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序列标注模型中的字粒度特征提取方案研究——以CCKS2017:Task2临床病历命名实体识别任务为例

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图书情报工作 2018年第11期62卷 103-111页

作者：孙安于英香罗永刚王祺上海大学图书情报档案系上海200444 河南科技大学图书馆洛阳471023 上海健康医学院医疗器械学院上海201318 华东理工大学计算机科学与技术系上海200237

[目的／意义]针对中文语言表达特点，提出一种含分词标签的字粒度词语特征提取方法，有效提升了中文临床病历命名实体识别任务的F1值，同时该方法可以为其他中文序列标注模型所借鉴。[方法／过程]选取汉语词语的词性标注、关键词权值、... 详细信息

[目的／意义]针对中文语言表达特点，提出一种含分词标签的字粒度词语特征提取方法，有效提升了中文临床病历命名实体识别任务的F1值，同时该方法可以为其他中文序列标注模型所借鉴。[方法／过程]选取汉语词语的词性标注、关键词权值、依存句法分析三个特征，构筑字粒度序列标注模型的临床病历训练文本，语料来源CCKs2017：Task2。在不同特征组合方式下，采用条件随机场算法验证两种字粒度词语特征提取方案Method1与Method2。[结果／结论]在四种不同词语特征组合下，Method2相对于Method1在临床病历命名实体识别任务中性能均有所提升，四折交叉测试中F1值平均提升了0．23％。实验表明在中文分词技术日趋成熟的环境下，Method2相对Method1能够获得更好的词语特征表示，对中文字粒度序列标注模型的处理性能具有提升作用。

关键词：命名实体识别字粒度特征提取序列标注模型条件随机场临床病历

基于深度学习的中医临床病历事件抽取方法研究

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基于深度学习的中医临床病历事件抽取方法研究

作者：王乐北京交通大学

学位级别：硕士

临床病历文本中所包含的信息资源极其丰富,却因其规范化程度有限而导致信息无法被有效地提取和利用。病人以往的病情、诊断和治疗记录,对辅助医生做出更好的医学决策具有重要意义。本文的研究任务是对中医临床病历文本进行事件抽取,以... 详细信息

临床病历文本中所包含的信息资源极其丰富,却因其规范化程度有限而导致信息无法被有效地提取和利用。病人以往的病情、诊断和治疗记录,对辅助医生做出更好的医学决策具有重要意义。本文的研究任务是对中医临床病历文本进行事件抽取,以事件为单元对病人的病情发展进行呈现,同时抽取出每个事件的发生时间。事件抽取技术是从非结构化信息中抽取出用户感兴趣的事件,并以结构化表达方式呈现给用户。经过研究发现,不管是在研究任务上还是研究范围上,当前主流的事件抽取方法并不适用于本文的研究工作。针对以上问题,本文基于深度学习的序列标注方法,对中医临床病历的事件抽取任务进行了研究,主要完成了两个工作。首先设计了一套基于序列标注的中医临床病历事件抽取标签结构,可同时抽取出事件和事件的时间;然后针对本文特殊的研究任务,设计了一套多元的事件抽取评测体系。本文主要工作如下:(1)数据集的构建。因为研究任务的特殊性,本文并未采用传统事件抽取应用的公开数据集,而是以湖北省五家中医院的新型冠状病毒肺炎的诊断病历文本作为数据集,对此数据集进行了规则匹配算法及人工审核的处理,以提高数据集的规范性。(2)标签体系和评测体系的设计。本文进行了独特的标签体系设计,采用EVENT和TIME双属性标签嵌套标注,取得了良好的应用效果。同时,针对本文的临床病历事件抽取任务,设计了严苛和松弛两套评价标准。其中,松弛的评价标准中又根据松弛程度递增构建了6个不同的评价标准。(3)基于深度学习的事件抽取方法研究及应用示例。本文采用了BiLSTM+CRF的深度学习方法,结合本文设计的标签体系方法,对中医临床病历文本进行了事件和时间的抽取,取得了良好的效果。然后对事件抽取的结果与实体抽取的结果进行了结合应用,基于两者位置进行了匹配,从而获得了实体的时间属性,对纵向的临床研究提供了数据支持。

