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大眼鳜3个野生群体的形态特征及遗传多样性研究

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大眼鳜3个野生群体的形态特征及遗传多样性研究

作者：郭健康贵州大学

学位级别：硕士

大眼鳜(Siniperca kneri)隶属鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranida)、鳜亚科(Sinipercinae)、鳜属(Siniperca),俗称桂花鱼、白桂等,分布于中国长江、淮河及其以南水系,为中国南方特有种,其生长速度稍慢于翘嘴鳜(Siniperca chuatsi),而快于其它鳜类,其肉质细腻、味道鲜美、营养丰富,是我国重要的名优养殖鱼类。贵州位于滇东高原到湘西丘陵之间的过渡地带,地处长江和珠江的上游,属典型的喀斯特山地地貌,大眼鳜广泛分布于长江流域的乌江、赤水河,锦江河、松桃河、清水江,珠江流域的都柳江和红水河,是当地重要的野生经济鱼类,资源正受到严重威胁。目前,我省国家级水产种质资源保护区内野生大眼鳜群体仍缺乏最基本的形态学参数,遗传结构及多样性等背景资料仍知之甚少,资源优势未发挥其应有的经济效益。本文基于传统形态学数据和框架测量数据、线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(Cytochrome coxidase subunit I,COI)片段、控制区全序列及核DNA ITS-1(First ribosomal internal transcribed spacer,ITS-1)全序列,对我省属长江水系和珠江水系大眼鳜三个种群的形态差异性和遗传多样性进行研究。本研究主要结果如下:1、结合传统形态学法和框架分析法,运用多元分析方法对贵州境内乌江沿河段、锦江铜仁段、北盘江关岭段大眼鳜3个群体的形态差异进行了比较研究。结果表明:可数现状中,铜仁群体与沿河群体只在臀鳍条数上存在差异极显著;铜仁群体与关岭群体在胸鳍数、臀鳍数和尾鳍数上存在极显著差异;沿河群体与关岭群体在胸鳍数、腹鳍数和尾鳍数上存在极显著差异。比例性状显示,铜仁群体眼最小,吻部最长,身体最矮;沿河群体眼最大,且左右两眼间的距离最近,体型最薄,尾柄最短;关岭群体的体型最高而且最厚,吻最短,眼间距最大,尾柄最长。聚类分析中,铜仁群体与沿河群体首先聚在一起,表明他们外部形态较为接近,而关岭群体单独聚为一支。以逐步分析方法建立了3个大眼鳜群体的判别函数,综合判别准确率达91.2%。主成分筛选出在头部、吻长、躯干部和尾部这些与摄食和游泳密切相关的性状,其差异与比例性状在3个群体间差异的结果一致。综合研究结果显示:铜仁群体与沿河群体外形较为相似,而他们与关岭群体形态差异较大,地理分布的距离远近和环境差异是其外形变异的驱动因子。2、采用PCR技术对169尾个体的线粒体DNA COI基因进行扩增、测序,获得的序列长度为1512bp。分析显示:碱基A、T、C、G的平均含量分别为24.9%、28.6%、28.7%、17.8%,其中A+T(53.5%)含量高于G+C(46.5%)含量。169个样本共检测到5个多态位点,并定义了5种单倍型。对贵州的大眼鳜群体COI基因与洞庭湖大眼鳜COI基因序列进行序列差异分析,结果显示两者之间存在10个变异位点,集中在1268nt-1456nt之间。大眼鳜3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别,与洞庭湖大眼鳜相比,密码子第一位上的4种碱基含量差别不大,密码子第二位上T含量(40.9%)高于后者(39.9%),而A和C含量则低于后者;与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小,但与斑鳜、暗鳜、长体鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较,在密码子第一位和第三位存在不同差异,特别是暗鳜和波纹鳜密码子第三位中A含量(30.0%)明显低于贵州的大眼鳜(31.8%),而波纹鳜G(8.9%)明显高于后者(7.3%)。大眼鳜3个群体的平均单倍型多样性为0.395,平均核苷酸多样性为0.00029,遗传多样性贫乏。3、运用PCR技术和DNA测序技术对大眼鳜3个群体的线粒体DNA控制区序列进行分析,结果显示:3个群体的序列长度为828-833bp,序列差异小;群体间各碱基含量差异很小,其中A含量最高,G含量最低,A+T含量都明显高于C+G含量;沿河群体检测到13个碱基替换,其他两个群体无碱基的替换;3个群体存在13个多态位点,并定义了5种单倍型,Hap1为3个群体共享单倍型,代表174个个样本,占总样本数的92%;沿河大眼鳜群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)都高于其他两个群体。总体上看大眼鳜3个群体的遗传多样性贫乏,铜仁大眼鳜群体与沿河大眼鳜群体有一定的基因交流,遗传分化水平适中,而关岭大眼鳜群体与它们因地理阻隔缺乏交流。4、大眼鳜3个群体共151个体的ITS-1序列分析结果显示:3个大眼鳜群体存在序列长度多态性,主要有753bp和755bp两种类型,GC(72.8%)平均含量远高于AT含量(27.3);共检测到6个多态位点,产生6种单倍型;3个群体各自都表现出较低的遗传多样性水平,从总体上看,单倍型多样性指数为0.622,表明贵州大眼鳜

