检索结果-南通市图书馆

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

表观遗传学与人类基因组

科学 2007年第3期59卷 34-37页

作者：张永彪褚嘉祐中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所博士生昆明650118

人类基因组测序计划完成后，科学家们利用已知的人类基因组序列开始了新一轮的生物学研究热潮，其中的研究热点之一就是揭示调节基因表达的根本原因。同时，随着对实验动物特别是克隆动物生物学性状的了解以及人们对众多疾病的深入研究... 详细信息

人类基因组测序计划完成后，科学家们利用已知的人类基因组序列开始了新一轮的生物学研究热潮，其中的研究热点之一就是揭示调节基因表达的根本原因。同时，随着对实验动物特别是克隆动物生物学性状的了解以及人们对众多疾病的深入研究，科学家发现．除了基因组DNA外．还有基因组之外的大量遗传学信息调控着基因的表达，

关键词：表观遗传学基因组表观遗传组

通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物化学与生物物理进展 2013年第2期40卷 177-187页

作者：李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜工程国家重点实验室北京100084

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白... 详细信息

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.

关键词：表观遗传组转录因子系统生物学整合方法

整合分析多组学数据筛选疾病靶点的精准医学策略

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

遗传 2015年第7期37卷 655-663页

作者：谢兵兵杨亚东丁楠方向东中国科学院北京基因组研究所中国科学院基因组科学与信息重点实验室北京100101 中国科学院大学北京100049

随着高通量测序技术的不断发展与完善,对于不同层次和类型的生物组学数据的获取及分析方法也日趋成熟与完善。基于单组学数据的疾病研究已经发现了诸多新的疾病相关因子,而整合多组学数据研究疾病靶点的工作方兴未艾。生命体是一个复杂... 详细信息

随着高通量测序技术的不断发展与完善,对于不同层次和类型的生物组学数据的获取及分析方法也日趋成熟与完善。基于单组学数据的疾病研究已经发现了诸多新的疾病相关因子,而整合多组学数据研究疾病靶点的工作方兴未艾。生命体是一个复杂的调控系统,疾病的发生与发展涉及基因变异、表观遗传改变、基因表达异常以及信号通路紊乱等诸多层次的复杂调控机制,利用单一组学数据分析致病因子的局限性愈发显著。通过对多种层次和来源的高通量组学数据的整合分析,系统地研究临床发病机理、确定最佳疾病靶点已经成为精准医学研究的重要发展方向,将为疾病研究提供新的思路,并对疾病的早期诊断、个体化治疗和指导用药等提供新的理论依据。本文详细介绍了基因组、转录组和表观组等系统组学研究在疾病靶点筛选方面出现的新技术手段和研究进展,并对它们之间的整合分析新策略和优势进行了讨论。

关键词：基因组转录组表观遗传组整合分析疾病靶点

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

阿尔茨海默病基因组学研究

国际药学研究杂志 2016年第1期43卷 1-7页

作者：雷红星中国科学院北京基因组研究所、基因组科学与信息重点实验室北京100101 中国科学院大学存济医学院北京脑重大疾病研究院阿尔茨海默病研究所

阿尔茨海默病(AD)是最大的一类神经退行性疾病。因为目前仍无有效干预手段,其药物开发迫在眉睫,而AD的基因组学研究则是其药物研发的重要原动力之一。AD的基因组学研究包括诸多方面,如大规模遗传风险研究、脑转录组研究、表观遗传研究等... 详细信息

阿尔茨海默病(AD)是最大的一类神经退行性疾病。因为目前仍无有效干预手段,其药物开发迫在眉睫,而AD的基因组学研究则是其药物研发的重要原动力之一。AD的基因组学研究包括诸多方面,如大规模遗传风险研究、脑转录组研究、表观遗传研究等,近年来均取得了一些显著进展,带动了AD的药物发现。同时,因为早期发现和早期干预是现阶段的重要任务,早期标志物研究也是前沿热点,其中包括外周血转录组研究等。本文将对这些方面的研究进行简短回顾。因为AD的发病机制可能存在较大的异质性,AD的基因组学将来也会成为AD个体化精准医疗的重要保障。

