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蒙古冰草抗旱相关amo-miR5靶基因预测及表达载体构建

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基因组学与应用生物学 2018年第3期37卷 1302-1307页

作者：张旭婷刘旭婷马艳红于肖夏于卓内蒙古农业大学农学院

microRNA是植物体内普遍存在的非编码RNA，参与调控干旱、盐害、寒冷等多种逆境胁迫响应，是mRNA表达的关键调控因子之一。为研究蒙古冰草抗旱相关非保守amo—miR5的功能，本试验通过TargetFinder软件和在线PMTED数据库进行靶基因预测，... 详细信息

microRNA是植物体内普遍存在的非编码RNA，参与调控干旱、盐害、寒冷等多种逆境胁迫响应，是mRNA表达的关键调控因子之一。为研究蒙古冰草抗旱相关非保守amo—miR5的功能，本试验通过TargetFinder软件和在线PMTED数据库进行靶基因预测，用DNAStar MegAlign软件对预测得到的靶基因进行同源性分析，并构建***5表达载体。分析研究表明，预测到amo—miR5靶基因21个，有一部分靶基因功能与植物干旱胁迫有关，但大多功能未知；蒙古冰草的2个amo—miR5靶基因与小麦（Triticum aestivum）、水稻（Oryz0sati。曲、玉米（Zeamays）中预测的靶基因间相似性指数在19．3％～53％之间，同源性较低，推测与amo—miR5的非保守特异性有关。利用双酶切手段，切除pBI121载体中GUS基因，连入amo—miR5前体，成功构建了以GaMV35S为启动子的表达载体pBI121-amo—miR5，为下一步遗传转化研究amo—miR5抗旱调控机理提供依据。

关键词：蒙古冰草抗旱相关microRNA 靶基因预测载体构建

bta-miR-103在牛各组织中的表达及其靶基因预测

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基因组学与应用生物学 2021年第7期40卷 2583-2589页

作者：张晓羽张伟伟邵淑丽杨清竹张珍珠齐齐哈尔大学生命科学与农林学院抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江省重点实验室齐齐哈尔161006

miRNA作为内源性小的单链非编码RNA,在组织器官的发育和发生、细胞增殖和凋亡等方面起着重要作用。鉴于目前尚不完全明确bta-miR-103在牛各组织中的表达规律及其可能的靶基因,本研究首先对bta-miR-103在牛基因组中的位置及序列信息进行... 详细信息

miRNA作为内源性小的单链非编码RNA,在组织器官的发育和发生、细胞增殖和凋亡等方面起着重要作用。鉴于目前尚不完全明确bta-miR-103在牛各组织中的表达规律及其可能的靶基因,本研究首先对bta-miR-103在牛基因组中的位置及序列信息进行了分析,并通过茎环荧光定量PCR法检测了牛不同组织中bta-miR-103的表达情况,结果表明其在牛上皮组织中的表达量最高,其次是骨髓和结缔组织。为了进一步了解bta-miR-103的调节作用及其机制,使用TargetScan等在线软件对其可能结合的靶基因进行了预测,发现存在744个基因mRNA的3'UTR可能和bta-miR-103结合,并且大部分靶基因参与细胞的增殖、分化和凋亡。本研究结果可为深入研究bta-miR-103在牛各组织中增殖和分化的作用奠定基础。

关键词： bta-miR-103 牛茎环荧光定量PCR 靶基因预测

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牛miR-144靶基因预测与组织表达分析

浙江农业学报 2022年第3期34卷 471-479页

作者：丁燕玲王鹏飞杨朝云周小南赵志艳张岩峰史远刚康晓龙宁夏大学农学院宁夏银川750021

为研究miR-144的靶基因与miR-144在牛不同组织中的表达规律,预测其对肌肉生长发育的调节机制,对miR-144在各物种间的保守性、潜在靶基因及其富集通路进行分析,通过qRT-PCR方法检测牛不同组织中miR-144的表达。结果表明,miR-144成熟序列... 详细信息

为研究miR-144的靶基因与miR-144在牛不同组织中的表达规律,预测其对肌肉生长发育的调节机制,对miR-144在各物种间的保守性、潜在靶基因及其富集通路进行分析,通过qRT-PCR方法检测牛不同组织中miR-144的表达。结果表明,miR-144成熟序列在各物种间保守性较高;富集分析发现,靶基因显著富集于血管平滑肌收缩、cGMP-PKG、cAMP等与肌肉发育相关通路中。qRT-PCR结果显示,miR-144在肝中的表达量最高,在皮下脂肪中的表达量最低;miR-144在腿肌和心中的表达差异不显著(P>0.05),但在肝中的表达显著(P0.05)。

