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人乳头瘤病毒58型的系统地理学分析

中国科学（C辑） 2009年第7期39卷 654-661页

作者：李燕云李作峰何以丰康玉张晓燕程明军钟扬徐丛剑复旦大学附属妇产科医院上海200011 上海生物信息技术研究中心上海200235 复旦大学生命科学学院上海200433

人乳头瘤病毒58型(HPV58)是具有高度致癌危险性的HPV型别之一,在亚洲和非洲等地呈现出特殊的流行状况.由于全球HPV58数据分布零散,加之一些高发地区(如中国内地)数据缺乏,迄今为止尚未有对世界范围内HPV58地理分布的全面分析.本研究对... 详细信息

人乳头瘤病毒58型(HPV58)是具有高度致癌危险性的HPV型别之一,在亚洲和非洲等地呈现出特殊的流行状况.由于全球HPV58数据分布零散,加之一些高发地区(如中国内地)数据缺乏,迄今为止尚未有对世界范围内HPV58地理分布的全面分析.本研究对中国内地妇女宫颈癌组织标本进行了HPV58检测,共获得14条HPV58-E6,L1基因序列.对GenBank收录的自1985年起分离的HPV58序列进行了系统地理学分析.结果表明,在上海、江苏和四川等地检出的HPV58-E6,L1序列均与以往来自中国香港、西安和日本等HPV58亚洲株同源.HPV58毒株可能由非洲西部起源,而中国内地及东南亚地区则在接受"根部"来源的变异株之后,成为毒株播散源"中转站"和新的策源地.HPV58型可能与HPV16,HPV18相同,也是宫颈癌发生和散播的主要HPV型别.

关键词：人乳头瘤病毒58型(HPV58) 宫颈癌系统地理学分子进化

中国不同地区宽鳍鱲的系统地理学及甬江种群的生物学研究

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中国不同地区宽鳍鱲的系统地理学及甬江种群的生物学研究

作者：曹安娜中山大学

学位级别：硕士

本文以中国8个地区(河南安阳AY、北京BJ、辽宁大连DL、浙江杭州HZ、安徽黄山HS、浙江温州WZ、安徽宣城XC、浙江宁波YJ)的宽鳍鱲群体(Zacco platypus)为研究对象,系统研究了宽鳍鱲的系统地理格局模式,阐述了其种群遗传多样性水平、群体... 详细信息

本文以中国8个地区(河南安阳AY、北京BJ、辽宁大连DL、浙江杭州HZ、安徽黄山HS、浙江温州WZ、安徽宣城XC、浙江宁波YJ)的宽鳍鱲群体(Zacco platypus)为研究对象,系统研究了宽鳍鱲的系统地理格局模式,阐述了其种群遗传多样性水平、群体遗传结构、系统发育关系以及历史动态。另外对2015016年间在宁波亭下水库采集的411尾宽鳍鱲开展年龄、体长体重关系与生殖力等生物学相关研究。主要研究结果如下:1.基于COI序列对宽鳍鱲进行的系统地理学研究表明,共191个COI序列所定义的38个单倍型在宽鳍鱲8个群体间的分布与地理格局之间无严格对应关系,基于邻接法构建的系统发育树有3个明显的分支,网络连接图也分为3个支系。宽鳍鱲种群的遗传多样性指数表现为单倍型多样性低和核苷酸多样性低。而两两群体间遗传分化的Fst值和群体分化的Exact test以及AMOVA分析都显示这8个群体间存在显著的遗传分化,并缺乏基因交流,表明了宽鳍鱲交配是非随机的;而BJ和DL群体间无显著分化。从整体水平的核苷酸不配对分布曲线和中性检验结果中未能发现所研究的宽鳍鱲群体经历过种群扩张的证据,但BJ、DL和WZ群体在中性检验中呈现显著的负值,可能经历过种群扩张。2.基于Cytb序列对宽鳍鱲进行的系统地理学研究表明,共191个Cytb序列所定义的54个单倍型在8个宽鳍鱲群体间的分布与地理格局之间也无严格对应关系,基于邻接法构建的系统发育树有3个明显的分支,网络连接图同样分为3个支系。宽鳍鱲种群遗传多样性指数表现为单倍型多样性高和核苷酸多样性低。两两群体间遗传分化的Fst值和群体分化的Exact test以及AMOVA分析都显示本研究的8个群体间中存在显著的遗传分化,缺乏基因交流,群体间非随机交配;而BJ和DL群体间无显著分化。从整体水平的核苷酸不配对分布曲线和中性检验结果中未能发现所研究的宽鳍鱲群体经历过种群扩张的证据,但WZ和DL群体在中性检验中呈现显著的负值,可能经历过种群扩张。由此可知,在遗传多样性和群体遗传结构的检测上,Cytb基因有更高的灵敏性;而在分析历史动态中,COI基因更灵敏;在系统发育关系上,Cytb和COI基因有较好的一致性。3.宁波亭下水库采集的411尾宽鳍鱲由3个年龄组组成,其中2龄组为优势年龄组;宽鳍鱲体长L的分布区间为6.01.6 cm;体重W的分布区间为4.06.0g;拟合所得雌雄个体的体重与体长的关系式W=2×10L和W=3×10L;雌雄个体比例127:238与理论值1:1存在极显著差异(P地理宽鳍鱲群体的基础资料,为保存其种质自然资源和合理利用提供参考依据。

