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施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇及其杂交种种质鉴定方法的建立及其应用

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中国水产科学 2020年第7期27卷 771-778页

作者：孔杰李世凯王金乐曾诗雨刘霆贵州省农业科学院水产研究所贵州省特种水产工程技术中心

以施氏鲟(Acipenserschrenckii)、西伯利亚鲟(Acipenserbaerii)、达氏鳇(Husodauricus)为研究材料,分别从线粒体基因组及核基因组两个层面进行物种分子鉴定方法研究。在线粒体基因组层面,对3种鲟及未知鲟种类共计119个样品的D-Loop区进... 详细信息

以施氏鲟(Acipenserschrenckii)、西伯利亚鲟(Acipenserbaerii)、达氏鳇(Husodauricus)为研究材料,分别从线粒体基因组及核基因组两个层面进行物种分子鉴定方法研究。在线粒体基因组层面,对3种鲟及未知鲟种类共计119个样品的D-Loop区进行测序,通过同源序列比对,构建NJ进化树、计算群体间遗传距离,以鉴定其中30尾未知种类。在核基因组层面,利用15对微卫星标记扩增3种鲟DNA,筛选出特异性标记Ls19和SX226。Ls19在施氏鲟中扩增出特异条带126 bp、130 bp,在西伯利亚鲟中扩增出特异条带139 bp、143 bp,在达氏鳇中扩增出特异条带124 bp、127 bp; SX226在施氏鲟中扩增出特异条带185 bp,在西伯利亚鲟中扩增出特异条带260 bp、273 bp、283 bp,在达氏鳇中扩增出特异条带180 bp、182 bp。通过特异条带对未知鲟进行鉴定,结果显示:30尾未知鲟种类中,有西伯利亚鲟17尾,施氏鲟1尾,达氏鳇1尾,达氏鳇×施氏鲟2尾,施氏鲟×达氏鳇1尾,施氏鲟×西伯利亚鲟8尾。结果表明,特异性微卫星引物Ls19和SX226可以应用于施氏鲟、西伯利亚鲟、达氏鳇的纯种及杂交种分子水平种质鉴定。

关键词：施氏鲟西伯利亚鲟达氏鳇种质鉴定

基于转录组信息的坛紫菜EST-SSR标记的开发及新品系SW-81的种质鉴定

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上海海洋大学学报 2021年第3期30卷 464-474页

作者：费勤娇丁洪昌张鹏王铁杆严兴洪上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海201306 上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心上海201306 浙江省海洋水产养殖研究所浙江温州325005

基于坛紫菜(Pyropia haitanensis)转录组序列信息进行EST-SSR标记的开发,并利用多态性SSR标记构建DNA指纹图谱用于坛紫菜新品系SW-81的种质鉴定。结果显示:转录组数据中共检测出9033个微卫星位点,其中三核苷酸重复类型为绝对优势基元,... 详细信息

基于坛紫菜(Pyropia haitanensis)转录组序列信息进行EST-SSR标记的开发,并利用多态性SSR标记构建DNA指纹图谱用于坛紫菜新品系SW-81的种质鉴定。结果显示:转录组数据中共检测出9033个微卫星位点,其中三核苷酸重复类型为绝对优势基元,占比高达95%;经Primer 5.0软件对微卫星位点进行引物设计,并从中随机合成187对微卫星引物进行有效性分析,最终获得92对有效引物,其中42对为多态性EST-SSR标记,多态扩增率约为22.46%;利用开发的多态性EST-SSR标记构建了适用于5个坛紫菜品系的DNA指纹图谱,为新品系SW-81的种质鉴定提供有效的分子检测手段。上述结果表明:坛紫菜基因组中有着丰富的微卫星位点,且同一位点的基因序列在不同品系间存在变异,表现为扩增产物的多态性。基于EST-SSR标记的多态性分析可为坛紫菜种质资源的管理与鉴定提供有效的分子检测手段。

