检索结果-南通市图书馆

响应黄龙病菌侵染的砂糖橘miRNA-mRNA调控研究及其抗病相关靶基因的功能验证

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

响应黄龙病菌侵染的砂糖橘miRNA-mRNA调控研究及其抗病相关靶基因...

作者：陈书林南京农业大学

学位级别：硕士

黄龙病菌（Candidatus Liberibacter asiaticus,CaLas）引起的柑橘黄龙病是柑橘生产过程中的一种毁灭性病害。因此,在细胞和分子水平上研究柑橘免疫应答对于培育持久抗黄龙病的柑橘品种的育种工程非常重要。本研究主要从两个方面对柑橘... 详细信息

黄龙病菌（Candidatus Liberibacter asiaticus,CaLas）引起的柑橘黄龙病是柑橘生产过程中的一种毁灭性病害。因此,在细胞和分子水平上研究柑橘免疫应答对于培育持久抗黄龙病的柑橘品种的育种工程非常重要。本研究主要从两个方面对柑橘抗黄龙病的免疫应答进行研究,即基于多组学比较分析结果鉴定砂糖橘响应黄龙病的小RNA及其靶标基因以及6个砂糖橘抗病相关基因的功能分析。具体研究内容如下:1.基于多组学比较分析结果鉴定砂糖橘响应黄龙病的小RNA及其靶标基因在本研究中,我们比较了健康和受到黄龙病菌侵染的砂糖橘的转录组数据,发现健康和患病植物表现出不同的表达倾向。通过qRT-PCR对转录组分析结果进行验证,两者显示出良好的一致性,证明了转录组结果的可靠性。同时测定CaLas感染前后miRNA的表达水平,筛选出751个与同源miRNA的表达相反的DE-mRNAs。通过GO分析对这些砂糖橘DE-mRNAs参与的生物过程进行分类,涉及植物免疫反应,光合作用,碳水化合物代谢,线粒体呼吸,离子转运等过程。iTRAQ技术显示了一些砂糖橘蛋白在CaLas感染的防御反应中起作用,并且许多砂糖橘基因在转录后水平受到调节。2.6个砂糖橘抗病相关基因的功能分析通过前期的高通量测序和生物信息学分析,我们筛选出了 6个与黄龙病抗性相关的差异表达的基因,这些基因是否能诱导柑橘中的免疫反应仍不清楚。因此,本研究通过克隆这些基因并在烟草中做瞬时表达,以对它们的功能进行验证。结果表明GST、HSP83及20G oxygenase基因能够显著诱导植物早期的防卫反应,包括引发活性氧的积累,胼胝质的沉积以及引起植物的细胞程序性死亡。

关键词：黄龙病小RNAs 多组学靶标基因

布鲁氏菌病与Q热检测方法的建立以及共感染研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

布鲁氏菌病与Q热检测方法的建立以及共感染研究

作者：魏青青石河子大学

学位级别：硕士

目的:临床样本中细菌负荷相对较低,难以检出,尤其是寄生在宿主细胞内引起慢性感染的细菌,如本研究中布鲁氏菌和柯克斯体。检测灵敏度的改进将大大减少假阴性结果,有助于更准确的诊断。在本研究中,我们提出一种通过检测基因组中多拷贝基... 详细信息