关键词：宽鳍鱲系统地理学生长繁殖力

中国沿海矮拟帽贝（Patelloida pygmaea）系统地理学研究

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中国沿海矮拟帽贝（Patelloida pygmaea）系统地理学研究

作者：史博洋烟台大学

学位级别：硕士

海洋生物的表型多样性、遗传多样性与遗传分化是历史冰期、自然屏障和环境气候因子在不同地理尺度下自然应力作用结果,目前揭示海洋生物种群生态遗传研究和系统地理学研究已成为全球海洋热区的研究热点。本研究以中国沿海潮间带广布性... 详细信息

海洋生物的表型多样性、遗传多样性与遗传分化是历史冰期、自然屏障和环境气候因子在不同地理尺度下自然应力作用结果,目前揭示海洋生物种群生态遗传研究和系统地理学研究已成为全球海洋热区的研究热点。本研究以中国沿海潮间带广布性腹足类矮拟帽贝Patelloida pygmaea（Dunker,1860）为研究对象,通过分子生态学、分子系统地理学和种群遗传学等分析方法,以线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（mt DNA COI）和核基因序列间隔区I（nr DNA ITS-1）为分子标记,结合中国海古地理历史事件、现今环境气候因素探讨中国海矮拟帽贝的地理分布格局及形成机制,揭示种群遗传结构,分析环境、气候对矮拟帽贝种群遗传分化、形态变异的影响。137个矮拟帽贝个体测量10个绝对形态量度并转换为9个相对值（相对值=绝对值/干重）,形态变异分析表明相对形态量度变异更加稳定,且各样地形态量度变异一致;ANOVA分析所有形态量度F值远大于1且P值显著,表明所选形态量度的变异对总形态变异贡献较大;最大方差法进行旋转,通过方差累积度确定各形态量度对总形态变异的贡献程度,并选取的形态变异主成分:L/DM（92.209%）、W/DM（5.726%）、H/DM（1.604%）;聚类分析将中国沿海矮拟帽贝分为三支:BYSC、ECSC、SCSC。矮拟帽贝mt DNA COI部分序列（601 bp）,C:15.30%、T:31.80%、A:30.94%、G:21.96%,共发现多态位点217个,转换139、颠换110,界定30种单倍型（占样本总数的21.89%）,种群总单倍型多样性0.856±0.020,核苷酸多样性0.1882±0.0860;nr DNA ITS-1部分序列（475 bp）,C:29.34%、T:26.72%、A:21.86%、G:22.08%,共发现多态位点237个,转换122、颠换108,界定54种单倍型（占样本总数的39.42%）,单倍型最多的样地是ST和MM（各8个单倍型）,总体单倍型多样性0.971±0.005,核苷酸多样性0.2727±0.1785;AMOVA结果表明两个基因变异主要来源于种群间。种群生态遗传研究表明,形态变异主成分L/DM、W/DM、H/DM与年平均降水量变异系数呈显著负相关（P=0.006～0.024）;COI基因h、π、k、D、S与AAT、AAVR呈显著正相关（P=0.012～0.043）,与LA、VAAT、SP、SS呈显著负相关性（P=0.001～0.044）;h、π、k、D与AAPR呈显著正相关（P=0.004～0.032）且S与AAPR有显著正相关趋势（P=0.062）;h、π、k与VAAT呈显著负相关（P=0.021～0.045）且D存在负相关趋势（P=0.065）;ITS-1基因的h、π、k与VAAP呈显著正相关（P=0.002～0.037）,k与VCSS、VCSP呈显著负相关（P=0.019～0.025）,形态、遗传等指标与环境相关性趋势基本一致;分析气温、降水是影响中国海矮拟帽贝形态变异、遗传多样性的主要环境因素,低纬度、高温、降水多、日照低及气候稳定的环境下,矮拟帽贝遗传多样性更高,且降水量越稳定,矮拟帽贝形态变异越大。系统地理学研究表明三个边缘海种群间由不同的谱系主导且遗传分化显著:黄渤海谱系（BYSC）、南海谱系（SCSC）、东海谱系（ECSC）,AMOVA结果表明各海区谱系遗传分化显著（P系统地理格局主要原因为更新世冰期海盆隔离、长江冲淡水和海水表面温度阻碍种群基因流。与mt DNA COI基因不同的是nr DNA ITS-1基因研究发现BYSC分化成2个亚支（.923 Mya）:NBYSC、SBYSC,推测山东半岛可能限制BYSC基因流;BYSC、ECSC和SCSC存在近期扩张,通过计算扩张时间发现矮拟帽贝历史扩张主要发生在晚更新世里斯-玉木间冰期（SCSC:0.108～0.127 Mya,ECSC:0.082～0.166 Mya,BYSC:0.033～0.103 Mya）。

