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藏猪生长激素基因核苷酸多态性分析

中国畜牧杂志 2006年第3期42卷 12-13页

作者：赵中权帅素容蒋忠荣李平李辉四川农业大学动物科技学院四川雅安625014 四川省甘孜州畜牧科学研究所四川康定626000

本文应用PC R方法,体外扩增了藏猪5个个体的生长激素(GH)基因64～2022位之间1959 bp的片段(包含完整的5个外显子和4个内含子),并进行了序列测定。结合网上下载的猪GH基因同源区段序列进行比较分析,结果表明:藏猪GH基因有较丰富的核苷酸... 详细信息

本文应用PC R方法,体外扩增了藏猪5个个体的生长激素(GH)基因64～2022位之间1959 bp的片段(包含完整的5个外显子和4个内含子),并进行了序列测定。结合网上下载的猪GH基因同源区段序列进行比较分析,结果表明:藏猪GH基因有较丰富的核苷酸多态性;检出的24个核苷酸突变位点中有6个发生在外显子区,外显子2内有4个突变位点,导致2个氨基酸变异,外显子3和外显子4内各有一个突变位点,特别是外显子4内这个突变位点引起了1个氨基酸变异;单核苷酸转换(21个位点)大于颠换(5个位点)。

关键词：畜牧兽医科学基础学科 GH基因核苷酸多态性藏猪

藏猪生长激素(GH)基因HaeⅡ多态性分析

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黑龙江畜牧兽医 2006年第12期 13-14页

作者：赵中权帅素容李平甘万华余先琼尹公鹏杨显彬四川农业大学动物科技学院四川省甘孜州畜牧科学研究所四川康定626000 四川省稻城县畜牧局四川稻城627750

用PCR-RFLP方法检测了94个藏猪个体的生长激素(GH)基因的HaeⅡ多态性。结果发现了5个HaeⅡ酶切位点,3种等位基因(A、B、C),3种基因型(AA、BB、BC)。A、B、C3种等位基因的频率分别为14.5%、74.5%、11.0%,经T检验,发现3种基因频率之间差... 详细信息

用PCR-RFLP方法检测了94个藏猪个体的生长激素(GH)基因的HaeⅡ多态性。结果发现了5个HaeⅡ酶切位点,3种等位基因(A、B、C),3种基因型(AA、BB、BC)。A、B、C3种等位基因的频率分别为14.5%、74.5%、11.0%,经T检验,发现3种基因频率之间差异达到极显著水平(P<0.01)。

关键词：藏猪生长激素基因 PCR—RFLP

藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性研究

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黑龙江畜牧兽医 2011年第2期 45-47页

作者：杨涛辜雪冬商鹏达娃卓玛白玛央宗刘金凤强巴央宗西藏大学农牧学院西藏林芝860000

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据GenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法。结果... 详细信息

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据GenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法。结果表明:第四内含子1 169位有T→G的突变,1 159位有G→C的突变,1 146位有C→G的突变,1 084位有A→C的突变,1 000位有C→G的突变,999位有A→G的突变。

关键词：藏猪 MHC—DQB1 第四内含子遗传多态性

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饲养模式对黑水色湾藏猪肌肉氨基酸的影响

西北农业学报 2022年第7期31卷 823-829页

作者：李铸吴锦波陈志荣何世明马莉吴自千王泰阿坝藏族羌族自治州畜牧科学技术研究所四川红原624402 阿坝藏族羌族自治州黑水县畜牧兽医服务中心四川黑水623500

为了探究饲养方式差异对黑水色湾藏猪肌肉氨基酸的影响,以放牧、半舍饲、舍饲养殖出栏的黑水色湾藏猪五花肉为材料,测定氨基酸含量。结果表明:舍饲组TAA含量和EAA含量最高,分别为99.41%和36.36%;放牧组EAA/TAA和EAA/NEAA值高于其余两组... 详细信息

为了探究饲养方式差异对黑水色湾藏猪肌肉氨基酸的影响,以放牧、半舍饲、舍饲养殖出栏的黑水色湾藏猪五花肉为材料,测定氨基酸含量。结果表明:舍饲组TAA含量和EAA含量最高,分别为99.41%和36.36%;放牧组EAA/TAA和EAA/NEAA值高于其余两组,分别为39.56%和65.50%;半舍饲组SRC最高为73.77,为半舍饲组>放牧组>舍饲组;3组藏猪肉赖氨酸RC值远大于1,赖氨酸含量丰富;苯丙氨酸RC值远小于1,为3种藏猪肉共同限制氨基酸。综上所述,3种模式出栏的藏猪肉含有丰富赖氨酸,但缺乏苯丙氨酸;舍饲出栏的猪肉EAA和TAA含量更高,放牧出栏的猪肉氨基酸组成则更优,而半舍饲出栏的藏猪肉蛋白质营养价值最高。

