检索结果-南通市图书馆

作者：付杰华中农业大学

学位级别：硕士

本研究以No.2127-17和中油821的DH群体中的93个株系为材料,用公开发表和新开发的SSR标记构建了甘蓝型油菜的高密度遗传连锁图,并将该图谱与拟南芥基因组、白菜标准图谱进行了比较分析。主要研究结果如下:1.用877对已发表的SSR引物对两亲... 详细信息

本研究以No.2127-17和中油821的DH群体中的93个株系为材料,用公开发表和新开发的SSR标记构建了甘蓝型油菜的高密度遗传连锁图,并将该图谱与拟南芥基因组、白菜标准图谱进行了比较分析。主要研究结果如下:1.用877对已发表的SSR引物对两亲本(No.2127-17和中油821)进行多态性筛选,有379对引物在亲本之间检测到多态性,占总标记数的43.2%。2.设计合成了3436对油菜SSR引物,并且根据SSR序列的来源不同将它们分别命名为“BnGMS”、“BrGMS”、“BoGMS”、“BnEMS”、“BrEMS”和“BoEMS”。这些SSR序列分别含有1-5个核苷酸的重复。其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型的数量最多。在二核苷酸重复类型中AG重复最多,其次是AT重复,再是AC重复,没有CG重复。在三核苷酸重复类型中AAG重复最多。通过筛选,881对引物在亲本间表现出多态性,占总引物数的25.6%。其中来源于EST的SSR引物(即“BnEMS”、“BoEMS”和“BrEMS”)表现出较高的多态性。3.用上述亲本间存在多态性的1260对SSR引物对DH群体93个单株进行了基因型分析,以JionMap3.0软件绘制一张包含845个SSR标记位点、共19个连锁群的遗传连锁图。图谱总长度1898.5cM,标记间平均距离为3.4cM。各连锁群长度为27.4cM-211.0cM,各连锁群的标记间平均距离从2.6cM到8.0cM不等。4.将此连锁图上的845个SSR标记的序列与拟南芥的全基因组进行了比对,有534个标记与拟南芥基因组具有同源性。拟南芥5条染色体的同源片段分布于整个甘蓝型油菜的19条染色体上,同源区域全长821cM。并且有些区域甚至与拟南芥的2条或3条染色体均有同源性。这些结果有力的证明了甘蓝型油菜与模式植物拟南芥来源于同一个祖先。5.将此连锁图与白菜的标准图谱进行了比较。结果显示前十条连锁群N1-N10与白菜的R1-R10具有很好的同线性关系,并且N12与R2,N16与R7,N19与R9的部分区域也具有同源性。

关键词：甘蓝型油菜遗传连锁图谱简单重复序列同线性多态性

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非洲栽培稻基因渗入系DNA指纹图谱的构建

非洲栽培稻基因渗入系DNA指纹图谱的构建

作者：艾哈巴克(Amany Kamel Emem Elhabbak) 华中农业大学

学位级别：硕士

重复序列(SSR)标记的应用有助于区分水稻中的高度多态性,是用于估计近缘基因型间遗传多样性的主要手段。本研究中,共使用22个微卫星分子标记对21个水稻品种(3个来自中国的品种和18个携带非洲栽培稻基因的新渗入系)的特征和特异性进行分... 详细信息