关键词：矮拟帽贝遗传分化生态遗传系统地理学

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西北太平洋浅蛤属物种分化与系统地理学研究

西北太平洋浅蛤属物种分化与系统地理学研究

作者：刘欣禹中国海洋大学

学位级别：硕士

浅蛤属包含黑浅蛤、等边浅蛤及半布目浅蛤，这三个种广泛分布于西北太平沿岸潮间带，具有一定代表性。本研究以浅蛤属的物种为研究对象，利用线粒体基因和核基因分子标记，通过系统发生分析及分子钟推断浅蛤属的物种形成机制。同时对每... 详细信息

浅蛤属包含黑浅蛤、等边浅蛤及半布目浅蛤，这三个种广泛分布于西北太平沿岸潮间带，具有一定代表性。本研究以浅蛤属的物种为研究对象，利用线粒体基因和核基因分子标记，通过系统发生分析及分子钟推断浅蛤属的物种形成机制。同时对每一个物种的系统地理学进行分析，阐明各物种遗传结构和遗传多样性，推测各物种的地理格局演化过程。1、浅蛤属物种分化与系统地理学研究西北太平洋特殊的地理结构和水文特征影响其沿岸生物的物种分化及地理格局形成。本研究利用mtCOI和nrITS-1两种分子标记，分析了浅蛤属分布在西北太平洋沿岸共16个群体的265个样品。两种分子标记均证明浅蛤属内存在三个明显的分支，并且与三个物种形态分类结果相对应;线粒体分子钟估算结果显示物种分化时间发生在上新世-更新世。群体动态分析显示浅蛤属物种都曾经历过明显的群体扩张，另外群体遗传分析发现黑浅蛤和等边浅蛤不同海区的群体间存在显著差异，而广泛分布在长江以南沿海的半布目浅蛤群体间未表现出显著差异。结果表明东亚地区的浅蛤属的物种形成主要是边缘海的隔离造成的，各边缘海内的群体在漫长的进化历程中不断积累突变，最终形成三个不同的种。冰期结束海平面上升屏障消除，浅蛤属幼虫的扩散和中国近岸的海流环境维持黑浅蛤、等边浅蛤及半布目浅蛤广泛分布在西北太平洋沿岸。2、半布目浅蛤的微卫星分子标记开发使用磁珠富集法从半布目浅蛤基因组DNA中成功筛选出14个具微卫星位点。各位点通过30个半布目浅蛤野生个体的检测，结果得出微卫星位点的等位基因数目为4-12个不等;表观杂合度为0.233～0.758，期望杂合度为0.244～0.880。这些微卫星位点将是评估浅蛤属群体遗传结构及基因流的良好工具。

