胞的增殖和迁移功能。结论:***1在结直肠癌组织中上调表达。***1上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖和迁移功能,可能作为结直肠癌诊断的潜在生物标志物。

关键词： LMCD1 结直肠癌生物信息学二维液相色谱-质谱联用技术免疫组化细胞功能实验

HIST1H3B在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

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HIST1H3B在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

作者：李凯迪吉林大学

学位级别：硕士

目的:本研究通过使用生物信息学技术、二维液相色谱-质谱联用技术及免疫组化技术探索了结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)的癌组织和癌旁组织中HIST1H3B中的表达量的差异情况,通过细胞功能实验进一步探究了HIST1H3B的表达对结直肠癌细胞... 详细信息

目的:本研究通过使用生物信息学技术、二维液相色谱-质谱联用技术及免疫组化技术探索了结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)的癌组织和癌旁组织中HIST1H3B中的表达量的差异情况,通过细胞功能实验进一步探究了HIST1H3B的表达对结直肠癌细胞生物学功能的影响,为结直肠癌的诊断和治疗提供了潜在的分子靶标。方法:1.通过查阅公共数据库Timer确定HIST1H3B在结肠癌中上调表达,通过TCGA数据库下载结肠癌和正常结肠组织的基因表达谱数据,并对数据进行分析,进一步确定HIST1H3B在结肠癌中表达情况。2.通过二维液相色谱-质谱联用技术检测34对新鲜结直肠癌及其癌旁组织,通过免疫组织化学法检测47对结直肠癌组织和癌旁组织蜡块,验证HIST1H3B的蛋白表达情况。3.通过选取SW1116和SW620肠癌细胞系,构建HIST1H3B过表达和沉默表达的细胞株,用RT-qPCR及Western Blot检测转染效率。通过细胞功能实验检测HIST1H3B表达量的变化对细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响。结果:***1H3B在结肠癌等多种肿瘤组织中明显上调。2.二维液相色谱-质谱联用技术表明HIST1H3B在结直肠癌组织中表达上调,免疫组织化学再次验证了HIST1H3B在结直肠癌中上调表达3.通过RT-qPCR、Western Blot检测到SW1116和SW620过表达和沉默表达的细胞系构建成功。细胞功能实验表明HIST1H3B过表达促进细胞的增殖、迁移及侵袭功能,沉默HIST1H3B可抑制细胞增殖、迁移及侵袭功能。结论:***1H3B在结直肠癌组织中上调表达。***1H3B上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭功能,可作为结直肠癌诊断和治疗的潜在生物标志物。

关键词：结直肠癌 HIST1H3B 生物信息学二维液相色谱-质谱联用技术免疫组织化学技术细胞功能实验

RBBP9在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

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RBBP9在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

作者：魏丽萍吉林大学

学位级别：硕士

目的:在本研究中,我们探究RBBP9(视网膜母细胞瘤结合蛋白9)在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中表达情况,并进一步验证癌组织和癌旁组织中RBBP9的相对表达水平;随后我们通过细胞功能实验探究RBBP9的表达水平对结直肠癌细胞生物学功能... 详细信息

