检索结果-南通市图书馆

基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

西北农林科技大学学报（自然科学版） 2020年第7期48卷 9-16页

作者：孟金柱李鹏飞许勤智赵园园铜仁学院贵州铜仁554300 山西农业大学生命科学学院山西太谷030801

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞... 详细信息

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。

关键词：山羊卵泡发育下调基因高通量测序卵泡闭锁 RNA-seq技术

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

牛卵泡发育相关下调基因的筛选

中国兽医学报 2020年第9期40卷 1825-1831页

作者：赵园园赵成刚安清明武渊勋孟金柱铜仁学院贵州铜仁554300 山西普源泰奶牛养殖有限公司山西晋中030800

为寻找牛卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因。选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡(8~10 mm)与第二... 详细信息

为寻找牛卵泡颗粒细胞(GCs)凋亡的关键调控因子,阐明单胎动物卵泡闭锁调控机理,本研究对奶牛优势卵泡与从属卵泡GCs深度测序,筛选卵泡发育相关的下调基因。选取健康荷斯坦奶牛,屠宰后,分别采集卵巢上正常发育的最大卵泡(8~10 mm)与第二大卵泡(5~8mm),并结合雌激素/孕激素确定卵泡优势与否,优势卵泡(DF):E2/P>1;从属卵泡(SF)E2/P下调的基因进行GO和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。测序共获得32346个基因,其中194个在DF中表达显著上调,502个表达下调;GO分析结果显示,这些下调基因的生物学功能共分为3大类104组,其中生物学过程相关基因占61.5%,细胞组分有关基因占25.0%,分子功能相关基因占13.5%;KEGG信号通路分析,共发现5条通路,其中基因富集最为显著的是癌症通路;从下调基因中筛选出4个在牛卵泡发育过程中可能会起抑制作用的基因,QRT-PCR结果显示,PPP1R14A、QRFPR和EGR1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果一致,OLA1在DF和SF中的表达趋势与深度测序结果正好相反,但差异不显著。本研究筛选出的4个表达下调基因可能是牛卵泡发育过程中抑制卵泡发育的候选基因。

关键词：牛卵泡发育下调基因深度测序

胃癌下调基因组cDNA抑制消减文库的建立及鉴定

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华医学遗传学杂志 2002年第2期19卷 172-174页

作者：杜建军窦科峰王为忠西安第四军医大学西京医院普通外科 710032

目的　建立胃癌下调基因组 c DNA抑制消减文库并鉴定。方法　采用高灵敏度的抑制消减杂交技术 ,建立五人份正常胃粘膜 m RNA(Tester)抑制消减杂交胃癌 m RNA(Driver)的差异表达文库 ,用PCR及差异表达克隆菌转膜反向杂交判定其消减效率... 详细信息

目的　建立胃癌下调基因组 c DNA抑制消减文库并鉴定。方法　采用高灵敏度的抑制消减杂交技术 ,建立五人份正常胃粘膜 m RNA(Tester)抑制消减杂交胃癌 m RNA(Driver)的差异表达文库 ,用PCR及差异表达克隆菌转膜反向杂交判定其消减效率。结果　所构建胃癌下调基因抑制消减杂交 c DNA文库 ,消减效率高 ,胃癌下调基因在正常胃粘膜及胃癌组织中的差异表达符合率达 86 %。结论　成功建立了用于筛选胃癌下调基因的抑制消减杂交 c DNA文库。

关键词：胃癌下调基因消减文库 cDNA 鉴定遗传学

糙皮侧耳595发酵玉米秸秆木质素降解过程下调基因研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

饲料研究 2017年第24期40卷 42-47页

作者：单玉雪马蕊郭英郑成江杨福李永军邹旸范寰天津师范大学天津300387 天津市畜牧兽医研究所天津300381 天津市蓟州区畜牧业发展服务中心天津301900 天津嘉立荷牧业集团有限公司天津300402

