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镜鲤体长性状的QTL定位分析

遗传 2011年第11期33卷 1245-1250页

作者：张天奇张晓峰谭照君曹柱王宣朋李文升储志远孙效文大连海洋大学生命科学与技术学院大连116023 中国水产科学研究所黑龙江水产研究及农业部北方鱼类生物工程育种重点开放实验室哈尔滨150070 上海海洋大学水产与生命技术学院上海201306

以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体为材料,利用553个分子标记（217个SSR和336个SNP标记）对其进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包对遗传连锁图谱进行构建。利用MapQTL5.0区间作图法（Interval mapping）进行QTL检... 详细信息

以镜鲤良种后代为祖父母本所培育的杂交F2群体的68个个体为材料,利用553个分子标记（217个SSR和336个SNP标记）对其进行基因型检测,运用JoinMap4.0软件包对遗传连锁图谱进行构建。利用MapQTL5.0区间作图法（Interval mapping）进行QTL检测,通过置换实验（1 000次重复）确定连锁群显著性水平阈值。在对体长的区间定位中共检测到12个与体长性状相关的QTLs区间,分布在BL-1-1（SNP0137-SNP1481）、BL-4-1（SNP0092-HLJ797）、BL-5-1（SNP1268-HLJ423）、BL-7-1（HLJ870-SNP0702）、BL-12-1（SNP0922-HLJ639）、BL-16-1（HLJE351-SNP0674）、BL-25-1（SNP0394-SNP0862）、BL-35-1（HLJ668-SNP0832）、BL-43-1（SNP0389-SNP1425）、BL-47-1（HLJ057-HLJ1113）、BL-47-2（HLJ1439-HLJ1418）等11个连锁群上,解释表型变异范围是13.8%~64.9%,其中贡献率大于20%的主效QTLs有8个,是体长性状的主效QTLs区间。

关键词：镜鲤体长数量性状定位分子辅助育种

镜鲤抗疱疹病毒(CyHV-3)F_(4)抗病品系病毒表达量评估

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上海海洋大学学报 2021年第2期30卷 258-265页

作者：孙佳鑫石连玉姜晓娜李池陶葛彦龙胡雪松张晓峰贾智英上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所农业农村部水产基因组学重点实验室黑龙江哈尔滨150070 上海海洋大学水产动物遗传育种中心上海市协同创新中心上海201306

以镜鲤抗疱疹病毒新品种F_(4)为实验材料,利用实时荧光定量PCR技术以TK(thymidine kinase)和ORF72基因为病毒标志基因,分析镜鲤抗疱疹病毒(CyHV-3)选育抗病品系F_(4)在病毒感染不同阶段中的表达量。结果显示:2个基因不同感染阶段脾、肾... 详细信息

以镜鲤抗疱疹病毒新品种F_(4)为实验材料,利用实时荧光定量PCR技术以TK(thymidine kinase)和ORF72基因为病毒标志基因,分析镜鲤抗疱疹病毒(CyHV-3)选育抗病品系F_(4)在病毒感染不同阶段中的表达量。结果显示:2个基因不同感染阶段脾、肾组织表达量趋势一致,24~144 h呈上升趋势,144~288 h呈下降趋势,且在144 h时脾、肾组织的病毒表达量均达到最高。脾组织2个基因表达量均低于肾组织。选育组2个基因在120 h均达到差异极显著,未选育组2个基因均在96~144 h差异极显著。选育组2个基因表达量低于未选育组。脾、肾组织TK基因均在96~168 h差异极显著;脾、肾组织ORF72基因均在96~192 h差异极显著,其中脾组织216 h也差异极显著。以上结果说明选育组抗病性能强于未选育组,其中肾组织抗病性能强于脾组织,且经选育肾组织抗病免疫性能得到提高。目前,未见其他鱼类的选育种在抗病性状上达到一个稳定阶段,对于病毒表达量的研究可为其他鱼类的研究提供重要的参考作用。