目的:在本研究中,我们探究RBBP9(视网膜母细胞瘤结合蛋白9)在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中表达情况,并进一步验证癌组织和癌旁组织中RBBP9的相对表达水平;随后我们通过细胞功能实验探究RBBP9的表达水平对结直肠癌细胞生物学功能的影响。方法:1.通过二维液相色谱-质谱联用技术检测15对新鲜结直肠癌及其癌旁组织,得到一系列上调及下调蛋白。通过Western Blot实验进一步验证选取蛋白RBBP9在结直肠癌癌组织相比癌旁组织为高表达蛋白。2.通过生信分析进一步研究和确定RBBP9在结肠癌中表达情况。3.生物公司构建质粒,通过质粒转化,将质粒转入大肠杆菌;进一步纯化培养、摇菌、提取质粒,通过非脂质体转染试剂将质粒转入结直肠癌细胞,通过荧光显微镜观察转染细胞荧光检测细胞转染效率,通过RT-q PCR、western blot实验验证转染细胞是否成功。通过CCK8细胞增殖实验检测RBBP9对结直肠癌细胞增殖的影响;transwell检测RBBP9对结直肠癌细胞迁移及侵袭能力的影响;Annexin V-PE/7AAD双染流式细胞术分析RBBP9对结直肠癌细胞凋亡的影响。结果:1.二维液相色谱-质谱联用技术分析结直肠癌组织中差异表达蛋白,分析RBBP9是上调表达蛋白之一。通过资料查询确定RBBP9研究较少且有一定的继续研究意义,确定为我的研究课题,并通过western blot在蛋白水平验证RBBP9在结直肠癌癌组织相比癌旁组织上调表达。2.生信分析确定RBBP9在结肠癌等多种癌组织中高表达。3.构建质粒进行转化、纯化大肠杆菌培养、质粒提取等实验获得RBBP9过表达质粒(ov RBBP9)及阴性对照质粒(ov Ctrl),沉默表达质粒(sh RBBP9-e,sh RBBP9-f,sh RBBP9-g)及其阴性对照质粒(sh Ctrl);通过RT-q PCR、Western Blot实验验证SW620细胞过表达和敲低表达RBBP9细胞系构建成功;我们通过细胞功能实验探索RBBP9对细胞生物学功能的影响:过表达RBBP9可促进细胞的增殖、迁移及侵袭功能,抑制凋亡,沉默RBBP9可抑制细胞增殖、迁移及侵袭功能,促进凋亡。结论:1、RBBP9在结直肠癌组织中上调表达。2、RBBP9上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭功能,抑制凋亡,沉默RBBP9可抑制细胞增殖、迁移及侵袭功能,促进凋亡。RBBP9可作为结直肠癌诊断和治疗的潜在生物标志物。

关键词：结直肠癌 RBBP9 二维液相色谱-质谱联用技术 western blot CCK8 transwell Annexin V-PE/7AAD

基于二维液相色谱-质谱技术的结直肠癌中CKMT2的表达及生物信息学分析

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基于二维液相色谱-质谱技术的结直肠癌中CKMT2的表达及生物信息学...

作者：刘金华吉林大学

学位级别：硕士

目的:本研究利用生物信息学分析、二维液相色谱-质谱联用技术、免疫印迹方法及免疫组化技术挖掘了结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)组织和癌旁组织中CKMT2表达的差异情况;通过酶联免疫吸附实验分析CKMT2在结直肠癌患者和健康者血清中的... 详细信息

