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辣椒果实发育相关基因的电子克隆及生物信息学分析

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北方园艺 2024年第3期 1-8页

作者：徐明磊田辉陈双臣河南质量工程职业学院河南平顶山467001 河南科技大学林学院河南洛阳471003

以cDNA-AFLP分析辣椒果实发育获得的长度为193 bp的TDF_(9-68-11)为研究对象,采用电子克隆、PCR验证和生物信息学分析等方法,研究了辣椒果实发育相关基因的电子克隆及生物信息学功能分析,以期为辣椒果实发育相关基因的研究提供参考依据... 详细信息

以cDNA-AFLP分析辣椒果实发育获得的长度为193 bp的TDF_(9-68-11)为研究对象,采用电子克隆、PCR验证和生物信息学分析等方法,研究了辣椒果实发育相关基因的电子克隆及生物信息学功能分析,以期为辣椒果实发育相关基因的研究提供参考依据。结果表明:经过电子克隆最终获得长为1 167 bp的拼接序列,设计引物PCR扩增和测序获得全长714 bp的序列,与拼接序列高度一致;该序列编码分子量为17.96 kD氨基酸链,其等电点为7.76偏中性;氨基酸链具有跨膜特性,可能存在5个磷酸化位点,该氨基酸链二级结构含有的α螺旋占42.3%、延伸链占19.6%、β转角占12.2%,以及26.4%的随机卷曲结构。氨基酸序列比对可以初步推断该氨基酸序列的功能与果实发育中醇脱氢相关生化反应有关。

关键词：辣椒果实发育 TDF 电子克隆

长穗偃麦草 ThPLA 基因的电子克隆和生物信息学分析

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种子 2024年第8期43卷 112-118页

作者：张宴萍黄德华李鹏崔正勇何方闫百蔷山东省农业科学院/小麦玉米国家工程研究中心济南250100 山东省创新发展研究院济南250101 贵州大学农学院贵阳550025

本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息,利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法,从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编... 详细信息

本研究基于长穗偃麦草高通量测序信息,利用电子克隆方法获得长穗偃麦草磷脂酶基因(ThPLA),结合生物信息学分析方法,从氨基酸理化性质、保守结构域、高级结构、亲水性/疏水性、跨膜结构域、同源性分析及功能表达等方面对该基因gDNA和编码蛋白进行了预测和分析。结果表明,ThPLA基因全长1620 bp,编码539个氨基酸;与粗山羊草、野生二粒小麦、水稻和玉米的PLA蛋白亲缘关系最近;亚细胞定位和GO term预测ThPLA蛋白质位于叶绿体;综合基因表达预测和转录组数据结果,该基因可能在植物根部对盐胁迫做出响应。

关键词：长穗偃麦草 ThPLA基因电子克隆生物信息学

人参UDP-阿拉伯糖变位酶基因电子克隆及分析

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太原师范学院学报（自然科学版） 2024年第2期23卷 64-71页

作者：田鹏宇宋敏丽张义茹太原师范学院生物科学与技术学院山西晋中030619

UDP-阿拉伯糖变位酶是阿拉伯糖合成过程的关键酶,在植物形态建成和逆境胁迫响应过程中起着重要的作用.UDP-阿拉伯糖变位酶可使UDP-Araf和UDP-Arap相互转换,参与包括阿拉伯糖在内的多糖合成.以玉米UDP-阿拉伯糖变位酶氨基酸序列作为探针... 详细信息

UDP-阿拉伯糖变位酶是阿拉伯糖合成过程的关键酶,在植物形态建成和逆境胁迫响应过程中起着重要的作用.UDP-阿拉伯糖变位酶可使UDP-Araf和UDP-Arap相互转换,参与包括阿拉伯糖在内的多糖合成.以玉米UDP-阿拉伯糖变位酶氨基酸序列作为探针,通过电子克隆的方式,对人参EST数据库进行检索,获得具有高度同源性的cDNA序列,采用DNAMAN软件对其进行拼接和组装,最终获得一条长为1445 bp的cDNA序列.利用相关软件对人参UDP-阿拉伯糖变位酶基因进行生物信息学分析.结果表明:人参UDP-阿拉伯糖变位酶蛋白为稳定的亲水性蛋白,该蛋白上的磷酸化修饰有33处,无跨膜螺旋区,不存在信号肽,为非分泌蛋白.该蛋白含有无规则卷曲、α螺旋、延伸链、β折叠二级结构,其中无规则卷曲结构最多.人参UDP-阿拉伯糖变位酶的氨基酸序列与凤仙花同源性较高,与石榴花同源性较低.分析结果能为人参后续相关研究提供一定的参考依据.