重复序列(SSR)标记的应用有助于区分水稻中的高度多态性,是用于估计近缘基因型间遗传多样性的主要手段。本研究中,共使用22个微卫星分子标记对21个水稻品种(3个来自中国的品种和18个携带非洲栽培稻基因的新渗入系)的特征和特异性进行分析.本研究旨在建立非洲栽培稻基因渗入系的DNA指纹图谱数据库,用于为非洲栽培稻基因渗入系提供遗传鉴定和亲缘关系分析。本研究中,利用改良CTAB法提取幼苗幼叶的基因组DNA,在2.0%琼脂糖凝胶上分离PCR产物,以溴化乙锭染色并在紫外光拍摄。PCR产物在6%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳,利用硝酸银法对凝胶进行染色显影。以SSR方法,通过PCR技术筛选多态性,并已获得的多态性丰富的标记带型。每个位点的等位基因数变幅为2-6个,平均等位基因数为4.1。结果表明,不同基因型间的遗传差异可进一步用于材料鉴定。通过聚类分析将21个材料归为8组,与其系谱表现基本一致。其中ILA65和ILA78差异最小(相似系数0.98)。J23B与其他基因型间的差异表现最大,其相似系数在0.35左右。主成分分析表明,PCI贡献率最高,达65.1389%,其次是PC2为7.8560%,这2个因子的累积方差为72.9948%。这与通过加权配对组算术方法(UPGMA)获得的聚类分析结果相近。所有基因型之间的相似系数介于0.2308和0.9780之间,平均相似度0.6807。ILA65和ILA78之间相似度最高(0.9780),ILA19和J23B,ILA123和J23B之间的相似度最低(0.2308)。J23B与所有其它基因型的相似系数在0.2308至0.4396。在筛选获得的22对遗传多态性较好的引物中,RM297, RM208, RM337, RM336, RM213, RM26, RM342, RM186, RM202, RM310, RM80, RM274和RM121能稳定扩增,清晰易读。这对于材料鉴定和DNA指纹图谱数据库的构建具有一定意义。最后,我们为每个基因型创建了可用于鉴定的唯一编码。

关键词： DNA指纹图谱简单重复序列遗传多样性微卫星

甘蓝GSS-SSR标记开发及甘蓝型油菜遗传连锁图构建

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甘蓝GSS-SSR标记开发及甘蓝型油菜遗传连锁图构建

作者：杨媛华中农业大学

学位级别：硕士

本研究利用甘蓝GSS(Genome survey sequences)序列开发SSR标记,并以No.2127-17和ZY821构建的DH群体中的88个株系为材料,用所开发的SSR标记,构建了一张甘蓝型油菜遗传连锁图。主要结果如下: 1.搜索51,088条甘蓝GSS序列,共发现60,116个SSR... 详细信息

本研究利用甘蓝GSS(Genome survey sequences)序列开发SSR标记,并以No.2127-17和ZY821构建的DH群体中的88个株系为材料,用所开发的SSR标记,构建了一张甘蓝型油菜遗传连锁图。主要结果如下: 1.搜索51,088条甘蓝GSS序列,共发现60,116个SSR,包括二至五核苷酸重复,146种重复基元,重复长度≥11bp。其中二、三核苷酸重复占主导地位,两者出现的频率接近,分别为37.2%和34.2%。(AG)n、(AT)n和(AAG)n出现频率较高,是甘蓝基因组中的优势基元。 2.设计合成了1,398对甘蓝SSR引物,命名为BoGMS。在6个甘蓝型油菜品系(S1、S2、M201、M202、No.2127-17和ZY821)中分析标记的多态性,934对引物成功扩增,648对引物在至少两个品系间表现出多态性。三核苷酸重复的扩增效率和多态性在四种核苷酸重复中均居首位。(AT)n、(AG)n和(AAG)n重复基元在甘蓝型油菜中表现出丰富的多态性。将1,398个SSR标记的序列与拟南芥的全基因组进行比对,除去score值小于100,E值大于10的数据,共得到250条与拟南芥基因组具有同源性的序列。 3.利用新开发的240个甘蓝SSR标记和198个锚定SSR标记,以DH群体为作图群体,通过JoinMap3.0构建了一张包含496个位点,覆盖甘蓝型油菜19个连锁群,图谱总长1948.2cM,平均标记间距3.9cM的遗传连锁图。此遗传连锁图上偏分离标记出现的比率是33.1%(P＜0.01),偏分离标记在连锁群上成簇分布,一些区域内的标记都偏向同一个亲本。BoGMS标记位点在连锁群上的分布不均匀,有68.6%分布在C基因组上。

关键词：甘蓝简单重复序列遗传连锁图甘蓝型油菜

基于SSR标记的烟草DNA指纹图谱的构建与遗传分析

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基于SSR标记的烟草DNA指纹图谱的构建与遗传分析

作者：钱雨清山东农业大学

学位级别：硕士

烟草(Nicotiana tabacum L.)是重要的经济作物之一,也是一种常用的模式作物,可用于植物病毒和分子生物学的研究。然而,在利用烟草的过程中,常遇到种子小、株型相近、易混杂等问题,因此,准确有效的品种鉴定手段对烟草的应用十分重要。研... 详细信息