关键词：镜鲤鲤科疱疹病毒3型免疫基因病毒表达量

镜鲤(Cyprinus carpio)肌间刺数量微卫星标记筛选与相关性分析

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Zoological Research 2013年第4期34卷 406-410页

作者：马吉敏匡友谊郑先虎曹顶臣吕伟华常瑜周丹杜科孙效文大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所黑龙江哈尔滨150070

该文从200个微卫星标记中筛选出149个多态性标记,并对镜鲤(Cyprinus carpio)子代个体数最多的家系进行了肌间刺数量的相关性分析。结果表明有8个微卫星标记与肌间刺数量显著相关(P<0.05)。其中,HLJ3086、HLJ2642及HLJ3515与肌间刺数量... 详细信息

该文从200个微卫星标记中筛选出149个多态性标记,并对镜鲤(Cyprinus carpio)子代个体数最多的家系进行了肌间刺数量的相关性分析。结果表明有8个微卫星标记与肌间刺数量显著相关(P镜鲤肌间刺数量的分子标记辅助育种(molecular marker assisted breeding)提供了有效依据。

关键词：镜鲤肌间刺数量微卫星标记相关分析

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镜鲤多家系体长和体质量QTL定位分析

水产学报 2014年第9期38卷 1263-1269页

作者：郑先虎匡友谊吕伟华曹顶臣冬方孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室东北农业大学生命科学学院

为了克服单个家系数量性状位点（QTL）检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星（SSR）标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长（SL）和体质量（BW）性状进行QTL分析。结果显示... 详细信息

为了克服单个家系数量性状位点（QTL）检测效率低、假阳性高等缺点,实验利用250对微卫星（SSR）标记对镜鲤8个全同胞家系的522尾子代进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对镜鲤体长（SL）和体质量（BW）性状进行QTL分析。结果显示,基于父系的QTL分析,共检测到4个QTL区间,其中,3个体长的QTL中,1个为95%基因组水平（genome-wide）显著性,位于LG24,可解释表型变异率为20.3%;其余2个均为95%染色体水平（chromosome-wide）显著性,分别位于LG6和LG30,可解释表型变异率分别为11.9%和11.6%。1个体质量的QTL达到99%基因组水平,位于LG24,可解释表型变异率达到38.3%,且与体长QTL区间重叠。基于母系的QTL分析,共检测到8个QTL区间,其中,5个体长的QTL中,1个为99%染色体水平,位于LG8,可解释表型变异率为16.6%;其余4个均为95%染色体水平,分别位于LG24、LG30、LG31和LG45,可解释表型变异率为9.6%;4.2%,且位于LG24和LG30上的QTL为父母本共有;3个体质量的QTL均与体长QTL区间重叠,1个为95%染色体水平,位于LG24,其余2个均为99%染色体水平,位于LG30和LG45,可解释表型变异率分别为14.1%和13.6%。进一步分析发现,位于LG24上的体长和体质量QTL区间重叠且均为父母本共有,体质量的3个QTL均与体长QTL存在重叠区域且呈现成簇分布的特点。本研究结果不仅可以为鲤分子育种提供更可靠的标记,而且为家系和品种间QTL变异规律的探索提供基础数据。

关键词：镜鲤多家系体长体质量 QTL

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镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL挖掘

水产学报 2014年第5期38卷 625-631页

作者：单云晶鲁翠云张晓峰李超程磊孙效文大连海洋大学水产与生命学院中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因... 详细信息

为挖掘镜鲤头长及头长体长比性状的主效QTL区间,实验利用368个SSR、336个SNP标记对镜鲤良种后代杂交F1群体的68个个体进行基因型检测,运用JoinMap 4.0软件包构建遗传连锁图谱。该图谱包含535个分子标记并被分配到50个连锁群上,覆盖基因组总长度为2 244.66 cM,标记间平均距离为4.63 cM。利用MapQTL 5.0(interval mapping,IM)区间作图法进行QTL检测。结果显示,共得到2个与头长相关的QTL区间,分别分布在LG21和LG42,可解释型变异分别为28.2%、32.6%;6个与头长体长比性状相关的QTL位于LG8、LG15、LG18、LG21、LG39、LG40,可解释表型变异范围是16.4%49.3%。全部QTL区间中贡献率大于20%的主效QTL有7个,HL-21和HL-42是头长性状的主效区间;HBR-8、HBR-15、HBR-21、HBR-39和HBR-40是头长体长比性状的主效QTL区间。利用SPSS的一般线性模型(GLM)针对另一群体进行验证,结果表明HLJ692与镜鲤头长体长比显著相关。