关键词：坛紫菜 EST-SSR 指纹图谱种质鉴定

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基于DNA熔解曲线技术的金银花种质鉴定

中国中药杂志 2016年第24期41卷 4572-4578页

作者：陈媞颖蒋超袁媛陈康周骏辉赵玉洋黄璐琦中国中医科学院中药资源中心道地药材国家重点实验室培育基地北京100700

将高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)技术应用于金银花种质鉴定中,对已知7对SSR(简单重复序列,simple sequence repeats)引物进行筛选,通过熔解曲线峰型及Tm差异,确定适合鉴别引物并考察其DNA模板浓度、退... 详细信息

将高分辨率熔解曲线(high resolution melting curve analysis,HRM)技术应用于金银花种质鉴定中,对已知7对SSR(简单重复序列,simple sequence repeats)引物进行筛选,通过熔解曲线峰型及Tm差异,确定适合鉴别引物并考察其DNA模板浓度、退火温度及循环数的适宜范围。结合SIMCA-P软件对荧光信号进行处理分析,结果表明利用其中4对引物的熔解曲线可以区分金银花的3个主栽种质,为进一步完善金银花种质鉴定方法提供了依据。

关键词：高分辨率熔解曲线金银花种质鉴定

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川芎种质鉴定标记开发和系统发育研究

中草药 2020年第1期51卷 169-181页

作者：熊淼袁灿彭芳陶珊吴宇施田田余小芳张超四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所四川成都610300 四川农业大学四川成都611130 国家中药材产业技术体系成都试验站四川成都610300

目的基于藁本属Ligusticum叶绿体基因组高频插入缺失区域开发InDel标记,同时结合通用条形码对道地川芎及其常用混伪品进行种质鉴定和系统发育研究。方法通过8个DNA通用条形码ycf1、matK、ITS2、rpoC1、rbcL、rpoB、trnK、psbA-trnH序列... 详细信息

目的基于藁本属Ligusticum叶绿体基因组高频插入缺失区域开发InDel标记,同时结合通用条形码对道地川芎及其常用混伪品进行种质鉴定和系统发育研究。方法通过8个DNA通用条形码ycf1、matK、ITS2、rpoC1、rbcL、rpoB、trnK、psbA-trnH序列片段对采集的26个川芎样品及其常用混伪品进行了扩增和测序,采用了遗传距离统计法、barcoding gap分析法和构建系统发育树法进行亲缘关系和系统发育研究。同时利用InDel分子标记,采用构建进化树法对道地川芎及其混伪品物种进行分子鉴定。结果rbcL片段保守位点最多(97.32%),且GC含量最高(44.9%)。rbcL+rpoB片段具有最小的平均种内遗传距离(0.0025),psbA-trnH片段具有最大的平均种间遗传距离(0.4292)。trnK片段和rbcL+rpoB片段具有最高的种间变异,psbA-trnH片段的"barcodinggap"区重叠度最小。采用的8对DNA通用条形码无法准确地鉴定道地川芎药材与其他混伪品物种。InDel分子标记的聚类分析中,24对InDel引物中的4对引物组合能准确地鉴定出道地川芎,并将道地川芎及其混伪品物种聚类为4个分支,其中一个分支为采集的道地川产川芎药材。结论InDel标记对道地川芎及其常用混伪品的鉴定能力高于通用条形码。对于传统的通用DNA条形码,由于遗传成分差异大,无法区分川芎及其常用混伪品。新开发出的InDel分子标记可以有效地鉴定道地川芎及其常用混伪品,从分子水平上为川芎道地性研究提供有效手段。

关键词： DNA条形码川芎种质鉴定 InDel 分子标记

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基于分子系统学的鱼类种质鉴定技术

基因组学与应用生物学 2017年第1期36卷 227-232页

作者：李瑶瑶刘云国刘凌霄王敏强烟台大学生命科学学院烟台264005 新疆大学生命科学与技术学院乌鲁木齐830046

在生物学的探讨研究中,我们发现对物种进行准确的分类鉴定有益于其研究,并且可以改进对资源的保护手段和方法,鱼类种质鉴定技术已成为当前水产品贸易面临的一个新课题,它作为鉴定鱼类种质的依据,能最大程度地发挥鱼类的经济效应,为鱼类... 详细信息