烟草(Nicotiana tabacum L.)是重要的经济作物之一,也是一种常用的模式作物,可用于植物病毒和分子生物学的研究。然而,在利用烟草的过程中,常遇到种子小、株型相近、易混杂等问题,因此,准确有效的品种鉴定手段对烟草的应用十分重要。研究烟草种质资源的遗传背景及亲缘关系,对丰富普通烟草的遗传多样性,培育优良新种质具有重要意义。本研究利用SSR标记对160份不同类型的烟草种质进行了指纹图谱的构建及遗传多样性分析,旨在为烟草品种鉴定及育种工作提供参考。以目前的烟草基因组数据为基础,开发并筛选到10对条带清晰、多态性稳定的特异SSR标记,对160份群体材料(含38份主栽品种)进行扫描,并构建了它们的指纹图谱。同时,分析了这160份种质的遗传多样性及亲缘关系,具体结果如下:(1)通过对11个烟草基因组序列和拟南芥基因组序列的SSR扫描发现:在12个基因组中,六核苷酸重复型SSR个数最多,约占所有SSR个数的57.58%;其次是七核苷酸重复型SSR,约占17.42%;而五核苷酸重复型SSR个数最少,约占2.26%。(2)利用e-PCR等手段,筛选到1,245对通用标记,从中挑选了120对PIC值较高的标记,从每个烟草类型中挑选2～4份代表品种(黄花烟仅1份)验证上述SSR标记,最终筛选到10对PIC值较高、多态性好、条带清晰的特异性标记。(3)用所筛选的10对特异标记扫描160份不同类型的种质材料,构建其指纹图谱,将其中的38份主栽品种的指纹图谱转化成为指纹二维码,以便其推广应用。(4)根据10对特异标记扫描160份烟草种质材料(含38份主栽品种)的结果可知,160份烟草种质的平均等位基因数目(N)为7.1、平均有效等位基因数目(N)为4.01、平均观测杂合度(H)为0.278、平均期望杂合度(H)为0.722、平均Nei’s多样性指数(H)为0.720、平均Shannon’s信息指数(I)为1.502、平均多态性信息含量(PIC)为0.675。证明所选标记多态性较好,所选烟草种质材料遗传多样性丰富。(5)UPGMA聚类分析结果表明,160份不同类型的烟草种质(含38份主栽品种)可划分为两个类群,其中***(***)烟草自成一个类群,另一个类群可分成两个亚类群,记为A、B亚群,其中,A亚群有62个品种,B亚群有97个品种,A亚群晒烟类型居多,B亚群烤烟类型居多。38份主栽品种主要集中分布在B亚群,而其余不同类型的种质材料则均匀分布于不同亚群。由此可知,与主栽品种相比,其余122份烟草种质材料遗传背景相对丰富,推测可用于主栽品种遗传背景的拓宽与改良。(6)通过主成分分析与群体结构分析,可将160份烟草种质分为两个类群,群内种质分布情况与UPGMA的聚类结果基本一致,进一步证明,与主栽品种相比,不同类型的烟草种质遗传多样性较高,可从中筛选优异的遗传资源应用于烟草改良育种工作。

关键词：烟草简单重复序列 DNA指纹图谱遗传多样性

菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析及SSR分子标记的开发

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菊花栽培品种遗传多样性的AFLP分析及SSR分子标记的开发

作者：刘路贤河南大学

学位级别：硕士

菊花（Dendranthema×gradifolium）是菊科（Compositae）菊属（Chrysanthemum）多年生草本植物，原产于我国，品种资源丰富，是我国十大传统名花之一。菊属植物达30多种，有17种分布于我国。目前，菊花品种在世界上已有上万种，其中我... 详细信息

