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柱花草遗传家系建立及遗传变异分析

分子植物育种 2016年第4期14卷 997-1002页

作者：丁亚操唐燕琼丁泽婷刘帆姚婧海南大学农学院海口5702282

以1979柱花草(*** TPRC1979)为母本、品45柱花草(*** TPRCR273)为父本杂交,F1杂种自交获得202株F2代分离群体,对此柱花草家系的形态学性状、农艺学性状及营养成分含量变化进行分析,以此探究该家系内各个性状的遗传特性及其遗传规律。结... 详细信息

以1979柱花草(*** TPRC1979)为母本、品45柱花草(*** TPRCR273)为父本杂交,F1杂种自交获得202株F2代分离群体,对此柱花草家系的形态学性状、农艺学性状及营养成分含量变化进行分析,以此探究该家系内各个性状的遗传特性及其遗传规律。结果表明:柱花草花色遗传可能由一对等位基因控制,黄花对白花为显性性状;F2代出现了亲本及F1没有的斜倚型,其中直立型87株(43.07%),斜倚型115株(56.93%);农艺学性状平均变异系数为20%,变异最大的是鲜重(46.19%)和干重(44.84%),变异系数最小的为叶长(8.31%);营养成分含量变异系数排前3位的为粗脂肪>钙>磷。F_2代群体的形态学性状、农艺学性状和营养成分含量的各个性状都有不同的变异,符合数量性状遗传特点,能为后续柱花草遗传图谱构建和QTL定位提供一定的基础。

关键词：柱花草家系形态学性状农艺学性状营养成分含量遗传变异分析

2015—2017年我国部分地区猪非典型瘟病毒的遗传变异分析

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畜牧兽医学报 2020年第8期51卷 1939-1948页

作者：吴伟鑫黄金周磊杨汉春中国农业大学动物医学院北京100193

猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)是一种能引起仔猪先天性震颤的病原。为了解我国APPV感染状况、基因组以及遗传变异特征,采用套式RT-PCR方法,对2015—2017年我国22个省(自治区、直辖市)93个猪场的285份血清样本进行了... 详细信息

猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)是一种能引起仔猪先天性震颤的病原。为了解我国APPV感染状况、基因组以及遗传变异特征,采用套式RT-PCR方法,对2015—2017年我国22个省(自治区、直辖市)93个猪场的285份血清样本进行了APPV核酸检测和E 2基因序列分析;并对发病猪组织样本进行了APPV全基因组扩增与序列测定和遗传变异分析。结果显示,检测样本的APPV阳性率为25.26%(72/285,95%CI=20.3%~30.7%),且阳性率逐年升高;猪场APPV阳性率为38.71%(36/93,95%CI=59.7%~94.8%)。扩增出的35条APPV E 2基因的核苷酸序列相似性为83.4%~100.0%,推导氨基酸序列相似性为90.5%~100.0%。基于E 2基因的遗传变异分析显示,APPV临床毒株可被分为4个亚群,大多数国内APPV临床毒株可归入亚群1,与美国的000515株遗传关系较近;少数临床毒株与Bavaria S5/9、NL1 Farm1等欧美毒株同属于亚群2;6条测定序列被划分至亚群3;亚群4的成员均来自广东;其中亚群3与亚群4均由国内APPV临床毒株构成。全基因组序列遗传变异分析表明,全球APPV毒株可归为2大分支,本研究中测序的毒株CHheb1701与所有国外毒株属于同一分支,且与GX04/2017遗传关系最近,与美国毒株000515同聚为一簇;而第二分支中的毒株均来自我国广东省。以上研究表明,我国猪群中APPV感染已较为普遍,毒株多样且变异广泛,同时,也提示毒株可能有不同的来源,为进一步开展APPV的防控及相关研究奠定了重要基础。

关键词：猪非典型瘟病毒 E 2基因遗传变异分析

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定及其体外传代遗传变异分析

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中国预防兽医学报 2008年第5期30卷 329-334页

作者：刘长明危艳武张朝霞袁婧黄立平中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室/猪传染病研究室黑龙江哈尔滨150001

