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2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测

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复旦学报（自然科学版） 2000年第6期39卷 639-644页

作者：田立峰戴建凉黄达蔷付旭平沈健民范俊张雷马良宵谢毅毛裕民复旦大学生命科学学院遗传学研究所上海200433

用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因... 详细信息

用生物信息学序列分析方法对联合基因科技 (集团 )公司 2 813条全长人类新基因编码的蛋白质进行了功能预测 .由WU BLASTP核酸序列相似性分析结果表明P值小于le 2 0的基因合计有 46 6条 ,占总分析基因的 16 .5 7% ,P值在le 10以下的基因合计有 5 6 5条 ,占总分析基因的 2 0 .0 9% ;由蛋白质结构域分析结果表明 ,含PROSITEpattern的基因有 5 2 0条 ,代表了 10 7种 pattern ;含PROSITEprofile的基因有 333条 ,代表了 2 0 0种profile ;含PFAM结构域的基因有 45 7条 ,代表了 2 41个family ;含PRINTS的家族指纹 1型 (class1)的基因有 12 8条 ,指纹 2型 (class2 )的有 18条 ,总数为 146条 ,代表了 45种家族指纹 ;由特殊结构分析表明 ,跨膜蛋白 470条 ,分泌蛋白 6 77条 ,Coiled coil蛋白 2 2 8条 ,Helix turn helix蛋白 73条 .

关键词：全长人类新基因生物信息学序列分析功能预测编码蛋白质

编码人分化抗原5D4的全长cDNA克隆及其编码蛋白质的二级结构分析

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中国科学（C辑） 1999年第6期29卷 615-620页

作者：马凤蓉朱立平汪燚赵方萄史耕先李波李国燕张淑珍王讯刘音中国医学科学院基础医学研究所

用 3D5细胞染色强阳性 ,而Daudi与Jurkat细胞染色弱阳性的单克隆抗体5D4,从一个人扁桃体细胞λgt1 1cDNA文库 (ATCCNo .375 46 )筛选到一个长 1 846bp的cDNA克隆 .RT_PCR显示 3D5细胞、Daudi细胞和Jurkat细胞 5D4mRNA均阳性 ,但 3D5细... 详细信息

用 3D5细胞染色强阳性 ,而Daudi与Jurkat细胞染色弱阳性的单克隆抗体5D4,从一个人扁桃体细胞λgt1 1cDNA文库 (ATCCNo .375 46 )筛选到一个长 1 846bp的cDNA克隆 .RT_PCR显示 3D5细胞、Daudi细胞和Jurkat细胞 5D4mRNA均阳性 ,但 3D5细胞明显强于后两者 . 5D4cDNA中 88～ 1 2 0 9bp为一个开放阅读框架 ,编码374个氨基酸的蛋白质 .Northernblot分析结果和起始密码子前 5′端非编码区有 2个连续的终止密码子表明 ,这是一个全长cDNA .从其开放阅读框架推断的蛋白质的氨基酸序列中 2 95～ 334aa为一强疏水区 ,预测 31 3～ 334aa为一分值极高的跨膜螺旋区 ,其方向最可能是由膜内到膜外 .

关键词： cDNA 分化抗原编码蛋白质二级结构单克隆抗体

致病性大肠杆菌非编码小RNA(sRNAs)的研究进展

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中国预防兽医学报 2022年第4期44卷 454-460页

作者：杨延毛曌李干武江丰伟中国农业科学院哈尔滨兽医研究所黑龙江哈尔滨150069

细菌非编码小RNA(Small non-coding RNAs,sRNAs)是一类长度介于40 nt~500 nt不编码蛋白质的RNA分子,其半衰期短,常作为基因表达的调节物。sRNAs多由一段多变的靶标结合序列、保守序列和不依赖于Rho因子的转录终止序列等3部分组成[1],其... 详细信息

细菌非编码小RNA(Small non-coding RNAs,sRNAs)是一类长度介于40 nt~500 nt不编码蛋白质的RNA分子,其半衰期短,常作为基因表达的调节物。sRNAs多由一段多变的靶标结合序列、保守序列和不依赖于Rho因子的转录终止序列等3部分组成[1],其形成的二级结构多存在茎环结构,该结构显著提高了sRNAs的稳定性[2]。sRNAs与靶基因的配对方式多样,根据配对方式的不同,可以将细菌sRNAs分为顺式编码的sRNAs(Cis-encoded s RNAs)和反式编码的sRNAs(Trans-encoded sRNAs)。

