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黄瓜SRAP遗传连锁图的构建及侧枝基因定位

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中国科学（C辑） 2004年第6期34卷 510-516页

作者：王刚潘俊松李效尊何欢乐吴爱忠蔡润上海交通大学农业与生物学院上海201101

在由黄瓜的两个自交系S06与S52杂交产生的F2群体中,应用SRAP(sequence-relatedamplifiedpolymorphism)标记构建遗传连锁图谱,检测控制黄瓜侧枝数(lbn)和侧枝平均长度(lbl)的数量性状座位(QTL).使用筛选出的64个多态性引物组合对F2群体... 详细信息

在由黄瓜的两个自交系S06与S52杂交产生的F2群体中,应用SRAP(sequence-relatedamplifiedpolymorphism)标记构建遗传连锁图谱,检测控制黄瓜侧枝数(lbn)和侧枝平均长度(lbl)的数量性状座位(QTL).使用筛选出的64个多态性引物组合对F2群体进行分析,得到108个多态性位点.经MAPMAKER/EXP3.0分析(LOD>3.0),获得由92个标记座位组成、覆盖7个连锁群的遗传图谱,总长1164.2cM,标记平均间距12.6cM.应用QTLMapper1.6,各检测到4个控制lbn和lbl的QTL,其中,对lbn贡献率最大的QTL位于第二连锁群的ME11SA4B-ME5EM5区间,其S06基因型具有增效作用;对lbl贡献率最大的QTL位于第二连锁群的DC1OD3-DC1EM14区间,其S06基因型具有增效作用.

关键词： QTL 黄瓜侧枝连锁群遗传连锁图 EM 增效作用 SRAP F2群体数量性状座位

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棉花SRAP遗传连锁图构建

科学通报 2003年第15期48卷 1676-1679页

作者：林忠旭张献龙聂以春贺道华吴茂清华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室武汉430070

应用SRAP标记构建棉花分子遗传连锁图,作图群体为邯郸208与Pima90杂交产生的129个F_2单株.筛选多态性较好的76个引物组合进行群体检测,共得到285个多态性条带,平均每个引物组合产生3.75个多态性条带,最多的产生13条多态性条带.对285个... 详细信息

应用SRAP标记构建棉花分子遗传连锁图,作图群体为邯郸208与Pima90杂交产生的129个F_2单株.筛选多态性较好的76个引物组合进行群体检测,共得到285个多态性条带,平均每个引物组合产生3.75个多态性条带,最多的产生13条多态性条带.对285个标记用MAPMAKER/EXP3.0构建连锁群,237个标记进入39个连锁群(LOD≥3.0),总长3030.7 cM,覆盖整个棉花基因组的65.4％,标记平均间距12.79 cM.在整个连锁群中,标记分布比较均匀,没有聚集现象.

关键词：棉花 SRAP 分子标记遗传连锁图基因组

MapDraw,在Excel中绘制遗传连锁图的宏

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遗传 2003年第3期25卷 317-321页

作者：刘仁虎孟金陵华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室武汉430070

MAPMAKER是现今广泛使用的遗传连锁数据分析软件,然而其广泛使用的DOS版本却不具有连锁图绘制功能,给连锁作图工作带来了相当大的麻烦。为了解决这一问题,我们以大家广泛使用的数据处理软件MicrosoftExcel为平台,编写了一个Excel宏——... 详细信息

MAPMAKER是现今广泛使用的遗传连锁数据分析软件,然而其广泛使用的DOS版本却不具有连锁图绘制功能,给连锁作图工作带来了相当大的麻烦。为了解决这一问题,我们以大家广泛使用的数据处理软件MicrosoftExcel为平台,编写了一个Excel宏———MapDraw来在轻松的操作中实现遗传连锁图的绘制。

关键词：遗传连锁图 Excel 宏 MapDraw 数据分析软件

黄瓜SRAP遗传连锁图的构建及始花节位的基因定位

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自然科学进展 2005年第2期15卷 167-172页

作者：潘俊松王刚李效尊何欢乐吴爱忠蔡润上海交通大学农业与生物学院上海201101

在由黄瓜自交系S06与S52杂交产生的F2群体中,应用SRAP(sequence-related ampli-fied polymorphism)标记构建黄瓜的分子遗传连锁图谱.使用了64个多态性引物组合,共得到108个多态性条带,单对引物组合最多的产生5个多态性条带,平均1.7个.... 详细信息

在由黄瓜自交系S06与S52杂交产生的F2群体中,应用SRAP(sequence-related ampli-fied polymorphism)标记构建黄瓜的分子遗传连锁图谱.使用了64个多态性引物组合,共得到108个多态性条带,单对引物组合最多的产生5个多态性条带,平均1.7个.在F2群体中对这些多态性位点进行连锁分析,并用Mapmaker 3.0构建连锁群,77个标记位点进入9个连锁群(LOD≥3.0),总长1114.2 cM,标记平均间距14.5 cM,标记均匀分布于整个连锁群.同时将始花节位性状控制基因ffn(first flower node)定位在第Ⅸ连锁群上,与两侧标记DC1EM5和ME7EM2A的距离分别为10.3和12.1 cM.