关键词： miR-144 组织表达靶基因预测实时荧光定量PCR 富集通路

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miR-423-5p在牛肌肉组织中表达及其靶基因预测

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浙江农业学报 2021年第5期33卷 785-793页

作者：陈雯张伟伟邵淑丽付学鹏黄鑫李铁齐齐哈尔大学生命科学与农林学院黑龙江齐齐哈尔161006 抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江省重点实验室黑龙江齐齐哈尔161006

miR-423-5p在细胞中具有重要的生物学功能,如在肌细胞中能影响细胞的增殖。根据miRBase及NCBI网站显示的相关信息利用分析软件对miR-423在各物种之间的同源性进行了分析。取成年西门塔尔牛体内的骨骼肌、小肠、心脏组织利用茎环荧光定量... 详细信息

miR-423-5p在细胞中具有重要的生物学功能,如在肌细胞中能影响细胞的增殖。根据miRBase及NCBI网站显示的相关信息利用分析软件对miR-423在各物种之间的同源性进行了分析。取成年西门塔尔牛体内的骨骼肌、小肠、心脏组织利用茎环荧光定量PCR进行miR-423-5p表达量检测,将牛骨骼肌卫星细胞(MDSCs)分化处理不同时长后进行检测;最后通过在线软件(TargetScan、PicTar)预测其可能结合的靶基因。结果表明,miR-423-5p在各物种间具有较高的同源性,在骨骼肌中表达量明显高于其他组织。在MDSCs中,随着细胞分化时间的延长,miR-423-5p表达量逐渐升高。miR-423-5p在12个基因mRNA的3′-UTR上含有潜在的结合位点,其中部分靶基因参与细胞的增殖、分化和凋亡。结果提示,miR-423-5p可能参与细胞的生长代谢,调节细胞的增殖与分化。

关键词： miR-423-5p 茎环荧光定量PCR 靶基因预测牛

向日葵锈病抗性相关microRNA的挖掘及其靶基因预测

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中国油料作物学报 2020年第4期42卷 687-700页

作者：龚静路妍宋阳景岚内蒙古农业大学园艺与植物保护学院内蒙古呼和浩特010019

前期利用高通量测序技术及生物信息学分析方法,在向日葵上预测筛选到10个差异表达的新microRNA(miRNA)可能与锈病抗性相关。本试验利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对筛选到的10个miRNA做进一步的定量验证。结果表明,相比于水处理的... 详细信息

前期利用高通量测序技术及生物信息学分析方法,在向日葵上预测筛选到10个差异表达的新microRNA(miRNA)可能与锈病抗性相关。本试验利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,对筛选到的10个miRNA做进一步的定量验证。结果表明,相比于水处理的健康叶片(对照组A),接种锈菌300生理小种的叶片中(抗病组B)HanmiR21、Han-miR25、Han-miR42表达量呈上调趋势,Han-miR11、Han-miR34、Han-miR43、Han-miR47、Han-miR67表达量呈下调趋势;接种锈菌737生理小种的叶片中(感病组C)Han-miR25、Han-miR42的表达量呈上调趋势,Han-miR11、Han-miR21、Han-miR34、Han-miR43、Han-miR47、Han-miR67表达量呈下调趋势。qRT-PCR的检测结果与前期高通量测序结果 80%相一致。利用miRanda软件预测靶基因,10个miRNA共预测到117个靶基因,其中86个靶基因获得其生物信息学功能注释。运用miRBase数据库,对10个新预测miRNA进行同源性分析发现,新预测的10个miRNA与拟南芥、烟草、水稻等作物中参与病害逆境胁迫响应的miRNA有较高相似性(62%~100%)。定量检测和验证miRNA作用的靶基因时发现,抗病组表达量上调的Han-miR21对应的靶基因有1个下调、表达量下调的Han-miR43对应的靶基因有3个上调,符合miRNA与其靶基因互作的规律。

关键词：向日葵锈病抗锈相关miRNA 靶基因预测 qRT-PCR

蒙古冰草苗期抗旱相关microRNA的差异表达分析及靶基因预测

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麦类作物学报 2017年第9期37卷 1168-1174页

作者：马艳红张旭婷于肖夏刘旭婷高慧于卓内蒙古农业大学农学院内蒙古呼和浩特010019

为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用Target Finder软件... 详细信息

为明确蒙古冰草抗旱相关microRNA(miRNA)的表达特征及其靶基因,利用实时荧光定量PCR技术,对前期测序筛选到的4个miRNA(amo-miR21、amo-miR44、amo-miR62、amo-miR82)在干旱胁迫下的苗期差异表达情况进行了定量验证,用Target Finder软件和psRNATarget数据库在线预测其靶基因,并用MegAlign软件对预测的靶基因进行了同源性比对分析。结果表明,干旱胁迫下,蒙古冰草中amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的表达量呈上调趋势,而amo-miR44的表达呈下调趋势,与前期测序结果相符;4个miRNA共预测出32个靶基因,其中,amo-miR44在玉米、水稻和小麦数据库中未发现同源的靶基因,在拟南芥、大麦、蒺藜苜蓿中发现的靶基因相似性较低;而amo-miR21、amo-miR82和amo-miR62的靶基因均与小麦中预测的靶基因存在较高同源性(68.6%~95.6%),推测这3个靶基因是参与干旱逆境胁迫响应的基因。

