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利用InDel标记解析中国花生地方品种的遗传多样性与群体结构

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中国油料作物学报 2020年第5期42卷 743-752页

作者：刘宇李春娟石大川闫彩霞赵小波孔青孙全喜苑翠玲王娟单世华山东省花生研究所山东青岛266100 中国海洋大学食品科学与工程学院山东青岛266000 青岛市农业科学院山东青岛266100

为揭示InDel标记对我国地方花生品种遗传多样性和遗传结构的解析能力,本研究利用13个多态性InDel标记检测4个典型生物学类型的90份中国花生地方品种材料。共扩增出42的等位基因,平均3个;Nei’s多样性指数变幅为0.011~0.705,平均0.443;Sh... 详细信息

为揭示InDel标记对我国地方花生品种遗传多样性和遗传结构的解析能力,本研究利用13个多态性InDel标记检测4个典型生物学类型的90份中国花生地方品种材料。共扩增出42的等位基因,平均3个;Nei’s多样性指数变幅为0.011~0.705,平均0.443;Shannon’s信息指数变幅为0.034~1.497,平均0.758。龙生型、普通型、珍珠豆型与多粒型花生的Nei’s遗传多样性指数分别为0.3198、0.4407、0.4435和0.4372,结果表明龙生型的遗传多样性明显小于其它生物学类型。种质间的遗传相似系数范围为0.077~1.000,平均为0.636;且普通型与龙生型花生之间遗传相似系数最高,为0.636。群体分析结果表明密枝亚种与疏枝亚种、不同植物学类型之间遗传分化较小,且普通型与珍珠豆型遗传结构相似,龙生型与多粒型花生遗传结构不同。利用非加权平均法(UMPGA)聚类分析将90份花生材料划分为两类(G1、G2),其中G1包括全部的龙生型、61.90%的普通型以及20.00%的珍珠豆型。本研究结果表明InDel标记能够有效地揭示栽培种花生的遗传变异,可为花生杂交亲本的选择以及优异基因的挖掘提供重要参考。

关键词： InDel标记花生中国地方品种遗传多样性

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24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

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Acta Genetica Sinica 2002年第9期29卷 774-781,T002页

作者：任军黄路生艾华水 Gary Evens 高军陈克飞丁能水邓素华江西农业大学江西省动物生物技术重点实验室南昌330045 DepartmentofPathology UniversityofCambridge

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高... 详细信息

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高的多态检测效率 (Ai) ,平均每个引物组合检测到 17.3个多态标记 ,非常适合于猪种(群 )遗传多样性分析和品种鉴定 ;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显 ,两类猪群间的亲缘关系较远 ;南昌白猪与大白猪、铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系 ,分别与其育成历史、地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种 (群 )的聚类分析结果与其形态学。

关键词：中国地方品种国外引进品种猪种 AFLP多态性群体遗传关系

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《中国生物多样性国别研究报告》中家畜禽品种英汉对照名称

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畜牧兽医学报 1997年第4期 90-97+69页

作者：陈幼春储明星中国农业科学院畜牧研究所

《中国生物多样性国别研究报告》中家畜禽品种英汉对照名称陈幼春储明星（中国农业科学院畜牧研究所，北京１０００９４）《中国生物多样性国别研究报告》自１９９３年６月开始拟稿，历时三年，于１９９６年６月２６～２８日在中国林业... 详细信息

《中国生物多样性国别研究报告》中家畜禽品种英汉对照名称陈幼春储明星（中国农业科学院畜牧研究所，北京１０００９４）《中国生物多样性国别研究报告》自１９９３年６月开始拟稿，历时三年，于１９９６年６月２６～２８日在中国林业科学院完成终审，此报告是根据李鹏总...

关键词：生物多样性中国地方品种

应用微卫星标记分析部分中国地方山羊群体的遗传多样性

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应用微卫星标记分析部分中国地方山羊群体的遗传多样性

作者：杜小勇华中农业大学

学位级别：硕士

家山羊是中国重要的畜种。近年来由于商业品种的引入导致地方品种山羊数量的锐减,甚至有些品种处于濒危状态。我国地方山羊品种的遗传多样性研究势在必行。本研究利用微卫星标记对中国10个地方山羊品种(河西绒山羊、中卫山羊、陕南白山... 详细信息

