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冷鲜鸡肉表面四环素和磺胺耐药菌的菌群多样性分析

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农业工程学报 2019年第17期35卷 301-308页

作者：邵毅姚春霞黄柳娟冯博周昌艳白冰王华王卫国上海市农业科学院农产品质量标准与检测技术研究所上海201403 上海市设施园艺技术重点实验室上海201403 美国俄亥俄州立大学食品科学与技术系哥伦布43210 复旦大学生命科学院微生物学和微生物工程系上海200433 上海国荣果业专业合作社上海201516

为探索冷鲜鸡肉产品表面的抗生素耐药菌的菌群结构,利用IonS5^TMXL测序平台对18个市售冷鲜鸡肉样品表面的可培养四环素耐药菌和磺胺耐药菌进行了研究。结果表明,2类耐药菌中分别注释出59个和58个已明确属名的属,相对丰度最大的3个门均... 详细信息

为探索冷鲜鸡肉产品表面的抗生素耐药菌的菌群结构,利用IonS5^TMXL测序平台对18个市售冷鲜鸡肉样品表面的可培养四环素耐药菌和磺胺耐药菌进行了研究。结果表明,2类耐药菌中分别注释出59个和58个已明确属名的属,相对丰度最大的3个门均为变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门。共享菌属中不动杆菌属、假单胞菌属、变形杆菌属、柠檬酸杆菌属、香味菌属和漫游球菌属的禽源和人源分离株的多重耐药性已被大量研究所证实;而禽源肉杆菌属等16个菌属的耐药特性还未见报道。各采样点分别鉴定出5~39个特有操作分类单元,分属3~32个属。该研究反映了冷鲜鸡肉表面2类耐药菌的污染状况,为后期冷鲜鸡肉产品表面耐药菌的迁移风险评估和控制技术研究提供参考。

关键词：微生物细菌抗生素冷鲜鸡四环素耐药菌磺胺耐药菌菌群多样性

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真空包装盐水鹅贮藏期菌群多样性动态分析

中国食品学报 2017年第4期17卷 258-264页

作者：王虎虎董洋李诺徐幸莲周光宏南京农业大学国家肉品质量安全控制工程技术研究中心教育部肉品加工与质量控制重点实验室南京210095

为揭示真空包装盐水鹅在4,25℃和30℃贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌,采用平板计数法和PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析,并对主要条带进行割胶测序及同源... 详细信息

为揭示真空包装盐水鹅在4,25℃和30℃贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌,采用平板计数法和PCR-DGGE(聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳)技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析,并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明:菌落总数在贮藏期逐渐上升,贮藏后期菌落总数呈下降趋势;产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30℃条件下主要优势腐败菌为提歇尔氏菌属、泛酸枝芽孢杆菌和幼虫芽孢杆菌,25℃条件下主要优势腐败菌为短芽孢杆菌属、芽孢杆菌属、提歇尔氏菌属、类芽孢杆菌属和地衣芽孢杆菌,4℃条件下主要优势腐败菌为类芽孢杆菌属和铜绿假单胞菌,它们可导致产品肉质变软、发黏、变色并产生异味。

关键词：真空包装盐水鹅贮藏期菌群多样性变性梯度凝胶电泳

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高通量测序分析白切鸡菌群多样性

食品科学 2020年第17期41卷 246-252页

作者：宋相宇李鸣王虎虎徐幸莲蔡林林南京农业大学江苏高校肉类生产与加工质量安全控制协同创新中心江苏南京210095

目的:分析包装方式及贮藏温度对白切鸡中微生物菌群结构的影响。方法:采用托盘包装(AP)、100%N2(MN)包装和30%CO2+70%N2(MC)3种包装方式对白切鸡进行包装,4℃和12℃下贮藏,于贮藏中期及末期取样,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对16S ... 详细信息

目的:分析包装方式及贮藏温度对白切鸡中微生物菌群结构的影响。方法:采用托盘包装(AP)、100%N2(MN)包装和30%CO2+70%N2(MC)3种包装方式对白切鸡进行包装,4℃和12℃下贮藏,于贮藏中期及末期取样,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对16S rDNA的V3~V4区域测序。结果:在97%的相似水平下共获得2216类可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),且这些OTU都属于细菌域,包括5个门、40个属;所有处理组中丰度最高的菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),两种丰度之和平均占96.93%;12℃及4℃下AP组贮藏末期样品优势菌群均为假单胞菌属(Pseudomonas),而MN和MC组优势菌群与AP组明显不同,4℃下MC与MN组优势菌群为环丝菌属(Brochothrix)和沙雷氏菌属(Serratia),12℃下还观察到肠杆菌属(Enterobacteriaceae)和克吕沃尔菌属(Kluyvera)。结论:白切鸡在不同包装方式及贮藏温度下优势微生物、菌群多样性、丰度及比例均存在显著差异。本研究为有针对性地延缓白切鸡在贮藏过程中的腐败提供一定的理论依据。

