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粉防己碱三维构象的分子动力学模拟

天津中医药 2003年第5期20卷 67-73页

作者：徐为人刘成卜王建武天津药物研究院天津300193 山东大学化学与化工学院济南250100

[目的]寻找粉防己碱合理的立体构象。[方法]以单分子为体系 ,采用CVFF力场和NVT系统 ,在500K下温度以0 5fs时间步长模拟了粉防己碱50ps的运动轨迹。[结果]分子内形成了相对稳定的三角形的环状结构 ,4个甲氧基在分子的外侧 ,活动相对比... 详细信息

[目的]寻找粉防己碱合理的立体构象。[方法]以单分子为体系 ,采用CVFF力场和NVT系统 ,在500K下温度以0 5fs时间步长模拟了粉防己碱50ps的运动轨迹。[结果]分子内形成了相对稳定的三角形的环状结构 ,4个甲氧基在分子的外侧 ,活动相对比较自由。C42和O38代表的一侧分子环运动范围较大 ,而C44和O43代表的另侧运动范围相对较小。四氢异喹啉环本身可以翻转成类似船式或椅式的构象 ,N9所在的环构象变化较大 ,而N18所在的环变化较小。[结论]以势能为指标 ,找到了与最低能量相差5kcal/mol以内的8个构象。

关键词：粉防己碱三维构象分子动力学模拟四氢异喹啉环甲氧基

思政课教师教学专长发展的三维构象与规范性解析

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东华大学学报（社会科学版） 2022年第1期22卷 101-106页

作者：王不凡东华大学马克思主义学院上海201620

建设好思想政治理论课的关键在教师,思政课教师教学专长的提升和发展是教师胜任思政课教学工作的内在要求。思政课教师教学专长发展可以从政治理念、知识结构和社会实践三个维度来考察,在此基础上构建思政课教师教学专长发展的三维构象... 详细信息

建设好思想政治理论课的关键在教师,思政课教师教学专长的提升和发展是教师胜任思政课教学工作的内在要求。思政课教师教学专长发展可以从政治理念、知识结构和社会实践三个维度来考察,在此基础上构建思政课教师教学专长发展的三维构象,不仅可以清晰地勾画思政课教师专长的总体图像,而且有利于从认识论角度避免潜在的“理性—社会性”二分问题,并形成一定的实践规范。

关键词：三维构象实践规范教学专长思政课教师

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几种心房肽三维构象的预测和分析

中南医学科学杂志 1986年第1期 4-6页

作者：温元凯尹文东李丁中国科技大学衡阳医学院北京环境保护监测中心

本文用chou-Fasman蛋白质二级结构预测规则,预测了近年来发现的一组新肽—心房肽四种分子的二级结构。并讨论了这些肽的三级结构和其构象与功能的关系。

关键词：心房肤大鼠残基生物学肠道三维构象三级结构

P53蛋白质N末端的二级结构预测及其三维构象

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同方期刊数据库

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生物物理学报 1998年第4期14卷 743-749页

作者：张彦刘次全昆明医学院云南大学现代生物学中心中国科学院昆明动物研究所

以编码Ｐ５３Ｎ末端１２０个残基的ｍＲＮＡ二级结构为基础，结合Ｃｈｏｕ－Ｆａｓｍａｎ蛋白质二级结构预测原则，预测出Ｐ５３蛋白质Ｎ端的９３个残基包含四段α螺旋结构（１４－２６；３８－４６；５１－５６；６８－７０），没有发... 详细信息

以编码Ｐ５３Ｎ末端１２０个残基的ｍＲＮＡ二级结构为基础，结合Ｃｈｏｕ－Ｆａｓｍａｎ蛋白质二级结构预测原则，预测出Ｐ５３蛋白质Ｎ端的９３个残基包含四段α螺旋结构（１４－２６；３８－４６；５１－５６；６８－７０），没有发现β片层。与四种以多重序列联配为基础的蛋白质二级结构预测方法（准确率均为７３．２０％左右）相对照，结果十分相近。在ＳＧＩ工作站上以此为初始结构建立的三维构象提示，Ｐ５３Ｎ末端前８０个氨基酸肽段呈弧型板块结构，其转录激活区由两段主要螺旋组成，呈上下构形，占据弧型板块的顶部及底部外侧缘。Ｃ端１３个富含脯氨酸肽段则呈弯曲松散状。

关键词： P53蛋白质 mRNA二级结构二级结构三维构象

杨帆研究员团队研究成果揭示TRPV1蛋白质三维构象在活细胞中的动态变化过程

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浙江大学学报（医学版） 2018年第4期47卷 412-412页

2018 年 7 月 23 日,《自然通讯》(NatuRe Communications)在线发表了浙江大学基础医学院杨帆研究员团队的研究论文“The confoRmational wave in capsaicin activation of tRansient ReceptoR potential vanilloid 1 ion channel”(https://www. ***. nih. gov/pmc/aRticles/PMC6056546/)。该论文通过综合运用荧光非天然氨基酸成像、蛋白质结构计算建模和单通道电生理记录等生物物理学技术,观察到了 TRPV1 离子通道在被配体辣椒素分子激活时的“构象波”(confoRmationalwave),揭示了 TRPV1 蛋白质三维构象在活细胞中的动态变化过程。

关键词： TRPV1 蛋白质结构三维构象动态变化活细胞研究员 capsaicin ReceptoR

这个“酿酒”细菌有望成为下一个“细胞工厂” 001

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这个“酿酒”细菌有望成为下一个“细胞工厂”