在生物学的探讨研究中,我们发现对物种进行准确的分类鉴定有益于其研究,并且可以改进对资源的保护手段和方法,鱼类种质鉴定技术已成为当前水产品贸易面临的一个新课题,它作为鉴定鱼类种质的依据,能最大程度地发挥鱼类的经济效应,为鱼类优良经济性状的保存、开发和利用提供一种科学的方法。现在分子生物学迅速发展,分子系统学研究技术在鱼类的种质鉴定中得到广泛应用。文章介绍了生物学分类方法的演变,列举了一些常见的鱼类系统分类和种质鉴定的分子技术。从分子水平上进行鱼类种质鉴定研究,弥补了传统形态学鉴定的某些局限,这对进出口口岸生物监测、非法贸易中的物种鉴定具有重要的理论意义和应用价值。

关键词：鱼类分子系统学种质鉴定

西葫芦PRSV-W病毒病抗病种质鉴定及抗性遗传分析

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核农学报 2021年第2期35卷 298-305页

作者：王凯玥张沙沙张国裕田佳星张帆李海真王建书耿丽华北京市农林科学院蔬菜研究中心/农业农村部华北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/农业农村部都市农业(北方)重点实验室北京100097 河北工程大学园林与生态工程学院河北邯郸056038

番木瓜环斑病毒西瓜株系(PRSV-W)是危害西葫芦生产的主要病害之一,为减少产量损失,加快西葫芦抗病品种的选育,本研究拟通过人工苗期子叶摩擦接种,结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)及反转录PCR(RT-PCR)检测分析,建立西葫芦PRSV-W抗性鉴定技... 详细信息

番木瓜环斑病毒西瓜株系(PRSV-W)是危害西葫芦生产的主要病害之一,为减少产量损失,加快西葫芦抗病品种的选育,本研究拟通过人工苗期子叶摩擦接种,结合酶联免疫吸附测定法(ELISA)及反转录PCR(RT-PCR)检测分析,建立西葫芦PRSV-W抗性鉴定技术,并对148份西葫芦品种及高代自交系育种材料进行抗性评价,同时利用抗、感自交系构建六世代群体,探究西葫芦PRSV-W抗性遗传规律。结果表明,播种2周后最适宜对子叶进行病毒摩擦接种。接种病毒15~25 d后西葫芦抗、感特性表现充分,易于鉴别,从高抗到高感可分为0~4级。148份西葫芦种质材料中,22份种质材料表现为高度抗病,11份种质材料表现为抗病,总抗病种质材料占比22.3%;12份种质材料表现为感病,103份种质材料表现为高度感病,总感病种质材料占比77.7%。此外,在叶片组织的病毒检测中,RT-PCR技术比ELISA更为灵敏准确;在西葫芦高抗自交系BV21中,PRSV-W抗性受1对显性抗病基因控制。本研究结果为西葫芦PRSV-W抗病育种提供了种质材料及技术支持。

关键词：西葫芦番木瓜环斑病毒西瓜株系(PRSV-W) 抗病种质鉴定遗传分析

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大豆对SMV数量抗性的表现形式与种质鉴定

中国农业科学 2004年第10期37卷 1422-1427页

作者：智海剑盖钧镒南京农业大学大豆研究所/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室南京农业大学大豆研究所/国家大豆改良中心/作物遗传与种质创新国家重点实验室南京210095

在发现大豆对SMV具有数量抗性的基础上,选用96份大豆品种材料研究其在接种Sa、SC8、N1、N3等4个SMV株系条件下的发病率、病级、潜育期和病害扩展速度等4个数量抗性组分的变异。结果表明,品种间4个组分均存在明显差异;溧水中子黄豆、沛... 详细信息

在发现大豆对SMV具有数量抗性的基础上,选用96份大豆品种材料研究其在接种Sa、SC8、N1、N3等4个SMV株系条件下的发病率、病级、潜育期和病害扩展速度等4个数量抗性组分的变异。结果表明,品种间4个组分均存在明显差异;溧水中子黄豆、沛县天鹅蛋、诱变30等品种虽然对4个株系均感染,但在4个组分上均表现出较强抗性,且不同株系间差异较小,说明这些品种对大豆花叶病毒具有广谱数量抗性。研究证实以往报道的一些抗感染品种如溧水中子黄豆、AGS-19,其实是抗扩展的数量抗性品种。邳县茶豆、淮阴秋黑豆等品种对SMV的抗性可能属于数量抗性与质量抗性的叠和。大豆对SMV的数量抗性是曾被学术界忽视而又值得利用的一类抗性,它一般比质量抗性具有更宽的抗谱和更好的持久性。

