检索结果-南通市图书馆

作者：苗思宇辽宁师范大学

学位级别：硕士

水在生命体中扮演着极其重要的角色,水分子间存在大量的二体、三体等多体相互作用。通过研究这些多体作用,能够帮助我们进一步发展高精度分子模拟方法。已有研究表明,水团簇中的二体作用能占总作用能比例最大,三体、四体及更高阶相互作... 详细信息

水在生命体中扮演着极其重要的角色,水分子间存在大量的二体、三体等多体相互作用。通过研究这些多体作用,能够帮助我们进一步发展高精度分子模拟方法。已有研究表明,水团簇中的二体作用能占总作用能比例最大,三体、四体及更高阶相互作用贡献较小,因此,二体作用能的准确预测非常重要。研究表明,使用CCSD(T)/CBS方法可以得到非常准确的二体作用能,但对于大的水团簇,其存在的二体作用数量庞大,使用CCSD(T)方法计算所有二体作用仍很耗时。所以找到一种快速准确预测大水团簇二体作用能的方法十分必要。本文使用包含基组重叠误差(BSSE)校正的MP2/aDZ、MP2/aTZ方法以及MP2/CBS、MP2.5/CBS方法计算了水团簇(HO)(n=2-7,10,12,14,16,18,20)中的二体作用强度,还采用CCSD(T)/CBS方法计算了水团簇(HO)(n=2-7)中的二体作用强度。探讨了水团簇二体作用强度与分子间距(用两氧原子距离R表示)的关系,提出了一种能够快速准确预测水团簇二体作用强度的组合方法。本文对较小水团簇(HO)(n=2-7)的计算结果表明,MP2.5/CBS方法计算得到的水团簇的总二体作用能可以媲美CCSD(T)/CBS方法的结果,所以本文选取MP2.5/CBS方法的计算结果为基准。本文研究发现,与MP2.5/CBS方法计算得到的二体作用能结果相比,对于水团簇中远程(R>0.41 nm)二体作用,MP2/aDZ、MP2/aTZ、MP2/CBS三种方法均能给出很准确的结果。但是对于水团簇中近程(R≤0.41 nm)二体作用,MP2/CBS方法的准确性要明显优于MP2/aDZ和MP2/aTZ方法。本文计算结果还表明,对本文研究的所有32个水团簇体系,使用MP2/aDZ方法计算水团簇中R>0.41 nm的二体作用、使用MP2/CBS方法计算水团簇中R≤0.41 nm的二体作用,这样得到的总二体作用能结果与MP2.5/CBS方法的总二体作用能的相对平均偏差仅为1.1%,最大相对偏差仅为1.5%,说明可以使用组合方法来较快速地计算得到水团簇的总二体作用能:即对近程二体作用使用较费时的MP2/CBS方法计算,对远程二体作用使用较省时的MP2/aDZ方法计算。本文研究还发现,以上组合方法计算得到的总二体作用能,加上MP2/aDZ方法计算得到的总三体作用能,结果得到的近似总作用能与MP2.5/CBS方法总作用能相比较,均方根偏差仅为1.43 kJ/mol,相对平均偏差仅为0.6%。

关键词：水团簇二体作用分子间距组合方法

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可分解为二体作用的三体高考问题

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数理化学习（高中版） 2005年第8期 28-32页

作者：万洪禄山东省东营市仙河镇第三高级中学 257237

高考中常有一类这样的题型：题目涉及到三个物体，而整个物理过程又要以分解为多个只有两个两个的物体分别发生作用的过程．为了阐述的方便，本文把具有以上特点的问题叫做“二体作用的三体问题”．该类问题是历年高考的热点．

关键词：二体作用三体问题高考物理力学试题解析

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水团簇(H_2O)_n中多体作用强度与水分子间距的关系

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物理化学学报 2015年第12期31卷 2285-2293页

作者：杨微李晓蕾王长生辽宁师范大学化学化工学院辽宁大连116029

使用高精度从头算方法(含基组重叠误差校正)计算了水团簇(H_2O)_n(n=8,10,16,20,22,24)中的所有二体、三体和四体作用能,分析了水团簇中的多体效应.研究表明,二体作用对体系总作用能的贡献高达70%以上,三体作用对总作用能的贡献可高达2... 详细信息

使用高精度从头算方法(含基组重叠误差校正)计算了水团簇(H_2O)_n(n=8,10,16,20,22,24)中的所有二体、三体和四体作用能,分析了水团簇中的多体效应.研究表明,二体作用对体系总作用能的贡献高达70%以上,三体作用对总作用能的贡献可高达25%,四体作用在总作用能中所占比例不超过3%,五体及以上多体作用能在总作用能中所占比例更小,不超过0.5%.本文研究还表明,两个水分子间距小于0.68 nm的二体作用、三个和四个水分子中最近的两个水分子间距小于0.31 nm的三体和四体作用对体系总作用能的贡献高达99.4%.因此,以生物体系为对象的分子模拟方法应该具备准确地模拟两个水分子间距小于0.68 nm的二体作用、三个和四个水分子中最近的两个分子间距小于0.31 nm的三体和四体作用的能力.

