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基于TCGA甲状腺癌竞争性内源性rna网络构建与分析

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中华肿瘤防治杂志 2018年第13期25卷 935-943页

作者：何东生汪多平段绪伟许坚曾先捷广西医科大学附属肿瘤医院头颈外科广西南宁530021

目的识别甲状腺癌(thyroid cancer,TC)相关差异表达的长链非编码rna(long non-coding rna,lncrna)、微小rna(microrna,mirna)和信使rna(messenger rna,mrna),构建基因间调控网络,探讨TC发病机制,筛选潜在的治疗靶点。方法下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中510例TC样本和58例正常甲状腺样本的rna测序(rna sequencing,rna-Seq)数据、59例正常甲状腺样本和514例TC样本的mirna-seq数据以及507例TC患者的临床信息(时间截止为2018-02-17)进行分析,筛选出差异表达的lncrna、mirna和mrna。通过miRcode、TargetScan、miRTarBase和miRDB 4个数据库对差异表达的rna之间的关系进行分析,构建出TC的竞争性内源性rna(competitive endogenous rna,cerna)网络。采用Kaplan-Meier法分析TCcerna网络中的lncrna、mirna和mrna表达量与患者生存预后的关系,采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)对TCcerna网络中mrna的基因功能和调控通路进行预测,并根据患者的临床信息,分析cerna网络中唯一一个同时被2个mirna调控的mrna TMEM100与TC临床病理学特征之间的相关性。结果在TC中异常表达的492个lncrna、72个mirna和1 097个mrna中,分别有31个lncrna、11个mirna和12个mrna参与构建TC的cerna网络。其中lncrna OPCM-LT1(P=0.005)和MIR181A2HG(P=0.011)以及mirna has-mir-184(P=0.014)、mrna SALL3(P=0.043)和E2F1(P=0.007)均与TC患者的生存预后显著相关。12个mrna主要被富集到7个基因功能和19个通路上,Prna TMEM100表达水平与原发肿瘤累及范围(χ~2=9.855,P=0.02)及淋巴结转移(χ~2=25.965,Prna-mirna-mrna网络,并识别出潜在的治疗靶点,为后续深入研究TC发病机制提供参考依据。

关键词：甲状腺癌 TCGA数据库竞争性内源性rna lncrna-mirna-mrna

竞争性内源性rna调控网络在乳腺癌中的作用研究进展

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江苏大学学报（医学版） 2022年第6期32卷 477-482页

作者：伍梦妮陈彦徐志华苏州大学附属第一医院普外科江苏苏州215006

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,尽管其治疗已取得进展,但仍然是女性癌症死亡的主要原因。非编码rna(noncoding rna,ncrna)在乳腺癌的发生发展中起关键作用,但是不同ncrna之间存在的作用机制尚不清楚。近来,rna研究领域新提出的概念... 详细信息

乳腺癌是全球女性最常见的恶性肿瘤,尽管其治疗已取得进展,但仍然是女性癌症死亡的主要原因。非编码rna(noncoding rna,ncrna)在乳腺癌的发生发展中起关键作用,但是不同ncrna之间存在的作用机制尚不清楚。近来,rna研究领域新提出的概念是“竞争性内源性rna(competing endogeous rna,cerna)”,即不同rna之间存在相互调节作用,包括长链非编码rna(long noncoding rna,Lncrna)、微小rna、转录假基因和环状rna。研究表明,这些rna之间的作用失调在促进或抑制乳腺癌发生发展方面具有重要作用。本文针对cerna网络调控轴在乳腺癌中的研究进展作一综述。

关键词：乳腺癌竞争性内源性rna 非编码rna 微小rna 环状rna

竞争性内源性rna在急性髓系白血病中的研究进展

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现代检验医学杂志 2022年第3期37卷 198-204页

作者：刘睿王玉明昆明医科大学第二附属医院检验科昆明650101

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是多种因素引起的造血系统恶性疾病,具有很高的复发率及死亡率。非编码rna在AML的发生发展过程中发挥着重要作用。竞争性内源性rna(competing endogenous rna,cerna)观点指出,不同的非编码RN... 详细信息

急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)是多种因素引起的造血系统恶性疾病,具有很高的复发率及死亡率。非编码rna在AML的发生发展过程中发挥着重要作用。竞争性内源性rna(competing endogenous rna,cerna)观点指出,不同的非编码rna可通过作用于相同的mirna反应元件(MRE)从而调控基因的表达。目前越来越多的研究表明,非编码rna作为cerna在调控AML的增殖、凋亡、侵袭和耐药等生物学过程中发挥关键作用。该文主要对cerna在AML生物学过程中的调控作用,以及治疗和预后中的临床意义作一综述。

