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赤水乌骨鸡线粒体DNA控制区遗传多样性和进化分析

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中国畜牧杂志 2024年

作者：吴芸李盼盼闫吉美杨凤黄锡阳遵义师范学院生物与农业科技学院赤水市农业农村局畜牧渔业站

为探究赤水乌骨鸡线粒体DNA控制区的遗传多样性、单倍型特征和母系起源情况，利用PCR扩增和直接测序法检测了63只赤水乌骨鸡线粒体DNA （mitochondrial DNA， mtDNA）控制区（D-loop）全序列，分析其遗传多样性和单倍型特性，并与不同... 详细信息

为探究赤水乌骨鸡线粒体DNA控制区的遗传多样性、单倍型特征和母系起源情况，利用PCR扩增和直接测序法检测了63只赤水乌骨鸡线粒体DNA （mitochondrial DNA， mtDNA）控制区（D-loop）全序列，分析其遗传多样性和单倍型特性，并与不同红色原鸡亚种的序列进行聚类分析。结果表明，赤水乌骨鸡mtDNA D-loop区全序列共检测到29个突变位点，构成19种单倍型。遗传多样性分析表明，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0.990 5±0.018 0、0.006 5±0.000 5和7.981。系统发育分析显示，赤水乌骨鸡19种单倍型可划分为A、B、C、E、G 5个单倍型群，A、B均分别与原鸡滇南亚种聚类，单倍型群C与原鸡印度亚种、原鸡滇南亚种和原鸡海南亚种聚为一类，E单倍型群分支与印度亚种和原鸡滇南亚种聚为一类。据此推测，赤水乌骨鸡遗传多样性丰富，可能有多个母系起源，主要源于原鸡滇南亚种。

关键词：赤水乌骨鸡 mtDNA 控制区遗传多样性系统进化

赤水乌骨鸡ADSL基因的组织表达特征及其干扰载体构建

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南方农业学报 2024年第1期55卷 226-234页

作者：余欢王成栋李辉陈友波石钰仕赵德鹏龙霞谭启松贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 毕节市经济作物工作站贵州毕节551700

【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的... 详细信息

【目的】探究赤水乌骨鸡胸肌组织中腺苷琥珀酸裂解酶基因(ADSL)表达特征及其目的基因的干扰载体构建,为深入研究畜禽组织肌肉中肌苷酸(IMP)的表达规律及ADSL基因影响畜禽风味的机制提供理论参考。【方法】以不同月龄(3、4、5和6月龄)的赤水乌骨鸡(公鸡和母鸡各半)为试验材料,运用实时荧光定量PCR检测不同月龄及不同性别赤水乌骨鸡胸肌组织中ADSL基因的表达情况;同时根据GenBank中鸡ADSL基因mRNA序列(NM_205529.2)设计4对短发夹RNA(shRNA)干扰序列(sh1-ADSL、sh2-ADSL、sh3-ADSL和sh4-ADSL)和1对阴性对照序列(sh-NC)与pGPH1/GFP/Neo载体连接后进行测序,将构建成功的ADSL基因干扰载体转染至成肌细胞,检测并筛选出干扰效率最高的干扰载体。【结果】ADSL基因在不同月龄赤水乌骨鸡胸肌组织中的相对表达量排序为5月龄>4月龄>6月龄>3月龄,赤水乌骨母鸡3月龄母鸡的ADSL基因相对表达量极显著高于公鸡(P赤水乌骨鸡成肌细胞;ADSL基因沉默结果显示,sh2-ADSL沉默效果最佳,干扰效率为90.30%。【结论】赤水乌骨鸡胸肌中ADSL基因的相对表达量随着月龄增加表现为先上升后下降的变化趋势;3、4和5月龄赤水乌骨母鸡ADSL基因的相对表达量高于公鸡,随着月龄增加ADSL基因的相对表达量增加,公鸡和母鸡间的差异减小。成功分离提取赤水乌骨鸡成肌细胞,并筛选出RNA干扰效果最佳载体sh2-ADSL,为后续研究ADSL基因调控鸡肉肌苷酸及风味的分子机制提供参考。

关键词：赤水乌骨鸡 ADSL基因组织表达成肌细胞干扰载体肉质风味

赤水乌骨鸡Myf5基因SNPs与周龄体重的关联性分析

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贵州畜牧兽医 2024年第2期48卷 15-18页

作者：王文涛胡健张福平清镇市农业农村局贵州清镇551400 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