目的:本研究利用生物信息学分析、二维液相色谱-质谱联用技术、免疫印迹方法及免疫组化技术挖掘了结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)组织和癌旁组织中CKMT2表达的差异情况;通过酶联免疫吸附实验分析CKMT2在结直肠癌患者和健康者血清中的表达水平,分析CKMT2的表达情况与结直肠癌患者临床病理资料之间的联系,初步探讨CKMT2对辅助结直肠癌临床诊断及预后判断的价值。方法:1.运用公共数据库,对CKMT2进行生物信息学分析,整理数据,探索其与结直肠癌的关系。2.利用二维液相色谱-质谱联用技术构建结直肠癌的差异蛋白表达谱,表明CKMT2在结直肠癌组织中上调表达。3.用免疫印迹(Western blot)方法验证CKMT2在结直肠癌组织及癌旁组织中的表达情况。4.用免疫组织化学技术验证CKMT2在结直肠癌组织及癌旁组织中的表达情况。5.通过酶联免疫吸附实验(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测CKMT2在结直肠癌患者与健康者血清中的表达水平,分析CKMT2的表达情况与结直肠癌患者临床病理资料之间的联系。结果:***数据库和Timer2.0数据库分析结果显示CKMT2 m RNA在结直肠癌组织中较正常组织上调表达。TISIDB数据库分析结果表明CKMT2基因的表达在结肠癌和直肠癌的各种分子亚型中差异显著。Progno Scan数据库分析结果表明CKMT2表达情况与总生存期、疾病特异生存期和完全缓解无病生存期均无明显关联性。c-Bio Portal数据库结果显示,位于氨基酸0和419之间,CKMT2基因有12个突变位点(11个错义突变和1个框内突变)。CKMT2基因在结直肠癌中的共表达基因,按照相关性,前10位关联最强的基因依次为SLC6A4、PLA2G12B、ACSL6、LY6G6D、SLC30A2、CEL、OIT3、CELP、SLC22A11、SLC22A11。其中,与CKMT2共表达相关性最强的基因是SLC6A4,其m RNA水平与CKMT2呈正相关(Spearman’s Correlation=0.60,Pearson=0.34)。STRING数据库得出GAMT、MB、CKM、ALDOA、LDHAL6A、LDHAL6B、RAB28、LDHC、LDHB等蛋白与CKMT2蛋白的联系密切相关,发现CKMT2蛋白的主要分子功能是L-乳酸脱氢酶活性、肌酸激酶活性、催化活性等。其参与的主要生物学过程包括磷酸肌酸生物合成过程、肌酸代谢过程、肌肉收缩、丙酮酸代谢过程、细胞修饰氨基酸生物合成过程等。2.二维液相色谱-质谱联用技术结果:(1)Venn图展示了在Ⅱ期结直肠癌及癌旁组织、Ⅲ期结直肠癌及癌旁组织样本中共同的差异蛋白有381个。(2)IPA(Ingenuity Pathway Analysis)软件分析差异蛋白经典途径,结果显示在Ⅱ期结直肠癌中,相对于癌旁组织,结直肠癌组织中蛋白合成、氧化磷酸化、TCA循环等明显激活,而细胞骨架、Rho GDI等通路明显抑制。在Ⅲ期结直肠癌中,相对于癌旁组织,结直肠癌组织中蛋白合成,PI3K、AKT、PKA等通路明显激活。(3)CKMT2为上调表达蛋白之一。*** blot结果:CKMT2在结直肠癌组织中的蛋白表达显著高于癌旁组织。4.免疫组化结果:CKMT2在结直肠癌组织中的蛋白表达显著高于癌旁组织。***结果:结直肠癌患者血清中的CKMT2蛋白浓度显著高于健康者血清中的CKMT2蛋白浓度,P<0.05。CKMT2蛋白的表达水平和患者的性别、年龄、有无淋巴结转移、肿瘤位置、肿瘤分化水平、肿瘤大小无显著相关性。结论:***2在结直肠癌组织中高表达。***2在结直肠癌患者血清中高表达。***2有望成为结直肠癌有价值的生物标志物。

关键词：结直肠癌 CKMT2 生物信息分析学二维液相色谱-质谱联用技术 Western blot 免疫组化 ELISA

PLOD1在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

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PLOD1在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

作者：何平吉林大学

学位级别：硕士

目的:本研究应用生物信息学技术、二维液相-色谱质谱联用技术(LC-MS)检测结直肠癌肿瘤组织、癌旁组织筛选出差异蛋白,选择上调表达的PLOD1作为目标蛋白,通过免疫蛋白印迹实验(western blot,WB)、免疫组化中的石蜡包埋切片技术,在组织层... 详细信息