从临床"高热综合征"病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株,经细胞传代和蚀斑克隆,培育成功增殖性能稳定的新毒株,命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE),随传代次数增加毒价显著提升,第45～60代毒... 详细信息

从临床"高热综合征"病例分离到高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异株,经细胞传代和蚀斑克隆,培育成功增殖性能稳定的新毒株,命名为PRRSV-HBR。该毒株接种细胞后能够产生细胞病变(CPE),随传代次数增加毒价显著提升,第45～60代毒价测定达107.5TCID50/mL。采用免疫过氧化物酶单层细胞试验(IPMA)检测病毒抗原分布在细胞浆中;电镜观察到的病毒粒子呈圆形,直径约50nm～55nm。分离株Nsp2基因序列中第483位和535～563位氨基酸存在缺失,属PRRSV变异株。该毒株Nsp2基因序列比较发现,经细胞传40代后第3115位核苷酸处插入12个碱基序列(GAGATCGCCTTT)。用该毒株第5代培养物滴鼻接种试验猪(1.0×104.5TCID50),临床表现为持续高热(≥40.5℃,9d～12d)、食欲下降、精神萎靡、消瘦、眼睑水肿、体表淋巴结肿大等,发病率为100%(10/10),死亡率为30%(3/10)。研究表明,PRRSV-HBR分离株对靶动物具有高致病力,培育的细胞适应毒株体外繁殖能力稳定,并产生了标志性基因突变,为该病毒致病机理、遗传变异规律、疫苗免疫等研究奠定了基础。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒高致病性遗传变异分析

2012-2014年河南省猪流行性腹泻病毒M基因和ORF3基因的遗传变异分析

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中国兽医科学 2014年第12期44卷 1236-1243页

作者：周兵强吴志明闫若潜赵雪丽赵明军陈慧娟李宁河南科技大学动物科技学院河南洛阳471003 河南省动物疫病预防控制中心河南郑州450008 中国动物疫病预防控制中心北京100125

为了解河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,对2012-2014年河南省不同猪场的150份腹泻样品进行了PEDV检测,并对其中14株PEDV的M基因和ORF3基因进行克隆测序和遗传进化分析。结果显示,这14个流行毒株M基因编码的氨基酸序列的同... 详细信息

为了解河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,对2012-2014年河南省不同猪场的150份腹泻样品进行了PEDV检测,并对其中14株PEDV的M基因和ORF3基因进行克隆测序和遗传进化分析。结果显示,这14个流行毒株M基因编码的氨基酸序列的同源性为96.9%~99.6%,与CV777经典毒株、韩国毒株及2010年以后国内流行的大多数毒株的氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.1%、96.9%~99.6%和97.8%~99.6%。这14个毒株中有2株ORF3基因与CV777疫苗株核苷酸序列的同源性为100%,存在49个核苷酸缺失;其余12株之间氨基酸序列的同源性为98.8%~100%,与CV777经典毒株、CV777疫苗株和韩国毒株氨基酸序列的同源性分别为95.1%~96.0%、90.2%~91.1%和97.3%~99.1%,与2010年以后国内流行的大多数毒株氨基酸序列的同源性为97.3%~99.6%。进化树分析显示,M基因可分为4个群,河南PEDV流行毒株主要以基因3群为主,其中CHHeN ZZ-2012毒株属于基因2群;ORF3基因分为3个群,CHHeN DF2-2012毒株和CHHeN ZZ-2012毒株分布于基因2群,其余12个毒株属于基因3群。结果表明,当前河南省主要流行的PEDV毒株M基因和ORF3基因与2010年以后国内流行的大多数毒株的同源性较高,与韩国毒株的亲缘关系较近;与经典毒株和疫苗株相比,其M基因和ORF3基因发生了变异,且临床出现或与疫苗株相似或与变异株相似的流行毒株。