关键词：白切鸡气调包装托盘包装温度菌群多样性

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梅干菜和腌制雪菜细菌菌群多样性分析

食品工业科技 2021年第18期42卷 134-141页

作者：虞任莹彭思佳李艺肖庆霞郭斯统罗海波南京师范大学食品与制药工程学院江苏南京210023 宁波市鄞州三丰可味食品有限公司浙江宁波315145

为探讨传统腌制发酵蔬菜制品的菌群多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术,对宁波地区梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品进行分析。结果表明,梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品中相对丰度大于1.0%的菌属分别有8、13、5属,其中乳杆菌... 详细信息

为探讨传统腌制发酵蔬菜制品的菌群多样性,采用Illumina Miseq高通量测序技术,对宁波地区梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品进行分析。结果表明,梅干菜半成品、成品和腌制雪菜成品中相对丰度大于1.0%的菌属分别有8、13、5属,其中乳杆菌属(Lactobacillus)在3种产品中相对丰度均较高,分别为31.70%、9.51%、78.08%;假交替单胞菌(Pseudoalteromonas)仅在梅干菜半成品和腌制雪菜成品中检出,相对丰度为4.60%和1.81%;梅干菜半成品的主要优势菌属还有嗜盐单胞菌属(Halomonas)和梭状芽孢杆菌属(Clostridium IV);梅干菜成品的主要优势菌属还有慢生芽孢杆菌属(Lentibacillus)、交替芽胞杆菌属(Alteribacillus)、嗜盐球菌属(Halococcus)、海单胞菌属(Oceanimonas)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、钠白菌属(Natrialba)和代尔夫特菌属(Delftia)等,相对丰度分别为11.85%、11.41%、9.64%、9.46%、8.86%、6.25%、5.21%和5.13%;其余优势菌属相对丰度在1.23%~2.60%之间。乳杆菌属是发酵蔬菜的主要优势菌,腌制方式、腌制阶段的蔬菜产品菌群多样性差异较大,干法腌制比泡制蔬菜产品的菌群结构和多样性更为复杂。本研究结果为传统腌制蔬菜微生物资源的挖掘及其工业化利用提供了理论参考。

关键词：雪菜干腌泡制高通量测序菌群多样性

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活性污泥系统聚糖菌的富集与菌群多样性分析

环境工程学报 2015年第3期9卷 1253-1258页

作者：李建民麻倩傅海霞董志英王凯丽北京市环境保护科学研究院国家城市环境污染控制工程技术研究中心国家环境保护工业废水污染控制工程技术(北京)中心北京100037

在实验室规模续批式反应器(SBR)内,采用人工配水作为系统进水,以乙酸钠为唯一碳源,限制进水磷浓度,调整适宜的运行方式对活性污泥进行驯化,培养富集聚糖菌。90 d的培养过程中,系统的进水COD浓度始终维持在260mg/L左右,进水PO3-4-P浓度从... 详细信息

在实验室规模续批式反应器(SBR)内,采用人工配水作为系统进水,以乙酸钠为唯一碳源,限制进水磷浓度,调整适宜的运行方式对活性污泥进行驯化,培养富集聚糖菌。90 d的培养过程中,系统的进水COD浓度始终维持在260mg/L左右,进水PO3-4-P浓度从20 mg/L逐渐降至2 mg/L,系统除磷能力逐渐丧失。系统内活性污泥的TP/TSS从40.5%降至10.4%,污泥中的糖原/TSS从14.5%增至38.2%,同时COD去除率能保持在90%以上,说明系统中成功富集聚糖菌。采用454高通量测序法分析该系统的活性污泥菌群结构,发现α-proteobacteria,β-proteobacteria,γ-proteobacteria 3类细菌占微生物总量的比例达83.78%。在属的等级上,Tepidicella占活性污泥菌群的比例最高,为20.60%。

关键词：聚糖菌菌群多样性变形菌纲 454高通量测序

饲养方式对大通牦牛瘤胃组织结构和瘤胃菌群多样性和组成的影响

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动物营养学报 2022年第6期34卷 3777-3787页

