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单表型数据中识别群体水平的差异表达基因

单表型数据中识别群体水平的差异表达基因

作者：谢佳静福建医科大学

学位级别：硕士

背景和目的:对于心脏和大脑等特殊器官,我们很难获得其正常样本。本研究将仅有疾病样本而无正常对照的数据集定义为单表型数据。对于单表型数据的研究不能使用芯片显著性分析（Significance Analysis of Microarrays,SAM）、limma（Line... 详细信息

背景和目的:对于心脏和大脑等特殊器官,我们很难获得其正常样本。本研究将仅有疾病样本而无正常对照的数据集定义为单表型数据。对于单表型数据的研究不能使用芯片显著性分析（Significance Analysis of Microarrays,SAM）、limma（Linear Models for Microarray Analysis）和edge R等常规差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）识别方法进行分析。虽然主要用于识别个体水平DEGs的算法RankComp可用于识别单表型数据的群体水平DEGs,但该方法不能提供DEGs的失调方向。因此,本课题拟进一步优化RankComp算法,提高其检测单表型数据的群体水平DEGs的效能。材料和方法:首先,本研究收集了来自公共数据库的心脏组织、脑组织、乳腺组织和结直肠组织样本的基因表达谱数据。对于一种特定组织,本研究分别整合芯片平台不同数据集的正常样本和测序平台不同数据集的正常样本。基于基因在样本内的表达水平相对秩序关系（Relative Expression Orderings,REOs）,将在芯片平台和测序平台中交叠且方向一致的基因对定义为可跨平台的正常背景。基于构建的正常背景,利用RankComp算法在缺乏正常对照的单表型数据中识别个体水平DEGs。不同于RankComp算法在推算群体水平DEGs时直接应用所有单表型样本的差异基因频率的均值来估计单表型样本一个基因差异的概率,本研究分别使用基因上调（下调）频率的均值和中位数来估算基因上调（下调）概率,结合累积二项式检验分别识别群体水平的上调（下调）基因,优化后的新算法被称为PhenoComp。接着,应用仿真实验数据和真实数据,本研究比较了RankComp算法和PhenoComp算法识别单表型数据的群体水平DEGs的效能,并以SAM、edge R和limma应用疾病-正常对照两类样本识别的DEGs作为标准来进一步评估PhenoComp算法的效能。最后,本研究还评估了PhenoComp算法在弱差异表达信号数据中的效能。结果:由于不同数据集中DEGs在所有基因中的频率、所有DEGs中上调基因的频率和下调基因的频率分布存在很大的差异,因此本研究提出在分析每套数据集时应当仅用该数据集中DEGs在所有基因中的频率、所有DEGs中上调基因的频率和下调基因的频率来估算该数据集基因在随机情况下发生差异、上调和下调的概率。应用仿真实验数据,本研究分析发现低至5个疾病样本时,RankComp算法无法识别出群体水平DEGs,而PhenoComp算法可以识别群体水平DEGs。当样本数量较大时,PhenoComp算法识别的群体水平DEGs均包含RankComp算法识别的群体水平DEGs。在真实数据中,本研究以SAM、edge R和limma应用疾病-正常对照两类样本识别的DEGs作为“金标准”,结果表明PhenoComp算法仅使用单表型数据识别的群体水平DEGs与“金标准”具有可比性,且该结果不受检测平台的影响。此外,为了在真实数据中比较RankComp算法和PhenoComp算法的性能,本研究定义了RankComp算法识别的群体水平DEGs的失调方向,结果表明RankComp算法识别的方向明确的DEGs均包含于PhenoComp算法识别的DEGs。最后,在弱差异表达信号数据中,SAM和limma方法无法识别出群体水平DEGs,而PhenoComp算法能识别一定数量的群体水平DEGs,且群体水平DEGs富集到与所分析疾病相关的通路。结论:本研究优化了RankComp算法识别单表型数据的群体水平DEGs的能力,优化后的PhenoComp算法的检测效能优于RankComp算法,尤其是在样本数量小的数据中具有较高的检测效能。总而言之,PhenoComp算法是一种分析单表型数据和弱差异表达信号数据的有效算法,且该算法不依赖于数据的检测平台。

关键词：单表型数据群体水平差异表达基因弱差异表达信号

群体水平评估的新方法——群体水平IRT模型与传统IRT模型的比较研究

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群体水平评估的新方法——群体水平IRT模型与传统IRT模型的比较研...