关键词：物种分化系统地理学浅蛤属边缘海海流作用微卫星

入侵植物加拿大一枝黄花遗传多样性和系统地理学研究

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入侵植物加拿大一枝黄花遗传多样性和系统地理学研究

作者：左威上海师范大学

学位级别：硕士

生物入侵机制的研究是入侵生态学研究的重点与热点。遗传物质是生物表型性状的重要决定因素之一。探讨生物入侵的遗传学机制将可以从根本上阐明入侵植物的成功入侵机制。加拿大一枝黄花(Solidago canadensis L)为菊科一枝黄花属多年生... 详细信息

生物入侵机制的研究是入侵生态学研究的重点与热点。遗传物质是生物表型性状的重要决定因素之一。探讨生物入侵的遗传学机制将可以从根本上阐明入侵植物的成功入侵机制。加拿大一枝黄花(Solidago canadensis L)为菊科一枝黄花属多年生草本植物。原产北美,现大规模入侵我国。本研究以加拿大一枝黄花为研究对象,沿着其扩张路径取样,采用简单重复序列(SSR)和叶绿体简单重复序列(cpSSR)分子标记技术分析其种群遗传多样性,同时绘制分子系统进化谱系树,预测其入侵路线。研究成果可以给入侵植物的管理与防治提供参考。经过优化的SSR反应体系包括4ng模板DNA,0.2mM4X dNTPs,1×PCR缓冲液,1.5mMMgCl2,1UTaq聚合酶(Promega公司)和0.2μM引物,总体积为20μL。14个不同地理种群加拿大一枝黄花的SSR扩增产物经自动化毛细管电泳系统的分析,处理后结果显示加拿大一枝黄花物种水平的核基因遗传多样性较高,多态位点百分率P为100%,Shannon信息指数I为0.4023,Nei指数h为0.2429;不同种群加拿大一枝黄花的遗传多样性以芜湖最高(P=100%,I=0.3950,h=0.2418);温州最低(P=91.84%,I=0.3402,h=0.2053)。AMOVA分析显示：在总遗传变异中,种群间存在极小分化(Fst=0.0354),3.54%的遗传变异存在于种群间,96.46%的遗传变异存在于种群内;种群间的基因流较大,为6.8128。加拿大一枝黄花14个种群间遗传距离最小值为0.0078(芜湖与汉口),最大值为0.0510(浦东与武昌)。根据加拿大一枝黄花14个种群间遗传距离,采用UPGMA法对14个种群进行聚类分析,结果表明不同地理种源的加拿大一枝黄花总共聚为两大类,九江和浦东聚成一大类,南通、福州、连云港聚为一亚类,其余种群聚为另一亚类,两个亚类再聚成一大类。优化后的cpSSR反应体系包括4ng模板DNA,0.3mM4X dNTPs,1×PCR缓冲液,2.5mM MgCl2,1.5U Taq聚合酶,,0.15μM引物,总体积为20μL。14个不同地理种群加拿大一枝黄花的cpSSR扩增产物经4500核酸片段分析系统分析,处理后结果表明加拿大一枝黄花物种水平的叶绿体基因遗传多样性较高,多态位点百分率尸为100%,Shannon信息指数I为0.5843,Nei指数h为0.2684;加拿大一枝黄花的遗传多样性以福州最高(P=100%,I=0.9126,h=0.5116);杭州最低(P=80%,I=0.3285,h=0.1836)。AMOVA分析显示：遗传分化系数Fst为0.2611,表明加拿大一枝黄花叶绿体基因26.12%的遗传变异存在于种群间,而73.88%的遗传变异存在于种群内;种群间的基因流较大,为1.4303。加拿大一枝黄花种群间叶绿体遗传距离最小值为武昌和杭州(0.0227);遗传距离最大值为南京和九江(0.6745),采用算术平均数的非加权成组配对法(UPGMA)对14个种群进行遗传聚类,结果显示14个种群分为三大类群：虹桥和台州聚在一起,再和南京和浦东聚为一大类;九江单独一类;景德镇、福州、温州、南通先聚成一亚类,汉口、连云港聚成一亚类,杭州、武昌和芜湖聚成一亚类,三个亚类再聚在一起形成一个类群。运用Arlequin3.11软件进行分析,发现一共有86个单倍型。单倍型(96/146/160/175/223)频率最高,为0.1000,种群单倍型多态性：福州(FZ)的最高为0.5202,杭州(HZ)的最低,为0.1867。单倍型数量以南京(NJ)的最高,达23,杭州(HZ)的最低,为7。研究推测浦东可能是现有加拿大一枝黄花种群扩散的起源地,向南往杭州、台州、福州方向传播,向北往连云港方向传播,向西向九江、芜湖、汉口、景德镇、南京、武昌传播,而虹桥与南通可能为回传或是再次入侵的新种群。