为了探究Myf5基因的多态性及对赤水乌骨鸡周龄体重的影响,试验通过PCR扩增、基因测序分析Myf5基因SNPs,使用SPSS 21.0分析SNPs基因型与赤水乌骨鸡周龄体重的关联性。结果:赤水乌骨鸡Myf5基因存在3个SNP位点,均位于第一外显子,其中G.4009... 详细信息

为了探究Myf5基因的多态性及对赤水乌骨鸡周龄体重的影响,试验通过PCR扩增、基因测序分析Myf5基因SNPs,使用SPSS 21.0分析SNPs基因型与赤水乌骨鸡周龄体重的关联性。结果:赤水乌骨鸡Myf5基因存在3个SNP位点,均位于第一外显子,其中G.40098586 T>C、G.40098595 T>C 2个位点突变导致终止子(TGA)突变为精氨酸(CGA),G.40098901A>G突变导致赖氨酸(AAG)突变为谷氨酸(GAG)。G.40098595 T>C位点CC基因型2、8周龄体重极显著高于TT型(PG位点AG基因型4周龄体重极显著高于GG型(P赤水乌骨鸡的周龄体重,G.40098595 T>C、G.40098901 A>G位点可作为赤水乌骨鸡体重选育的候选分子标记。

关键词：赤水乌骨鸡 Myf5基因 SNP

绿茶渣对赤水乌骨鸡蛋壳厚度及SLC26A9基因表达的影响

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当代畜牧 2024年第3期 33-37页

作者：罗韦李辉孔翠莲叶涛肖涛威宁彝族回族苗族自治县动物疫病预防控制中心贵州威宁553100 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 织金县农业农村局贵州织金552100 安顺市畜牧技术推广站贵州安顺561000

为了探究绿茶渣对蛋壳厚度相关基因的影响,笔者选取300日龄的赤水乌骨鸡母鸡360只,随机分成4个组,即对照组、试验Ⅰ组、试验Ⅱ组和试验Ⅲ组,每组90只,分别饲喂添加0.00%、0.80%、1.60%和2.40%绿茶渣的饲粮。饲养试验结束后,利用实时荧... 详细信息

为了探究绿茶渣对蛋壳厚度相关基因的影响,笔者选取300日龄的赤水乌骨鸡母鸡360只,随机分成4个组,即对照组、试验Ⅰ组、试验Ⅱ组和试验Ⅲ组,每组90只,分别饲喂添加0.00%、0.80%、1.60%和2.40%绿茶渣的饲粮。饲养试验结束后,利用实时荧光定量PCR技术检测赤水乌骨鸡卵壳腺和肝脏中溶质载体26A家族成员9(Solute carrier family 26 member9,SLC26A9)基因的表达量。结果显示,添加1.60%绿茶渣时卵壳腺中SLC26A9基因的表达量显著降低(P赤水乌骨鸡蛋壳品质的研究提供理论参考。

关键词：赤水乌骨鸡绿茶渣蛋壳 SLC26A9基因

赤水乌骨鸡PPP3CA基因多态性与生长性状关联分析

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西南农业学报 2023年第7期36卷 1547-1554页

作者：周迪蒋桂荣欧仁谢艳李波王燕杨蓉李俊沈银敖叶王昌毅贵州省种畜禽种质测定中心贵阳550018 贵州省畜禽遗传资源管理站贵阳550000

【目的】探究PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状的影响,为赤水乌骨鸡的遗传改良和分子育种提供依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象,采用PCR扩增和直接测序技术对其PPP3CA基因全部外显子进行多态位点筛选,运用RNAfold WebServer和Struct... 详细信息