关键词：临床病历事件抽取 BiLSTM CRF 序列标注

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中医临床病历表型概念谱抽取方法研究

中医临床病历表型概念谱抽取方法研究

作者：郑琪光北京交通大学

学位级别：硕士

临床病历是在医疗活动中产生的文本信息,是对患者疾病的发生、发展、检查、诊断、治疗等医疗活动的记录,通常由医务人员撰写。临床病历中蕴含着丰富的信息,对这些信息的挖掘为各类临床研究提供了重要的资料。表型谱是病历中提及的患者... 详细信息

临床病历是在医疗活动中产生的文本信息,是对患者疾病的发生、发展、检查、诊断、治疗等医疗活动的记录,通常由医务人员撰写。临床病历中蕴含着丰富的信息,对这些信息的挖掘为各类临床研究提供了重要的资料。表型谱是病历中提及的患者的表现特征。对临床病历表型谱信息的抽取通常使用命名实体识别方法,但由于表型概念边界模糊、表型谱实体提及不规范的原因,表型谱抽取的结果难以直接应用于各类下游任务。表型概念谱是概念化的表型谱,对临床病历的表型概念谱的抽取将从病历文本中直接识别对应于预定义的概念集的表型谱。本文进行了中医临床病历文本表型概念谱的抽取方法研究。首先研发了对病历文本表型谱进行高效标注的“人机协同表型谱标注系统”,之后提出了一种可用于标注系统样本推荐的基于主动学习的命名实体识别方法,最后提出了两种表型概念谱的自动抽取方法。具体研究工作由以下三部分构成:(1)人机协同表型谱标注系统研发了用于对临床病历文本进行快速结构化处理的“人机协同表型谱标注系统”。标注系统采用人工标注与自动化标注协同的方法,优先推荐标注价值更高的样本进行人工标注并对易于识别的实体进行自动标注,从而降低冗余的人工标注工作量。本文提出了人机协同表型谱标注系统的设计与部分研发工作。(2)基于不确定度的主动学习命名实体识别方法提出了可用于人机协同表型谱标注系统的基于主动学习的命名实体识别方法,并提出了一种改进的基于不确定度的查询策略。本文通过实验测试了实体识别性能以及样本推荐策略的性能,并对几种已有的查询策略进行性能对比实验。实验表明,使用基于不确定度的主动学习命名实体识别模型只需要大概35%的标注数据量,即可达到最佳性能的99%。而随机策略在使用同样数量的标注数据时,只能达到88%。(3)表型概念谱抽取方法针对临床病历的表型概念谱抽取提出了两种方法。1)基于实体识别+概念映射的表型概念谱抽取方法。使用实体识别+概念映射的流水线方法。首先使用基于BERT+CRF的命名实体识别模型对病历文本进行表型谱抽取,然后基于人工标注的规则,将表型谱映射到预先定义好的概念集中。对表型谱抽取模型性能进行了验证,在CCKS2019中文电子病历医疗实体识别标准数据集上的Mi F值达到0.8309。2)基于文本分类的表型概念谱抽取方法。将表型概念谱抽取视作多标签文本分类问题,构建了融合文档密集语义表示的Doc2Vec向量与稀疏特征表示的TFIDF向量的复合文档级特征D2V-TFIDF。基于病历样本的D2V-TFIDF特征进行基于SVM的One Vs Rest多标签分类。实验表明,基于D2V-TFIDF特征的多标签文本分类方法在中文临床病历文本上的Mi F值达到0.63,高于单独使用D2V特征(0.18)与TFIDF特征(0.61)的分类性能。

关键词：临床病历表型谱概念抽取人机协同主动学习

基于临床病历数据化的名老中医经验传承方法学研究

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中国中医药图书情报杂志 2014年第4期38卷 4-9页