关键词：遗传多样性系统地理学 SSR cpSSR 加拿大一枝黄花

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子午沙鼠和长爪沙鼠的分子系统地理学研究

子午沙鼠和长爪沙鼠的分子系统地理学研究

作者：梁君安徽大学

学位级别：硕士

子午沙鼠和长爪沙鼠是蒙新动物地理区生物多样性的重要指示物种，并且分布范围比较广，特别是子午沙鼠。因此，它们可以作为研究蒙新区小型哺乳动物系统地理学比较理想的研究对象。本研究主要目标就是通过分析子午沙鼠和长爪沙鼠现有种... 详细信息

子午沙鼠和长爪沙鼠是蒙新动物地理区生物多样性的重要指示物种，并且分布范围比较广，特别是子午沙鼠。因此，它们可以作为研究蒙新区小型哺乳动物系统地理学比较理想的研究对象。本研究主要目标就是通过分析子午沙鼠和长爪沙鼠现有种群遗传变异地理分布格局，试图探讨第四纪冰期及青藏高原近代的隆升等地质事件对我国蒙新区小型哺乳动物地理分布格局形成及进化的影响。本研究测定了77个子午沙鼠和52个长爪沙鼠细胞色素6基因全序列，通过构建了单倍型的系统发育树和最小跨度网格图，对子午沙鼠和长爪沙鼠系统地理格局和种群历史进行探讨，结果如下： (一)子午沙鼠的系统地理学研究 1．通过对19个采样点77个子午沙鼠个体的Cyt b．基因序列(1140bp)进行分析，发现共有212个核苷酸变异位点(179个转换、33个颠换)，共定义了59种单倍型。单倍型多样性(H)和核苷酸多样性(π)分别为0.991和0.047。 ***树、MP树和Network图都提示子午沙鼠种群可以划分为东南、西北和天山3个主要类群。3个类群的分歧大约发生在1.46～2.18百万年前，即更新世早期S冰缘期。并且F分析的结果也提示3个类群出现了显著的遗传分化(P地理障碍。 3．东南类群个体间的歧点分布呈单峰状，并且Tajima检验(D=-2.005，P地理单元中的分布来看，该类群未表现出明显的系统地理格局。 (二)长爪沙鼠的系统地理学研究 1．基于6个种群52个长爪沙鼠个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因全序列(1140bp)的遗传变异分析，共发现74个核苷酸变异位点，包含转换和颠换位点分别为65个和9个，共定义37个单倍型。单倍型多样性(H)和核苷酸多样性(π)分别为0.976和0.007。 2．系统发育分析(NJ树、MP树)表明37种单倍型聚为明显的两支(A和B支)，其中B支含有贺兰山东部种群中的3种单倍型，而A支包括其余的单倍型，分歧时间约为260ka B.P，可能在庐山冰期(240.370ka B.P)经历了一次强烈的种群瓶颈，从而导致其种群的分歧，贺兰山东部可能作为冰期避难所，包含于所有的谱系分支中。 *** A个体间的歧点分布呈单峰状，并且Tajima检验值(D=-1.86，P系统发生树(MP树)结果提示，这两个姐妹种形成两个明显的系统群，其共祖时间大约发生在2.73百万年前。

关键词：子午沙鼠长爪沙鼠细胞色素b基因系统地理学种群历史

基于线粒体序列变异探讨野猪系统地理学及家猪起源

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基于线粒体序列变异探讨野猪系统地理学及家猪起源

作者：李崇奇南京师范大学

学位级别：硕士

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,广泛栖息于亚洲、欧洲及非洲北部。本文首先对系统地理学研究进展进行了综述,然后分别基于线粒体控制区(D-loop)序列、细胞色素b(cyt b)基因的遗传变异分析,探讨野猪的系统地理演化过程,并基于cyt b序列... 详细信息

