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宫颈癌预后基因的筛选与临床意义评价

宫颈癌预后基因的筛选与临床意义评价

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作者：丁伊琳中国医科大学

学位级别：硕士

目的:利用公共基因芯片数据库通过生物信息学分析,联合筛选宫颈癌的预后基因,建立风险评估模型并验证预后效果。评价预后基因与宫颈癌分期、淋巴结转移、病理类型的关系及临床意义。为宫颈癌临床预后提供循证学依据。方法:首先对癌症基... 详细信息

目的:利用公共基因芯片数据库通过生物信息学分析,联合筛选宫颈癌的预后基因,建立风险评估模型并验证预后效果。评价预后基因与宫颈癌分期、淋巴结转移、病理类型的关系及临床意义。为宫颈癌临床预后提供循证学依据。方法:首先对癌症基因组图谱(TCGA)宫颈癌数据库以及宫颈癌公共基因芯片数据库(GEO)GSE9750的差异表达基因(DEGs)进行筛选,联合R语言、在线工具venny2.1.0筛选共表达差异基因;其次,基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络图,分析并识别中枢基因,运用Metascape对共表达差异基因进行通路富集和生物过程注释;之后对共表达DEGs进行单因素及多因素COX比例风险回归和Lasso回归分析,筛选出与宫颈癌预后有关的基因并建立风险评估模型,通过Kaplan-Meier分析生存曲线、受试者-操作者(ROC)特征曲线、列线图来评估模型的预后效果;使用UALCAN数据挖掘分析网站,对筛选基因进行宫颈癌临床分期、淋巴结转移、病理类型关系的临床意义评价;根据基因表达值中位数对宫颈癌患者分组并分别做差异分析筛选差异基因,利用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析进行了更详细基因功能分析来研究所筛基因与宫颈癌预后的相关机制;最后利用CIBERSORT和TIMER评估相关预后基因与肿瘤浸润性免疫细胞之间的相关性。结果:1、从TCGA数据库和GEO的GSE9750宫颈癌微阵列数据集,筛选宫颈癌共表达DEGs 458个(333个共表达上调基因和125个共表达下调基因)。对共表达DEGs进行生物过程注释,发现这些基因主要参与细胞周期相关的生物过程。2、其次对共表达DEGs进行COX单因素风险回归分析,筛选出25个基因与宫颈癌生存预后显著相关(P意义(P临床意义。2、APOC1、SPP1的表达与宫颈癌临床分期、组织病理类型以及是否有淋巴结转移有关。3、APOC1能够影响宫颈癌的免疫浸润,可能是未来宫颈癌免疫治疗的潜在预测因子。

关键词：宫颈癌预后标志物生物信息学生存分析临床意义评价

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