【目的】探究PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状的影响,为赤水乌骨鸡的遗传改良和分子育种提供依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象,采用PCR扩增和直接测序技术对其PPP3CA基因全部外显子进行多态位点筛选,运用RNAfold WebServer和Structural Bioinformatics Group在线软件预测PPP3CA蛋白质二级结构和三级结构,计算基因频率、基因型频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量,并对Hardy-Weinberg平衡状态进行分析;采用SPSS对不同多态位点所对应的基因型与体尺指标进行相关性分析。【结果】在外显子7处发现C29T、T50C和T63G位点共3个错义突变位点,外显子16处发现1个错义突变位点G720A;χ2检验表明上述几个基因座均偏离Hardy-Weinberg平衡状态;C29T位点的CC型显著提高个体的体重、骨盆宽和胸围;T50C位点的CC型显著提高个体的体重、胫长和龙骨长;T63G位点的TT型显著提高个体的胫长和龙骨长;G720A位点的AA型极显著提高个体的胫长和龙骨长,CC型显著提高个体的体斜长。C29T位点的CC型、T50C位点的CC型、T63G位点的TT型和G720A位点的AA型均为优势基因型,但C29T和T50C位点的碱基突变为不利突变,而T63G和G720A位点的碱基突变为有利突变,且G720A位点更有利于赤水乌骨鸡生长,可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点。【结论】本研究首次探讨PPP3CA基因与鸡生长性状的相关性,并在家鸡的PPP3CA基因外显子中发现4个多态位点,表明PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状具有一定影响,可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点。研究结果可为今后赤水乌骨鸡的遗传改良育种提供参考依据,并为进一步研究鸡PPP3CA基因奠定了基础。

关键词：赤水乌骨鸡 PPP3CA 生长性状多态性差异显著

赤水乌骨鸡SLCO1B3基因SNPs鉴定及与蛋品质的关联性分析

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畜牧与兽医 2023年第2期55卷 25-31页

作者：叶涛李辉罗韦肖涛余欢陈友波贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响,对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型,筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/... 详细信息

为了探究赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上的遗传变异位点对蛋壳颜色、蛋品质指标的影响,对300只赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的功能突变位点EAV-HP进行基因分型,筛选出109只绿壳纯合基因型(SL/SL)的母鸡。通过直接测序方法鉴定纯合子基因型(SL/SL)个体的SLCO1B3基因外显子上存在的SNPs,并构建这些SNPs的双倍型,再与蛋品质指标进行相关性分析。结果表明:在赤水乌骨鸡SLCO1B3基因外显子上共检测到3个SNPs,第5外显子上的g.65235858G>A位点为非同义突变,突变后mRNA二级结构发生改变;关联性分析表明,赤水乌骨鸡SLCO1B3基因的这3个SNPs构建的双倍型对蛋壳颜色ΔL*值、蛋壳颜色Δb*值、蛋形指数有显著影响(P<0.05)。结果表明,SLCO1B3基因的遗传变异与蛋壳颜色、蛋形指数存在显著相关。

关键词：赤水乌骨鸡 SLCO1B3 SNPs

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赤水乌骨鸡PITX1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

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中国畜牧兽医 2023年第10期50卷 3896-3905页

作者：吴芸欧正淼李秋玉陈粉粉闫吉美遵义师范学院生物与农业科技学院遵义563006 西南林业大学生命科学学院昆明650224

【目的】克隆赤水乌骨鸡成对样同源结构域转录因子1(paired-like homeodomain transcription factor 1,PITX1)基因并进行生物信息学分析,检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡不同组织中的表达水平,为探究PITX 1基因在鸡肌肉生长发育中的生物学... 详细信息

【目的】克隆赤水乌骨鸡成对样同源结构域转录因子1(paired-like homeodomain transcription factor 1,PITX1)基因并进行生物信息学分析,检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡不同组织中的表达水平,为探究PITX 1基因在鸡肌肉生长发育中的生物学功能提供材料。【方法】以赤水乌骨鸡胸肌组织cDNA为模板,克隆PITX 1基因CDS区序列并测序,利用在线软件对所获序列进行比对及生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR检测PITX 1基因在赤水乌骨鸡心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌组织中的表达量。【结果】赤水乌骨鸡PITX 1基因CDS区长909 bp,存在5处同义突变,编码302个氨基酸。赤水乌骨鸡PITX 1基因氨基酸序列与原鸡、绿头鸭、日本鹌鹑、兔、小鼠的相似性分别为100%、99.7%、99.0%、85.0%和84.4%,与人、牛和野猪的相似性均为85.7%。系统进化树分析表明,赤水乌骨鸡和原鸡的亲缘关系最近,与人的亲缘关系最远。赤水乌骨鸡PITX1蛋白属于亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽,有47个潜在磷酸化位点、1个N-糖基化修饰位点和15个O-糖基化修饰位点,主要分布在细胞核中。PITX1蛋白二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角组成,三级结构预测结果与其一致。蛋白互作分析结果显示,PITX1蛋白可能与BARX1、NKX2-8、POU1F1、EGR1、NR5A1、CTNNB1、TBX5和TBX4蛋白存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,PITX 1基因在赤水乌骨鸡各组织中均有表达,其中在肺脏中的表达量最高,其次是肝脏和腿肌,在胸肌中的表达量最低。【结论】赤水乌骨鸡PITX 1基因CDS区长909 bp,编码302个氨基酸,为亲水性蛋白,主要分布在细胞核中。PITX 1基因在赤水乌骨鸡各组织中均有表达,且在肺脏中表达量最高。试验结果为进一步研究鸡PITX 1基因功能提供参考。