关键词：人参 UDP-阿拉伯糖变位酶电子克隆生物信息学分析

人类新基因C17orf32的电子克隆和编码区序列RT-PCR验证

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生物化学与生物物理进展 2002年第4期29卷 543-549页

作者：张德礼丁培国凌伦奖陈润生马大龙北京大学人类疾病基因研究中心中国科学院生物物理研究所北京100101

利用生物信息学与实验验证的技术路线 ,成功地克隆了人类新基因C17orf32的cDNA (GenBank登记号 :AY0 74 90 7和TPA :BK0 0 0 2 6 0 ) ,发现C17orf32的完整开放阅读框架 (ORF ,31～ 6 5 7bp)cDNA (6 2 7bp)与人类假定基因LOC12 4 919ORF ... 详细信息

利用生物信息学与实验验证的技术路线 ,成功地克隆了人类新基因C17orf32的cDNA (GenBank登记号 :AY0 74 90 7和TPA :BK0 0 0 2 6 0 ) ,发现C17orf32的完整开放阅读框架 (ORF ,31～ 6 5 7bp)cDNA (6 2 7bp)与人类假定基因LOC12 4 919ORF (2 5～ 80 7bp)的 2 5～ 6 5 1位只有一个碱基不同 .经RT PCR验证并cDNA测序、人类表达序列标签 (EST)数据库的BLAST检索和基因组成规律分析三方面的结果 ,均支持C17orf32的序列 ,而不支持LOC12 4 919的编码序列 .C17orf32基因组序列全长 4 6 10kb ,含有 6个外显子和 5个内含子 ,cDNA序列全长 16 79bp ,ORF横跨全部 6个外显子 .该基因ORF翻译起始处符合Kozak规则 ,ORF起始码上游同一相位有终止码 ,ORF后有 2个加尾信号和PolyA尾 .C17orf32基因的成功克隆表明 ,NCBIGENOMEAnnotationProject在 2 0 0 1年 12月预测的人类假定蛋白XP- 0 5 886 5编码基因LOC12 4 919的模式参考序列XM- 0 5 886 5中存在偏差 ,即在C17orf32基因cDNA的 4 0 6与 4 0 7位碱基之间错误插入一个碱基G ,从而导致在插入位点后 ,ORF编码 12 5位氨基酸以后蛋白质序列的改变 ,出现 2 6 0个氨基酸的多肽 .因此 ,应慎重看待计算机注释的人类基因组编码序列 .

关键词：人类新基因 C17orf32 电子克隆编码区序列 RT-PCR 验证

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丹参SAMDC基因的电子克隆及序列分析

电子科技大学学报 2012年第5期41卷 796-800页

作者：邓科君杜梅泽卢戟任正隆电子科技大学生命科学与技术学院成都610054 四川省农业厅园艺作物技术推广站成都610041

基于丹参EST数据库,以烟草S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因(SAMDC)cDNA序列为信息探针,进行同源搜索,经同源比对和序列组装,分离得到1个新的植物SAMDC基因家族成员,命名为SmSAMDC,全长1 620 bp,经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明... 详细信息

基于丹参EST数据库,以烟草S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶基因(SAMDC)cDNA序列为信息探针,进行同源搜索,经同源比对和序列组装,分离得到1个新的植物SAMDC基因家族成员,命名为SmSAMDC,全长1 620 bp,经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架,存在3个植物SAMDC基因特征ORF(tiny ORF、small ORF及main ORF);main ORF编码蛋白质理论分子量为39.4 kD、pI为4.71,均与植物SAMDC酶原蛋白相近。二级结构预测发现,SmSAMDC基因main ORF编码序列中25.28%的氨基酸残基构成α螺旋、24.17%的氨基酸残基构成延伸链、50.56%的氨基酸残基构成随机卷曲。氨基酸序列比对分析结果表明,SmSAMDC与已知植物SAMDC基因家族成员高度同源,具有植物SAMDC基因家族的酶原剪切位点及SAMDC蛋白快速降解相关PEST保守结构域。

关键词：电子克隆多胺 S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶丹参

桃果实PpPFK基因的电子克隆及低温胁迫下的转录水平分析

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现代食品科技 2013年第9期29卷 2125-2130页

作者：余芳王可邵兴锋龚一富王鸿飞许凤宁波大学食品科学与工程系浙江宁波315211 宁波大学生物与海洋科学系浙江宁波315211

为了克隆桃果实中PpPFK(Prunus persica phosphofructokinase,磷酸果糖激酶)基因,并对其序列和不同低温胁迫下的转录水平进行分析。本研究采用了电子克隆和RT-PCR(reversetranscription PCR)相结合的方法分离桃果实PpPFK基因的cDNA全长... 详细信息

为了克隆桃果实中PpPFK(Prunus persica phosphofructokinase,磷酸果糖激酶)基因,并对其序列和不同低温胁迫下的转录水平进行分析。本研究采用了电子克隆和RT-PCR(reversetranscription PCR)相结合的方法分离桃果实PpPFK基因的cDNA全长序列,采用RT-qPCR(reversetranscription real-time quantitative PCR)技术分析桃果实在0℃、5℃冷藏过程中目的基因转录水平的变化。试验成功获得了全长1405 bp的PpPFK基因序列,该序列具有完整的开放阅读框(ORF,open reading frame),编码232个氨基酸。对ORF进行PCR的验证结果和电子克隆的结果一致。序列分析显示该基因的氨基酸序列同大豆和葡萄具有很高的相似度。RT-qPCR分析显示,5℃贮藏下的桃果实PpPFK基因转录水平在前14 d高于0℃果实,这可能导致5℃贮藏的桃果实发生更明显的冷害症状。本研究结果表明,桃果实PpPFK转录水平在不同低温贮藏过程中存在差异,这可能在桃果实低温胁迫响应过程中发挥重要作用。