菊花（Dendranthema×gradifolium）是菊科（Compositae）菊属（Chrysanthemum）多年生草本植物，原产于我国，品种资源丰富，是我国十大传统名花之一。菊属植物达30多种，有17种分布于我国。目前，菊花品种在世界上已有上万种，其中我国有3000多种。菊花种下形态变异极为丰富，而对其遗传背景及亲缘关系的系统研究又存在不足，致使其育种工作受到很大限制，严重阻碍了菊花的改良和实践应用。 AFLP（扩增片断长度多态性）是一项新的基于PCR反应的DNA分子标记技术，具有可靠性好、重复性强、可信度高及丰富的多态性和较高的个体特异性等优点，广泛应用于品种鉴定、遗传育种研究、遗传多样性分析、遗传图谱构建等方面。本试验利用AFLP分子标记技术对70个菊花栽培品种进行了遗传多样性研究。从64对引物中筛选出了6对多态性高、分辨率好的AFLP选择性引物对供试材料的基因组DNA进行扩增，总共获得了191条清晰可辨的谱带，其中多态性条带181条，多态性位点高达94.8%，平均每个引物组合扩出多态性条带30.2条，揭示了菊花栽培种质丰富的遗传多样性。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，多数瓣型相同的菊花种质表现出较为密切的亲缘关系。 SSR（简单重复序列）标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术，是进行群体遗传结构分析以及构建遗传连锁图谱非常有效的工具。本试验采用生物素——磁珠吸附微卫星富集法对菊花SSR分子标记进行开发。结果获得了8对菊花SSR引物，用含44个菊花品种的5个群体对这8对引物进行检测，其中的6对具有多态性，2对不具有多态性。

关键词：菊花遗传多样性亲缘关系扩增片段长度多态性简单重复序列

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棉花综合群体纤维品质的QTL定位

棉花综合群体纤维品质的QTL定位

作者：程蕾华中农业大学

学位级别：硕士

棉花是世界重要的经济作物,也是最大的天然纤维作物。随着纺织工业的发展和人民生活水平的不断提高,对棉花的纤维品质提出了更高的要求。本研究以16个亲本构建的综合群体为材料,借助SSR分子标记技术,利用分子标记和纤维品质数据(2006年... 详细信息

棉花是世界重要的经济作物,也是最大的天然纤维作物。随着纺织工业的发展和人民生活水平的不断提高,对棉花的纤维品质提出了更高的要求。本研究以16个亲本构建的综合群体为材料,借助SSR分子标记技术,利用分子标记和纤维品质数据(2006年的单株数据和2007年的株行数据)通过方差分析和回归分析两种方法进行关联分析,旨在找到与品质性状有关联的标记,从而实现对品质性状的初步定位。取得的实验结果如下:1.纤维性状的广义遗传力分析表明:除纤维整齐度的遗传力较低(35.836%)外,上半部平均长度、断裂比强度、马克隆值和伸长率的遗传力较高,分别是63.463%、56.014%、55.897%、53.448%。2.纤维性状的遗传相关性分析表明:上半部平均长度和整齐度,上半部平均长度和比强度,整齐度和比强度为极显著的正相关;上半部平均长度和马克隆值,上半部平均长度和伸长率,整齐度和伸长率,马克隆值和比强度,伸长率和比强度为极显著的负相关,整齐度和马克隆值,马克隆值和伸长率未达到显著水平。3.2006、2007两年分别对5个品质性状进行方差分析,结果表明两年中分别和5个性状关联的标记有重复出现的现象,且重复出现的数目不等,范围为2～17个。和上半部平均长度关联的标记中,2006年、2007年最大的正效应标记都是BNL3400-c,相对效应分别是10.16%,7.84%。和整齐度关联的标记中,2006年最大的正效应标记是JESPR-215-b,相对效应为2.53%,2007年最大的正效应标记是BNL3976-a,相对效应为0.81%。和马克隆值关联的标记中,2006年最大的正效应标记是BNL3400-b,相对效应为9.43%,2007年最大正效应标记是BNL1655-a,MUSS281-d,相对效应为20.70%。和伸长率关联的标记中,2006年最大的正效应标记是BNL3400-b,相对效应是6.72%,2007年最大的正效应标记是BNL3649-d,相对效应是3.14%。和比强度关联的标记中,2006年最大的正效应标记是BNL3400-c,相对效应为15.41%,2007年最大的正效应标记是BNL3400-c,相对效应为10.87%。4.通过对2006、2007两年的5个品质性状进行回归分析发现,在两年中重复出现的标记数目均较少,其中重复数目最多的也只有6个,是与上半部平均长度相关联的标记。和上半部平均长度关联的标记中,2006年、2007年最大的正效应标记都是BNL3400-c,相对效应分别是10.16%,7.84%。和整齐度关联的标记中,2006年最大的正效应标记是NAU2162-b,相对效应为2.18%,2007年最大的正效应标记是JESPR-236-b,相对效应为0.99%。和马克隆值关联的标记中,2006年最大的正效应标记是BNL3400-b,相对效应为9.43%,2007年马克隆值最大的正效应标记是MUSS281-d,相对效应为20.70%。和伸长率关联的标记中,2006年最大的正效应标记是NAU934-a,相对效应是5.50%,2007年最大的正效应标记是BNL2835-a,相对效应是1.86%。和比强度关联的标记中,2006年最大正效应的标记是NAU2162-b,相对效应为12.72%,2007年最大正效应的标记是MUSS006-a,相对效应为4.31%。5.分子标记间相互作用分析表明:与标记有关联作用的QTL之间存在着明显的相互作用。标记BNL3400-c和BNL3400-a同时出现的组别在上半部平均长度这个性状的均值与其他非同时出现这两个标记的组别在该性状上的均值有着显著性差异,这暗示着与此两个标记相关联的QTL存在互作现象。和上述现象类似的还有和断裂比强度关联的双标记组合MUSS006-a和BNL3267-a,MUSS006-a和BNL2441-a,BNL4082-a和BNL3400-a,BNL4082-a和BNL3267-a,BNL4082-a和BNL2441-a,BNL3400-a和BNL3267-a。