关键词：大眼鳜形态差异细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ 第一内转录间隔区控制区遗传多样性

奶山羊弓形虫ITS1和529bp基因序列分析

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畜牧兽医杂志 2015年第1期34卷 9-12页

作者：阚松鹤刘侠李日飞朱振邦梁雪伟林青西北农林科技大学动物医学院陕西杨凌712100 青海大学畜牧兽医科学院省部共建国家重点实验室培育基地"青海省高原放牧家畜营养与生态重点实验室"

采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259... 详细信息

采集关中某羊场奶山羊的血液样品,以提取的血液基因组DNA为模板对弓形虫ITS1及529bp基因进行PCR扩增、测序,并对测序结果进行比对,基于529bp重复序列构建系统进化树。序列分析结果表明,待测样品与GenBank中弓形虫RH虫株的ITS1序列(AY259044)完全一致,与529bp重复序列(FJ656209.1)存在差异;基于529bp重复序列构建的系统进化树分析结果显示,待测样品弓形虫与RH虫株遗传距离最近。该结果为奶山羊弓形虫病的分子流行病学、诊断方法的建立等方面的研究奠定了基础。

关键词：第一内转录间隔区 529 bp重复序列奶山羊弓形虫序列分析

两种眼蚤rDNA ITS1序列的克隆与分析

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贵州科学 2011年第4期29卷 29-32页

作者：王赟漆一鸣贵阳医学院医学生物技术教研室贵阳550004 贵阳医学院生物学教研室贵阳550004

首次研究伏河眼蚤异常亚种Ophthalmopsylla volgensis extrema Ioff et Scalon,1953和长突眼蚤Ophthalmopsylla kiritschenkoi Wagner,1930 rDNA第一内转录间隔区(ITS1)序列,并比较两者差异,为蚤类分子系统发育的研究提供重要的基础资料。

关键词：伏河眼蚤异常亚种长突眼蚤第一内转录间隔区

贵州2种地方鲫鱼群体rDNA ITS-1序列分析

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贵州农业科学 2015年第11期43卷 28-31页

作者：郭健康安苗周其椿曹恒源贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025

为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明：24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基... 详细信息

为探讨贵州省草海鲫鱼和普安鲫鱼群体的遗传变异和系统进化,对其rDNA ITS-1序列进行PCR扩增、测序分析。结果表明：24尾草海鲫ITS-1序列长度具有明显的多态性,分为296-297bp、300-301bp和337-339bp 3种类型;共发现1个多态位点、3个碱基插入和1个碱基缺失,其GC含量（70.8%）明显高于AT含量（29.2%）。14尾普安鲫ITS-1序列长度仅有1种为337-339bp,共检测到18个多态位点,存在1个碱基缺失和1个碱基插入,其GC含量为71.2%,远远高于AT含量（28.8%）。所有序列共产生11种单倍型,单倍型的平均遗传距离（P）以及平均核苷酸差异系数（K）草海鲫低于普安鲫;Tajima’s D和Fu and Li’s D中性检验表明,草海鲫未经历种群扩张,而普安鲫可能经历种群扩张。普安鲫遗传多样性较草海鲫丰富。

关键词：鲫鱼第一内转录间隔区遗传多样性普安草海