在前期糙皮侧耳595发酵玉米秸秆木质素降解过程上调基因的研究基础上,研究糙皮侧耳595发酵玉米秸秆木质素降解过程中下调基因含量及参与代谢途径情况。结果表明,差异表达下调基因GO功能主要有细胞质、细胞、细胞代谢、蛋白质代谢和蛋白... 详细信息

在前期糙皮侧耳595发酵玉米秸秆木质素降解过程上调基因的研究基础上,研究糙皮侧耳595发酵玉米秸秆木质素降解过程中下调基因含量及参与代谢途径情况。结果表明,差异表达下调基因GO功能主要有细胞质、细胞、细胞代谢、蛋白质代谢和蛋白质变性等。KEGG注释结果表明,有显著差异的pathway代谢通路主要包括信号通路和氨基酸代谢等。与木质素降解相关的下调代谢途径有多环芳香烃代谢、苯甲酸代谢、醚酯代谢和脂肪酸代谢。

关键词：糙皮侧耳595 木质素转录组下调基因代谢途径

应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒表面抗原大蛋白的下调基因

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中华老年多器官疾病杂志 2005年第4期4卷 282-286页

作者：纪冬成军郭江刘妍陈国凤王琳解放军第302医院感染七科北京市100039 北京市地坛医院解放军第302医院病毒性肝炎研究中心

目的筛选与克隆乙型肝炎表面抗原大蛋白(LHBs)的下调基因,以阐明HBV感染相关性疾病的分子生物学机制。方法应用常规分子生物学方法,克隆LHBs基因,构建真核表达质粒pcDNA3．1(-)-LHBs。将 pcDNA3．1(-)-LHBs与pCAT3-promoter共转染肝癌... 详细信息

目的筛选与克隆乙型肝炎表面抗原大蛋白(LHBs)的下调基因,以阐明HBV感染相关性疾病的分子生物学机制。方法应用常规分子生物学方法,克隆LHBs基因,构建真核表达质粒pcDNA3．1(-)-LHBs。将 pcDNA3．1(-)-LHBs与pCAT3-promoter共转染肝癌细胞系HepG2,用酶联免疫吸附法(ELISA)检测氯霉素乙酰转移酶 (CAT)的表达活性。分别以pcDNA3．1(-)-LHBs以及pcDNA3．1(-)转染HepG2细胞,提取mRNA并逆转录为cDNA,来源于pcDNA3．1(-)-LHBs转染细胞的cDNA为驱动(driver),来源于pcDNA3．1(-)的cDNA为测试(tester),进行抑制性消减杂交分析,构建cDNA消减文库,并转染大肠杆菌进行文库扩增,随机挑选克隆进行测序及同源性分析。结果①成功构建pcDNA3．1(-)-LHBs真核表达载体;②pcDNA3.1(-)-LHBs与pCAT3-promoter共转染HeoG2细胞的CAT 表达活性较对照组的活性明显下降(P＜0.01),抑制率达93．9％;③成功构建人LHBs下调基因的cDNA消减文库。通过生物信息学分析获得14种编码基因。结论 LHBs是HBV基因组编码的一种反式调节因子,可以下调SV40 早期启动子的活性。筛选到的LHBs下调的cDNA全长序列,包括与抗氧化防御、细胞生长调节、免疫及细胞凋亡密切相关的蛋白编码基因,以此可以推测LHBs存在的调控机制以及HBV的致病(癌)机制。

关键词：乙型肝炎病毒表面抗原反式调节下调基因

胃癌下调新基因CA11表达产物的组织分布和细胞定位

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

空军军医大学学报 2002年第11期23卷 985-985页

作者：杜建军窦科峰王兆太胡沛臻王为忠高志清何扬举

目的　筛选胃癌下调基因 ,确定其表达产物的组织分布和细胞定位 .方法　从已成功建立的 5人份正常胃粘膜 m RNA(Tester)抑制消减杂交胃癌 m RNA (Driver)的差异表达文库 ,随机挑取阳性克隆测序为 CA11,RT- PCR证实其为下调基因 .地高辛... 详细信息