第十二届全国心理学学术大会

作者：蔡艳丁树良江西师范大学数学与信息科学学院江西师范大学心理学院

传统上,群体评估都是以个体评估结果为基础,再求平均值。而群体水平IRT理论则可以避开个体评估,直接实现群体评估,是群体评估的一种新方法。该理论结合矩阵抽样方法,群体内每个个体需且仅需作答测量工具(如问卷或测验)上的一个项目,通... 详细信息

传统上,群体评估都是以个体评估结果为基础,再求平均值。而群体水平IRT理论则可以避开个体评估,直接实现群体评估,是群体评估的一种新方法。该理论结合矩阵抽样方法,群体内每个个体需且仅需作答测量工具(如问卷或测验)上的一个项目,通过群体对每个项目作答人数和答对人数信息,实现群体评估。因此,当研究对象仅是群体,这种测量方法大大节省了时间、人力、物力和财力。

关键词：群体水平 IRT个体水平 IRT矩阵抽样皮尔逊相关

来源： cnki会议评论

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依靠科技进步提高群体生产水平

畜牧与兽医 1995年第5期27卷 211-212页

作者：钱利增无锡县种猪场

依靠科技进步提高群体生产水平钱利增（无锡县种猪场，２１１１０６）１前言鉴于目前国内各方面条件的限制，采用常规的一些育种方法和传统的饲养技术，地方猪种的高产潜能难以得到充分的发挥，高产优势也将面临严峻的挑战。如何提高母... 详细信息

依靠科技进步提高群体生产水平钱利增（无锡县种猪场，２１１１０６）１前言鉴于目前国内各方面条件的限制，采用常规的一些育种方法和传统的饲养技术，地方猪种的高产潜能难以得到充分的发挥，高产优势也将面临严峻的挑战。如何提高母猪的产活仔率和仔猪的育成率，提高群...

关键词：猪母猪产仔数育成率群体水平

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全转录组关联研究的设计、分析与展望

中国卫生统计 2023年第1期40卷 144-148,152页

作者：郭萍刘璐燕冉季加东王淑康薛付忠袁中尚山东大学齐鲁医学院公共卫生学院生物统计学系 250012 山东大学健康医疗大数据研究院山东大学金融研究院

全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)已成功识别出众多与复杂疾病/性状显著相关的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)[1-2]。然而,研究表明高达90%的GWAS关联位点分布在基因间区或基因非编码... 详细信息

全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)已成功识别出众多与复杂疾病/性状显著相关的单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms,SNPs)[1-2]。然而,研究表明高达90%的GWAS关联位点分布在基因间区或基因非编码区域,其遗传功能和致病机制尚不明确,往往难以被实验验证,为后续生物学机制解释和临床转化带来了巨大挑战[1-3]。同时,GWAS所采用的从基因组直接跨越到疾病终点的关联分析策略,忽略了从遗传变异到疾病的连续生物过程,不利于从多组学角度解释复杂疾病机制,构筑从遗传变异经分子标记到疾病的完整链条,需吸纳多层面组学标记信息。近年来,高通量组学测序技术的成熟发展与检测成本的大幅降低,使得在群体水平获取多层面跨组学标记成为可能。为此,对多组学数据进行跨越式交叉整合,识别能够介导“SNP关联位点→复杂疾病”效应的潜在组学标记,打开遗传变异到疾病间的黑盒子,已成为后GWAS时代的研究热点[4-5]。

关键词：单核苷酸多态性位点全基因组关联研究生物学机制群体水平遗传功能复杂疾病测序技术关联分析

人工诱导牙鲆异质雌核发育群体的微卫星标记分析

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高技术通讯 2005年第7期15卷 107-110页

作者：王伟尤锋高天翔张培军中国科学院海洋研究所青岛266071中国海洋大学生命科学与技术学部青岛266003 中国科学院海洋研究所青岛266071 中国海洋大学生命科学与技术学部青岛266003

采集牙鲆成熟精、卵,通过紫外线照射精子和冷休克处理受精卵,经形态学和染色体计数检测获得了异质雌核发育牙鲆群体,采用筛选获得的10对高多态性的微卫星引物对该群体进行了遗传变异分析.结果为:10对引物中,Po91可能因为出现了无效等位... 详细信息

采集牙鲆成熟精、卵,通过紫外线照射精子和冷休克处理受精卵,经形态学和染色体计数检测获得了异质雌核发育牙鲆群体,采用筛选获得的10对高多态性的微卫星引物对该群体进行了遗传变异分析.结果为:10对引物中,Po91可能因为出现了无效等位基因而没有扩增产物,其余9对引物全都扩增出目的片段,其中7对表现出多态性,其多态座位比例为77.8%,平均杂合度为0.3856,明显低于自然和养殖群体;在具多态性的7个基因座位上均发生了基因-着丝点之间的重组,重组率在42.6%～100%之间.通过抑制第二极体排出获得的牙鲆雌核发育群体在个体和群体水平尚具有一定的基因杂合.