作者：周霞继王映辉刘保延张润顺周雪忠薛燕星中国中医科学院广安门医院北京100053 中国中医科学院北京100070 北京交通大学计算机学院北京100044

目的以中医临床诊疗信息采集系统为技术平台,获取名老中医临床诊疗数据,以数据挖掘分析平台为工具,构建名老中医经验传承研究的方法学。方法在不干扰名老中医诊疗实践的前提下,利用结构化名老中医临床诊疗信息采集系统,全面、动态地采... 详细信息

目的以中医临床诊疗信息采集系统为技术平台,获取名老中医临床诊疗数据,以数据挖掘分析平台为工具,构建名老中医经验传承研究的方法学。方法在不干扰名老中医诊疗实践的前提下,利用结构化名老中医临床诊疗信息采集系统,全面、动态地采集临床信息。在保留原始文本病历信息的前提下,使名老中医临床诊疗数据直接转化为可分析的结构化数据,再利用名老中医临床经验分析挖掘平台,人机结合,以人为主,总结名老中医经验。对名老中医经验进行临床验证,明确分析挖掘方法的可靠性及名老中医经验的有效性、稳定性。结果利用结构化临床诊疗信息采集系统,采集51位名老中医、42 209例患者的临床诊疗数据,建立结构化名老中医病例数据仓库。研发了5种适用于名老中医经验的数据分析挖掘方法,用于名老中医辨证经验、用药经验等综合分析。形成了26位名老中医专家经验总结报告。结论确定了名老中医经验传承研究的方法,即利用结构化临床诊疗信息采集系统对临床病历数据化,利用数据挖掘分析平台进行分析挖掘,形成知识库,在临床上进行应用验证,将证明有效的经验形成治疗方案及治疗理论来指导临床,并进一步在临床上推广应用。

关键词：名老中医临床病历数据化经验传承方法学

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谈中医临床病历分析方法

神经药理学报 1986年第4期 48-49页

作者：王玉明张家口医学院中医诊断教研室

中医临床病历,是中医临床医生在诊断疾病工作中的一份全面记录和总结。它不仅要求具有熟练的写作技巧,更重要的是要有正确的病理分析,如此才能反映出正确的诊断与治疗。所以分析临床病历乃是一个重要问题,也是反映一个临床医生的技术水... 详细信息

中医临床病历,是中医临床医生在诊断疾病工作中的一份全面记录和总结。它不仅要求具有熟练的写作技巧,更重要的是要有正确的病理分析,如此才能反映出正确的诊断与治疗。所以分析临床病历乃是一个重要问题,也是反映一个临床医生的技术水平所在。但是,一个完整的中医临床病历,由于是根据中医的“四诊合参”的原则组成的,是把望、闻、问、切等四个方面的临床资料综合起来作为依据,在其内容方面往往是错综复杂的,所以,在进行具体分析时,往往会遇到一定的实际困难,对初接触临床实践的实习医师要注意下列各点:

关键词：病历分析临床病历证候中医临床辨证诊断

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胎盘植入临床病历及文献分析

中国全科医学 2004年第14期7卷 1046-1047页

作者：薛晴杨慧霞北京大学第一医院妇产科 100034

目的　探讨胎盘植入的高危因素和处理方法。方法　回顾性分析我院 1993～ 2 0 0 2年间 10例胎盘植入病例的特点和处理方法 ,并结合文献加以分析。结果　 184 5 6例分娩产妇中 ,胎盘植入 10例 ,发生率为 0 0 5 %。同时合并中央性前置胎... 详细信息

目的　探讨胎盘植入的高危因素和处理方法。方法　回顾性分析我院 1993～ 2 0 0 2年间 10例胎盘植入病例的特点和处理方法 ,并结合文献加以分析。结果　 184 5 6例分娩产妇中 ,胎盘植入 10例 ,发生率为 0 0 5 %。同时合并中央性前置胎盘者 5例。 10例中 3例行子宫次全切除术 ,1例行全子宫切除术。结论　对具有高危因素的孕妇产前综合应用彩超、MRI及血清AFP测定等方法有可能于分娩前诊断胎盘植入。对于术前已明确诊断为大面积、穿透性胎盘植入 ,且无生育要求者。

关键词：胎盘植入临床病历文献分析产后出血前置胎盘

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临床病历对司法活动的重要性