关键词：棉花综合群体纤维品质简单重复序列

乙型肝炎病毒C2、C1、B2基因型中SSR的比较分析

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乙型肝炎病毒C2、C1、B2基因型中SSR的比较分析

作者：冯海平湖南大学

学位级别：硕士

简单重复序列（Simple sequence repeat，SSR）普遍存在于真核生物和原核生物的基因组序列中，以前SSR被认为是基因序列中的“junk DNA”，不具有生物学功能，然而，随着研究的深入发现，SSR的突变率很高，且具有非常重要的生物功能，... 详细信息

简单重复序列（Simple sequence repeat，SSR）普遍存在于真核生物和原核生物的基因组序列中，以前SSR被认为是基因序列中的“junk DNA”，不具有生物学功能，然而，随着研究的深入发现，SSR的突变率很高，且具有非常重要的生物功能，目前已发现的弗里德赖希共济失调等20多种疾病均是由SSR在DNA序列中扩增造成的。乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus，HBV）是目前已知的感染人类最小的双链DNA病毒，它能够引发急慢性肝炎，同时也会显著地提高肝硬化、细胞性肝癌等重症肝病的发生率。HBV具有非常高的突变率，根据HBV-DNA的异质性，将HBV分为八种基因型（A-H）和多种基因亚型，研究表明，不同的基因型/基因亚型在地理分布、致病性、DNA序列突变、对药物治疗反应等方面均存在差异性，目前发现C2基因亚型的致癌性最强，C1基因亚型次之，B2基因亚型再次之。HBV的基因型/基因亚型为研究SSR在基因序列中的变异、进化和功能提供了很好的条件。本论文以C2、C1、B2基因序列为材料，分析SSR在C2、C1、B2基因序列中分布的特点。结果显示，四型SSR、五型SSR、六型SSR并没有在分析的序列中出现，然而，一型SSR、二型SSR、三型SSR在每条分析的序列中均有出现，但其重复次数比较小和序列长度比较短，以上结果可能与HBV-DNA序列非常短和其突变率非常高有关;一型SSR （A）n和（T）n在序列中的含量远比（G）n和（C）n在序列中的含量高;二型SSR （TG）n和（AC）n在B2基因序列中的含量远大于其在C2、C1中的含量，（CT）n是此三种基因序列中最普遍的二型SSR，（AG）n和（TA）n在C2、C1、B2基因序列的含量比较相似;总体上分析发现，与B2基因亚型相比，二型SSR在C2和C1中的分布更相似;（AGA）n和（CCT）n在基因序列中的含量最丰富，且其在各序列间的波动最小，除（AGA）n和（CCT）n外的其它的三型SSR在序列中的含量非常少且波动性较大。总体上，一型SSR在序列中的分布按照C2、C1、B2的顺序减少;二型SSR和总的SSR在序列中的分布是按照C2、C1、B2的顺序增加的;然而，三型SSR在基因组序列中的分布与C2、C1、B2的顺序之间没有明显的相关性。