关键词：急性髓系白血病竞争性内源性rna

竞争性内源性rna在神经退行性疾病中作用的研究进展

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癌变．畸变．突变 2020年第3期32卷 238-240页

作者：赵丽马慧孙艳哈尔滨医科大学公共卫生学院劳动卫生与环境卫生学教研室黑龙江哈尔滨150081

随着对人类基因组和非编码rna的深入研究,竞争性内源性rna(ce rnas)假说被提出。该假说揭示了一种全新的基因表达调控模式,即信使rna(m rna)、长链非编码rna(lnc rna)、环状rna(circ rna)、假基因等rna分子作为ce rna相同的微小rna应答... 详细信息

随着对人类基因组和非编码rna的深入研究,竞争性内源性rna(ce rnas)假说被提出。该假说揭示了一种全新的基因表达调控模式,即信使rna(m rna)、长链非编码rna(lnc rna)、环状rna(circ rna)、假基因等rna分子作为ce rna相同的微小rna应答元件(MREs)竞争性结合或共享微小rna(micro rna)来调控靶基因并参与人类发育和相关疾病机制。神经退行性疾病是一类严重威胁人类健康的神经系统变性疾病。近年来的研究发现,ce rnas参与了神经退行性疾病阿尔茨海默病(AD)和帕金森氏病(PD)的发生发展。因此,对ce rnas的研究可能为神经退行性疾病的发病机制及诊疗方案提供新的线索与方向。本文拟对ce rnas在神经退行性疾病中的作用进行综述。

关键词：竞争性内源性rna 长链非编码rna 环状rna 微小rna 神经退行性疾病

结肠腺癌预后相关竞争性内源性rna网络的构建及免疫治疗反应分析

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现代肿瘤医学 2022年第4期30卷 671-679页

作者：郑琨王雅丽陈秀琼姚硕周婷邹燕梅华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤科湖北武汉430030

目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性rna(cerna)网络并进行综合分析。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的rna测序(rna-seq)数据和mirna测序(mirna-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达... 详细信息

目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性rna(cerna)网络并进行综合分析。方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的rna测序(rna-seq)数据和mirna测序(mirna-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达的mrnas(DEmrnas)、lncrnas(DElncrnas)和mirnas(DEmirnas)。对所有DEmrnas进行功能和通路富集分析,以及蛋白互作网络(PPI)分析。根据这些差异rnas之间的调控关系构建了COAD的cerna网络。用Kaplan-Meier曲线评估差异rnas对COAD患者总生存率(OS)的影响,结合患者相关的临床信息分析差异基因的表达模式与其他临床特征之间的相关性。用c-bioportal和TIMER数据库分析DElncrnas与免疫相关分子及浸润细胞的关系。结果:我们构建的cerna网络中有5个DElncrnas(C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG)、2个DEmirnas(miR-145和miR-152)和6个DEmrnas(FAM46C、FJX1、MACC1、SLC16A9、TPM2和ULBP2)与患者的OS显著相关。此外,预后相关lncrnas中有4个被证实还与其它某些临床特征相关,KCNQ1OT1、MIR31HG和PD-L1表达之间也存在显著相关性。结论:本研究在COAD中构建了一个新的cerna调节网络,并确定了C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG可作为COAD潜在标志预后、靶向治疗以及免疫治疗反应的生物标志物。

关键词：结肠腺癌长非编码rna 竞争性内源性rna 预后免疫治疗

喉鳞癌中hsa-miR-145-5p作为竞争性内源性rna的调控网络构建与分析

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喉鳞癌中hsa-miR-145-5p作为竞争性内源性RNA的调控网络构建与分析

作者：汤叶美山西医科大学

学位级别：硕士

目的:喉鳞状细胞癌(Laryngeal Squamous Cell Carcinoma,LSCC)简称喉鳞癌,位居头颈部恶性肿瘤第二位,在我国北方省份高发,近年来其发病率亦有小幅上升趋势。喉鳞癌具有易侵袭转移的恶性生物学特点,特别是发生颈部淋巴结转移,患者预后较... 详细信息