目的　筛选胃癌下调基因 ,确定其表达产物的组织分布和细胞定位 .方法　从已成功建立的 5人份正常胃粘膜 m RNA(Tester)抑制消减杂交胃癌 m RNA (Driver)的差异表达文库 ,随机挑取阳性克隆测序为 CA11,RT- PCR证实其为下调基因 .地高辛标记 CA11原位 m RNA杂交 .在其他组织器官中扩增此基因 ,以表明其组织分布特异性 .CA11克隆至载体 pc DNA3.1/Myc- His(- ) A中 ,并瞬时转染 CA11的 COS- 7细胞 .生长至对数生长期时 ,吸取培养液 ,Talon吸附、洗脱后 ,取洗脱液进行SDS蛋白电泳及 Western ***11转染 COS- 7细胞后加抗 Myc标签的一抗 ,最后加 FITC标记的二抗在荧光显微镜下观察 .结果　筛选到胃癌下调基因 CA11,并经 RT- PCR证实 .m RNA原位杂交显示 ,CA11位于胃粘膜上皮细胞 .在其他组织器官 c DNA文库及组织 RNA中均未扩增出该基因 .洗脱液 Western blot未检测到 CA11与 pc DNA3.1/ Myc- His (- ) A的 Myc融合表达蛋白存在 ;CA11表达蛋白亚细胞定位于细胞质 .结论　 CA11为一胃癌下调基因 ,它在胃粘膜上皮细胞特异表达 ,表达产物定位于细胞质

关键词：胃癌下调基因胃肿瘤组织分布 CA11 表达产物细胞定位

全基因组表达谱芯片在筛选慢性牙周炎相关基因中的作用

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

中国组织工程研究 2020年第23期24卷 3615-3620页

作者：吴慧许诺王倩史春姜龙海南医学院第一附属医院口腔科海南省海口市570102 大连医科大学中山学院辽宁省大连市116000 大连医科大学口腔医学院辽宁省大连市116000

背景:全基因组表达谱芯片是一种用于基因表达研究的技术手段,具有高度敏感性以及特异性,它可以在全基因组范围内检测与慢性牙周炎相关的差异基因,从而高效快速地发现与慢性牙周炎密切相关的因子。目的:应用全基因组表达谱芯片筛选慢性... 详细信息

背景:全基因组表达谱芯片是一种用于基因表达研究的技术手段,具有高度敏感性以及特异性,它可以在全基因组范围内检测与慢性牙周炎相关的差异基因,从而高效快速地发现与慢性牙周炎密切相关的因子。目的:应用全基因组表达谱芯片筛选慢性牙周炎相关基因。方法:选取15例正畸拔牙患者正常牙周膜组织作为对照组,21例慢性牙周炎患者牙周组织。比对4例慢性牙周炎组织和4例正常组织的全基因组表达谱芯片,筛选出上调基因及下调基因。通过Real-Time PCR(7例正常及13例患者)和Western Blot(4例正常及4例患者)对2组牙周膜组织中差异基因PI3K-Akt信号通路的表达进行验证。实验方案由海南医学院第一附属医院伦理委员会批准(批准号:HNM20180034)并获得所有患者的知情同意。结果与结论:①全基因组表达谱芯片结果分析发现慢性牙周炎样本中均存在显著差异表达的上调基因1565个,下调基因1849个;②富集分析发现其中在慢性牙周炎中PI3K-Akt信号通路表达有显著差异(P基因组表达谱芯片在筛选慢性牙周炎相关基因的改变时具有快速且高敏感度等特点。PI3K-Akt信号通路在慢性牙周炎表达出现明显差异,为慢性牙周炎的治疗提供实验依据。