家山羊是中国重要的畜种。近年来由于商业品种的引入导致地方品种山羊数量的锐减,甚至有些品种处于濒危状态。我国地方山羊品种的遗传多样性研究势在必行。本研究利用微卫星标记对中国10个地方山羊品种(河西绒山羊、中卫山羊、陕南白山羊、黄槐山羊、伏牛白山羊、沂蒙黑山羊、鲁北白山羊、太行山羊、吕梁黑山羊、济宁青山羊)及1个引进品种波尔山羊共计530个个体的遗传多样性进行了分析研究。结果如下: 1.采用SRCRSP5、MAF209、TGLA53、ETH10、OarAE54、CSRD247、SRCRSP15、SRCRSP3、MAF065、SRCRSP8、SPS113、INRABERN172、OarFCB20、McM527、ILSTS087和DRBP1共计16个微卫星座位对11个山羊品种进行了遗传多样性分析,共检测到181个等位基因,平均每个位点检测到11.31个等位基因;品种特有等位基因总计28个。表明这16个FAO—ISAG推荐的微卫星座位能用于我国地方山羊遗传多样性的检测,也表明了我国山羊品种遗传多样性丰富。 2.计算了16个微卫星座位在11个山羊品种的等位基因频率,并以其为基础获得了各群体的平均杂合度、平均多态信息含量和平均有效等位基因数和群体内近交系数,分别为0.605、0.630、3.348和0.126,表明群体内的遗传变异丰富,也表明我国地方山羊品种的遗传多样性比引进品种波尔山羊高。 3群体间基因流分析结果表明太行山羊和河西绒山羊之间有较大的基因流(17.866),太行山羊和黄淮山羊间的基因流次之(16.76),而其它的群体之间的基因流基本在一个较高水平(均值和标准偏差为8.46±4.81):分子方差分析也显示95.79%的遗传变异来源于群体内个体间,只有4.11%的遗传变异来源于不同群体间的分化。上述结果表明这10个地方山羊群体间变异小。 4.本研究的16个微卫星座位在11个山羊群体中总体上极显著偏离哈代-温伯格平衡,总体上处于杂合子缺失状态(P＜0.01);从群体看,16个座位总体上在每个山羊群体都偏离哈代-温伯格平衡。从座位看,11个山羊总体上在CSRD247、ETH10、OARAE54、SRCRSP5、INRABERN172和MCM527座位处于HW平衡(P＞0.05),MAF209、SRCRSP15、ILSTS087和MAF65座位显著的偏离HW平衡(0.05＜P＜0.01),SRCRSP3 TGLA53 DRBP1、OARFCB20、SPS113和SRCRSP8座位极显著的偏离哈代-温伯格平衡(P＜0.01)。连锁平衡检验结果表明在1320对座位配对/群体中,有638对显著或者极显著(P＜0.05或P＜0.01)偏离连锁平衡,但没有任何座位配对出现持续的连锁平衡偏离。 5.采用了基于遗传距离的聚类分析、主成分分析和基于贝叶斯模型的聚类分析三种方法研究了10个地方山羊群体间的遗传关系。计算了每两群体间的Nei氏标准遗传距离(D)和,用非加权组对算术平均法(UPGMA)和邻近结合法(NJ)构建了4个11个中外山羊群体的系统进化树图(D/NJ、D/NJ、D/UPGMA和D/UPGM图)并得到较高的Bootstrap检验聚类值,4种聚类图大同小异。主成分分析结果得到10个成分,第一主成分和第二主成分分别占45.35%和17.35%,散点图表明引进品种与10个中国地方品种明显分开,10个地方山羊品种遗传分化较低,按主成分分两类,并可细分为4类。基于贝叶斯模型的群体结构分别分析11个山羊群体中的群体和个体的的遗传结构,K=2时,聚类图中波尔山羊很明显的与10个中国地方山羊群体区分开。k=3时,可根据聚类图中的不同颜色填充区域范围将10个中国地方山羊群体划分为两类。K=4,k=5时,群体或者个体Q值普遍变小,难以聚类。基于遗传距离的聚类分析中的Ds/NJ系统进化树图、主成分分析的前两个主成份分析和基于贝叶斯模型聚类分析中的按K=3时个体Q值所得的遗传结构分析这三个结果一致表明,陕南白山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊、黄淮山羊聚为一类,沂蒙黑山羊、太行山羊、伏牛白山羊、河西绒山羊、吕梁黑山羊、中卫山羊聚为一类,波尔山羊单独聚为一类。

关键词：山羊中国地方品种微卫星DNA 遗传多样性聚类分析