作者：姚喜喜王伟徐成体张瑞强陈永珑牛勇周双福青海大学农牧学院西宁810016 青海大学畜牧兽医科学院西宁810016 青海东牧湾农牧科技开发有限公司海东811600

本研究旨在探讨放牧与舍饲2种饲养方式对大通牦牛瘤胃组织结构及瘤胃菌群多样性和组成的影响,以期为大通牦牛的生长发育和科学化养殖提供理论依据。选取30头体重[(213.50±13.12) kg]相近的2岁大通公牦牛,随机分为放牧组与舍饲组,每组1... 详细信息

本研究旨在探讨放牧与舍饲2种饲养方式对大通牦牛瘤胃组织结构及瘤胃菌群多样性和组成的影响,以期为大通牦牛的生长发育和科学化养殖提供理论依据。选取30头体重[(213.50±13.12) kg]相近的2岁大通公牦牛,随机分为放牧组与舍饲组,每组15头牦牛,放牧组牦牛只进行自然放牧,舍饲组牦牛饲喂全混合日粮。试验预试期15 d,正试期190 d。试验结束后屠宰2组牦牛,采用瘤胃组织切片和16S rDNA扩增子高通量测序技术分别进行瘤胃组织结构和瘤胃菌群多样性测定。结果显示:1)舍饲组牦牛瘤胃乳头长度、乳头宽度、上皮厚度极显著高于放牧组牦牛(P菌群Chao1指数、ACE指数和Shannon指数极显著高于舍饲组牦牛(P菌群Beta多样性存在极显著差异(P菌群均以厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)为优势菌群,且舍饲组牦牛瘤胃菌群中Firmicutes和Proteobacteria的相对丰度显著高于放牧组牦牛(P菌群均以克里斯滕森菌科_R-7群(Christensenellaceae_R-7_group)、瘤胃球菌科_NK4A214群(Ruminococcaceae_NK4A214_group)、瘤胃球菌属_2(Ruminococcus_2)和理研菌科_RC9肠道群(Rikenellaceae_RC9_gut_group)为优势菌群,且舍饲组牦牛瘤胃菌群中Christensenellaceae_R-7_group和Ruminococcus_2的相对丰度极显著高于放牧组牦牛(P 性。综上所述,饲养方式显著影响了大通牦牛的瘤胃组织结构及瘤胃菌群多样性和组成,且瘤胃组织结构的变化与瘤胃菌群相关。

关键词：牦牛饲养方式瘤胃组织结构 16S rDNA 菌群多样性

基于高通量测序分析连栀矾溶液发酵炮制过程中真菌菌群多样性变化

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中草药 2018年第18期49卷 4259-4268页

作者：袁学刚叶羊赵甲元谢洁金艳肖宇航王战国张晓喻四川洲际胃肠肛门病医院四川成都610000 四川师范大学生命科学学院四川成都610101 成都大学医学院(护理学院) 四川成都610106 四川师范大学食品功能及加工应用研究所四川成都610101

目的探究传统连栀矾溶液发酵炮制过程中真菌菌群多样性和优势菌群,为科学发酵提供理论依据。方法采用Illumina HiSeq高通量测序技术测定不同发酵时间上下层连栀矾溶液中真菌ITS2区序列,应用QIIME、Mothur和R等软件整理和统计样品序列数... 详细信息

目的探究传统连栀矾溶液发酵炮制过程中真菌菌群多样性和优势菌群,为科学发酵提供理论依据。方法采用Illumina HiSeq高通量测序技术测定不同发酵时间上下层连栀矾溶液中真菌ITS2区序列,应用QIIME、Mothur和R等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTU)数量,分析样品中真菌菌群的组成、丰度、分布、alpha多样性、beta多样性,阐明炮制过程中真菌菌群结构、多样性及丰富度的动态变化。结果 4个不同的发酵时期共获得用于分析的有效序列数为207 068,稀疏曲线表明测序深度充分,OTUs的数量接近于饱和,能充分展示连栀矾溶液的真菌群落结构,其主要由子囊菌门(Ascomycota,74.21%)、担子菌门(Basidiomycota,7.31%)、罗兹菌门(Rozellomycota,2.62%)、接合菌门(Zygomycota,0.66%)和球囊菌门(Glomeromycota,0.01%)组成,优势菌门为子囊菌门。通过分析OTUs数量、chao1指数,ACE指数、Shannon指数,表明连栀矾溶液真菌菌群有较高的丰富度和多样性,并且在炮制过程中上下层总丰富度和多样性随发酵时间的增加逐渐增加,其中上层样品的丰富度、多样性逐渐增加,下层样品的丰富度、多样性先降低后增加,且上层样品的丰富度、多样性明显高于下层样品。结论以高通量测序技术分析连栀矾溶液发酵炮制过程中真菌菌群结构、多样性及丰富度的动态变化可为指导其科学发酵提供参考。