关键词：致病性大肠杆菌编码蛋白质调节物二级结构转录终止基因表达半衰期

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lncRNA在奶牛临床常见疾病中的应用

中国兽医杂志 2023年第2期59卷 98-102页

作者：刘佳悦赵芳莹张琰张乐苑金利陈吉龙刁洪秀福建农林大学动物科学学院(蜂学学院)福建省畜禽病原感染与免疫学重点实验室福建福州350002 中国农业大学动物医学院北京海淀100193

生物体中的RNA种类繁多,功能复杂,按照是否编码蛋白质可将其分为编码RNA(Coding RNA)和非编码RNA(Non-coding RNA,ncRNA)两大类。随着转录组学的发展和数据的共享,ncRNA的功能研究进入了崭新的阶段,长链非编码RNA(Long non-coding RNA,l... 详细信息

生物体中的RNA种类繁多,功能复杂,按照是否编码蛋白质可将其分为编码RNA(Coding RNA)和非编码RNA(Non-coding RNA,ncRNA)两大类。随着转录组学的发展和数据的共享,ncRNA的功能研究进入了崭新的阶段,长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在ncRNA中占比最高,且功能最复杂,已成为国际生命科学领域的研究前沿。

关键词：转录组学编码蛋白质非编码RNA 研究前沿奶牛

小鼠circGHR对肝细胞和成肌细胞增殖、凋亡与分化的影响

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小鼠circGHR对肝细胞和成肌细胞增殖、凋亡与分化的影响

作者：张为露广东海洋大学

学位级别：硕士

本课题组前期对鸡的circGHR进行研究,发现其对鸡骨骼肌生长发育具有作用。为了深入挖掘circGHR的作用,本研究克隆了小鼠circGHR,分析了小鼠circGHR的序列信息和时空表达规律,构建了circGHR的带Flag标签蛋白载体验证circGHR的蛋白质编码... 详细信息

本课题组前期对鸡的circGHR进行研究,发现其对鸡骨骼肌生长发育具有作用。为了深入挖掘circGHR的作用,本研究克隆了小鼠circGHR,分析了小鼠circGHR的序列信息和时空表达规律,构建了circGHR的带Flag标签蛋白载体验证circGHR的蛋白质编码能力,并在小鼠NCTC1469细胞和C2C12细胞中分析其作用。论文主要结果如下:(1)本研究发现小鼠GHR基因外显子2-8可以反向剪接形成环状转录本,在成功克隆出circGHR,发现其具有RNase R耐受性,用随机引物反转录时效率更高,表明该分子为闭合环状结构。细胞亚定位结果显示circGHR主要存在于细胞核中。组织表达谱结果表明,circGHR在1周龄和7周龄小鼠的肺和肾组织中高表达,在心脏、腿肌和胸肌组织中低表达;GHR m RNA在1周龄小鼠肺中高表达,在7周龄小鼠肾中高表达,在1周龄和7周龄小鼠脾脏、胸肌和腿肌组织中低表达。(2)获得circGHR全长后,构建circGHR过表达载体和带Flag标签蛋白载体。在小鼠C2C12细胞中转染这两种载体后发现均能正常表达;使用Flag标签蛋白标记circGHR后,Western Blot试验可以检测到circGHR和Flag的融合蛋白,初步表明circGHR具有蛋白质编码能力。(3)在小鼠NCTC1469肝细胞中过表达circGHR后,通过q RT-PCR定量分析发现circGHR表达量极显著高于空载体组(P0.05)。通过q RT-PCR和流式细胞术检测过表达circGHR对细胞凋亡的影响,结果显示凋亡标记基因Fas和Bax在48h-72h过表达组低于空载体组(P0.05),表明circGHR有抑制NCTC1469细胞凋亡的趋势。(4)在小鼠C2C12成肌细胞中过表达circGHR后,q RT-PCR结果显示circGHR表达量极显著高于空载体组(P0.05);增殖标记基因CCND1在60h和72h表达量显著低于对照组,且CCK-8方法检测细胞增殖率,发现过表达组细胞活力低于空载体组,因此推断circGHR有抑制C2C12细胞增殖的趋势。但在其余时间点增殖标记基因的表达量在过表达和对照组间无显著差异(P>0.05),Edu试验结果显示过表达circGHR对C2C12细胞增殖无显著影响(P>0.05)。用2%孕马血清诱导细胞分化后过表达circGHR,q RT-PCR结果显示circGHR能在细胞中过表达(P0.05),分化标记基因My HC的表达量和免疫荧光试验结果显示circGHR有促进细胞分化的趋势。但其余两个分化标记基因Myo G和My MK在组间表达量差异不显著(P>0.05)。本研究发现小鼠circGHR具有明显的时空表达特异性,证实了circGHR是一个具有蛋白质编码潜能的环状RNA,在NCTC1469肝细胞中过表达circGHR后发现circGHR在12h对细胞增殖具有促进作用,在36h-72h有抑制细胞凋亡的趋势;在小鼠C2C12成肌细胞中过表达circGHR后发现circGHR有抑制细胞增殖和促进细胞分化的趋势。肝脏是动物体主要的代谢器官,对于动物的饲料利用率和营养吸收效率密切相关,而肌细胞能通过增殖分化形成肌纤维,进而影响动物骨骼肌的生长发育,通过研究circ RNA对肝细胞和成肌细胞的影响进而调控整个动物体的营养代谢与生长,同时本研究为后续深入挖掘circGHR分子的作用机制奠定了基础。