目的:临床样本中细菌负荷相对较低,难以检出,尤其是寄生在宿主细胞内引起慢性感染的细菌,如本研究中布鲁氏菌和柯克斯体。检测灵敏度的改进将大大减少假阴性结果,有助于更准确的诊断。在本研究中,我们提出一种通过检测基因组中多拷贝基因以提高核酸检测灵敏度的新策略,并研究布鲁氏菌和柯克斯体是否存在共感染。方法:(1)布鲁氏菌作为一个测试案例。通过对羊种布鲁氏菌基因组序列进行筛选,确定几种高拷贝基因。定量PCR比较它们的检测效率,对IS711序列的分析及临床样品检测。(2)基于柯克斯体的多拷贝基因IS1111a,我们对其设计了引物和探针,针对检测过程中可能引起的污染,我们利用融合PCR的方法构建了假阳性质粒作为阳性对照,以此方法检测蜱的DNA样本。(3)对新疆地区和东北地区进行布鲁氏菌病和Q热的检测,了解两种病原体是否存在共感染。结果:(1)对羊种布鲁氏菌16M基因组序列分析,共发现38个多拷贝基因。用IS711、BMEI1001、BMEI0775、BMEI0027引物,定量PCR扩增梯度稀释的布鲁氏菌16M基因组DNA时,多拷贝基因表现出较好的灵敏度。检测20个血清学阳性的布氏样本,IS711和BMEI1001的靶浓度始终高于BMEI0775和BMEI0027。IS711的靶浓度范围从1.92到5.92(95%CI 2.88-3.94),其次为BMEI1001,范围从2.58到5.35(95%CI 2.91-3.94)。20个布鲁氏菌血清学阳性样本检测,IS711检测到17个阳性,其次是BMEI1001 14个,BMEI0775 6个和BMEI0027 5个。(2)多拷贝插入序列IS1111a作为Q热的靶标基因,荧光定量PCR对178份白城样本总核酸检测,4份Q热检测阳性,成功构建的假阳性质粒可以代替真阳性质粒标准品作对照,大大减少了污染问题。(3)库尔勒、伊犁、阿图什、吉木乃、哈巴河的布鲁氏菌病和Q热的共感染率分别为6.94%、10.98%、4.85%、7.46%、11.76%,东北地区共感染率为0。结论:临床样本中细菌病原体因浓度低难以检出。尽管高敏感的检测方法正运用于病原体检测,但仍然被细菌的数量低所限制。在这项研究中,我们提出了一个基于基因组中高拷贝数基因以提高检测灵敏度的新策略,敏感性的提高取决于细菌中靶标基因的拷贝数。因为几乎所有已知的细菌病原体的基因组已经测序和注释,所以可以筛选多拷贝基因作为靶标基因。所以,这种策略是通用的,可以扩展运用到其他细菌的检测。

关键词：布鲁氏菌病 Q热 IS711 高拷贝基因靶标基因

调控水稻灌浆微生物的筛选及其微生物组的研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

调控水稻灌浆微生物的筛选及其微生物组的研究

作者：陶子宁山东农业大学

学位级别：硕士

水稻是我国主要的粮食作物之一,随着人口的增长,水稻的总增长幅度仍赶不上人民的需求,提高水稻产量和品质仍是当前及今后水稻研究的重要研究课题之一。化肥的滥用破坏了土壤质量,危害人的身体健康,因此环保可持续的微生物菌剂进入大家... 详细信息