关键词：大豆大豆花叶病毒数量抗性种质鉴定

基于ISSR标记的不同体色瓯江彩鲤种质鉴定

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华中农业大学学报 2012年第2期31卷 231-236页

作者：吕耀平胡则辉项松平黄佩佩丽水学院生态学院丽水323000 浙江省海洋水产研究所舟山316100 浙江省龙泉市瓯江彩鲤原种场龙泉323700

应用ISSR分子标记技术对5种体色瓯江彩鲤(Cyprinus carpio ***)("全红"、"粉玉"、"粉花"、"麻花"和"大花")进行遗传多样性分析,筛选出的14条引物在5种体色瓯江彩鲤中共检测到125个位点,多态位点比率达68%,有效等位基因数为1.479 3,期望... 详细信息

应用ISSR分子标记技术对5种体色瓯江彩鲤(Cyprinus carpio ***)("全红"、"粉玉"、"粉花"、"麻花"和"大花")进行遗传多样性分析,筛选出的14条引物在5种体色瓯江彩鲤中共检测到125个位点,多态位点比率达68%,有效等位基因数为1.479 3,期望杂合度为0.273 9,Shannon多样性指数为0.401 0;5种不同体色瓯江彩鲤间的平均遗传距离为0.342 4,NJ法和UPMGA法对它们进行聚类分析显示"粉玉"、"粉花"和"全红"为一支,"麻花"和"大花"为另一支。应用引物848扩增的3个多态性位点构建了这5种不同体色瓯江彩鲤的DNA指纹图谱,可为不同体色瓯江彩鲤种质鉴定提供快捷、准确的鉴定结果。

关键词：瓯江彩鲤 ISSR标记遗传多样性种质鉴定指纹图谱

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蚕豆蛋白质亚基分析与特异种质鉴定

西北植物学报 2012年第1期32卷 54-59页

作者：刘玉皎侯万伟石建斌青海省农林科学院西宁810016 青海省高原作物种质资源创新与利用-国家重点实验室培育基地西宁810016 青海大学西宁810016

采用SDS-PAGE方法,对112份不同基因型蚕豆的清蛋白和球蛋白亚基的差异性进行分析。结果显示:(1)蚕豆清蛋白和球蛋白亚基的有效等位变异分别为1.750 0±0.452 3、1.545 5±0.522 2,多态性比率分别为75.00%、54.55%,清蛋白的亚基遗传多样... 详细信息

采用SDS-PAGE方法,对112份不同基因型蚕豆的清蛋白和球蛋白亚基的差异性进行分析。结果显示:(1)蚕豆清蛋白和球蛋白亚基的有效等位变异分别为1.750 0±0.452 3、1.545 5±0.522 2,多态性比率分别为75.00%、54.55%,清蛋白的亚基遗传多样性指数较球蛋白亚基高。(2)蚕豆清蛋白和球蛋白分别含有在不同基因型蚕豆中构成不同的12和10个亚基,其中清蛋白含有9个基本亚基,116kD、96kD、45kD为清蛋白的3个特异亚基;球蛋白含有8个基本亚基,58kD、35kD为球蛋白的2个特异亚基;研究共鉴定筛选出42个含有清蛋白特异亚基和21个含有球蛋白亚基的种质资源。(3)清蛋白的97kD、63kD基本亚基和球蛋白的97kD、56kD、47kD基本亚基存在一定的缺失现象,共鉴定出19个清蛋白亚基和21个球蛋白亚基缺失的优异种质。研究表明,蚕豆清蛋白和球蛋白亚基构成在不同种质之间具有差异性,除基本亚基外,部分种质还含有特异亚基或缺失亚基。

关键词：蚕豆蛋白亚基多样性种质鉴定