目的:喉鳞状细胞癌(Laryngeal Squamous Cell Carcinoma,LSCC)简称喉鳞癌,位居头颈部恶性肿瘤第二位,在我国北方省份高发,近年来其发病率亦有小幅上升趋势。喉鳞癌具有易侵袭转移的恶性生物学特点,特别是发生颈部淋巴结转移,患者预后较差。逐步解析喉鳞癌恶性增殖与侵袭转移的基因网络调控,对于我们从转录组学的角度进一步理解喉鳞癌发生发展的机制有着重要意义。既往研究(包括我们课题组研究)表明,hsa-miR-145-5p在包括喉鳞癌在内的多种肿瘤中扮演抑癌基因的角色,我们之前的研究也表明hsa-miR-145-5p在喉鳞癌中表达失调,且与预后相关,但hsa-miR-145-5p为中心的基因网络调控还不明晰,对于进一步研究其失调表达以及下游有效靶点有着重要意义。本研究旨在从竞争性内源性rna(Competing Endogenousrna,cerna)调控网络的角度出发,为进一步探究miR-145-5p在抑制喉鳞癌恶性进展中的分子机制提供新的思路。方法:将喉鳞癌细胞分成2组进行培养,分别使用miR-145-5p过表达模拟物和对照组(NC)模拟物进行转染。转染48h后提取rna(每组重复3个样本),分别与Lncrna芯片(包括Lncrna、circrna和mrna探针)和mirna芯片杂交,并用Agilent Scanner扫描芯片得到原始数据。用Genespring13.1软件对数据进行归一化处理,随后使用R语言包对数据进行预处理,基于p值2的筛选标准,得到差异表达的mrna,lncrna,circrna和mirna。利用数据库对差异性表达mirnas进行靶基因预测并进行功能分析。利用生物学信息注释数据库DAVID对差异表达的mrna进行GO生物学过程富集分析和KEGG通路富集分析。利用生物信息学方法构建以miR-145-5p为中心的竞争性内源性rna(Competing Endogenousrna,cerna)调控网络。结果:根据微阵列芯片的结果,在miR-145-5p过表达的喉鳞癌细胞中筛选出了26个差异表达的微小rna(DEmirna)、248个差异表达的信使rna(DEmrna)、1118个差异表达的长链非编码rna(DElncrna)和382个差异表达的环状rna(DEcircrna)。对差异表达的mirna进行靶基因预测后共得到675个潜在靶基因,GO功能富集分析显示其生物功能主要与细胞黏附有关,通路分析显示差异基因主要富集在MAPK以及Fox O信号通路。上调的mrna参与ABC转运体通路,下调的mrna参与嗅觉转导通路。此外,共得到149个cerna调控关系对,这些调控关系的功能主要与凋亡、Wnt通路和代谢通路相关。q PCR结果证实了miR-145-5p对LSCC细胞中相关lncrna、mirna、mrna和circrna的表达存在影响。结论:喉鳞癌中hsa-miR-145-5p通过cerna来调控并形成复杂的基因网络,并可能通过其介导的重要功能性分子通路发挥抑癌的重要作用。例如:WNT2B-miR-145-5p-NONHSAT127539.2,CASP10-miR-145-5p-NONHSAT127539.2,CASP10-miR-145-5p-circ000351和TPO-miR-145-5p-circ 0003519等,这些通路可能发挥抑制喉鳞癌的重要生物学作用,为后续进一步研究hsa-miR-145-5p的抑癌功能提供了新的思路。

关键词：喉鳞癌 hsa-miR-145-5p 竞争性内源性rna 细胞凋亡

LINC00707-miR-338-3p-ITGB8竞争性内源性rna网络与胰腺癌不良预后相关

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联勤军事医学 2023年第7期37卷 592-602页

作者：卢业健黄克楠陆军第八十二集团军医院肿瘤科河北保定071000

目的探讨参与胰腺癌发生发展过程中的竞争性内源性rna(competing endogenous rna,cerna)网络,为胰腺癌的发病机制提供新的认识。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中收集6个胰腺癌数据集,通过GEO2R和STRING工... 详细信息

