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罗氏沼虾3个群体线粒体COⅰ基因的序列差异和遗传标记研究

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遗传 2006年第5期28卷 540-544页

作者：杨学明郭亚芬陈福艳蒋钦杨梁万文蒋和生广西水产研究所南宁530021 广西大学动物科技学院南宁530005

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)线粒体DNA的COⅰ基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1... 详细信息

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)线粒体DNA的COⅰ基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498 bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点(占2.01%),17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COⅰ基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。

关键词：罗氏沼虾 CO ⅰ基因序列多态性遗传标记

基于cox ⅰ基因对猪囊尾蚴河南分离株种系发育关系的研究

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畜牧兽医学报 2008年第1期39卷 72-78页

作者：赵光辉张改平宁长申王选年张龙现菅复春鲁琨河南农业大学牧医工程学院郑州450002 河南省农业科学院河南免疫学重点实验室郑州450002

利用RT-PCR技术从河南部分地域的猪囊尾蚴中获得10个分离株的cox Ι部分基因序列,其长度为344bp;将其克隆入pMD19-T并测序;分别用Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用PAUP 4.0程序MP法和NJ法绘制种系发育树,并用PUZZLE 5.2程序构... 详细信息

利用RT-PCR技术从河南部分地域的猪囊尾蚴中获得10个分离株的cox Ι部分基因序列,其长度为344bp;将其克隆入pMD19-T并测序;分别用Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用PAUP 4.0程序MP法和NJ法绘制种系发育树,并用PUZZLE 5.2程序构建最大似然树;同时利用WDANSIST 2.5程序和DNAstar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果表明,10个河南猪囊尾蚴分离株的coxΙ部分基因序列完全一致,属于猪带绦虫亚洲基因型;猪囊尾蚴coxΙ部分基因可有效区分出Asian和American/African两种基因型,并可用于不同种带科绦虫的鉴别诊断。因此,猪囊尾蚴coxΙ基因有望作为一种鉴别基因用于带科绦虫病和囊尾蚴病的PCR鉴别诊断。

关键词：猪囊尾蚴 cox ⅰ基因种系发育关系

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鲫鱼生长激素ⅰ基因内含子2的多态性分析

Acta Genetica Sinica 2004年第6期31卷 582-590页

作者：莫赛军宋平罗大极彭茂宇张亮姚海兰周伟张竟男潘云峰郑曙明武汉大学生命科学学院发育生物学教育部重点实验室武汉430072 四川畜牧兽医学院水产系重庆400010

利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 (Denaturing PolyacrylamidGelElectrophoresis,DPAGE)和单链构象多态性(Single StrandConformationPolymorphism ,SSCP)分析技术 ,在普通鲫鱼种群 (7个野生鲫鱼群体和 2个金鱼群体 )和银鲫种群 (1个方正银鲫群体 )共 16 2个个体生长激素Ⅰ (GrowthHormoneⅠ ,GHⅠ )基因的内含子 2中检测到丰富的长度和序列多态性。在所有群体中 ,GHⅰ基因内含子 2的长度存在 7种类型 ,分别为A、B、C、D、E、F和G型 ,变异频率为 4 32 % ;其序列存在 15种单倍型 ,分别为A1、A2、A3、B、C1、C2、D1、D2、D3、D4、D5、E1、E2、F和G型 ,变异频率为 9 2 6 %。对这 15种单倍型的DNA序列进行分析 ,结果表明 :1)鲫鱼GHⅰ基因内含子 2的扩增DNA片段长为 2 4 3～ 2 6 3bp ,其中包括部分外显子 2 (3′端 ,33bp)、内含子 2和部分外显子 3(5′端 ,2 1bp)。 15种单倍型A、T、G、C碱基平均百分比组成分别为 34 13%、37 36 %、15 13%、13 38% ,其中G +C(2 8 5 1% )含量明显小于A +T(71 4 9% )含量。内含子 2与外显子 2、3的接头区存在GT—AG保守序列 ,此为真核基因中mRNA剪接的识别信号。内含子 2的 5′端存在有一序列为GTAAGAT的保守区域 ,在其近 3′端分布有一高丰度嘧啶区 ;2 )内含子 2的

关键词：鲫鱼 GH ⅰ基因内含子多态性

家蚕黄酮合酶ⅰ基因BmFNS Ⅰ的克隆与干涉载体的构建

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华北农学报 2009年第5期24卷 26-30页

作者：孔卫青杨金宏彭云武胡必利安康学院陕西省蚕桑重点实验室陕西安康725000

黄酮类化合物广泛存在于动植物中,具有多种生理活性,黄酮合酶ⅰ基因可以催化多种黄酮类化合物的生物合成。根据NCBI已登录的其他物种黄酮合酶ⅰ基因的氨基酸序列,与家蚕基因组和EST数据库进行电子克隆获得家蚕的同源基因BmFNS Ⅰ。克隆... 详细信息