野猪(Sus scrofa)是家猪的祖先,广泛栖息于亚洲、欧洲及非洲北部。本文首先对系统地理学研究进展进行了综述,然后分别基于线粒体控制区(D-loop)序列、细胞色素b(cyt b)基因的遗传变异分析,探讨野猪的系统地理演化过程,并基于cyt b序列变异探讨了家猪的起源。具体包括以下几个部分: 1、综述介绍了更新世时期全球环境周期性变化以及中国在更新世时期自然景观的变化,概述了系统地理学研究的基本理论及研究进展。 2、研究测定了中国东北、华北及四川西部野猪72个个体线粒体控制区全序列,结合GenBank报道的日本野猪(***)、琉球野猪(***)72个控制区全序列,分析了东北亚地区野猪的线粒体DNA变异及系统地理格局。结果发现:(1)东北亚地区野猪控制区共有34个单元型,含42个变异位点。(2)东北亚地区野猪具有同一祖先,现生种群具有显著的种群遗传结构。(3)日本野猪与分布于中国东北野猪(***)间的亲缘关系较近,而琉球野猪与华北野猪(***)间亲缘关系较近。(4)巢式进化枝地理距离分析表明东北亚地区野猪由同一祖先经过长距离的迁徙而形成现生各种群(或亚种)。 3、测定了中国东北、华北、华南及新疆、云南72头野猪的线粒体cyt b基因序列,并结合前人发表的资料,通过对238头野猪cyt b序列变异分析,探讨了野猪种群遗传结构及系统发生关系,分析其系统地理格局形成过程。研究表明:(1)238个序列发现变异位点128个,含74种单元型;(2)东北野猪与华南野猪亲缘关系很近,东北野猪可能是近期由华南野猪向北经长距离扩张而形成;(3)朝鲜野猪(***)并非东北野猪与日本野猪之间的过渡种群,朝鲜半岛可能并非大陆野猪迁入日本的通道。(4)在冰期亚平宁半岛为欧洲野猪的一个避难所,但冰期后该地区野猪并没有能通过阿尔卑斯山脉向欧洲大陆扩张;欧洲大陆野猪(***)可能是南部小亚细亚或巴尔干

关键词：野猪家猪控制区细胞色素b基因系统地理学起源

中日水域江豚mtDNA分子系统地理学和种群历史研究及中国水域江豚不同时期遗传多样性的变化分析

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中日水域江豚mtDNA分子系统地理学和种群历史研究及中国水域江豚...

作者：郭丽南京师范大学

学位级别：硕士

本论文共包括三个部分： 1．综述近年来中国鲸豚类的保护遗传学研究进展。 2．通过分析345bp的江豚(Neophocaena phocaenoides)线粒体DNA(mitochondrial DNA，mtDNA)控制区(control region或d-loop)序列，分析了北太平洋中国和... 详细信息

本论文共包括三个部分： 1．综述近年来中国鲸豚类的保护遗传学研究进展。 2．通过分析345bp的江豚(Neophocaena phocaenoides)线粒体DNA(mitochondrial DNA，mtDNA)控制区(control region或d-loop)序列，分析了北太平洋中国和日本水域江豚的遗传多样性，种群遗传结构以及其系统地理格局。总体上中日水域江豚种群的遗传多样性水平(π=0.44％，h=0.79±0.01)相当低，但不同种群的遗传多样性水平有较大的差异。分子变异分析(AMOVA)提示不同种群之间有很高水平的种群遗传结构(φ=0.61，p＜0.001;F=0.52，p＜0.001)。18个单元型中有11个仅仅出现在一个种群中，其余则为2个以上的种群所共享，但没有发现一个单元型是所有种群所共享的，提示在全新世最后一次冰期江豚发生了多次的种群扩散事件。然而，并没有发现北太平洋中日水域的江豚种群具有明显的系统地理格局。系统重建发生和中接网络(median-joining network)分析均未能把来自不同地理种群或者不同水域的单元型区分为独立的进化枝。较低的遗传多样性水平和较高的种群遗传结构表明在江豚的种群历史中存在随机遗传漂变、瓶颈效应以及创立者效应，并在一定程度上减少或者限制了基因流的发生。此外，还讨论了江豚，特别是长江江豚的保护管理对策。 3．通过420bp的mtDNA控制区序列，对中国水域的江豚种群1990年以前和1990年以后的遗传多样性变化进行分析。结果发现两两种群之间的种群分化程度有显著增加的趋势(1990年前：φ=0.01，p＜0.18，F=0.02，p＜0.001;1990年后：φ=0.35，p＜0.001;F=0.20，p＜0.001)。与此相对应地是，除了南海种群的遗传多样性出现了一定程度地降低外，其它种群的遗传多样性并没有这样的变化趋势。