关键词：水团簇二体作用三体作用四体作用

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氨基酸侧链与水的多体作用

氨基酸侧链与水的多体作用

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作者：路天林辽宁师范大学

学位级别：硕士

蛋白质是生命体内最重要的物质之一,在众多生化反应中起着至关重要的作用。氨基酸是蛋白质的基本单位,水环境是生化反应得以进行的必要条件。因此,探究氨基酸与水分子间的相互作用有助于从分子层面上解释水分子参与蛋白质折叠的机理。... 详细信息

蛋白质是生命体内最重要的物质之一,在众多生化反应中起着至关重要的作用。氨基酸是蛋白质的基本单位,水环境是生化反应得以进行的必要条件。因此,探究氨基酸与水分子间的相互作用有助于从分子层面上解释水分子参与蛋白质折叠的机理。本文使用MP2/6-311++G(d,p)方法优化得到了6种极性不带电氨基酸侧链、5种带电氨基酸侧链分别与2-5个水分子形成的44个稳定氢键复合物,并使用包含基组重叠误差的不同计算方法计算了这些复合物的多体作用能。主要内容如下:1.本文以使用MP2/aug-cc-p VTZ方法计算的总二体作用能为基准,对由极性不带电氨基酸与水分子形成的氢键复合物,使用MP2/6-311++G(d,p)方法和MP2/aug-cc-p VDZ方法计算结果的均方根偏差分别为3.54 kcal/mol和2.63 kcal/mol;对由带电氨基酸与水分子形成的氢键复合物,使用MP2/6-311++G(d,p)方法和MP2/aug-cc-p VDZ方法计算结果的均方根偏差分别为3.27 kcal/mol和2.59 kcal/mol。计算结果还表明,使用3种方法计算的总三体作用能相差不大。因此,在计算氨基酸与水分子形成的氢键复合物的二体作用能至少要用aug-cc-p VTZ基组。2.对极性不带电氨基酸与水分子形成的氢键复合物,二体作用可贡献总相互作用能的70%-90%,三体作用对总相互作用能的贡献约为10%-30%,四体及以上高阶作用对总相互作用能的贡献小于4%。3.对带电氨基酸与水分子形成的氢键复合物,二体作用对总相互作用能的贡献在90%以上,三体作用对总相互作用能的贡献小于11%,四体及以上高阶作用为负贡献,约占总相互作用能的1%。4.以MP2/aug-cc-p VTZ方法为基准评价了3种密度泛函理论方法,计算结果表明ωB97XD方法的精确度最好。5.对极性不带电氨基酸与水分子形成的氢键复合物,随着水分子数目的增加,总三体作用能在总相互作用能中所占的比重变大。这是由于随着水分子数目的增加,水的三体作用增强,导致总三体作用能升高。因此在模拟氨基酸与水的相互作用时,水的三体作用不容忽视。

关键词：氨基酸水氢键复合物二体作用三体作用

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水团簇中多体作用强度与分子间距的关系

水团簇中多体作用强度与分子间距的关系

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作者：杨微辽宁师范大学

学位级别：硕士

生物分子体系中通常含有大量水分子,因而存在大量的多体作用.深刻理解水分子间多体作用对发展高精度分子模拟方法有重要价值.本文使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-pVTZ方法计算得到了水团簇(H2O)n=3-8,10,16,20,22,24的总作用能和二体、... 详细信息

生物分子体系中通常含有大量水分子,因而存在大量的多体作用.深刻理解水分子间多体作用对发展高精度分子模拟方法有重要价值.本文使用包含BSSE校正的MP2/aug-cc-pVTZ方法计算得到了水团簇(H2O)n=3-8,10,16,20,22,24的总作用能和二体、三体、四体作用能,分析了多体作用强度与水分子间距的关系.结果表明,在本文研究的全部水团簇中,二体作用能占体系总作用能的比重达70%以上,三体作用能占总作用能的比重可达25%,四体作用能占总作用能的比重不会超过3%,但对于大体系的水团簇来说,其四体作用能可以高达-28.80 kJ·mol-1,五体和以上多体作用能占总作用能中的比重更小,不多于0.5%.本文还发现,多体作用强度与水分子间距密切相关,当两个水分子间距大于0.68nm时,对应的二体作用很弱;三个水分子中最近的两个分子间距大于0.31 nm时,对应三体作用能很小;四个水分子中最近的两个水分子之间距离大于0.31nm时,对应四体作用能很小.只计算两个水分子间距离小于0.68nm的二体作用、三个水分子和四个水分子中最近的两个水分子之间距离小于0.31nm的三体和四体作用就能够预测体系总作用能的99.4%.因此,以生物体系为对象的分子模拟方法应该具备准确地模拟两个水分子间距小于0.68nm的二体作用、三个和四个水分子中最近的两个分子间距小于0.31nm的三体和四体作用的能力.

关键词：水团簇二体作用三体作用四体作用

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