关键词：连栀矾溶液真菌菌群多样性 Illumina HiSeq高通量测序技术发酵炮制优势菌群 ITS2 菌群丰富度子囊菌门担子菌门罗兹菌门接合菌门球囊菌门

金霉素胁迫下室内粪土模型中菌群多样性与四环素类抗生素耐药基因丰度研究

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华南农业大学学报 2018年第5期39卷 65-73页

作者：邹勇黄蔚虹陈永杰冯慧君李金红任海鑫孙永学国家兽药安全评价(环境评估)实验室/广东省兽药研制与安全评价重点实验室/华南农业大学兽医学院广东广州510642

【目的】探究金霉素在粪土环境中对土壤微生物群落结构多样性和四环素类耐药基因(TRG)丰度的影响。【方法】分别设置金霉素质量0(对照)、10、100、1 000μg作为胁迫剂量,在处理后第1、7、14、28、56天采集样品,使用高通量测序和q PCR技... 详细信息

【目的】探究金霉素在粪土环境中对土壤微生物群落结构多样性和四环素类耐药基因(TRG)丰度的影响。【方法】分别设置金霉素质量0(对照)、10、100、1 000μg作为胁迫剂量,在处理后第1、7、14、28、56天采集样品,使用高通量测序和q PCR技术研究群落结构多样性和TRG丰度的变化。【结果】厚壁菌门能耐受低剂量(10μg)金霉素的毒害作用,对中、高剂量(100、1 000μg)敏感;放线菌门能耐受中、高剂量的毒害作用,生存繁殖具有一定优势;变形菌门的相对丰度除第28天各剂量组均显著低于对照组外,其余时间多显著高于对照组。金霉素–猪粪–土壤模型样品中共检测出3种四环素类抗生素耐药基因(TRGs):tet O、tet T和tet W,3个基因丰度变化趋势相似:与第1天相比,第56天各组TRGs相对含量均显著减少;低剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅱ期高于对照组和中、高剂量组,第7天TRGs相对含量显著高于对照组以及中、高剂量组;中剂量组TRGs相对含量的日消减率在Ⅳ期低于其余组,第56天TRGs相对含量显著高于其余组。【结论】在猪粪–土壤环境中,不同菌群对金霉素敏感程度不同,金霉素可改变优势菌群的相对丰度,从而引起菌群群落结构的变化。金霉素可改变TRGs相对含量的日消减率,从而影响TRGs相对含量。本研究可为下一步养殖源性抗菌药物残留的生态风险评估提供一定依据。

关键词：金霉素菌群多样性四环素类抗生素耐药基因丰度日消减率

红曲黄酒传统酿造过程挥发性风味组分及微生物菌群多样性分析

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食品科学 2019年第12期40卷 137-144页

作者：洪家丽李秋艺潘雨阳郭伟灵黄梓芮赵立娜钱敏白卫东倪莉饶平凡刘斌吕旭聪福建农林大学国家菌草工程技术研究中心福建福州350002 福州外语外贸学院福建福州350202 仲恺农业工程学院轻工食品学院广东广州510225 福州大学食品科学技术研究所福建福州350108

为探究红曲黄酒传统酿造过程中的挥发性风味组分及菌群结构动态变化规律,采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术、主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析模型,系统比较传统酿造初期、中期和末期3 个时期酒醅样中的挥发性风味成分,... 详细信息

为探究红曲黄酒传统酿造过程中的挥发性风味组分及菌群结构动态变化规律,采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术、主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析模型,系统比较传统酿造初期、中期和末期3 个时期酒醅样中的挥发性风味成分,同时运用二代高通量测序技术解析传统酿造过程不同时期的微生物菌群结构。结果表明:红曲黄酒传统酿造过程挥发性风味组分及菌群结构变化显著,优势菌群-挥发性风味组分的Spearman相关性分析发现:红曲黄酒中的挥发性风味物质大多与传统酿造中、末期中的优势菌群呈正相关。研究结果阐明红曲黄酒传统酿造过程中香气组分形成与微生物菌群之间的关系,确定与关键香气组分形成密切相关的微生物类型,为红曲黄酒中功能微生物的分离筛选和发酵调控提供基础数据。

关键词：红曲黄酒挥发性风味组分菌群多样性高通量测序正交偏最小二乘法判别分析