关键词：简单重复序列乙型肝炎病毒基因亚型突变率

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小麦Wx基因的遗传多样性研究

小麦Wx基因的遗传多样性研究

作者：王芳山东农业大学

学位级别：硕士

小麦胚乳直链淀粉含量对小麦面粉的品质和用途起着十分重要的作用。过去人们对小麦淀粉品质的研究主要集中在化学分析及生化水平上,对直链淀粉含量与合成相关酶基因的关系及遗传多样性研究较少。蜡质基因(Wx)编码的颗粒结合型淀粉合成... 详细信息

小麦胚乳直链淀粉含量对小麦面粉的品质和用途起着十分重要的作用。过去人们对小麦淀粉品质的研究主要集中在化学分析及生化水平上,对直链淀粉含量与合成相关酶基因的关系及遗传多样性研究较少。蜡质基因(Wx)编码的颗粒结合型淀粉合成酶(GBSS, E. C. 2. 4. 1.21),也叫 Wx 蛋白,主要负责直链淀粉的合成(Chao,1989)。普通小麦(AABBDD,Triticum aestivum L.)有 3 个 Wx 蛋白亚基,把控制 3 个Wx 位点的基因分别命名为 Wx-A1,Wx-B1 和 Wx-D1,研究证明它们分别位于 7A、4A 和 7D 染色体上。已发现小麦胚乳中直链淀粉和支链淀粉的含量与这 3 个基因的表达有关,这组基因中有一个缺失时,即会导致淀粉合成酶活性下降,直链淀粉含量降低和支链淀粉含量增加(Clarka,1991;彭佶松,1997),从而改变小麦的淀粉构成、面粉品质和食品加工品质(Miura,1994)。本研究选用山东省推广种植的 32 个冬小麦品种,首先对蜡质基因(Wx-A1,Wx-D1)3’端的一个简单重复序列(SSR)(AT(AT)nAT),在 32 个小麦品种中的多态性及其与直链淀粉含量的关系进行了研究。并对 20个小麦品种蜡质基因(Wx-B1)5’端第四个内含子附近的多态性进行了分析,探讨了其与直链淀粉含量之间的关系,研究结果如下:1. 32 个小麦品种中均存在 Wx-A1a 和 Wx-D1a 基因,扩增片段中均出现两条带,一条 204bp(Wx-D1a)位于 7DS 染色体上,另一条 225-346bp (Wx-A1a)位于 7AS 染色体上, 较长的片段显示了长度多态性。 1

关键词：小麦 Wx 基因简单重复序列直链淀粉含量分子标记

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玉米RIL芽苗期耐盐碱QTL定位

玉米RIL芽苗期耐盐碱QTL定位

作者：管飞翔扬州大学

学位级别：硕士

随着全球人口的不断增长,土地盐碱化与水土流失和大气的污染一样,已经成为摆在人类面前的环境问题之一。据资料显示,全世界盐碱土地面积约为10亿hm2,其中盐碱化的耕地约占总耕地的20%,而我国有盐碱地区2.7×107hm2,其中7×106hm2为农田... 详细信息