关键词：黄瓜节位连锁群遗传连锁图引物标记位点基因定位 SRAP F2群体控制基因

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烤烟SSR标记遗传连锁图构建成功

中国烟草学报 2012年第2期 2-3页

烟草分子标记遗传连锁图构建和重要性状基因定位克隆是中国烟草基因组计划重大专项的重要组成部分。开发高效、可靠的分子标记,构建高密度烟草分子标记遗传图,是抗性、品质等重要性状基因定位和分子标记辅

关键词：遗传连锁图中国烟草 SSR

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烤烟SSR标记遗传连锁图构建成功

中国烟草学报 2012年第2期18卷 F0002-F0002,I0001页

作者：科技司科技司

烟草分子标记遗传连锁图构建和重要性状基因定位克隆是中国烟草基因组计划重大专项的重要组成部分。开发高效、可靠的分子标记，构建高密度烟草分子标记遗传图，是抗性、品质等重要性状基因定位和分子标记辅助选择育种的基础。

关键词：遗传连锁图分子标记辅助选择育种 SSR标记基因组计划烤烟中国烟草组成部分定位克隆

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草菇基因组测序及遗传连锁图构建

草菇基因组测序及遗传连锁图构建

作者：章小寅福建农林大学

学位级别：硕士

本研究以福建主栽的草菇(volvariella volvacea)品种屏优一号(PY)的两个可亲和单孢PYd15和PYd21为实验材料,采用Solexa测序法对PYd21进行denovo sequencing(从头测序),对PYd15进行re-sequencing(重测序),并运用Soapdenovo软件对reads数据进行拼接组装。测序结果显示,草菇基因组约为37Mb,GC含量为48.52%。已拼接获得草菇基因组302个scaffolds(>1Kb)和2598个contigs,其中,scaffold N50为499679bp,contigN50为469816bp。运用针对真菌基因的软件Augustus (version2.1)预测获得11534个基因,基因序列总长度达到16.8Mb;通过Trf(Tandem Repeat Finder)软件预测串联重复序列,在基因序列上共找到了2184个Repeat区域;运用RepeatMasker和RepeatProteinMasker两种软件分别预测到1210个和1352个转座子;通过比对和预测,共获得了4个rRNA、176个 tRNA和46个snRNA。重测序结果分析显示,PYd15基因组序列相对参考序列PYd21存在着35389个SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)位点和1132个InDe(insertion and deletion,插入缺失)突变位点,共有71条scaffold存在InDel突变,其中scaffold30上分布了最多(93个)的InDel位点。利用异常的pair-end比对信息进行SV(structure variation,结构变异)检测,获得了全基因组水平上的943个SV位点,其中,scaffold 133上分布了最多的SV位点(51个)。根据PYd15和PYd21的测序结果,本研究利用SV多态性开发共显性标记——SV分子标记,对杂交种PYd15-PYd21的192个后代单孢菌株进行检测,根据连锁交换规律绘制出一张包含10个遗传连锁群、密度较高的遗传连锁图,102个标记分布于10个连锁群,总长度为411.61cM,连锁群的长度范围为3cM-118.2cM,相邻标记间的平均遗传距离为4.03cM。结合solexa测序的组装结果,将scaffold序列定位在遗传图上,获得了覆盖全基因组大小的52.8%、19.65Mb的序列,最终将草菇全基因组组装成269条scaffold序列。

关键词：基因组测序序列分析 SV分子标记遗传连锁图

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玉米近缘属植物—薏苡遗传连锁图的构建

玉米近缘属植物—薏苡遗传连锁图的构建

作者：秦峰华中农业大学

学位级别：硕士

薏苡与玉米同属禾本科玉蜀黍族，是玉米的野生近缘属，具有抗病、优质、持绿期长的优点，是研究玉米起源和玉米遗传改良的重要种质资源材料。我国薏苡资源丰富，野生及栽培类型多，地理分布广泛，被公认为是世界薏苡的重要起源地之一，... 详细信息