水稻是我国主要的粮食作物之一,随着人口的增长,水稻的总增长幅度仍赶不上人民的需求,提高水稻产量和品质仍是当前及今后水稻研究的重要研究课题之一。化肥的滥用破坏了土壤质量,危害人的身体健康,因此环保可持续的微生物菌剂进入大家视线。本实验着重在微生物菌剂中的菌种筛选,以93-11和日本晴水稻为研究对象,用49种菌直接处理处于灌浆期的水稻穗子,通过测量千粒重、粒长和粒宽等性状,挑选对水稻灌浆有调控作用的菌种,以及测定调控相关性状的GS2、TGW6、GL7、GW2四个基因的相对表达量,以验证出可以作为分子靶标的基因。并且籽粒进行二代测序,得到千粒重增加组的优势微生物和千粒重性状正相关的菌属。实验结果如下所示:(1)对不同菌的处理组的千粒重、粒长和粒宽等性状进行测量,结果发现,使籽粒千粒重上升的菌处理组为Root 4(Agromyces)、WCS358(Pseudomonas)、Root136(Nocardia)、Root 614(Nocardioides)、Root 11(Bacillus)、Root 483D1(Methylobacterium)等;使籽粒千粒重下降的菌处理组有DY(Bacillus)、DN(Paenibacillus)、Root 1310(Streptomyces)、Root 1252(Sinorhizobium)、Root 1280(Acinetobacter)、Root 241(Sphingomonas)、Root 83(Achromobacter)、Root 920(Bacillus)、Root 401(Pseudomonas)、Root 901(Flavobacterium)等。此结果对后续筛选对水倒灌浆有益的菌具有指导意义,例如使千粒重增加的菌属是甲基杆菌属(Methylobacterium),诺卡菌属(Nocardia)和类诺卡菌属(Nocardioides),假单胞菌属(Pseudomonas),其可作为后续筛选实验的首选菌;使千粒重减少的菌属是不动杆菌(Acinetobacter),中华根瘤菌(Sinorhizobium)等,后续筛选实验可以适当避开这些菌属。(2)为了后续方便进行菌种筛选,我们寻找与性状相关的基因作为分子靶标,本实验选择了GS2、TGW6、GL7、GW2四个基因进行测定,通过性状数据与基因相对表达量的线性分析,发现这四个基因在该实验中与其所调控的性状无显著相关,均不能作为分子靶标。(3)为了研究菌株对水稻籽粒微生态的作用,我们利用高通量测序技术鉴定分析了不同菌处理组的微生物组,发现93-11水稻和日本晴水稻的菌群多样性并没有因为外来菌的施加而发生变化,并且同一株菌处理的水稻强势粒和弱势粒之间的菌群组成没有显著差异。同时发现,粒重增加组的菌株大部分是可以定植的水稻种子,这是可以使粒重增加的原因之一。通过对微生物组和性状之间的相关性分析可知,能使粒重增加的菌处理过的籽粒微生物组中大量富集沙门氏菌属(Serratia),葡萄球菌属(Staphylococcus),假单胞菌属(Pseudomonas)等与千粒重性状正相关的菌属,这与其可促进多种植物生长的研究相一致;除此之外,还发现微杆菌属(Microbacterium),鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas),寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和泛菌属(Pantoea)与籽粒粒重呈负相关。综上,本研究探讨了49种菌对水稻灌浆期籽粒的影响,通过性状的测量,相关性状调控基因的验证,筛选得到了使千粒重上升的微生物菌种组合,为大规模的菌筛选提供了方法,并提供了175个不同的水稻籽粒微生物组的测序信息,为该领域提供数据支持。

关键词：水稻灌浆期菌种筛选靶标基因高通量测序籽粒微生物组

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

蠋蝽若虫期的miRNA调控研究

蠋蝽若虫期的miRNA调控研究

作者：殷焱芳朱艳娟李玉艳毛建军王孟卿张礼生陈红印刘晨曦中国农业科学院植物保护研究所中美合作生物防治实验室

miRNA是一类长约22nt的内源性非编码单链RNA,广泛存在于真核生物中。主要通过miRNA的种子区（从5’端开始2～8位的一段序列）与靶标的3’UTR结合导致靶标mRNA的降解和翻译抑制,从而参与调控多种生物学过程,如免疫、细胞分化、生长发育... 详细信息