关键词：镜鲤头长头长体长比遗传连锁图谱数量性状基因座(QTL)

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镜鲤体质量和体长的QTL定位研究

中国水产科学 2012年第2期19卷 189-195页

作者：郑先虎曹顶臣匡友谊张晓峰鲁翠云李超孙效文中国水产科学院黑龙江水产研究所农业部淡水水产生物技术与遗传育种重点实验室上海海洋大学水产与生命学院

以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系为材料,用940对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对体质量(BW)和体长(SL)进行QTL定位分析。QTL检测显示:基于父系的QTL分析,共检测到8个QTL区间。5个与体质量相关的QTL区间... 详细信息

以镜鲤(Cyprinus carpio L.)全同胞家系为材料,用940对微卫星(SSR)标记进行基因组扫描,采用半同胞家系的分析策略对体质量(BW)和体长(SL)进行QTL定位分析。QTL检测显示:基于父系的QTL分析,共检测到8个QTL区间。5个与体质量相关的QTL区间中,1个QTL为95%基因组水平(genome-wide)显著性,位于LG26连锁群,其他4个QTL均为95%染色体水平(chromosome-wide)显著性;3个与体长相关的QTL区间与体质量的QTL区间重叠,其中,1个QTL为99%基因组水平显著性,其余2个QTL均为95%染色体水平显著性。基于母系的QTL分析,共检测到11个QTL区间。6个与体质量相关的QTL区间中,1个QTL为99%基因组水平显著性,位于LG26,2个QTL为99%染色体水平显著性,其余3个QTL均为95%染色体水平显著性;5个与体长相关的QTL中有4个与体质量QTL区间重叠,其中,1个QTL为99%基因组水平显著性,1个QTL为99%染色体水平显著性,其余3个QTL均为95%显著性染色体水平。结果表明,在LG26上,存在着与体质量和体长都显著相关的QTL区间,且均达到基因组显著性水平,最小置信区间为3 cM。此QTL结果可以应用于鲤鱼分子标记辅助育种。

关键词：镜鲤连锁图谱 QTL 体质量体长

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镜鲤的热耐受及其影响因素

水生生物学报 2024年

作者：杨清李武新曾令清重庆师范大学进化生理与行为学实验室淡水鱼类资源保护与利用重庆市重点实验室动物生物学重庆市高校重点实验室

为考察不同因素对鲤科鱼类热耐受的影响,研究以镜鲤（Cyprinus carpio ***）幼鱼为实验对象,探究在不同因素处理后该鱼种的临界温度(即临界低温,Critical thermal minimum,CTmin;临界高温,Critical thermal maximum,CTmax)和致死温度(... 详细信息

为考察不同因素对鲤科鱼类热耐受的影响,研究以镜鲤（Cyprinus carpio ***）幼鱼为实验对象,探究在不同因素处理后该鱼种的临界温度(即临界低温,Critical thermal minimum,CTmin;临界高温,Critical thermal maximum,CTmax)和致死温度(即致死低温,Lethal thermal minimum,LTmin;致死高温,Lethal thermal maximum,LTmax)的变化特征。研究发现:个体大小、运动训练和饥饿对镜鲤的高温耐受均无影响,但对镜鲤的低温耐受产生影响。其中,大个体组的CTmin和LTmin均显著低于小个体组（P镜鲤幼鱼的低温耐受能力。此外,食物消化对镜鲤的高温耐受和低温耐受能力均无影响。尽管运动训练对于镜鲤幼鱼的高温耐受无影响,但是运动训练显著提高了镜鲤的低温耐受能力（P镜鲤的高温耐受能力无影响,但其低温耐受能力受到营养状态、运动训练及体型的影响。

