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致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建

中国生物医学工程学报 2012年第6期31卷 882-888页

作者：许三岗庄永龙郝志勇单广良杨啸林王恒中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院北京100005

为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fis... 详细信息

为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述。致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示。该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究。

关键词：疟原虫功能注释二级数据库

基于拟比对CNN方法的人类p53癌症基因二级数据库构建及分析

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食品与生物技术学报 2019年第4期38卷 15-20页

作者：王丹丹李晨鸿徐海阳蔡蓉朱平江南大学理学院

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数... 详细信息

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立人类癌症p53核苷酸序列二级数据库,该数据库设计主要包括4个方面:癌症信息、p53序列信息、样本信息和参考文献信息。以XML格式为中间格式保存一级数据库数据,并通过解析提交到二级数据库,初步实现数据的检索、链接和统计分析等功能。本文提出一种拟比对CNN方法对p53癌症基因序列进行比对分析,通过改善传统CNN相似度评估公式,增强两序列全局比对相似度的敏感性和可靠性。结果表明,将改进的序列比对算法应用于乳腺癌和非小细胞肺癌p53外显子基因序列比对,发现外显子5突变后序列比对结果存在较大差异,可以作为区别这两种癌症的参考。此外,通过将一级数据库以XML形式转化成二级数据库,实现了网络数据与本地数据的动态交换。

关键词：二级数据库癌症 p53基因序列细胞神经网络序列比对

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神经系统相关蛋白及基因二级数据库的构建

生物医学工程学杂志 2007年第5期24卷 1023-1026页

作者：王攀陈心浩刘向明中南民族大学电子信息工程学院武汉430074

神经分子生物学的深入研究,生成了海量数据,神经系统相关蛋白及基因的数据搜集和整理势在必行。以NCBI和RCSB维护的一级数据库作为核酸序列、蛋白质序列和蛋白质结构信息来源,设计新的数据模型,建立本地二级数据库。该数据库基于Sun Bla... 详细信息

神经分子生物学的深入研究,生成了海量数据,神经系统相关蛋白及基因的数据搜集和整理势在必行。以NCBI和RCSB维护的一级数据库作为核酸序列、蛋白质序列和蛋白质结构信息来源,设计新的数据模型,建立本地二级数据库。该数据库基于Sun Blade 2000系统,以Oracle 9i作为后台软件,所有应用程序基于Java进行开发。其中,采用Web信息自动获取及XML技术,实现序列信息的搜集和数据库提交;使用JSP+JavaBean技术实现数据库网站发布。该数据库的构建为研究神经分子生物学和相关疾病的致病机理提供了一个良好的平台。

关键词：生物信息学神经系统二级数据库可扩展标记语言

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面向对象的硒蛋白生物信息二级数据库

航天医学与医学工程 2004年第1期17卷 64-68页

作者：张国庆龚辉鲁强曾绍群骆清铭华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室湖北武汉430074

目的构建硒蛋白生物信息二级数据库。方法使用面向对象的方法 ,利用Java及其相关技术 ,分析并设计二级数据库的基本表和前台应用程序。结果构建了含有两个数据库nucleotide和 protein的数据库系统 ,以及C/S模式的数据录入程序和B/S模式... 详细信息

目的构建硒蛋白生物信息二级数据库。方法使用面向对象的方法 ,利用Java及其相关技术 ,分析并设计二级数据库的基本表和前台应用程序。结果构建了含有两个数据库nucleotide和 protein的数据库系统 ,以及C/S模式的数据录入程序和B/S模式的数据访问程序。结论使用面向对象方法来设计这个系统。

关键词：基因库生物信息学硒蛋白二级数据库面向对象

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神经系统相关生物信息二级数据库的构建

神经系统相关生物信息二级数据库的构建

作者：王攀华中科技大学

学位级别：硕士

二十一世纪是生命科学的世纪,近年来生物信息学得到了前所未有的发展,成为当今生命科学领域的前沿和热点。神经分子生物学的深入研究,生成了海量的数据,神经系统相关蛋白及其基因的数据搜集及整理势在必行。为此,首先提出一种具有较高... 详细信息