关键词：赤水乌骨鸡 PITX 1基因生物信息学表达

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赤水乌骨鸡CHRDL1基因多态性与肤色性状的关联分析

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南方农业学报 2023年第5期54卷 1529-1538页

作者：张小玉李辉叶涛余欢肖涛罗韦陈友波石钰仕赵德鹏贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室贵州贵阳550025 晴隆县农业农村局贵州晴隆561400

【目的】分析赤水乌骨鸡腱蛋白样蛋白1基因(CHRDL1)多态性与肤色性状的关联性,筛选出CHRDL1基因调控赤水乌骨鸡肤色的关键SNP位点,为揭示乌骨鸡黑色素沉积调控机理及推进赤水乌骨鸡肤色性状改良提供理论依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研... 详细信息

【目的】分析赤水乌骨鸡腱蛋白样蛋白1基因(CHRDL1)多态性与肤色性状的关联性,筛选出CHRDL1基因调控赤水乌骨鸡肤色的关键SNP位点,为揭示乌骨鸡黑色素沉积调控机理及推进赤水乌骨鸡肤色性状改良提供理论依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象,通过测定赤水乌骨鸡CHRDL1基因外显子序列筛选出SNP位点,采用Prot-Param、TargetP、PSORT II、NetPhos 2.0、TMHMM、SMART及STRING等在线软件进行生物信息学分析,并对CHRDL1基因多态性与赤水乌骨鸡肤色性状进行关联分析。【结果】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子上发现3个SNPs位点,分别是g.2752T→C(无义突变)、g.8459G→T(Ser→ILe)和g.27148T→C(无义突变),属于中度多态性(0.250.05),g.8459G→T和g.27148T→C位点表现出弱连锁不平衡。赤水乌骨鸡CHRDL1蛋白理论等电点(pI)为8.17,属于疏水性不稳定蛋白,具有磷酸化位点和糖基化位点;主要定位于细胞外(占44.4%)、细胞核(占22.2%)和线粒体(占22.2%);不存在跨膜结构,但有3个保守的血管性血友病C型重复序列(VWC结构域);跨膜结构、功能结构域及其互作蛋白在突变前后均无变化。关联分析结果表明,除了g.2752T→C位点TT基因型个体的ΔL显著高于CC基因型和CT基因型个体(P0.05)。【结论】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子检测到3个SNPs位点,分别是g.2752T→C、g.8459G→T和g.27148T→C,其中g.2752T→C和g.8459G→T位点表现出肤色差异性,可能是赤水乌骨鸡肤色性状的标记位点。

关键词：赤水乌骨鸡 CHRDL1基因肤色黑色素多态性

赤水乌骨鸡PTGDS基因克隆、序列特征及组织表达分析

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江苏农业科学 2023年第23期51卷 22-27页

作者：吴芸欧正淼殴小嫚陈粉粉闫吉美李盼盼遵义师范学院生物与农业科技学院贵州遵义563006 西南林业大学生命科学学院云南昆明650224

为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关... 详细信息

为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关系,同时通过qPCR检测赤水乌骨鸡PTGDS基因在同一时期不同组织中的表达特性。结果显示,赤水乌骨鸡PTGDS基因编码区长558 bp,编码186个氨基酸,保守性分析发现赤水乌骨鸡PTGDS基因与原鸡的同源性最高,核酸和氨基酸序列比对同源性分别为100%;系统进化分析发现,赤水乌骨鸡与原鸡的亲缘关系最近,与黑天鹅和鸿雁的亲缘关系最远。PTGDS基因在各组织中均有表达,在肾中的表达量最高,显著高于其他组织(P0.05)。研究结果可为进一步揭示PTGDS基因的功能和调控机制提供参考。

关键词：赤水乌骨鸡 PTGDS基因生物信息学分析组织mRNA表达