随着全球人口的不断增长,土地盐碱化与水土流失和大气的污染一样,已经成为摆在人类面前的环境问题之一。据资料显示,全世界盐碱土地面积约为10亿hm2,其中盐碱化的耕地约占总耕地的20%,而我国有盐碱地区2.7×107hm2,其中7×106hm2为农田,潜在盐碱地面积1733万hm2。而且面积还有不断扩大的趋势,土地盐碱化已经成为相当严重的环境问题之一,也是影响作物产量和品质的主要逆境之一。我国的盐碱化土壤按所含盐分不同,分为以氯化钠和硫酸钠等中性盐为主的盐土与以碳酸钠等碱性盐为主的碱性土。如何解决合理利用盐碱化土壤是当前研究人员研究的热点之一。选育耐盐碱的品种是有效合理利用盐碱土地的一条主要途径。玉米是重要的粮饲作物和工业原料,随着人口的不断增长,对玉米的需求也在增大,提高玉米总产量迫在眉睫。众多研究表明玉米对盐碱中度敏感,与其他农作物相比具有一定的耐受性。但目前,对玉米的耐盐碱尚没有一个统一的评价体系,因此,研究玉米耐盐碱生理机制,构建玉米耐盐碱鉴定体系意义重大。芽苗期是玉米耐盐碱鉴定的一个非常重要的时期,而在芽苗期,当不同基因型的品系在盐碱环境下,最直观的表现就是芽长和根长会有不同的变化。盐碱环境下,土壤溶液水势大大降低,就会造成根系吸水困难,严重的甚至不能吸水或向外排水,使植物组织脱水,影响植物正常的新陈代谢。本研究通过一定浓度的氯化钠和碳酸钠蛭石基石模拟盐碱胁迫环境,选择胚芽长、胚根长作为芽苗期重要性状指标,对本课题组构筑的RIL群体进行耐受盐碱性评价。本次研究选用RA和M5P杂交,构建的RIL-6为构图群体,以RIL-6及两亲本为盐、碱、正常三种环境下性状的评价群体,在此基础上通过Window QTL Cartographer复合区间作图法(CIM)对所测性状进行QTL初步定位分析。研究结果如下： 1、对盐环境下相对胚芽长、相对胚根长,碱环境下相对胚芽长、相对胚根长,对照处理下胚芽长、胚根长数据在EXCEL中简单处理,进行数据正态分布检验,结果显示：六个性状均基本符合正态分布。因此,四个性状均适合于QTL作图研究。 2、对六个芽苗期性状进行相关性分析,结果显示：除了盐相对胚芽长和碱相对胚根长、碱相对胚根长和对照胚芽长、碱相对胚根长和对照胚根长未达显著外,其余的性状都达显著相关,其中除盐相对胚芽长和对照胚根长、碱相对胚根长和对照胚根长是显著,其余都达极显著相关。 3、对RIL群体248个株系的132个SSR差异位点进行分析,运用Mapmaker3.0构建了一张拟合122个SSR位点,覆盖玉米全基因组10个连锁群的SSR分子标记遗传图谱,遗传图谱全长共1511.60cM,标记间平均间距12.39cM。 4、运用Window QTL Cartographer V2.5采用复合区间(CIM)作图法对本次试验性状进行QTL分析,共检测出10个QTL.盐环境下检测出一个位于1号染色体的QTL控制相对胚芽长,控制相对胚根长的一个QTL位于7号染色体,可解释的表型变异6.05-7.50%;碱环境下检测出一个位于1号染色体的QTL控制相对胚芽长,控制相对胚根长的两个QTL都位于3号染色体bin3.07区域,可解释的表型变异3.96-10.20%;正常对照环境下检测出一个位于10号染色体的QTL控制芽苗期胚芽长,控制芽苗期胚根长的4个QTL分别位于1、2、6、8号染色体,可解释的表型变异4.05-6.06%。 5、通过对玉米苗期盐、碱和干旱分子标记的比较分析,分析发现控制两者性状的QTL染色体位置有很多相似之处。本研究与前人的抗旱QTL定位结果对比中,在染色体区域binl.03、bin3.07都定位到相关QTL。本次研究选择的性状较为直观,选择最直观的表型变化率作为玉米对盐碱的抗性指标,在一定程度上反映了玉米对盐碱逆境的耐受性。本次分子实验是对控制玉米耐盐碱的QTL的初步定位,以期为进一步的玉米耐盐碱QTL的精细定位及基因的克隆和分子标记辅助选择(MAS)提供参考。

关键词：玉米耐盐碱简单重复序列数量性状基因位点

大白菜硫甙合成基因特异SSR标记的开发和应用

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大白菜硫甙合成基因特异SSR标记的开发和应用

作者：巩红影河北农业大学

学位级别：硕士

硫代葡萄糖甙(简称硫甙，Glucosinolate)是十字花科重要的一种次生代谢产物，是白菜类作物(Brassica campetris syn. rapa,2n=20)中的重要营养物质成分。但是，直接测定硫甙含量费时费力，在育种过程中不宜直接选择。有必要在分子水平... 详细信息