关键词：猪流行性腹泻病毒 M基因 ORF3基因遗传变异分析

猪流行性腹泻病毒TaqMan检测方法的建立及基于S基因的遗传变异分析

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畜牧兽医学报 2023年第2期54卷 847-854页

作者：翟刚顾文源刘涛刘莹张帅范京惠左玉柱河北农业大学动物医学院保定071001 河北省兽医生物技术创新中心保定071001 河北省动物疫病预防控制中心石家庄050000 瑞普(保定)生物药业有限公司保定071001

旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件... 详细信息

旨在建立一种能快速、高效且灵敏的检测出猪流行性腹泻病毒(PEDV)的通用型TaqMan qPCR检测方法,并进一步了解河北省PEDV的遗传变异情况。本研究参考PEDV变异株AJ1102的M基因的保守区域设计特异性引物及探针,对引物浓度、退火温度等条件进行优化,建立了一种应用于猪场筛查PEDV的qPCR方法,并对筛查出的阳性样品S基因扩增测序后进行遗传进化分析。结果显示:该方法的特异性强,与猪圆环病毒2型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)及传染型胃肠炎病毒(TGEV)等猪病常见病原均无交叉反应;建立的检测方法对pMD19T-PEDV标准品的最低检测下限为1.09×101拷贝·μL^(-1),比普通PCR灵敏约100倍,敏感性高;组内和组间的变异系数均小于1%,重复性良好。基于S全基因成功克隆出的9条序列分布于GⅡ的两个亚群,克隆的9条序列的核苷酸相似性为96.6%~99.1%;氨基酸的相似性为94.6%~98.7%。结果表明:本研究得到的PEDV流行株与近年来国内分离株的关系较为密切,而与中国目前使用的疫苗株以及欧洲株亲缘关系较远,这表明河北部分地区PEDV当前流行毒株比较复杂且有变异的趋势,提示持续检测PEDV流行毒株变异动态的必要性。本研究不仅为PEDV的临床诊断提供了技术支持,更为进一步掌握PEDV遗传进化规律提供了参考依据。

关键词：猪流行性腹泻病毒 qPCR S基因遗传变异分析

三株不同毒力单增李斯特菌第一毒力岛基因全序列的克隆及遗传变异分析

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中国兽医科学 2013年第6期43卷 565-571页

作者：伊娜娜李巍张子群吕兴峰刘兵初纯明庞宇宋铭忻东北农业大学动物医学学院黑龙江哈尔滨150030 黑龙江出入境检验检疫局黑龙江哈尔滨150036

为分析单增李斯特菌重要毒力因子的遗传进化关系,并进一步探讨不同毒力菌株重要毒力因子的分子差异,分段扩增、克隆了3株不同毒力及不同血清型菌株的第1毒力岛(LIPI-1)全基因序列,对3株菌LIPI-1的6个毒力基因分别测序并进行了序列和系... 详细信息

为分析单增李斯特菌重要毒力因子的遗传进化关系,并进一步探讨不同毒力菌株重要毒力因子的分子差异,分段扩增、克隆了3株不同毒力及不同血清型菌株的第1毒力岛(LIPI-1)全基因序列,对3株菌LIPI-1的6个毒力基因分别测序并进行了序列和系统进化分析。对其中毒力差异明显的2株菌,在分析其毒力表型的基础上,对其进行了分子特征和遗传变异分析。结果表明各毒力基因同源性各异,6个毒力基因反映出的进化关系不一致。弱毒株N21与强毒株Lmo0586相比,具有相似的溶血活性以及更强的溶脂活性。2株菌的调控序列prfA无明显差异;2株菌hly序列中的PEST基序有1个氨基酸发生了变化;2株菌的actA序列差异最显著,强毒株Lmo0586比弱毒株N21少105个核苷酸,造成35个氨基酸的缺失,该序列位于ActA蛋白的脯氨酸重复区内。

关键词：单增李斯特菌第1毒力岛序列分析遗传变异分析

黑龙江省和河北省鸡新城疫病毒分离株的遗传变异分析

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中国兽医科技 2005年第3期35卷 169-176页

作者：韩正博闫丽辉曹殿军刘培欣李宝臣姜力杨爽戴秀莉柴华郑世民潘兴广史同瑞中国农业科学院哈尔滨兽医研究所黑龙江哈尔滨150001 黑龙江省生物制品一厂黑龙江哈尔滨150040 东北农业大学动物医学院黑龙江哈尔滨150030 黑龙江省兽医科学研究所黑龙江富裕161200