关键词：小鼠生长激素受体生长激素受体基因环状转录本编码蛋白质细胞增殖、凋亡和分化

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微小RNAs调控心脏发育的研究进展

中华儿科杂志 2010年第10期48卷 791-794页

作者：王凤桂永浩复旦大学附属儿科医院心血管中心上海201102

微小RNA（microRNAs,miRNAs）是一类进化保守、非编码蛋白质的内源性小RNA,长度约19～25 nt,可在转录后水平调控基因表达[1].自1993年在秀丽隐杆线虫中发现第一个miRNA以来,多种模式生物中均出现了关于miRNAs的报道.

关键词： miRNAs 调控基因表达心脏发育秀丽隐杆线虫编码蛋白质小RNA 模式生物内源性

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RNA介导的转录水平调控研究进展

中华病理学杂志 2016年第4期45卷 285-288页

作者：王丽黄睿成都军区昆明总医院病理科 650032

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质发挥功能，由于蛋白质是由mRNA所编码的，因此称这些mRNA为编码RNA；相反，那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA（non—codingRNA）。长期以来，这些非编码RNA以及它们所对应的DNA被... 详细信息

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质发挥功能，由于蛋白质是由mRNA所编码的，因此称这些mRNA为编码RNA；相反，那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA（non—codingRNA）。长期以来，这些非编码RNA以及它们所对应的DNA被认为是垃圾或暗物质，

关键词： mRNA 转录水平编码蛋白质 DNA转录调控介导非编码RNA 暗物质

Nat Biotechnol:科学家成功绘制出单细胞中短链RNA分子的图谱

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现代生物医学进展 2017年第8期17卷 I0001-I0002页

作者： Omid R Faridani, Ilgar Abdullayev, Michael Hagemann-Jensen Rickard Sandberg Ilgar Abdullayev Rickard Sandberg Michael Hagemann-Jensen John P Schell Fredrik Lanner John P Schell Fredrik Lanner Ludwig Institute for Cancer Research Stockholm Sweden. Department of Cell and Molecular Biology Karolinska Institutet Stockholm Sweden. Respiratory Medicine Unit Department of Medicine Solna & Center for Molecular Medicine Stockholm Sweden. Department of Clinical Science Intervention and Technology Karolinska Institutet Stockholm Sweden. Division of Obstetrics and Gynecology Karolinska University Hospital Stockholm Sweden.

近日，刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的一项研究报告中，来自瑞典卡罗琳学院的研究人员通过研究成功在单个胚胎干细胞中测定了短链非编码RNA序列的绝对数量。当基因中的信息被使用时，比如当其编码蛋白质时，首先DNA会转录成为... 详细信息

近日，刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的一项研究报告中，来自瑞典卡罗琳学院的研究人员通过研究成功在单个胚胎干细胞中测定了短链非编码RNA序列的绝对数量。当基因中的信息被使用时，比如当其编码蛋白质时，首先DNA会转录成为信使RNA来作为蛋白质制造的范本，

关键词： RNA序列短链 Nat 单细胞科学家编码蛋白质图谱分子

长链非编码RNA在多发性骨髓瘤中的作用研究进展

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中华血液学杂志 2018年第7期39卷 609-611页

作者：邵青付蓉天津医科大学总医院血液科 300052

在组成人类基因组DNA的30亿个碱基对中，约有5％-10％被稳定转录，而蛋白质编码基因只占人类基因组的一小部分（〈2％），其余约3％-8％的转录序列中绝大多数为非编码RNA（non-codingRNA，ncRNA），由于不能编码蛋白质，因此大部分ncRN... 详细信息

在组成人类基因组DNA的30亿个碱基对中，约有5％-10％被稳定转录，而蛋白质编码基因只占人类基因组的一小部分（〈2％），其余约3％-8％的转录序列中绝大多数为非编码RNA（non-codingRNA，ncRNA），由于不能编码蛋白质，因此大部分ncRNA的功能被忽视。

关键词：非编码RNA 多发性骨髓瘤人类基因组编码蛋白质长链基因组DNA 编码基因碱基对