关键词：江豚(Neophocoena phocaenoides) 线粒体DNA(mitochondrial DNA)控制区(control region或d-loop) 系统地理学遗传多样性保护

基于线粒体基因研究河南省高原鳅属的系统地理学研究

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基于线粒体基因研究河南省高原鳅属的系统地理学研究

作者：武慧慧河南师范大学

学位级别：硕士

高原鳅属隶属于鲤形目条鳅科,高原鳅属鱼类的起源和分化通常被认为与青藏高原的快速和持续上升密切相关。因此,由于高原鳅对青藏高原极端环境的适应能力,使得高原鳅在青藏高原及其邻近地区分布广泛。河南省近年来的鱼类资源调查发现高... 详细信息

高原鳅属隶属于鲤形目条鳅科,高原鳅属鱼类的起源和分化通常被认为与青藏高原的快速和持续上升密切相关。因此,由于高原鳅对青藏高原极端环境的适应能力,使得高原鳅在青藏高原及其邻近地区分布广泛。河南省近年来的鱼类资源调查发现高原鳅属鱼类在我国中部山区(河南省境内)有着广泛的分布,但其在我国中部山区的扩散路线、系统地理格局及遗传多样性现状尚不清楚。本研究选择了中部山区(河南省境内)的29个采样点的267个个体为研究对象,使用了3个线粒体DNA片段(COI、Cytb、D-Loop),通过构建高原鳅物种的物种树、系统发育树,估算谱系和种群的分化时间,并对遗传多样性及群体历史动态进行分析,探讨河南省高原鳅属鱼类系统地理格局的形成原因及古气候变化和地质历史如何影响现存物种的遗传多样性。主要研究结果如下:(1)系统发育分析表明,在中部山区(河南省境内)存在7个不同的高原鳅谱系(A-G),其中谱系A、C、D、F、G分布于秦岭山脉,谱系B、E分布于南太行山脉,而谱系A、C、D、F又属黄河水系,谱系B、E属海河水系,谱系G属长江水系。经对7个谱系遗传多样性估算,结果表明每个谱系的遗传多样性都很低。低水平的历史基因流和地理隔离可以解释在这些山区溪流中的不同谱系之间显著的遗传分化。(2)分子钟估算结果表明,高原鳅属鱼类最近共同祖先的起源时间大约为21.18 Ma,与早中新世青藏高原的抬升时间一致。在7.78 Ma谱系A与谱系B、C分化,谱系B与谱系C在2.28 Ma分化;在10.97 Ma谱系F与谱系D、E、G分化,谱系D与谱系E、G在8.58 Ma分化,谱系G在5.28 Ma从谱系E中分化。早—中更新世黄河中游及其主要支流水系演化后的扩散事件,以及秦岭、太行山的快速隆升引起的地理隔离,是造成我国中部山区(河南省境内)高原鳅属谱系地理格局形成的主要原因。(3)基因树和物种树,以及物种界定的结果显示:在现存的7个谱系中,可能存在6个以上的物种,分别为似鲶高原鳅(谱系A),粗壮高原鳅(谱系B),达里湖高原鳅(谱系E)和赛丽高原鳅(谱系F),另外还有谱系C(可能为未完全分化的谱系)以及遗传上完全不同的谱系D和G的物种有待进一步研究高原鳅隐存种。(4)粗壮高原鳅的遗传多样性结果显示,单倍型多样性(Hd)的变化范围是0-1.000±0.126,核苷酸多样性指数(π)的变化范围是0-0.00540±0.00167,大多种群呈现较高的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。(5)粗壮高原鳅的系统发育树,AMOVA,单倍型网络图,基因流以及群体历史动态分析结果显示,中部山区(河南省境内)秦岭余脉和南太行山脉的粗壮高原鳅呈现出4个不同的遗传亚谱系,并表现出明显的谱系地理结构。IBD分析显示种群间存在明显的地理隔离。中性检验结果显示秦岭余脉的两个粗壮高原鳅亚谱系可能经历了近期群体扩张事件。中部山区(河南省境内)粗壮高原鳅谱系地理格局的形成与地理隔离有关,并且受更新世冰期影响,种群遗传多样性表现出较低水平,需加强对这种特殊生境鱼类资源的保护。

关键词：高原鳅属系统地理学谱系地理格局遗传多样性中部山区(河南省境内) 秦岭南太行山