关键词：桃磷酸果糖激酶电子克隆转录水平调控

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武汉大学学报（理学版） 2003年第4期49卷 486-490页

作者：李蕾赵东赤张楚瑜李乐游上游黄静宁武汉大学生命科学学院病毒研究所湖北武汉430072 武汉市儿童医院湖北武汉430020

通过mRNA差异显示法获得了与呼吸道合胞病毒感染SPC A1细胞相关的 5 2个表达序列标签(EST)片段 ,其中的一个EST片段 g10 1在RSV感染后的细胞中高表达 .采用生物信息学原理和方法对g10 1进行了鉴定后预测这是一个新基因片段 ,经电子克... 详细信息

通过mRNA差异显示法获得了与呼吸道合胞病毒感染SPC A1细胞相关的 5 2个表达序列标签(EST)片段 ,其中的一个EST片段 g10 1在RSV感染后的细胞中高表达 .采用生物信息学原理和方法对g10 1进行了鉴定后预测这是一个新基因片段 ,经电子克隆获得了 76 1bp的延伸产物 ,并且通过了实验验证 .该基因片段含有一个典型的 5 4个氨基酸的ORF ,命名为zlg10con 。

关键词：呼吸道合胞病毒 SPC-A1细胞 zlg10con基因基因克隆电子克隆生物信息学表达序列标签

普通烟草NtODB基因的电子克隆、表达及生物信息学分析

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生物工程学报 2021年第8期37卷 2836-2844页

作者：陈涛彭欣怡覃剑峰覃旭吴密黄锦媛黄显雅危丹妮王丽萍金刚广西壮族自治区农业科学院广西亚热带作物研究所广西南宁530001

ODB基因在植物同源重组依赖性的DNA双键断裂修复过程中起重要作用,对植物诱变育种具有潜在的应用价值。克隆烟草NtODB基因并分析其表达特征为丰富ODB基因在同源重组DNA修复过程中的作用提供证据。为得到烟草NtODB基因序列,采用电子克隆... 详细信息

ODB基因在植物同源重组依赖性的DNA双键断裂修复过程中起重要作用,对植物诱变育种具有潜在的应用价值。克隆烟草NtODB基因并分析其表达特征为丰富ODB基因在同源重组DNA修复过程中的作用提供证据。为得到烟草NtODB基因序列,采用电子克隆技术获得该基因cDNA序列并克隆验证。进一步使用生物信息学方法分析该基因表达特征,对预测蛋白的理化性质、信号肽、高级结构等进行预测。生物信息学分析结果表明,NtODB基因开放阅读框包含579个碱基,蛋白含192个氨基酸残基,NtODB蛋白具有碱性和亲水性,主要定位于细胞质内;实时荧光定量PCR检测结果显示NtODB基因在不同组织中呈现组成型表达特征;亚细胞定位检测提示NtODB主要表达于细胞膜和叶绿体。NtODB基因的克隆与表达分析及其蛋白高级结构和理化性质的预测,可为进一步丰富ODB基因在同源重组依赖的DNA修复系统中的作用机制提供证据。

关键词：普通烟草 NtODB基因 DNA修复电子克隆

木薯HSP21基因的电子克隆与生物信息学分析

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生物工程学报 2020年第7期36卷 1422-1430页

作者：杜尚广余波南昌师范学院生物系江西南昌330000

HSP21是植物响应高温胁迫的关键基因,在防止蛋白变性、保护细胞结构和维持植物正常生长发育等方面发挥重要作用,克隆HSP21基因是揭示木薯抵抗高温胁迫分子机制的基础。为得到木薯HSP21同源基因及分析其表达蛋白的性质,文中采用电子克隆... 详细信息

HSP21是植物响应高温胁迫的关键基因,在防止蛋白变性、保护细胞结构和维持植物正常生长发育等方面发挥重要作用,克隆HSP21基因是揭示木薯抵抗高温胁迫分子机制的基础。为得到木薯HSP21同源基因及分析其表达蛋白的性质,文中采用电子克隆技术对新基因进行组装和衍生,并使用生物信息学分析方法,对预测蛋白的一级至高级结构、亲水性/疏水性、信号肽、蛋白同源性和系统进化等进行全面解析。结果表明,HSP21基因含有969个碱基对,其开放阅读框有705个碱基,预测蛋白含234个氨基酸。预测蛋白是非跨膜蛋白,具有碱性和亲水性,主要定位于叶绿体内。通过多重序列比对和系统进化分析发现,木薯与巴西橡胶树、蓖麻和麻疯树等植物的HSP21蛋白同源性较高。结果可为该基因的克隆和转化提供参考依据。

关键词：木薯 HSP21基因电子克隆生物信息学