关键词：阿尔茨海默病基因组转录组表观遗传组药物发现

识别Ⅰ-Ⅱ期胰腺导管腺癌患者的定性预后标志

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

识别Ⅰ-Ⅱ期胰腺导管腺癌患者的定性预后标志

作者：黄海燕福建医科大学

学位级别：硕士

胰腺癌是一种预后极差的侵袭性疾病,其致死率位居恶性肿瘤第3位。胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)约占胰腺癌总数的90%。由于早期PDAC患者缺乏特异性症状,故仅有10%-15%的患者在初次临床就诊时可采取根治性手术切... 详细信息

胰腺癌是一种预后极差的侵袭性疾病,其致死率位居恶性肿瘤第3位。胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)约占胰腺癌总数的90%。由于早期PDAC患者缺乏特异性症状,故仅有10%-15%的患者在初次临床就诊时可采取根治性手术切除伴随辅助治疗,但大部分患者术后肿瘤复发。目前常用的临床病理指标,如:TNM分期、糖类抗原19-9等均无法准确评估PDAC患者的预后。有研究者根据多个基因的表达值构建打分阈值对患者进行预后评估。然而基因表达的检测值极易受到实验批次效应及临床样本质量的影响。此外,这类标志应用时需预先收集样本进行数据标准化,限制其在临床方面的实际应用。样本内基因表达值的相对大小关系(relative expression orderings,REOs)对实验批次效应及临床样本质量的不确定性具有鲁棒性。本研究基于这一定性特征构建出能准确预测I和II期PDAC患者术后预后的基因对标志。首先,利用单因素COX风险比例模型,从ICGC数据库中161个I和II期PDAC患者的基因表达谱数据中筛选与患者整体生存(overall survival,OS)时间显著相关的基因,两两配成基因对后进一步筛选REOs模式与患者OS时间显著相关的基因对。根据前向序列搜索算法筛选出最优的基因对组合作为最终的预后基因对标志。将该标志应用于不同平台检测的独立验证数据集中,评估标志区分出的高、低风险组患者OS时间的差别。接着,在不同数据集的高、低风险组中筛选差异表达基因并进行功能富集分析。最后,比较不同预后组的患者在基因组和表观遗传组的特点。本研究开发出由64个基因对(64-GPS)组成的标志来评估I和II期PDAC患者的预后。至少有25个基因对提示患者处于高风险时,患者被归为高风险组。在来自不同实验室的六组独立数据集共324个患者中,高、低风险组患者的OS时间存在显著差异。低风险组中的患者的OS时间显著高于高风险组的患者。多因素Cox比例风险回归分析显示,在校正与患者OS时间相关的临床病理指标如淋巴结、肿瘤大小、分级、年龄和性别后,64-GPS仍与患者的OS时间显著相关。转录组分析表明,在所有数据集中,由TNM分期系统定义的转移和非转移组患者间的差异表达信号较弱且不可重复,而由64-GPS重新分类的高风险和低风险组患者间的差异表达信号显著一致且高度可重复。表观组学分析表明,基因启动子区域的高甲基化模式可能会导致高、低风险组患者间转录差异。基因组学分析表明,LRMDA,MAPK10和CREBBP等基因突变可能与PDAC患者的不良预后密切相关。综上所述,64-GPS可准确地评估I和II期PDAC患者的预后,为临床个体化治疗提供了理论依据,对患者治疗方案的制定具有指导意义。

关键词：胰腺导管腺癌定性预后标志基因对基因组表观遗传组

全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记

作者：杜情情河北医科大学

学位级别：硕士

目的:同卵双生个体（monozygotic twin,MZT）的鉴别在法医DNA分型领域仍是一个未解难题,当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控父时,尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别,不能为案件的侦破提供有价值的证据线索,是当前法医物证学领域... 详细信息