关键词：气候变化热耐受临界温度致死温度环境因素镜鲤

微卫星DNA标记探讨镜鲤的种群结构与遗传变异

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遗传 2006年第12期28卷 1541-1548页

作者：全迎春李大宇曹鼎辰孙效文梁利群黑龙江水产研究所北方鱼类生物工程育种重点开放实验室

采用30个微卫星分子标记，对5个镜鲤群体的观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ae）等进行了遗传检测，根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离，以X^2检验估计Hardy—Weinberg平衡... 详细信息

采用30个微卫星分子标记，对5个镜鲤群体的观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）和有效等位基因数（Ae）等进行了遗传检测，根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离，以X^2检验估计Hardy—Weinberg平衡，以近交系数（FST）和基因流（Nm）分析群体的遗传分化。同时，使用PHYLIP3．63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图，并进行bootstrap自举检验验证进化树的可靠性。在德国镜鲤选育系（Scattered Cyprinus carpio L．）和来自4个不同养殖场（松浦、东岗、奉城和辽中）的德国镜鲤群体中共检测到7083个扩增片段，长度在102～446bp之间，在群体内扩增出等位基因1～16个不等，共计356个等位基因。结果表明：（1）5个群体检测的有效等位基因数在1．07～12．30个不等，平均多态信息含量为0．74、0．74、0．69、0．75和0．75，无偏期望杂合度的平均值为0．74、0．78、0．70、0．76和0．78，说明这几个群体属于高度多态，遗传多样性水平较高。（2）群体间相似系数在0．52以上，相似性较高。聚类分析显示，东岗、奉城和辽中3个养殖场的德国镜鲤群体聚类成一个分支，而德国镜鲤选育系与松浦群体聚类成另一分支。聚类的先后与它们在地理分布上距离远近有一定的相关性。（3）在与功能基因相关的多个微卫星基因座位上，扩增产物呈现不同程度的缺失现象，这些无效等位基因的产生可能与结构基因在育种中受到人工选择的影响较大有关。

关键词：微卫星群体多样性镜鲤分子标记

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镜鲤脂肪酸延长酶5基因的克隆和表达分析

中国水产科学 2015年第1期22卷 9-16页

作者：吴景郑先虎匡友谊吕伟华曹顶臣冬方孙效文中国水产科学研究院黑龙江水产研究所大连海洋大学水产与生命学院

脂肪酸延长酶5（ELOVL5）是高不饱和脂肪酸（HUFA）合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。... 详细信息

脂肪酸延长酶5（ELOVL5）是高不饱和脂肪酸（HUFA）合成的关键酶之一。为了研究鲤HUFA合成的能力和机制,本研究采用RT-PCR和RACE技术获得镜鲤ELOVL5全长c DNA序列。ELOVL5基因c DNA全长1 121 bp,开放阅读框为876 bp,编码291个氨基酸。序列分析显示,镜鲤ELOVL5氨基酸序列包含1个组氨酸簇（HXXHH）,1个典型的内质网驻留信号,多个跨膜区域和多个保守区域（KXXEXXDT、QXXFLHXYHH、NXXXHXXMYXYY、TXXQXXQ）,具有典型的脂肪酸延长酶的结构特征。氨基酸同源性分析结果显示,镜鲤ELOVL5基因与其他鱼类同源性为79.0%;3.1%,与人同源性为69.0%。通过实时荧光定量PCR（RT-q PCR）检测该基因在镜鲤不同组织中的表达量,发现脂肪酸延长酶基因在镜鲤肝中表达量最高,其次为脑,在背部肌肉中表达量最低。镜鲤ELOVL5基因的获得为进一步研究镜鲤HUFA的合成途径及调控机理奠定了基础。

关键词：脂肪酸延长酶5 镜鲤基因克隆表达分析