二十一世纪是生命科学的世纪,近年来生物信息学得到了前所未有的发展,成为当今生命科学领域的前沿和热点。神经分子生物学的深入研究,生成了海量的数据,神经系统相关蛋白及其基因的数据搜集及整理势在必行。为此,首先提出一种具有较高自动化程度的生物信息二级数据库构建方法,其通过代理程序自动获取Internet上公共一级数据库的信息资源,实现二级数据库的数据收集和自动更新;同时,采用XML作为蛋白质和核酸序列信息数据的描述标准,将获取的Web信息以XML作为中间格式保存,通过解析提交到二级数据库并转换成为便于Web发布的HTML格式。这样既方便对语义的机器解析,又有效地保证入库信息的完整性,以便二级数据库开发人员在海量的信息源中迅速找到真正需要的数据信息,并灵活地加以应用,从而将更多的精力集中在更纯粹的生物信息处理上来。基于上述方法,对参与神经系统组成和功能活动的各种蛋白质及其基因数据进行搜集和分类整理,建立了一个形式简洁、专用性较强的神经系统相关生物信息二级数据库。该数据库包含了蛋白质及其核酸的序列信息、蛋白质的结构信息以及神经分子生物学常见的缩略短语等。整个系统的构建基于浪潮TS10000高性能集群服务器,采用Oracle 9i作为后台数据库管理系统,使用JSP、JavaBeans等技术开发各种应用程序,以Web形式进行发布。神经系统相关生物信息二级数据库的构建,为研究神经系统的生化、分子生物学特性和相关疾病的致病机理提供一个良好的研究平台。同时也为神经系统相关基因组数据可视化等进一步的生物信息学研究打下基础。

关键词：生物息学神经系统二级数据库代理程序可扩展标示语言

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疟原虫分子功能注释二级数据库的构建

疟原虫分子功能注释二级数据库的构建

作者：许三岗北京协和医学院

学位级别：硕士

目的：（1）为了更好地对疟原虫分子机制研究过程中产生的实验数据进行分子功能注释分析,构建疟原虫分子功能注释数据库PlasmoFADB。（2）开发一个数据注释结果界面友好直观,分析过程简便易行,相关数据库高度整合,平台扩展性... 详细信息

目的：（1）为了更好地对疟原虫分子机制研究过程中产生的实验数据进行分子功能注释分析,构建疟原虫分子功能注释数据库PlasmoFADB。（2）开发一个数据注释结果界面友好直观,分析过程简便易行,相关数据库高度整合,平台扩展性较强的生物信息学分析平台,为疟原虫研究相关科研工作者提供良好的高通量数据分析工具和平台。方法：（1）数据整合：PlasmoFADB数据库整合多物种多类型数据。从GenBank、 Uniprot、 PubMed中下载整合物种的基本信息,作为基础数据库,从KEGG、BioCarta、 NCI-PID数据库中下载整合物种的通路信息,从Gene Ontology下载基因本体信息,从dbSNP、DGV数据库中下载整合物种的变异信息,从Agilent、Illumina、Affymetrix官网上下载探针信息,从JASPAR、ITFP数据库中下载转录因子信息,从EPD数据库中下载启动子信息,从HPRD、MINT数据库中下载蛋白质与蛋白质相互作用信息,从nirBase、microma、EBI-MicroCosm、TargetScan数据库中下载miRNA及靶基因信息,将以上下载的原始数据经程序处理导入MySQL数据库中,以用于构建平台。（2）功能注释：在GO2Gene、Pathway2Gene方向进行注释时,调用Fisher’s精确概率检验算法程序实现对注释结果的富集分析或显著性分析。在对蛋白质相互作用结果（PPI）进行图形化描述时,调用Graphviz工具。（3）平台实现：以Windows XP SP3为服务器,MySQL为底层数据库,根据解析后的数据进行数据表设计,采用Navicat for MySQL对数据库进行可视化管理。以Apache为网络服务器,使用MyEclipse等软件,基于J2EE技术和MVC的三层体系架构,以Java、JSP、HTML、XML、JavaScript、Ajax、Jquery Hibernate等语言或技术进行编程开发疟原虫分子功能注释平台及相关插件。结果：（1）PlasmoFADB数据库设置多入口的分子注释类型,包括ProbeID、GenelD、 SwissProtID等。（2）使GO以GOTree的注释形式展示,并对GO注释结果进行富集分析,用户可从中选出富集效果较好的数据进行下一步研究,支持注释结果的自由下载。（3）图形化显示蛋白质与蛋白质相互作用结果,使其注释信息更加直观明了。（4）注释分子在Pathway通路图上的快速定位及图形化显示,并对注释分子所影响的Pathway通路进行显著性分析,根据注释结果判断注释分子对通路的影响作用。（5）PlasmoFADB数据库可对整合的部分物种进行启动子、转录因子、靶基因及变异信息注释。结论：（1）通过整合多种疟原虫虫株及模式生物的注释信息,构建一个可对疟原虫高通量生物实验数据提供快速有效注释的二级数据库PlasmoFADB。（2）为表达谱芯片数据分析提供了一个快速高效的注释平台,为深入挖掘和理解模式生物和疟原虫分子机制研究中高通量数据生物学意义提供了有力的分析工具。（3）本平台对疟原虫研究和模式生物表达谱数据分析有很大实用价值,可有效促进疟原虫基因功能、表达调控、通路等分子机制以及模式生物基因功能研究,也可以对疟原虫表达谱芯片探针的设计起到一定的参考作用。