关键词：藏猪五花肉氨基酸氨基酸评分比值系数

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舍饲和放牧饲养对藏猪营养成分影响分析

中国农业大学学报 2019年第10期24卷 55-61页

作者：张盼商鹏张博张健强巴央宗张浩中国农业大学畜禽育种国家工程实验室/动物遗传工程北京市重点实验室北京100193 西藏农牧学院动物科学学院西藏林芝860000

为检测不同饲养方式对藏猪肉营养成分的影响,选择舍饲和放牧饲养的300日龄藏猪18头,取背最长肌测定其氨基酸、脂肪酸及微量矿物元素含量。结果表明:舍饲组藏猪谷氨酸含量显著低于放牧组(P<0.05),甘氨酸、丙氨酸及鲜味氨基酸总量极显著... 详细信息

为检测不同饲养方式对藏猪肉营养成分的影响,选择舍饲和放牧饲养的300日龄藏猪18头,取背最长肌测定其氨基酸、脂肪酸及微量矿物元素含量。结果表明:舍饲组藏猪谷氨酸含量显著低于放牧组(P藏猪高于0.45,达理想值。通过微量矿物元素含量检测发现舍饲组锌和铬含量极显著低于放牧组(P藏猪脂肪酸组成好,肉质风味优于舍饲饲养藏猪。

关键词：藏猪饲养方式脂肪酸氨基酸微量矿物元素

基于全基因组重测序分析藏猪骨骼肌发育相关基因

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中国农业大学学报 2023年第3期28卷 83-93页

作者：熊和丽张彦张斌相德才常雅洁刘韶娜赵智勇云南省畜牧兽医科学院养猪与动物营养研究所昆明650024

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异,本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序,并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测... 详细信息

为从全基因组水平探索影响藏猪骨骼肌发育的遗传变异,本研究对5头迪庆藏猪进行全基因组重测序,并合并NCBI数据库中来自3个省的藏猪、与藏猪同样小体型及生长慢的巴马香猪、及体型大且生长快速的杜洛克和大白猪共70个猪只的全基因组重测序数据进行整合分析,获得全基因组SNP后结合选择信号检测与等位基因频率(AF)分析鉴定藏猪-香猪与杜洛克-大白猪的遗传差异;利用GO和KEGG功能富集分析藏猪骨骼肌转录组与蛋白组相关基因。结果发现:1)2211个基因在藏猪-香猪与杜洛克-大白猪2个比较组中存在遗传差异,138个基因富集到骨骼肌发育相关的GO功能集及KEGG通路;2)9个基因(UCHL3、POSTN、COL12A1、PGK1、JPH1、GPT2、RBFOX1、FLNB和DCX)已报道参与藏猪60 d胚胎背最长肌发育调控,1个(CKM)参与6月龄藏猪背最长肌发育调控;3)10个基因共包含936个SNP,其中655个SNP位于基因间区,255个是内含子变异,少量SNP是外显子及调控区变异。本研究从全基因组水平鉴定了与藏猪骨骼肌发育相关基因及其遗传变异,为以后持续深入解析藏猪骨骼肌发育的遗传机制提供参考。

关键词：藏猪骨骼肌发育全基因组SNP 选择信号等位基因频率

1株藏猪源荚膜血清D型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定及其生物学特性

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浙江大学学报（农业与生命科学版） 2020年第5期46卷 611-617页

作者：贡嘎王一飞格桑卓玛索朗斯珠尼玛央宗拉巴次仁西藏农牧学院动物科学学院西藏林芝860000 西藏自治区动物疫病预防控制中心拉萨850000

为了解西藏地区病死藏猪源多杀性巴氏杆菌荚膜血清型、毒力基因分布情况,对无菌采集的60份病死猪样品(肺和扁桃体各30份)进行细菌分离纯化后,对菌株进行荚膜分型及常见毒力基因的鉴定。结果表明,从藏猪肺病料中成功获得了1株与伊朗家禽... 详细信息

为了解西藏地区病死藏猪源多杀性巴氏杆菌荚膜血清型、毒力基因分布情况,对无菌采集的60份病死猪样品(肺和扁桃体各30份)进行细菌分离纯化后,对菌株进行荚膜分型及常见毒力基因的鉴定。结果表明,从藏猪肺病料中成功获得了1株与伊朗家禽多杀性巴氏杆菌(AY225343)亲缘关系较近的D型猪源多杀性巴氏杆菌,分离率达3.33%(1/30),但没有在扁桃体中分离到该菌株。经鉴定,该菌株携带16种毒力基因,且对四环素、多西环素、氨苄西林、阿莫西林具有耐药性,对卡那霉素、链霉素、新霉素、大观霉素、环丙沙星、诺氟沙星和恩诺沙星较敏感。本研究结果为西藏猪源多杀性巴氏杆菌病原学和流行病学调查提供了参考依据。

关键词：多杀性巴氏杆菌荚膜血清D型分离鉴定毒力基因耐药性藏猪

基于16S rRNA基因及宏基因组测序解析藏猪肠道菌群组成特征

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江西农业大学学报 2024年第5期46卷 1256-1265页