miRNA是一类长约22nt的内源性非编码单链RNA,广泛存在于真核生物中。主要通过miRNA的种子区（从5’端开始2～8位的一段序列）与靶标的3’UTR结合导致靶标mRNA的降解和翻译抑制,从而参与调控多种生物学过程,如免疫、细胞分化、生长发育以及凋亡等。蠋蝽Arma chinensis （Fallou）是一种捕食范围广、适应能力强、应用价值高的天敌昆虫。它不仅能有效控制鳞翅目、鞘翅目、膜翅目和半翅目等多种农林害虫,而且对美国白蛾和马铃薯甲虫等入侵害虫也具有较好的防治效果。因此,了解miRNA调控蠋蝽生长发育的分子机制对蠋蝽的大规模饲养以及害虫防治具有重要意义。本实验利用small RNA-seq技术对5个龄期的蠋蝽若虫进行了小RNA建库测序,通过生物信息学分析鉴定出了相邻2个龄期若虫文库间的差异表达miRNA,并利用miRanda、RNAhybrid、PITA 3个靶基因预测软件综合分析差异表达miRNA的靶标基因,随后对所有靶标基因进行了GO注释和KEGG通路富集分析。本实验总共鉴定出了812个保守的miRNA以及264个新的miRNA。针对相邻两个龄期的蠋蝽若虫间的差异表达miRNA分析发现1龄与2龄间比其余龄期间存在更多的差异表达miRNA。靶标预测结果显示225个显著差异表达miRNA总共靶定4 303个靶标基因。一个miRNA可以靶定多个靶标基因,而一个靶标基因也可以对应多个miRNA。靶标基因主要富集于寿命调节通路、色氨酸代谢、细胞外基质受体互作、磷酸戊糖途径和糖代谢通路,而这些通路都与蠋蝽的生长发育密切相关。本实验对蠋蝽若虫阶段的miRNA表达谱以及其潜在靶标基因进行了分析,以期为miRNA在蠋蝽生长发育过程中参与调控的通路和机制提供理论依据,更为以后深入探究蠋蝽中特定表达的miRNA奠定基础。

关键词：蠋蝽生长发育 microRNA 靶标基因

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

基因芯片技术在昆虫抗药性研究中的应用

湖北农业科学 2015年第14期54卷 3335-3341页

作者：吴华俊罗淋淋林同华南农业大学林学院广州510642

化学杀虫剂滥用导致昆虫抗药性问题日渐突出,研究昆虫抗药性是为了更有效地防治害虫。基因芯片为害虫抗药性研究提供了理想的平台。综述了基因芯片技术在昆虫抗药性研究中的应用进展,重点总结了细胞色素P450氧化酶、酯酶、谷胱甘肽-S-... 详细信息

化学杀虫剂滥用导致昆虫抗药性问题日渐突出,研究昆虫抗药性是为了更有效地防治害虫。基因芯片为害虫抗药性研究提供了理想的平台。综述了基因芯片技术在昆虫抗药性研究中的应用进展,重点总结了细胞色素P450氧化酶、酯酶、谷胱甘肽-S-转移酶等解毒酶基因和乙酰胆碱酯酶等靶标酶基因的表达情况,为在分子水平上研究昆虫抗药性提供了依据,为从基因组学水平深入、全面开展昆虫与农药的互作研究奠定了基础。

关键词：基因芯片昆虫抗药性解毒酶基因靶标基因

维普期刊数据库

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

植物小RNA的巨大作用

世界科学 2008年第10期 26-27页

作者：明凤复旦大学遗传研究所

microRNA(或miRNA)是一种长度介于20～24个核苷酸的单链RNA,由III型RNase Dicer从含有茎环结构的内源转录本中切割产生。作为一种负调控因子,miRNA作用于它们的靶标mRNA,能够在转录或翻译水平上对基因的表达起到调控作用。从1993年首个m... 详细信息

microRNA(或miRNA)是一种长度介于20～24个核苷酸的单链RNA,由III型RNase Dicer从含有茎环结构的内源转录本中切割产生。作为一种负调控因子,miRNA作用于它们的靶标mRNA,能够在转录或翻译水平上对基因的表达起到调控作用。从1993年首个miRNA在线虫中的发现开始,到2002年第一个植物miRNA的发现,miRNA引发了世界各国科学家的极大兴趣与高度重视,其普遍性和重要性才逐渐被人们所认识。miRNA于2002年成为当年十大科技榜首之位。

关键词：植物动物靶标基因 RNA 目标基因

柞蚕核型多角体病毒基因组编码的VmiRNA筛选及功能分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

安徽农业科学 2018年第23期46卷 65-68页

作者：刘丹梅宋丽新李文利辽东学院农学院辽宁丹东118000 大连理工大学生命科学与技术学院辽宁大连116024 大连理工大学盘锦校区生命与医药学院辽宁盘锦124221