　　利用 RT PCR 技术扩增出了 4 株 NDV 分离株(HeB 4 99, HeB 5 99、HeB 6 02 和HLJ 10 02)F基因539 bp的片段,将该片段克隆到 pMD 18 T载体上。经酶切分析、质粒 PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得了4株 NDV分离株 F基因部分片段... 详细信息

　　利用 RT PCR 技术扩增出了 4 株 NDV 分离株(HeB 4 99, HeB 5 99、HeB 6 02 和HLJ 10 02)F基因539 bp的片段,将该片段克隆到 pMD 18 T载体上。经酶切分析、质粒 PCR鉴定及核苷酸序列测定,成功获得了4株 NDV分离株 F基因部分片段的重组质粒。同源性分析显示,4株分离毒株的核苷酸序列具有 95.9%~100%的同源性,与 LaSota的核苷酸序列同源性为81.0%~81.8%,与F48E9的核苷酸序列同源性达85.8%~89.3%。推导氨基酸序列分析表明,4个毒株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112RRQKRF117,具有强毒株裂解位点氨基酸组成特点,与ICPI和MDT测定结果相吻合。73株NDV毒株的系统发育进化树分析表明,HeB 4 99、HeB 5 99、HeB 6 02和HLJ 10 02均归属于基因Ⅶ型。

关键词：新城疫病毒鸡 F基因遗传变异分析

鸭茅杂交种的SSR分子标记鉴定及其遗传变异分析

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草业学报 2010年第2期19卷 212-217页

作者：谢文刚张新全陈永霞四川农业大学草业科学系四川雅安625014

以140个鸭茅杂交种单株及其亲本(01996、YA02-103)为材料,用SSR分子标记技术研究杂种与其亲本间扩增谱带的多态性,以甄别真假杂种。SSR标记在供试材料中的扩增带型表现为互补型、父本型及其他型。利用3对特异引物A01G20、A03N16、A03K2... 详细信息

以140个鸭茅杂交种单株及其亲本(01996、YA02-103)为材料,用SSR分子标记技术研究杂种与其亲本间扩增谱带的多态性,以甄别真假杂种。SSR标记在供试材料中的扩增带型表现为互补型、父本型及其他型。利用3对特异引物A01G20、A03N16、A03K22可快速准确地鉴定出杂交种111份。试验所用的100对SSR引物中有13对引物分别在杂种和双亲之间存在扩增多态性。13对引物在供试材料中共扩增出多态性条带76条,平均每对引物扩增出6条,多态性百分率为84.24%。供试材料具有丰富的遗传变异,利用SSR进行鸭茅杂种鉴定及遗传变异分析是可行的。

关键词：鸭茅 SSR标记杂种鉴定遗传变异分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒变异株分离鉴定及遗传变异分析

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中国兽医学报 2010年第11期30卷 1409-1412页

作者：沈宪文李月红王晓莉宋德武宣华王贵平母连志丁壮吉林大学畜牧兽医学院吉林长春130062 吉林农业科技学院吉林吉林132101 吉林农业大学动物科技学院吉林长春130118 广东省农业科学院兽医科学研究所广东广州510000

从临床＂高热综合征＂病例分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syn-drome,PRRSV）,经分离培养、血清学鉴定和分子病毒学鉴定,确定为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒,并命名为DZ0908。设计了针对病毒N... 详细信息

从临床＂高热综合征＂病例分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syn-drome,PRRSV）,经分离培养、血清学鉴定和分子病毒学鉴定,确定为美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒,并命名为DZ0908。设计了针对病毒Nsp2基因和GP5基因的引物,扩增出目的基因。通过序列比对进行遗传变异分析,该分离株Nsp2基因序列中第483位和第535~563位氨基酸存在缺失,GP5相对保守,该毒株属于PRRSV变异株,为该病毒的进一步研究奠定了基础。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒分离鉴定遗传变异分析