口蹄疫病毒氨基酸改造对其病毒样颗粒稳定性的影响

中国科学报

作者：李晨

炎热的天气里，一杯香甜的果汁很快就会变质，有时还会产生酒精味。这很可能是一种擅长将葡萄糖和果糖转化为乙醇的“酿酒”细菌——运动发酵单胞菌在“作祟”。不过，这种能天然产生乙醇的“罪魁祸首”却是科学家眼中的潜力股——有... 详细信息

炎热的天气里，一杯香甜的果汁很快就会变质，有时还会产生酒精味。这很可能是一种擅长将葡萄糖和果糖转化为乙醇的“酿酒”细菌——运动发酵单胞菌在“作祟”。不过，这种能天然产生乙醇的“罪魁祸首”却是科学家眼中的潜力股——有资质成为像酵母、大肠杆菌那样的底盘细胞?

关键词：运动发酵单胞菌染色体转录因子细胞工厂基因组突变三维构象抗逆机制呋喃甲醛

来源： cnki报纸评论

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生物工程学报 2021年第7期37卷 2435-2442页

作者：李璐莹董虎卢渊录王苗苗孙世琪郭慧琛中国农业科学院兰州兽医研究所国家口蹄疫参考实验室甘肃兰州730046 长江大学动物科学学院湖北荆州434025

病毒样颗粒(Viruslikeparticles,VLPs)的稳定性是目前影响口蹄疫VLPs疫苗质量的主要因素。为进一步提升口蹄疫VLPs疫苗的质量,基于口蹄疫病毒三维空间结构,通过动力学分析软件设计并筛选出3个氨基酸改造位点。经点突变试剂盒成功制备出... 详细信息

病毒样颗粒(Viruslikeparticles,VLPs)的稳定性是目前影响口蹄疫VLPs疫苗质量的主要因素。为进一步提升口蹄疫VLPs疫苗的质量,基于口蹄疫病毒三维空间结构,通过动力学分析软件设计并筛选出3个氨基酸改造位点。经点突变试剂盒成功制备出上述3种突变型重组质粒,转化大肠杆菌Escherichia coli BL21菌株后经体外诱导表达,Ni离子层析柱纯化后,SDS-PAGE结果证明3种氨基酸突变不影响目标蛋白的表达。体外组装获得的3种突变型VLPs稳定性研究结果发现,内部疏水性侧链氨基酸的引入使VLPs的形态变得更加均一(N4017W),且其稳定性比其他两种VLPs明显提高。结果表明,衣壳内部疏水性作用力有助于VLPs的形成且有助于维持衣壳的稳定性,为提高VLPs疫苗质量提供了新的研究思路,有助于推进VLPs疫苗的发展。

关键词：病毒样颗粒三维构象突变体稳定性同源建模口蹄疫病毒

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重质油超临界流体萃取分离窄馏分的分子模型

石油大学学报（自然科学版） 2004年第4期28卷 129-133页

作者：郑柯文高金森徐春明石油大学重质油加工国家重点实验室北京102249

根据大庆减压渣油超临界流体萃取分离窄馏分的分子结构参数,在保证侧链数和平均侧链长度不变的前提下,分别构建了一系列具有相同侧链长度但侧链分布不同的分子和具有相同侧链分布但侧链长度各异的分子。利用分子力学法和分子动力学法对... 详细信息

根据大庆减压渣油超临界流体萃取分离窄馏分的分子结构参数,在保证侧链数和平均侧链长度不变的前提下,分别构建了一系列具有相同侧链长度但侧链分布不同的分子和具有相同侧链分布但侧链长度各异的分子。利用分子力学法和分子动力学法对这些可能的分子结构进行了模拟计算,得到了全局能量最低的分子结构三维构象。对这些三维分子结构及其与全局最低能量的关系进行了分析,分别提出了定量描述不同侧链分布结构和不同侧链长度结构与分子能量关系的侧链分布因数和侧链长度因数。这两个因数与相应的分子最低总能量呈良好的线性关系。根据分子能量越低结构越稳定及分子结构存在的可能性越大的原理,确定了存在的可能性最大的重质油平均分子侧链结构。

关键词：链长分子能量分子结构侧链总能量因数链结构同侧三维构象超临界流体萃取

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模型比赛在组织学与胚胎学教学中的应用

解剖学杂志 2009年第6期32卷 832-834页

作者：罗彬何少健李颀林永达莫发荣陈维平廖红罗国容马步国黄天明谢小薰广西医科大学组织学与胚胎学教研室南宁530021

在组织学与胚胎学课堂教学中，学生们接触的切片、照片和插图等显示的是细胞、组织和器官的平面结构，而在机体中这些结构是立体的，这就需要学生将所看到的二维图形还原为事物本身的三维构象。如何培养学生的观察能力和空间思维能力？... 详细信息

在组织学与胚胎学课堂教学中，学生们接触的切片、照片和插图等显示的是细胞、组织和器官的平面结构，而在机体中这些结构是立体的，这就需要学生将所看到的二维图形还原为事物本身的三维构象。如何培养学生的观察能力和空间思维能力？如何调动学生的学习积极性？如何帮助学生理论联系实际，掌握正确的学习方法？

关键词：组织学与胚胎学教学比赛模型平面结构学习积极性课堂教学三维构象思维能力