[目的]VmiRNA不仅可以控制自身基因,还可调节宿主的稳定表达,研究VmiRNA的功能有助于从分子水平说明核型多角体病毒与柞蚕的寄生关系,从而改进对病毒的防控措施。[方法]利用生物信息学及实时定量PCR等分子生物学相关技术,对柞蚕核型多... 详细信息

[目的]VmiRNA不仅可以控制自身基因,还可调节宿主的稳定表达,研究VmiRNA的功能有助于从分子水平说明核型多角体病毒与柞蚕的寄生关系,从而改进对病毒的防控措施。[方法]利用生物信息学及实时定量PCR等分子生物学相关技术,对柞蚕核型多角体病毒编码的miRNA及其作用的靶标基因进行研究。[结果]经预测和筛选得到了Ap NPV编码的miRNA MD217,与其有关的宿主靶基因14种,主要参与细胞组成、生化过程以及分子功能等途径,涉及到生物体细胞内一些催化、免疫反应等过程;实时定量PCR结果表明,MD217在病毒感染后上调表达,脂肪体组织内的靶基因MAPKK7表达水平与MD217的表达呈正相关。[结论]miRNA MD217在病毒感染后诱导表达,推测很可能降低了宿主免疫系统的防御能力,并同时影响靶基因MAPKK7的功能表达,从而避免了在免疫应答过程中的免疫清除。

关键词：柞蚕核型多角体病毒 miRNA 靶标基因

维普期刊数据库

柑橘黄龙病菌在柑橘病树不同部位中的定量分布情况研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

农业科技通讯 2021年第6期 220-222页

作者：冯贤巧阳江市植保植检和种子土肥环保管理站广东阳江529500

采用实时荧光定量PCR检测了柑橘黄龙病菌在广东省阳江市4个柑橘品种9个不同部位中的定量分布情况,为病害防控提供依据。结果表明,柑橘成熟叶片的叶脉样品和叶肉样品中的黄龙病菌靶标基因平均含量分别为5210808.08和1328972.53拷贝/每克... 详细信息

采用实时荧光定量PCR检测了柑橘黄龙病菌在广东省阳江市4个柑橘品种9个不同部位中的定量分布情况,为病害防控提供依据。结果表明,柑橘成熟叶片的叶脉样品和叶肉样品中的黄龙病菌靶标基因平均含量分别为5210808.08和1328972.53拷贝/每克植物组织,均显著高于柑橘新叶的叶脉样品和叶肉样品(分别为18274.26和7754.41拷贝/每克植物组织)。果实样品中的柑橘黄龙病菌靶标基因平均含量顺序为囊壁样品>橘络样品>种皮样品>果实中柱样品>果皮样品。本研究表明,柑橘黄龙病菌广泛分布于4个柑橘品种的多个部位,但在不同的柑橘个体及不同部位样品中,柑橘黄龙病菌含量均有一定差异。

关键词：柑橘黄龙病柑橘品种定量分布靶标基因

维普期刊数据库

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

未来治理害物抗性的工具

世界农药 2013年第1期35卷 8-11页

作者：袁梅徐汉虹华南农业大学天然农药与化学生物学教育部重点实验室

农药是植物保护的重要手段,但农药抗性是一个不可忽略的问题。最近报道,在251种引起作物及储粮损失的真菌中,只有27种真菌分别对一类杀菌剂有严重抗性,用相对应类别的杀菌剂防治时会造成重大的损失,有时损失殆尽。尽管如此,人们并未丧... 详细信息

农药是植物保护的重要手段,但农药抗性是一个不可忽略的问题。最近报道,在251种引起作物及储粮损失的真菌中,只有27种真菌分别对一类杀菌剂有严重抗性,用相对应类别的杀菌剂防治时会造成重大的损失,有时损失殆尽。尽管如此,人们并未丧失对这些病菌造成病害的控制,因为对此可用不同作用机制的杀菌剂来防治。杀虫剂、除草剂的情况也如此,这说明成功的抗性管理依赖于新作

关键词： RNAi 抗性突变体靶标基因作用机制草甘麟甲酞胺