关键词：疟原虫功能注释二级数据库基因本体通路蛋白质与蛋白质相互作用

基于Web信息自动获取构建生物信息二级数据库

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高技术通讯 2004年第5期14卷 28-31页

作者：王攀鲁强曾绍群赵元弟骆清铭华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室武汉 430074

提出并实现了一种具有较高自动化程度的生物信息二级数据库构建方法。其中，通过代理程序自动获取Web信息，实现数据库的数据收集和自动更新；采用XML描述核酸和蛋白质数据，方便对语义的机器解析。

关键词： Web 生物信息学二级数据库代理程序 XML 数据收集

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Web环境下生物信息二级数据库的构建

计算机与数字工程 2006年第8期34卷 1-4页

作者：缪军陆枫华中科技大学计算机科学与技术学院武汉430074

提出一种生物信息二级数据库的构建模式:B/S模式下,首先依据约束规则对各类异质数据进行有效收集,然后对收集的数据尤其是半结构化数据进行解读,进而利用关系数据库管理系统对数据进行存储、管理和维护,通过JSP与JDBC技术提供对数据库... 详细信息

提出一种生物信息二级数据库的构建模式:B/S模式下,首先依据约束规则对各类异质数据进行有效收集,然后对收集的数据尤其是半结构化数据进行解读,进而利用关系数据库管理系统对数据进行存储、管理和维护,通过JSP与JDBC技术提供对数据库的公共访问。据此构建了硒蛋白相关生物信息二级数据库,提供经过加工、分类和整理的硒蛋白相关生物信息。验证了本构建模式的有效性,为探索生物信息二级数据库的构建积累了经验。

关键词：生物信息学二级数据库硒蛋白 Web访问

数据库建设:教材研究的一项基础工程——以教育部重点课题“国外中小学教材有关中国内容的研究”为例

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课程．教材．教法 2013年第4期33卷 14-19页

作者：韦志榕任长松丁朝蓬人民教育出版社北京100081

古今中外的教材卷帙浩繁,进行教材研究是一项浩大的工程,将教材碎片化并加以编码而形成的数据库为教材研究增加了可检索性、客观性和可积累性。数据库建设的确艰苦繁重,但以数据库为依据开展教材研究,可以提高教材研究的科学性水平。数... 详细信息

古今中外的教材卷帙浩繁,进行教材研究是一项浩大的工程,将教材碎片化并加以编码而形成的数据库为教材研究增加了可检索性、客观性和可积累性。数据库建设的确艰苦繁重,但以数据库为依据开展教材研究,可以提高教材研究的科学性水平。数据的来源、数据的切分与编码、基础数据库的建设以及二级数据库中主题的建构均是教材数据库建设中的关键问题。

关键词：教材研究教材数据基础数据库二级数据库