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测序技术在结直肠癌研究中的应用

中华实验外科杂志 2021年第2期38卷 392-396页

作者：杨长江申占龙叶颖江王杉北京大学人民医院胃肠外科、北京大学人民医院外科肿瘤研究室、北京市结直肠癌诊疗研究重点实验室 100044

测序技术的出现是分子生物学领域的伟大变革,该技术已经被广泛应用于各类疾病的研究并取得了重大突破。结直肠癌是一种涉及到多种基因表达改变的疾病,高通量测序技术在结直肠癌基因组、转录组、循环肿瘤DNA及表观遗传学研究中发挥了重... 详细信息

测序技术的出现是分子生物学领域的伟大变革,该技术已经被广泛应用于各类疾病的研究并取得了重大突破。结直肠癌是一种涉及到多种基因表达改变的疾病,高通量测序技术在结直肠癌基因组、转录组、循环肿瘤DNA及表观遗传学研究中发挥了重大作用,为人类从更深层次认识结直肠癌的发生发展机制,更好的指导临床诊疗做出了巨大贡献。本文就测序技术在结直肠癌研究中的应用做简要综述。

关键词：结直肠癌测序遗传变异

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二代测序协助诊断恙虫病立克次体肺炎一例

中华结核和呼吸杂志 2019年第7期42卷 546-548页

作者：侯婕李园园胡成平潘频华中南大学湘雅医院呼吸与危重症医学科长沙410008

恙虫病是由恙虫病东方体(立克次体科恙虫病东方体属)引起的一种自然疫源性急性传染病,可导致各脏器不同程度的损害,临床表现无特异性,易漏诊及误诊。本文报道1例因发热、呼吸困难发病,多处就诊且使用多种广谱抗生素后病情无好转,最终进... 详细信息

恙虫病是由恙虫病东方体(立克次体科恙虫病东方体属)引起的一种自然疫源性急性传染病,可导致各脏器不同程度的损害,临床表现无特异性,易漏诊及误诊。本文报道1例因发热、呼吸困难发病,多处就诊且使用多种广谱抗生素后病情无好转,最终进展为多器官功能损害,经二代测序检测到恙虫病东方体确诊,使用多西环素治疗后病情好转。

关键词：恙虫病立克次体协助诊断测序自然疫源性急性传染病多器官功能损害恙虫病东方体肺炎广谱抗生素

鸡毒支原体PCR检测及特异扩增片断的克隆与测序

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畜牧兽医学报 2000年第1期31卷 49-55页

作者：任家琰郭建华霍乃蕊山西农业大学动物医学系太谷030801

根据ERNascimento等从鸡毒支原体(Mycoplasmagallisepricum,MG)基因文库分离的种特异性片段fMG2序列,设计合成一对长25bp的引物L1R1,经PCR反应条件优化选择,对5株MGDNA扩增均产生出预期的732bp特异扩增片断,而不能扩增滑液支原体(Mycopl... 详细信息

根据ERNascimento等从鸡毒支原体(Mycoplasmagallisepricum,MG)基因文库分离的种特异性片段fMG2序列,设计合成一对长25bp的引物L1R1,经PCR反应条件优化选择,对5株MGDNA扩增均产生出预期的732bp特异扩增片断,而不能扩增滑液支原体(Mycoplasmasynoviae,MS)、Ecoli、PUC19质粒DNA,符合设计要求;DIG随机引物法标记扩增产物制成DNA探针,与上述菌株DNADotblot杂交,MG呈阳性,其它为阴性;将扩增产物克隆于pGEMT载体,经EcoRI和RsaI酶切,证实克隆片段与目的DNA大小及酶切位点相同;测序结果表明扩增片段与fMG-2靶序列同源性达972%,与已发表的DNA序列无明显同源性。说明所建PCR方法种特异性强,特异扩增片段克隆成功。

关键词：克隆测序鸡毒支原体聚合酶链反应

高通量混合基因测序预测志贺菌属新型耐药基因研究

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中华医院感染学杂志 2014年第6期24卷 1307-1310页

作者：靳春雷宋智健周铁丽包其郁李劲松温州医科大学检生学院生物系浙江温州325014

目的通过高通量测序结合生物信息学分析,预测110株志贺菌属中与耐药基因库序列相似度差异较大的潜在新型耐药基因。方法 110株志贺菌属来源于2006年6月-2011年6月温州地区不同医院腹泻患者粪便标本,采用碱裂解法提取志贺菌属的混合基因D... 详细信息

目的通过高通量测序结合生物信息学分析,预测110株志贺菌属中与耐药基因库序列相似度差异较大的潜在新型耐药基因。方法 110株志贺菌属来源于2006年6月-2011年6月温州地区不同医院腹泻患者粪便标本,采用碱裂解法提取志贺菌属的混合基因DNA,Illumina HiSeq 2000高通量测序;通过基于同源比对核心算法的基因分析,挖掘与已知耐药基因遗传变异较大、相似性较低的潜在新型耐药基因。结果 110株志贺菌属中福氏志贺菌30株、宋氏志贺菌80株,福氏、宋氏志贺菌高通量测序总碱基数分别为4.9和3.5Gb;志贺菌属高通量测序数据信息挖掘,分别获得潜在的耐药片段宋氏志贺菌255个和福氏志贺菌272个,分布于712条Unigene中;GO和COG蛋白功能数据库注释,发现其分子功能绝大多数与转运(21.3%)、催化(25.2%)、结合(25.2%)和转录调控(9.3%),福氏志贺菌denovo组装后预测发现外排泵基因mdt操纵子。结论研究提出的基于同源比对的核心算法,可以有效地预测与参考耐药基因序列相似性较低的基因,为新型耐药基因的发现提供了思路。