黄酮类化合物广泛存在于动植物中,具有多种生理活性,黄酮合酶ⅰ基因可以催化多种黄酮类化合物的生物合成。根据NCBI已登录的其他物种黄酮合酶ⅰ基因的氨基酸序列,与家蚕基因组和EST数据库进行电子克隆获得家蚕的同源基因BmFNS Ⅰ。克隆测序结果表明该基因长1451 bp,7个外显子。根据基因序列推测其编码蛋白由345个氨基酸构成,179～295间氨基酸为一2-氧戊二酸和Fe（Ⅱ）依赖性的加氧酶家族成员的结构域。RT-PCR检测该基因在本试验所调查的家蚕中肠有高表达。最后将该基因片段亚克隆至具有2个反向T7启动子可以用于体外诱导合成dsRNA的L4440载体。

关键词：家蚕 BmFNS ⅰ基因克隆组织表达

狼山鸡保种群不同世代线粒体COⅰ基因条形码变化规律研究

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安徽农业大学学报 2016年第5期43卷 686-689页

作者：屠云洁束婧婷章明苏一军单艳菊姬改革邹剑敏江苏省家禽科学研究所扬州225125 江苏省家禽遗传育种重点实验室扬州225125

以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象，利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（cytochrome c oxidase I，CO I）基因全长序列多态性，以分析CO I基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明，CO I基因... 详细信息

以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象，利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素c氧化酶亚基I（cytochrome c oxidase I，CO I）基因全长序列多态性，以分析CO I基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明，CO I基因序列在狼山鸡0和5世代中存在相同的6个突变位点，为4个单倍型；在10和15世代存在相同的3个突变位点，为3个单倍型；4个世代122个个体存在相同的2个突变位点，为5个单倍型，其中106个个体CO I基因分布于H2单倍型。狼山鸡0、5、10和15世代CO I基因单倍型多样度分别为0．276、0．333、0.119和0．252，平均核苷酸差异（K）分别为0.707、1．083、0．182和0．314，核苷酸多样度（Pi）分别为0．00046、0．00070、0．00012和0．00020。结果说明CO I基因DNA条形码在0—15世代间稳定遗传，表明狼山鸡保种群保种效果良好。

关键词：鸡保种遗传多样性 CO ⅰ基因 DNA条形码

基于CO ⅰ基因的DNA条形码技术在石首鱼科鱼类系统分类中的应用

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渔业研究 2019年第5期41卷 359-365页

作者：徐春燕刘勇马超庄之栋沈长春蔡建堤福建省水产研究所福建省海洋生物增养殖与高值化利用重点实验室

为探讨DNA条形码技术在石首鱼科鱼类物种鉴定中的有效性,本研究扩增测序7个物种的石首鱼科CO ⅰ基因序列,并从GenBank下载同源序列,最终获得石首鱼科14属23种65个个体的CO ⅰ基因进行序列分析和系统进化研究。结果表明,石首鱼科CO Ⅰ基... 详细信息

为探讨DNA条形码技术在石首鱼科鱼类物种鉴定中的有效性,本研究扩增测序7个物种的石首鱼科CO ⅰ基因序列,并从GenBank下载同源序列,最终获得石首鱼科14属23种65个个体的CO ⅰ基因进行序列分析和系统进化研究。结果表明,石首鱼科CO ⅰ基因序列中A+T含量高于G+C含量,且第1个密码子位点G+C含量显著高于第2和第3密码子位点。石首鱼科种内遗传距离为0~0.014,平均种内遗传距离为0.004,种间遗传距离为0.050~0.368,平均种间遗传距离为0.202,是种内遗传距离的50.5倍。在系统进化树上,除仅有单一序列的物种外,其他种类的不同个体分别聚为独立的一支;黄鱼属、梅童鱼属有明显的单系性,而白姑鱼属、黄姑鱼属、叫姑鱼属没有呈现明显的单系性。以上结果表明,线粒体CO ⅰ基因可以实现石首鱼科鱼类的有效鉴定,并且可以用来进行属、种水平的系统进化分析。