关键词：蒙古冰草干旱胁迫 microRNA 荧光定量RT—PCR 靶基因预测

hsa-miR-1-5p靶基因预测及功能分析

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中国循环杂志 2018年第S1期33卷 15-16页

作者：张新生刘超群沈阳医学院辽宁省沈阳市

目的:已有报道hsa-miR-1-5p在心脏疾病中表达异常,现在通过生物信息学方法预测hsa-miR-1-5p的靶基因及其靶基因的功能,为今后研究提供思路。方法:通过miRbase在线数据库对hsa-miR-1-5p在各物种间的保守性以及在物种中的基因序列进行进... 详细信息

目的:已有报道hsa-miR-1-5p在心脏疾病中表达异常,现在通过生物信息学方法预测hsa-miR-1-5p的靶基因及其靶基因的功能,为今后研究提供思路。方法:通过miRbase在线数据库对hsa-miR-1-5p在各物种间的保守性以及在物种中的基因序列进行进化分析。通过miRGator V3.0在线数据库查看hsa-miR-1-5p在各个组织器官中的表达情况;应用TargetScan和miRDB在线数据库预测hsa-miR-367-3p的靶基因;将靶基因交集用DAVID在线数据库进行功能富集分析和信号转导通路富集分析。

关键词：信号转导通路 miR hsa-miR-1-5p 靶基因预测功能分析

奶牛miR-124a靶基因预测及生物信息学分析

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中国生物制品学杂志 2018年第10期31卷 1084-1089,1094页

作者：杨卓妮娜王秀伟郭丽张伟红杨焕民沈冰蕾刘胜军黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319 黑龙江尚志市中现育龙牛业黑龙江尚志150600

目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获... 详细信息

目的预测奶牛miR-124a(bta-miR-124a)的靶基因,并对其生物学功能、调控机制以及参与的信号转导通路进行富集分析,为bta-miR-124a调控乳品质代谢的功能验证研究提供理论依据。方法利用miRBase、miRWalk和Targetscan等在线数据分析系统,获得bta-miR-124a的前体及成熟区序列,同时预测其候选靶基因并取交集,进而对筛选获得的候选靶基因进行GO功能注释及信号通路富集分析。结果 bta-miR-124a序列在各物种间高度保守,其候选靶基因主要富集在生物调控、细胞生长、代谢等生物学过程中。KEGG信号通路显示,在癌症、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMP-activated protein,AMPK)、环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)信号转导、脂肪酸降解、脂肪酸生物合成等信号通路中,候选靶基因均被富集。结论 bta-miR-124a的候选靶基因在癌症发生、AMPK信号转导、脂肪酸代谢中发挥重要作用。其中,脂肪酸代谢是bta-miR-124a可能参与的主要代谢调控通路。为后期bta-miR-124a在奶牛乳腺组织中调控乳脂代谢的功能机制的研究提供参考。

关键词： miR-124a 靶基因预测生物信息学分析乳脂代谢奶牛

miR-2400在牛各组织中表达及其靶基因预测

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基因组学与应用生物学 2020年第9期39卷 3929-3934页

作者：罗海静沈洋曲世玮孙蓉张伟伟邵淑丽齐齐哈尔大学生命科学与农林学院抗性基因工程与寒地生物多样性保护黑龙江省重点实验室齐齐哈尔161006

miRNA作为生物体内的单链非编码小RNA,在调节细胞生长、增殖和分化等生物学过程中的作用,使其受到越来越多的关注。miR-2400是牛中特异表达的miRNA,但其在牛各组织中的表达规律及其可能的靶基因尚不清楚。本研究首先介绍了miR-2400在牛... 详细信息

miRNA作为生物体内的单链非编码小RNA,在调节细胞生长、增殖和分化等生物学过程中的作用,使其受到越来越多的关注。miR-2400是牛中特异表达的miRNA,但其在牛各组织中的表达规律及其可能的靶基因尚不清楚。本研究首先介绍了miR-2400在牛基因组中的位置及序列信息,通过茎环荧光定量PCR技术检测了牛各组织中miR-2400的表达,结果表明,其在皮肤中表达最高,其次是结缔组织和脂肪组织;且在增殖状态的牛骨骼肌卫星细胞中的表达高于分化状态时的表达。miRNA主要是通过其"种子序列"与靶基因mRNA的3’UTR结合从而发挥调控作用。为了更好地了解miR-2400的作用及机制,本研究通过在线软件预测了其可能结合的靶基因,发现大约有544个基因mRNA的3’UTR含有miR-2400潜在的结合位点,大部分靶基因参与细胞的增殖、分化和凋亡。本研究结果为进一步深入研究miR-2400在牛各组织中的作用奠定基础。

关键词： miR-2400 茎环荧光定量PCR 靶基因预测牛