目的:同卵双生个体（monozygotic twin,MZT）的鉴别在法医DNA分型领域仍是一个未解难题,当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控父时,尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别,不能为案件的侦破提供有价值的证据线索,是当前法医物证学领域亟待解决的难题。尽管目前有些研究发现,MZT之间也存在基因序列的差异,比如拷贝数变异（copy number variation,CNV）的差异、SNP差异或DYZ1基因差异,但是这种差异在表型一致的MZT之间很罕见,在MZT之间寻找这样的基因序列差异如同大海捞针。而另一种遗传标记DNA甲基化也许能够提供更多的差异信息用于MZT的区分。目前已有大量研究表明无论表型存在差异的MZT,如肥胖症、精神疾病或癌症的差异,还是表型一致的MZT,二者之间都存在基因组范围或基因特异的甲基化差异,为DNA甲基化用于区分MZT个体提供了有利的理论依据。本研究拟应用甲基化免疫共沉淀（methylated DNA immunopreci-pitation,Me DIP）测序技术,检测4对不同年龄的表型一致的MZT个体全基因组甲基化谱,从全基因组水平筛选出4对MZT共有的甲基化差异区域,作为区分MZT个体的候选序列。方法:按照知情同意原则,采集了4对同卵双生子外周血样本,每位受试者均签署知情同意书并填写了相应的调查问卷。应用QIAamp DNA Blood kit（Qiagen）提取血液样本的全基因组DNA。双生子的一致性通过19个STR位点进行检验。基因组DNA采用Me DIP测序技术分析全基因组甲基化谱。应用Off-Line Basecaller software（OLB V1.8）进行图像分析和测序峰图的读取。经过Solexa CHASTITY质量筛选器的筛选后,用BOWIE软件（V2.1.0）将reads与人类基因组（UCSC HG19）进行比对,可唯一比对的序列信息用于后续标准信息分析及个性化分析。Me DIP score用每千碱基含有的reads数作表示,小于8.31 reads/kb者定义为未甲基化,大于374.44 reads/kb者定义为完全甲基化,二者之间为部分甲基化。结果:1全基因组甲基化状态分布1.1 Cp G岛（CGI）区域甲基化状态在27841个CGI区域,8个样本的部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为11324～18050、4189～5474及5164～11336,分别占总区域数的40.67%4.83%、15.05%9.66%及18.55%0.72%。可见CGI区域完全甲基化状态所占比例最低,大多处于部分甲基化或未甲基化状态。其中启动子区CGI完全甲基化所占比例最低,仅为1%%左右,未甲基化所占比例最高,达30%0%,反映启动子区CGI甲基化程度较低;而基因内CGI完全甲基化所占比例达35%5%左右,甲基化程度较高;基因间区CGI甲基化程度介于二者之间。1.2启动子区域甲基化状态在29402个启动子区中,部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为17213～22432、69～265及6880～11924,分别占总区域数的58.54%6.29%、0.23%.90%及23.40%0.56%。表明启动子区完全甲基化所占比例极低,接近于0,大多处于部分甲基化和未甲基化状态,甲基化程度较低。1.3 Genebody区域甲基化状态的分布在24157个Genebody区,部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为17166～20850、33～85及3273～6917,分别占总区域数的71.06%6.31%、0.14%.35%及13.55%8.63%。表明genebody区完全甲基化所占比例极低,接近于0,大多处于部分甲基化和未甲基化状态,甲基化程度较低。2差异甲基化区域（DMR）分析2.1第一层筛选根据Me DIP评分的倍数FC≥2.0,选出每对双生子间的差异甲基化区域,4对MZT个体之间存在的DMR总数分别为22889、21239、17926、25140。其中大多分布在CGI区,其次为启动子区,Genebody区最少。进一步分析DMR在CGI不同区域的分布情况,发现MZT之间CGI中的DMR以启动子区CGI分布最多、其次为基因间区CGI、基因内区CGI最少。2.2第二层筛选为进一步筛选出甲基化程度差异最大区域,我们进行了第二层筛选,筛选条件为:1)Me DIP评分的倍数FC=100,2)其中一个样本的Me DIP评分>8.31。根据上述条件筛选出的区域在一个样本的甲基化状态为未甲基化,另一个样本为部分甲基化或完全甲基化,我们称之为主要DMR（major DMR,MDMR）。据此在4对MZT个体之间分别筛选出3766、2711、1772、2387个MDMR,其中大多仍分布

关键词：同卵双生子 DNA甲基化甲基化免疫共沉淀表观遗传组 Cp G岛启动子