关键词： CO ⅰ基因 DNA条形码技术石首鱼科系统分类

siat7e基因和st3gal ⅰ基因双表达载体的构建及其初步应用

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中国兽药杂志 2013年第4期47卷 6-10页

作者：陈小云张敏张启龙王磊王栋蒋桃珍中国兽医药品监察所北京100081

应用聚合酶链式反应(PCR)技术,从人类基因组中扩增出全长为1011 bp的唾液酸转移酶(siat7e基因),并从鸡基因组中扩增出全长为1029 bp的β-半乳糖苷α-2,3-唾液酸转移酶Ⅰ(ST3GAL Ⅰ)基因。将它们分别克隆入pMD18-T载体中。对扩增的全长si... 详细信息

应用聚合酶链式反应(PCR)技术,从人类基因组中扩增出全长为1011 bp的唾液酸转移酶(siat7e基因),并从鸡基因组中扩增出全长为1029 bp的β-半乳糖苷α-2,3-唾液酸转移酶Ⅰ(ST3GAL Ⅰ)基因。将它们分别克隆入pMD18-T载体中。对扩增的全长siat7e基因序列采用BamH Ⅰ和PstⅠ双酶切后连接入pReceiver真核表达载体,构建pRE-SⅠAT重组表达载体,进而,对扩增的全长st3gal ⅰ基因采用Sac Ⅰ和Xho Ⅰ双酶切,后连接入pRE-SIAT重组表达载体,构建pRE-SIAT-ST3重组真核表达载体。经限制性内切酶消化及DNA序列分析,证实构建的重组表达质粒是正确的。将构建的双基因表达载体转染MDCK细胞,利用荧光显微镜观察,可见细胞表达明显的绿色荧光,从而初步证实了外源基因在MDCK细胞中的正确表达。本研究为最终构建能够适应悬浮培养,并且对禽流感病毒更为易感的MDCK细胞系奠定了基础。

关键词： siat7e基因 st3gal ⅰ基因表达载体 MDCK细胞

绿木霉ZY-01的外切葡聚糖酶CBHⅰ基因的克隆及在***中的表达

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化学与生物工程 2017年第1期34卷 27-31页

作者：阮涛曹一丁刘贝贝杨睿展宝睿张士尧马龙翟蓉杨忠华武汉科技大学化学与化工学院湖北武汉430081 武汉东湖学院生命科学与化学学院湖北武汉430212

以前期分离筛选得到的高产纤维素酶菌株TrichodermavirensZY-01的总RNA为模板合成cDNA,经PCR克隆得到外切葡聚糖酶(cellobiohydrolase,CBH)ⅰ基因;并构建了pET-32a-cbh1表达载体,通过转化至*** BL21(DE3)中,获得CBHⅠ重组表达系统,成功表达出可溶性CBHⅠ蛋白。结果表明,Trichoderma virens ZY-01CBHⅠ碱基序列与Trichoderma viride AS 3.3711CBHⅰ基因(GenBank:AY368686.1)序列相似度高达91.95%,氨基酸同源性高达99.22%;通过SDS-PAGE检测,表明该基因在***中得到可溶性表达,分子量约为53kDa,与基因翻译出的氨基酸序列相一致。该研究为CBHⅰ基因的工程化及应用提供了基础。

关键词：绿木霉纤维素酶外切葡聚糖酶 CBH ⅰ基因基因重组原核表达

椭圆食粉螨线粒体DNA COⅰ基因片段序列分析

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蛛形学报 2007年第2期16卷 79-82页

作者：吴太葆夏斌邹志文桂梓朱志民南昌大学生命科学学院南昌330031

采用苯酚-氯仿-异戊醇抽提法提取了采自江西南昌和广州潮州2个地理种群的椭圆食粉螨Aleuro-glyphus ovatus Troupeau,1878基因组DNA。以相应引物对椭圆食粉螨线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因(mtDNA COI)进行PCR扩增,直接测序,得到379b... 详细信息

采用苯酚-氯仿-异戊醇抽提法提取了采自江西南昌和广州潮州2个地理种群的椭圆食粉螨Aleuro-glyphus ovatus Troupeau,1878基因组DNA。以相应引物对椭圆食粉螨线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因(mtDNA COI)进行PCR扩增,直接测序,得到379bp的碱基片断(国际基因库索引号EF527825),其碱基序列A、C、G、T含量分别为71bp(18.73%)、53bp(13.98%)、89bp(23.48%)、166bp(43.80%);江西南昌和广州潮州2个地理种群间的椭圆食粉螨mtDNACOI基因片段完全一致,未发现地理差异。

关键词：椭圆食粉螨线粒体DNA CO ⅰ基因