目的:本研究应用生物信息学技术、二维液相-色谱质谱联用技术(LC-MS)检测结直肠癌肿瘤组织、癌旁组织筛选出差异蛋白,选择上调表达的PLOD1作为目标蛋白,通过免疫蛋白印迹实验(western blot,WB)、免疫组化中的石蜡包埋切片技术,在组织层面对生信、质谱结果加以验证。构建PLOD1上调表达及下调表达的细胞株,通过WB(细胞制样)、实时荧光定量PCR(RT-q PCR)实验分别在细胞层面、RNA层面多角度验证构建成功。又通过细胞功能实验观察不同表达量的PLOD1对结直肠癌细胞生物学功能的影响,从而探究PLOD1对结直肠癌发展的影响。方法:1.查阅Timer数据库和GEPIA数据库确定PLOD1在结直肠癌中表达情况;通过Cbioportal数据库获得PLOD1的共表达基因;检索STRING数据库获得PLOD1相关的蛋白关系网络;登录COSMIC网站获得PLOD1在结直肠癌中的基因突变情况。2.通过LC-MS、Western Blot及免疫组化实验检测结直肠癌患者组织,分析PLOD1在结直肠癌组织中的表达情况。3.以SW620为目标细胞系,构建PLOD1上调表达和下调表达的瞬转细胞株,Western Blot和RT-q PCR从细胞和基因水平验证各组细胞株中PLOD1的表达情况。通过细胞增殖实验和划痕实验检测PLOD1蛋白表达量的变化对结直肠癌细胞生物学功能的影响。结果:***1在包括结直肠癌在内的多种肿瘤组织中上调表达;且与P3H1基因关联性最强。PLOD1在结直肠癌基因突变中最常见的类型是错义突变及同义突变。***-MS建立的结直肠癌蛋白差异表达谱发现PLOD1在结直肠癌组织中上调表达,通过Western Blot及免疫组织化学技术也验证了这一结果。3.成功构建瞬时转染的PLOD1上调表达、下调表达及相应的阴性对照细胞系,RT-qPCR及Western Blot验证构建成功。细胞增殖实验及细胞划痕实验表明上调表达的PLOD1可促进细胞的增殖与迁移,下调表达的PLOD1可抑制细胞的增殖与迁移。结论:***1在结直肠癌组织中的表达高于其癌旁组织。***1上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖和迁移功能。PLOD1有潜力作为结直肠癌筛查及诊断的生物标志物。

关键词：生物信息学 PLOD1 结直肠癌免疫组化二维液相色谱-质谱联用技术免疫印迹实验实时荧光定量PCR 增殖划痕

RPS14在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

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RPS14在结直肠癌中的表达及生物学作用的研究

作者：岳斯琦吉林大学

学位级别：硕士

目的:本研究选择生信数据库、二维液相色谱-质谱联用技术、免疫印迹技术、免疫组织化学技术作为探索结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)组织和配对的癌旁组织中核糖体蛋白小亚基14(Ribosomal Protein S14,RPS14)蛋白表达量的差异的方法,... 详细信息

目的:本研究选择生信数据库、二维液相色谱-质谱联用技术、免疫印迹技术、免疫组织化学技术作为探索结直肠癌(Colorectal cancer,CRC)组织和配对的癌旁组织中核糖体蛋白小亚基14(Ribosomal Protein S14,RPS14)蛋白表达量的差异的方法,以细胞功能实验的方式验证了RPS14表达量对结直肠癌细胞的影响,为临床上结直肠癌患者的治疗和早期诊断提供了新的方向,也为探索结直肠癌的发生发展机制奠定了基础。方法:1.在生信分析方面,通过结合TIMER数据库、STRING数据库、GEPIA2数据库、TCGA数据库、Cbioportal数据库明确RPS14在结直肠癌中的表达、诊断效果、预后、肿瘤免疫环境相关性及RPS14的共表达基因分布情况。2.利用2D-LC-MS来研究两类结直肠癌组织(癌组织和癌旁组织)并选择Western Blot实验验证。按照免疫组织化学技术的结果分析40对结直肠癌组织及其癌旁组织蜡块中RPS14的蛋白表达量的差异。3.选择SW620结直肠癌细胞系为基础确立RPS14过表达和敲低表达的细胞株,对细胞株开展细胞增殖实验、细胞迁移和侵袭实验。得到RPS14的蛋白表达量对SW620结直肠癌细胞系细胞功能产生的影响。结果:***14在结直肠癌组织中上调表达。2.2D-LC-MS发现了RPS14在结直肠癌组织中上调表达,本研究用WB及免疫组织化学技术验证了这一实验结果。3.成功确立了瞬时转染的结直肠癌过表达及敲低表达细胞系,凭借使用荧光显微镜、RT-q PCR技术及Western Blot实验对细胞进行了验证。细胞增殖实验及细胞迁移和侵袭实验体现过表达RPS14可促进细胞的增殖、迁移及侵袭,敲低表达RPS14可抑制细胞的增殖、迁移及侵袭。结论:***14在结直肠癌组织中是上调表达的。***14上调表达可促进结直肠癌细胞的增殖、迁移和侵袭功能,RPS14有潜力作为结直肠癌筛查及诊断的生物标志物。

关键词：二维液相色谱-质谱联用技术生物信息学 RPS14 免疫组化技术结直肠癌