目的探讨参与胰腺癌发生发展过程中的竞争性内源性rna(competing endogenous rna,cerna)网络,为胰腺癌的发病机制提供新的认识。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO)中收集6个胰腺癌数据集,通过GEO2R和STRING工具识别共同差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)和hub基因,利用DAVID工具对共同DEGs进行功能富集分析,利用基因表达谱交互分析数据库(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和Kaplan-Meier Plotter分析并确认hub基因的基因表达、蛋白表达和预后意义,进一步在StarBase网页工具中探索感兴趣的基因并以此构建cerna网络。结果在6个数据集中发现191个共同DEGs和9个hub基因(MET, COL1A1, LAMA3, LAMB3, LAMC2, ITGA2, ITGA3, ITGB4, ITGB8),主要参与信号转导、细胞粘附、细胞迁移、肿瘤通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K/Akt)信号通路等。其中MET(HR=2.97,P=1.2×10-7)、ITGA2(HR=2.8,P=1.2×10^(-5))、ITGA3(HR=2.58,P=7.5×10^(-5))、ITGB4(HR=2.36,P=0.0025)、ITGB8(HR=1.91,P=0.0025)、LAMA3(HR=3.86,P=3.6×10-6)、LAMB3(HR=2.18,P=0.000 25)、LAMC2(HR=3.06,P=0.000 11)均与胰腺癌患者预后不良相关。与正常胰腺样本相比,ITGB8在胰腺癌样本中呈高表达,其受上游miR-338-3p和LINC00707的调控,ITGB8或LINC00707表达越高,预后越差,而miR-338-3p表达越高,生存时间越长。结论本研究首次发现LINC00707可通过靶向结合miR-338-3p的方式调控ITGB8表达,构成一条与胰腺癌患者生存有关的cerna网络,其中可能涉及了肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和耐药的分子机制。

关键词：胰腺癌竞争性内源性rna 预后标志物生物信息学分析分子机制

长链非编码rna LOC285194作为竞争性内源性rna在恶性肿瘤发生与发展中的作用的研究进展

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广西医学 2023年第6期45卷 704-707页

作者：黄秋霞欧海玲张锡流王志静广西中医药大学第一附属医院病理科广西南宁市530023

长链非编码rna LOC285194在多种恶性肿瘤中呈低表达,影响肿瘤细胞的生物学行为及化疗耐药性,其表达水平与恶性肿瘤患者的临床病理特征及预后密切相关。LOC285194作为竞争性内源性rna(cerna)靶向结合mirna,参与多种恶性肿瘤的发生与发展... 详细信息

长链非编码rna LOC285194在多种恶性肿瘤中呈低表达,影响肿瘤细胞的生物学行为及化疗耐药性,其表达水平与恶性肿瘤患者的临床病理特征及预后密切相关。LOC285194作为竞争性内源性rna(cerna)靶向结合mirna,参与多种恶性肿瘤的发生与发展。本文就LOC285194作为cerna在恶性肿瘤发生与发展中的作用的研究进展做一综述。

关键词：恶性肿瘤长链非编码rna LOC285194 微小rna 竞争性内源性rna 综述

头颈部鳞癌中FOXP3基因相关的竞争性内源性rna网络分析

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局解手术学杂志 2017年第2期26卷 82-85页

作者：孙娟王薇胡文良孙学威李玲香崔晓波内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉科内蒙古呼和浩特010050

目的探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制。方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTa... 详细信息

目的探索FOXP3基因在头颈部鳞癌中的作用机制。方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,利用cbioportal筛选样本中FOXP3的共表达基因;利用String数据库,建立FOXP3的共表达网络;利用DAVID数据库分析共表达网络功能;利用miRTar Base和Star Base数据库,筛选能够调控FOXP3的短链非编码rna(microrna)、长链非编码rna(lncrna)和环状非编码rna(circrna);最后,利用Cytoscape软件建立FOXP3的竞争性内源性rna(cerna)网络。结果在TCGA数据库的头颈部鳞癌样本中共筛选出FOXP3的共表达基因950个。(Spearman分数大于0.5)功能分析结果显示这些共表达基因的功能主要为免疫应答,T细胞、淋巴细胞和粒细胞激活等免疫相关功能。cerna网络揭示miR-31-5p和miR-210-3p能够靶向调控FOXP3基因。此外,XIST、TUG1、JRK和LINC00473等42个lncrna和ZNF223_hsa_circ_000898和ISY1_hsa_circ_001090等31个circrna能够通过cerna作用调控FOXP3。结论成功建立FOXP3基因相关的cerna网络,并挖掘出42个lncrna和31个circrna可能通过cerna作用调控FOXP3,可为头颈部鳞状细胞癌的分子机制研究和分子靶向治疗提供新的切入点。

关键词：喉鳞状细胞癌 FOXP3 长链非编码rna 环状非编码rna 竞争性内源性rna 短链非编码rna 靶向治疗