关键词：雌核发育微卫星标记分析牙鲆人工诱导异质遗传变异分析无效等位基因紫外线照射染色体计数微卫星引物平均杂合度多态性扩增产物多态座位养殖群体基因座位群体水平第二极体受精卵冷休克形态学着丝点

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复杂社会技术系统人因组织行为安全控制模型

东北大学学报（自然科学版） 2001年第3期22卷 288-290页

作者：郑双忠陈宝智刘艳军东北大学资源与土木工程学院辽宁沈阳110004 沈阳航空工业学院辽宁沈阳110034

为了对核电、航空、航天、化工和石化等复杂社会技术系统进行有效控制 ,运用组织行为学原理知识 ,结合组织行为学学科 ,对复杂社会技术系统组织行为安全控制模型进行了初步探讨·建立了组织行为安全控制两级模型 ,将人的因素融合到安全... 详细信息

为了对核电、航空、航天、化工和石化等复杂社会技术系统进行有效控制 ,运用组织行为学原理知识 ,结合组织行为学学科 ,对复杂社会技术系统组织行为安全控制模型进行了初步探讨·建立了组织行为安全控制两级模型 ,将人的因素融合到安全控制模型中 ;探讨了个体、群体和结构对安全控制的深层次影响 ,认为人因对于复杂技术系统尤其是在出现紧急情况时的控制有重要意义·

关键词：复杂社会技术系统安全控制人因组织行为组织系统水平群体水平

积极心理学视角下医务社工在志愿服务中的探索

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社会与公益 2023年第9期 27-30页

作者：张爱军王治国杨湘溶王雪敬郝丽娜北京老年医院

积极心理学是探讨幸福的科学,以研究人的幸福为中心,探讨人生的美好之处和使人生美好的有利条件,帮助拓展人类最佳功能状态[1],其研究领域包括主观水平、个体成长水平及群体水平,本文从积极心理、积极情绪、积极动机和积极社会组织四方... 详细信息

积极心理学是探讨幸福的科学,以研究人的幸福为中心,探讨人生的美好之处和使人生美好的有利条件,帮助拓展人类最佳功能状态[1],其研究领域包括主观水平、个体成长水平及群体水平,本文从积极心理、积极情绪、积极动机和积极社会组织四方面介绍志愿服务为老年患者带来的改变。

关键词：积极心理志愿服务个体成长群体水平医务社工功能状态积极情绪人的幸福

面向农业发展需求探索作物遗传改良——作物遗传改良国家重点实验室

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科学中国人 2022年第4期 78-79页

目标明确作物遗传改良国家重点实验室(以下简称“实验室”)成立于1992年3月,隶属于科技部,依托于华中农业大学。实验室围绕农作物遗传改良这一总体目标,以应用基础研究为主,向基础研究和应用研究延伸;瞄准学科前沿,将生物技术与常规技... 详细信息

目标明确作物遗传改良国家重点实验室(以下简称“实验室”)成立于1992年3月,隶属于科技部,依托于华中农业大学。实验室围绕农作物遗传改良这一总体目标,以应用基础研究为主,向基础研究和应用研究延伸;瞄准学科前沿,将生物技术与常规技术相结合,分别从作物的群体水平、个体水平、细胞水平、分子水平等不同层次研究作物性状的遗传、生理机理,进行品种改良;为农作物遗传改良提供新理论、新技术、新途径、新材料,为农业生产提供新品种和新方法。实验室研究对象涉及水稻、玉米、油菜、棉花、小麦、大豆等主要农作物。

关键词：作物遗传改良国家重点实验室生理机理群体水平个体水平品种改良应用基础研究学科前沿

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金丝猴行为偏侧与大脑调控关系密切 009

金丝猴行为偏侧与大脑调控关系密切