硫代葡萄糖甙(简称硫甙，Glucosinolate)是十字花科重要的一种次生代谢产物，是白菜类作物(Brassica campetris syn. rapa,2n=20)中的重要营养物质成分。但是，直接测定硫甙含量费时费力，在育种过程中不宜直接选择。有必要在分子水平上对硫甙含量和不同组分的变异特点进行研究，从而能够进一步发掘优异基因资源。本研究根据大白菜基因组序列信息，针对大白菜硫甙合成相关的所有基因开发特异SSR位点，分析其重复类型和分布特点;结合开发出的分布于全基因组水平的InDel标记，分析在75份不同类型的大白菜自交系中扩增的效果和多态性水平;通过HPLC(高效液相色谱)方法分别在苗期(定植后35天)和成熟期(适宜采收期)测定叶片硫甙含量，解析其变异特点;通过关联分析，获悉与大白菜硫甙含量相关的SSR等位基因或位点及InDeL标记。为分子标记辅助选择育种提供基础材料，加快大白菜营养品质育种的进程。主要研究结果如下： 1.比对拟南芥和大白菜硫甙生物合成相关基因的序列信息，发现拟南芥的52个硫甙合成基因在大白菜中的同源基因个数分别为：零拷贝基因8个、单拷贝基因13个、2拷贝基因17个、2个以上多拷贝基因14个。 2.根据102个大白菜硫甙生物合成相关基因的上下游序列各5kb，共开发出237个SSR位点：16个基因没有发现SSR位点，72个基因存在1个SSR位点，5个基因存在5个SSR位点，4个基因存在6个SSR位点，4个基因存在7个SSR位点，1个基因存在8个SSR位点;所开发的SSR位点中，共发现4种重复类型，其中单核苷酸重复最多，共122个，占SSR总数的51.4%。其次是二核苷酸类型，共48个，占SSR总数的20.3%。三核苷酸重复类型最少，共7个，占SSR总数的3.0%。另外60个SSR无明显的重复类型。 3.具有SSR位点的86个基因中，77个基因可以设计特异SSR引物。其中，49对特异引物在大白菜自交系中得到有效扩增，16对引物具有多态性，占全部引物的20.8%;18对引物无多态性，占全部引物的23.4%;15对引物杂带多，占全部引物的19.5%;另外28对引物无扩增产物，占全部引物的36.4%。最终，11对在供试的75份材料中获得了清晰多态性扩增产物，共检测出26个等位基因，平均每对引物检测到等位基因2.4个。 4.开发设计的177对InDel引物，161对在供试的75份大白菜自交系中得到有效扩增，占全部引物的91.0%;61对获得了清晰多态性扩增产物，占全部引物的34.5%;61对引物共检测到161个多态性带，平均每对引物检测到2.6条带。其中，95对引物只检测到1条扩增带，31对检测到2条扩增带，24对检测到3条扩增带，6对检测到4条扩增带。 5.在苗期，测定了68份大白菜自交系的叶片硫甙含量。结果表明不同基因型间各硫甙间含量差异较大，总硫甙含量变异幅度为0.734-11.189μmol/g DW;吲哚族硫甙平均含量高于脂肪族硫甙和芳香族硫甙，所占比例分别为49.9%、39.8%和10.6%。其中，３-吲哚-甲基硫甙(GBC)含量最高，占总硫甙含量的27.0%;４-甲氧基-３-吲哚甲基硫甙(4ME)和4-戊烯基硫甙(GBN)含量较高，分别占总硫甙含量的18.0%和15.9%;４-羟基-３-吲哚-甲基硫甙(4OH)含量最低，仅占硫甙总含量的0.6%。 6.在成熟期，测定了68份大白菜自交系的叶片硫甙含量。结果表明不同基因型间各硫甙间含量差异较大，总硫甙含量变异幅度为1.918-17.357μmol/g DW;脂肪族硫甙和吲哚族硫甙的平均含量高于芳香族硫甙，所占比例分别为48.6%、41.7%和9.7%。其中，2-羟基-3-丁烯基硫甙(PRO)、4-戊烯基硫甙(GBN)、４-甲氧基-３-吲哚甲基硫甙(4ME)和３-吲哚-甲基硫甙(GBC)含量相当，分别占总硫甙含量的19.8%、19.7%、19.6%和19.0%。４-羟基-３-吲哚-甲基硫甙(4OH)含量最低，仅占硫甙总含量的0.7%。成熟期总硫甙和各个成分含量明显高于苗期，相差约2倍。 7. GLM关联分析表明，以统计概率P值0.01为标准，共检测到与硫甙含量关联的SSR和IDENL分子标记97个，分布在大白菜10个连锁群中。检测到的连锁标记大多数与4OH、NAP、GBN相关。

关键词：大白菜硫代葡萄糖甙简单重复序列分子标记关联分析