关键词：慢性牙周炎全基因组表达谱芯片 PI3K Akt GO分析上调基因下调基因

脉压对急性心肌梗死及冠状动脉介入术后内皮祖细胞内皮相关基因表达差异的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

上海医学 2007年第S1期30卷 54-55页

作者：戴秋艳孙宝贵严轶文张治上海交通大学附属第一人民医院心内科上海200080

目的观察脉压(PP)对急性心肌梗死及冠状动脉介入术(PCI)后7 d内皮祖细胞(EPCs)内皮相关基因表达的影响。方法分别采集高PP(≥60 mm Hg,1 mm Hg=0．133 kPa)及低PP(≤40 mm Hg)急性前壁心肌梗死患者心肌梗死发生6 h内和急诊PCI后7 d的外... 详细信息

目的观察脉压(PP)对急性心肌梗死及冠状动脉介入术(PCI)后7 d内皮祖细胞(EPCs)内皮相关基因表达的影响。方法分别采集高PP(≥60 mm Hg,1 mm Hg=0．133 kPa)及低PP(≤40 mm Hg)急性前壁心肌梗死患者心肌梗死发生6 h内和急诊PCI后7 d的外周血。以Ficoll密度梯度离心法分离出单个核细胞(MNCs),在包被明胶的培养瓶内以M-199培养液培养并在刺激因子作用下,14 d后收集贴壁细胞,经鉴定为EPCs。抽提RNA,进行24个内皮相关基因在心肌梗死6 h和PCI后7 d表达差异的芯片检测,并以RT-PCR法进行验证。24个内皮相关基因分别为调节血管收缩舒张功能、血管新生和内皮细胞活性的相关基因:ACE、AGTR-1、AGTR-2、eNOS、COX-2、ET-1、ETA、ETB、SOD-1、CDH5、VEGF、VEGFR1、VEGFR2、ICAM1、ICAM2、ICAM3、PECAM-1、E-Selectin、L+Selection、VCAM1、tPA、uPA、PAI和VWF。芯片图像通过Agilent Scanner获取,扫描像素值为10 m,PMT(％)数值为100。采用Zipf's law标准化统计方法实现高PP与低PP基因表达差异的比较。结果心肌梗死6 h及急诊PCI后7 d,高PP与低PP对基因表达的差异为: ETB(ETNRB)、ACE是共同下调基因, SOD-1、ETA、AGTR-1为共同上调基因。对上调差异表达基因AGTR-1、ETA及SOD-1进行RT-PCR验证也显示了相同结果。结论在心肌梗死导致内皮相关基因改变的基础上,PP作为独立因素可影响EPCs相关内皮基因的表达,即高PP较低PP使ETB(ETNRB)、ACE基因下调,SOD-1、ETA、AGTR1基因上调。

关键词：急性心肌梗死冠状动脉介入术祖细胞基因表达差异 EPCs 密度梯度离心 Ficoll VEGFR 贴壁细胞下调基因

基因芯片技术在食管鳞癌转移相关基因表达谱筛选中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

山东医药 2005年第14期45卷 4-6页

作者：宋宝高雪芹朱波黄海燕韩金祥山东省医学科学院医药生物技术研究中心山东济南250062

目的研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3.... 详细信息

目的研究人食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌的转移机制。方法选取392个与肿瘤转移相关的基因克隆,制备成肿瘤转移基因芯片。提取食管鳞癌组织以及正常食管组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3.0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果共筛查出差异表达基因58条,其中表达上调基因36条、下调基因22条,包括癌基因、抑癌基因、黏附分子、基质金属蛋白酶、信号转导因子、细胞代谢和免疫相关基因等。结论基因芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱可为明确食管鳞癌转移机制提供重要参考。

关键词：相关基因表达谱癌转移基因芯片技术差异表达基因基质金属蛋白酶筛选食管鳞癌组织 cDNA探针 cDNA芯片免疫相关基因转移机制肿瘤转移基因克隆食管组织上调基因下调基因抑癌基因黏附分子信号转导细胞代谢