作者：李卓君黄晓畅柯善林杨慧周云燕肖石军陈从英高军江西农业大学猪遗传改良与种质创新全国重点实验室江西南昌330045 南昌大学抚州医学院江西抚州344000

【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有... 详细信息

【目的】旨在通过分析藏猪肠道菌群组成及其功能注释,探讨藏猪肠道菌群与其耐粗饲和抗逆性能的关系。【方法】以66头藏猪粪便微生物为试验材料,提取DNA样本,利用16S rRNA基因测序技术分析在门水平和属水平藏猪的肠道菌群组成,构建共有核心菌的菌群互作网络,结合27头藏猪肠道微生物宏基因组测序数据,进行KEGG通路和碳水化合物代谢酶(CAZymes)数据库注释分析,以期阐明与藏猪纤维代谢能力强和抗病力等优良特性相关的功能通路。【结果】(1)16S rRNA测序分析结果显示,拟杆菌门(Bacteroidetes)(39.34%~60.72%)和厚壁菌门(Firmicutes)(24.65%~38.5%)在藏猪肠道微生物门水平上占优势,而在属水平则依次是普雷沃氏菌属(Prevotella)、密螺旋体属(Treponema)和琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)的丰度最高;(2)利用Cytoscape软件构建藏猪肠道样品中共有的26个核心菌属之间的互作网络,各菌群在网络中存在合作关系和竞争关系,证明藏猪肠道菌群结构比较稳定;(3)宏基因组鸟枪法测序结果显示,在KEGG功能注释中藏猪肠道主要富集营养物质合成代谢和遗传信息处理相关通路,包括氨基酸的生物合成、碳代谢、群体感应通路等。此外,使用CAZymes数据库注释显示藏猪肠道中的糖基转移酶(GTs)基因家族相对丰度最高,主要为GT2、GT4和GT41基因,其次是糖苷水解酶基因家族(GHs)的GH13、GH2和GH3基因。【结论】藏猪具有丰富且独特的微生物组成和功能通路,与免疫和抗病相关的疣微菌门(Verrucomicrobia)和阿克曼氏菌(Akkermansia)是藏猪肠道特有的高丰度菌属,可能与藏猪适应高海拔低氧低温的环境及其抗病性能有关;与粗纤维代谢相关的密螺旋体属Treponema、Sphaerochaeta、纤维杆菌属Fibrobacter在藏猪肠道中富集,能够帮助藏猪降解饲粮中的粗纤维,适应半放牧的饲养模式。研究结果有助于了解肠道微生物在藏猪耐粗饲和抗逆性中的作用机制,为今后对藏猪优良特性的开发利用提供新的思路。

关键词：藏猪 16S rRNA基因宏基因组测序肠道菌群肠道功能

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影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

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畜牧兽医学报 2022年第1期53卷 53-65页

作者：宋明坤薛明明张力戈颜铎夏宁商鹏李新建韩雪蕾乔瑞敏李秀领李明王克君河南农业大学动物科技学院郑州450002 西藏农牧学院动物科学学院林芝860000

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA(lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据。本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄... 详细信息

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA(lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据。本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n=3)和大约克夏公猪(n=3)为研究对象,收集背最长肌肉品质表型数据,利用相同个体背最长肌转录组数据筛选差异表达lncRNAs和差异表达基因(DEGs)。根据差异表达lncRNAs和DEGs位置关系以及表达的相关性预测lncRNAs顺式作用(cis)和反式作用(trans)的靶DEGs,并对trans靶DEGs进行GO生物学过程和KEGG通路富集分析。进一步筛选潜在影响肌肉生长发育和脂肪沉积的候选差异表达lncRNAs和靶DEGs,构建lncRNAs-DEGs-生物学过程调控网络。最后将筛选的候选靶基因与藏猪和大约克夏猪的肉质性状(滴水损失、pH、肉色、大理石花纹、肌内脂肪含量、肌纤维横截面积、眼肌面积和维生素B_(1)含量)进行关联分析。结果显示,在藏猪和大约克夏猪背最长肌组织中共鉴定出1546个lncRNAs和20219个mRNAs,其中包括49个差异表达lncRNAs和154个DEGs,差异表达lncRNAs分别顺式和反式调控7个和138个靶DEGs。功能富集分析发现,大量靶DEGs显著富集到与肌肉生长发育和脂肪沉积相关的生物学过程,包括磷脂酰肌醇3-激酶信号的正调控、肌肉结构发育、脂肪细胞分化、JAK-STAT级联的正调控、MAPK级联的正调控等。调控网络显示,MSTRG.34836.10、MSTRG.151.1调控的靶DEGs最多,其次是MSTRG.21406.1、MSTRG.26709.1。关联分析发现,这些lncRNAs调控的候选靶DEGs有11个与肉质性状显著相关。综上表明,本研究鉴定的部分差异表达lncRNAs与肌肉生长发育和脂肪沉积有关,分析发现这些差异表达lncRNAs可能通过调控HES1、LEP、TGFB2和PER2等基因的表达影响猪肉品质,为进一步解析猪肉质性状的潜在分子机制奠定了基础。

关键词：藏猪大约克夏猪 RNA-seq lncRNAs 肉质性状