薏苡与玉米同属禾本科玉蜀黍族，是玉米的野生近缘属，具有抗病、优质、持绿期长的优点，是研究玉米起源和玉米遗传改良的重要种质资源材料。我国薏苡资源丰富，野生及栽培类型多，地理分布广泛，被公认为是世界薏苡的重要起源地之一，其遗传变异在世界薏苡种质资源中占有重要地位。合理开发薏苡基因资源、更深入地开展玉蜀黍族植物的起源进化研究及利用属间基因转移对我国乃至世界玉米和薏苡的遗传改良都具有重要意义。 1．以BJ-薏苡和WH-薏苡为亲本构建了含有131个单株的薏苡的F作图群体。由于薏苡具有较强的分蘖能力和宿根性，此群体冬季带蔸移栽至温室，其幼小分蘖能安全越冬，因此该群体可供长期利用。 2．田间主要农艺性状、表型性状和分子标记基本符合理论预期分布，表明该F群体，适合用于遗传作图分析。 3．田间调查了5项主要农艺性状，其中4项符合正态分布，茎粗符合15：1的偏态分布，可能有两个主效效应位点控制。同时，在F分离群体中发现花丝颜色、果壳硬度两个性状均符合15：1的分离比例，证明是由两对自由分离并且具有重叠效应的基因位点控制。花粉KI-I染色镜检，符合1：2：1分离，证明由一对基因位点控制。 4．利用EcoRI/MseI和PstI/MseI两种酶切组合，分别筛选了64种引物组合，9对来自EcoRI/MseI酶切组合的引物和8对来自PstI/MseI酶切组合的引物进行了群体分析。共得到140条多态性带，x检验发现其中15条带表现出偏分。 5．根据比较基因组作图的原理，利用不同来源的探针进一步构图，筛选了58个玉米的探针，其中18个在亲本中表现出多态性;11个大麦的探针，其中2个表现出多态性;10个水稻的探针，4个表现出多态性。对其中13个有多态性的探针进行了群体分析，检测到14个位点，其中5个表现出偏分离。华中农业大学2001年硕士论文 6.筛选了100对玉米的SSR引物，大多数扩增的特异性不强或无多态性，仅有3对引物能稳定地扩增出片段大小约80·soobP类似于SSR的带型，证明SSR标记在物种间难以转移，基于PCR的标记难以用于比较作图。对3对SSR标记进行群体分析xZ检验均符合理论预期分布。 7.运用M即make泥xP(3 .0)作图软件，初步构建了惹截的遗传连锁图，共划分为10个遗传连锁群。整个图谱含有80个AFLP标记和10 个好LP标记的遗传连锁图，全长1339.5cM，平均遗传间距 14.88CNfMarker。 8.摸索并探讨了即LP标记、AFLP标记在葱芭遗传作图工作中的实验方法，为以后的实验提供较有价值的参考。

关键词：薏苡遗传连锁图分子标记

大豆SSR-AFLP遗传连锁图构建及大豆SCN抗性相关座位定位

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大豆SSR-AFLP遗传连锁图构建及大豆SCN抗性相关座位定位

作者：张丽霞广西大学

学位级别：硕士

本研究将52个AFLP标记整合到由宛煜嵩等(2005)构建的含有227个SSR标记的大豆遗传连锁图上,绘制成一张基于SSR-AFLP标记的大豆遗传连锁图,总遗传图距为2512cM,相邻标记间的平均距离为9.0cM。AFLP标记的整合使得图谱的总图距增长了32%。在... 详细信息

本研究将52个AFLP标记整合到由宛煜嵩等(2005)构建的含有227个SSR标记的大豆遗传连锁图上,绘制成一张基于SSR-AFLP标记的大豆遗传连锁图,总遗传图距为2512cM,相邻标记间的平均距离为9.0cM。AFLP标记的整合使得图谱的总图距增长了32%。在D1a、E、F、G、K连锁群上,AFLP标记主要整合在连锁群的末端,其中G连锁群尤为明显,末端增加了19个AFLP标记,使得G连锁群的长度由原来的121.2cM增加到259.1cM,相邻标记间的平均距离由原来的7.129cM变为7.197cM:在A2、B1、C2、D2、H、J、L、N、O连锁群,由于加入了AFLP标记使得这些连锁群的标记密度有所增加,改善了标记分布的均匀性。A2连锁群上添加了1个AFLP标记,消除了1个间隙;D2连锁群上添加了2个AFLP标记,提高了原来的一个超过40cM的区间(Satt301和Satt186)标记密度;J连锁群上添加了2个AFLP标记,消除了2个间隙。AFLP标记整合后,大多数连锁群上的SSR标记的顺序和遗传图距几乎与宛煜嵩等(2005)构建的大豆遗传连锁图上的顺序和图距一致,只有M、N和03个连锁群上的SSR标记顺序发生了一些变化,如M连锁群上的Satt590、Satt201和Satt150及O连锁群上的Satt241和Satt479发生换位;N连锁群上的几个SSR标记的位置发生随机换位。

关键词：大豆遗传连锁图 SSR AFLP 数量性状基因座 (QTL)