关键词：志贺菌属混合基因测序新耐药基因预测

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奶牛ZFY、ZFX基因片段的克隆及测序

生物化学与生物物理进展 1995年第1期22卷 60-63页

作者：唐榕马匆匆毛裕民徐亚欧龚荣慈复旦大学遗传学研究所西南民族学院牧医系

奶牛的早期胚胎性别鉴定是奶牛胚胎分割及移植技术产生较大经济效益的前提，用ＰＣＲ技术进行早期胚胎性别鉴定具有准确、快速、灵敏度高的特点。利用人和鼠的性别分化相关的ＤＮＡ序列ＺＦＹ、ＺＦＸ基因序列设计的引物对公牛和母牛的... 详细信息

奶牛的早期胚胎性别鉴定是奶牛胚胎分割及移植技术产生较大经济效益的前提，用ＰＣＲ技术进行早期胚胎性别鉴定具有准确、快速、灵敏度高的特点。利用人和鼠的性别分化相关的ＤＮＡ序列ＺＦＹ、ＺＦＸ基因序列设计的引物对公牛和母牛的染色体ＤＮＡ、ＰＣＲ扩增，将扩增产物定向克隆到ｐＵＣ１１８上，获得ＺＦＹ、ＺＦＸ转化子，并测定了ＺＦＹ、ＺＦＸ基因的序列，发现两者同源性达８８．２％，以此为基础可设计引物和探针，以ＰＣＲ方法进行高灵敏度的奶牛性别鉴定。

关键词：乳牛 ZFY基因 ZFX基因克隆测序

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利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒

植物病理学报 2015年第1期45卷 97-100页

作者：王芳周本国许大凤高正良安徽省农业科学院烟草研究所合肥230031

烟草是我国的主要经济作物之一，病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）、烟草脉带花叶... 详细信息

烟草是我国的主要经济作物之一，病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒（Potato virus Y，PVY）、黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus，CMV）、烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus，TMV）、烟草脉带花叶病毒（Tobacco vein banding mosaic virus，TVMBV）等。此外，近年来在烟草上还发生一些新的病毒病害，

关键词：烟草病毒 siRNA 技术检测高通量 mosaic virus 黄瓜花叶病毒测序

产气荚膜梭菌α毒素基因片段克隆的测序与应用

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中华医院感染学杂志 2014年第20期24卷 4941-4944页

作者：刘颖王健张会英赵艳王艳北京积水潭医院检验科北京100035 首都医科大学附属北京佑安医院生物医学信息中心北京100069 首都医科大学附属北京佑安医院临检中心北京100069

目的为了获得A型产气荚膜梭菌C57株α毒素基因片段克隆质粒,作为实时定量PCR检测标本产气荚膜梭菌标准,以备临床应用。方法采用两轮高保真PCR扩增A型产气荚膜梭菌C57株α毒素基因片段(Cpa900),经EcoRⅠ酶切后插入质粒pUC19并连接,构建... 详细信息

目的为了获得A型产气荚膜梭菌C57株α毒素基因片段克隆质粒,作为实时定量PCR检测标本产气荚膜梭菌标准,以备临床应用。方法采用两轮高保真PCR扩增A型产气荚膜梭菌C57株α毒素基因片段(Cpa900),经EcoRⅠ酶切后插入质粒pUC19并连接,构建重组质粒pUC19-Cpa900,转化大肠埃希菌Top10感受态菌株并予以增菌后测序,并提取质粒进行实时定量PCR测试。结果 pUC19下游引物匹配Cpa900上、下游引物双PCR筛选电泳结果表明,116-2株中含单拷贝、反向插入pUC19的Cpa900,并为测序结果所证实;测序结果表明,克隆片段与美国典型菌种保藏中心标准株ATCC 13124的全基因序列CP000246.1中的磷脂酶C(PLC)基因(CPF_0042)相应序列相比,符合率高达99.8%;变异位点不在两实时定量PCR引物和探针区,经实时定量PCR实测对扩增效率无影响,完全可用作实时定量PCR检测标准。结论 A型产气荚膜梭菌α毒素克隆片段序列高度保守,作为模板具有高扩增效率,可作为标准品用于实时定量PCR检测A型产气荚膜梭菌,质粒引物匹配插入片段双引物双PCR筛选转化菌株,不但可鉴定阳性克隆,还能确定重组质粒中插入基因拷贝数量和插入方向、有效避免假阳性,不失为很好的筛选方法。

关键词：产气荚膜梭菌A型 α毒素克隆测序实时定量聚合酶链反应

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人胎肝唾液酸转移酶基因的克隆及测序

生物工程学报 1999年第3期15卷 277-280页

作者：尚杰邱若仑金城杨寿钧张树政中国科学院微生物研究所微生物资源国家重点实验室

根据已克隆的唾液酸转移酶的保守区的序列，以人胎肝ｍＲＮＡ为模板扩增出１５０ｂｐ的片段并测序。其中一个片段（ｓ３８）与已克隆的唾液酸转移酶的活性中心有５７％～９７％的同源性。根据ｓ３８的序列合成寡核苷酸并标记后用作探针... 详细信息

根据已克隆的唾液酸转移酶的保守区的序列，以人胎肝ｍＲＮＡ为模板扩增出１５０ｂｐ的片段并测序。其中一个片段（ｓ３８）与已克隆的唾液酸转移酶的活性中心有５７％～９７％的同源性。根据ｓ３８的序列合成寡核苷酸并标记后用作探针筛选人胎肝ｃＤＮＡ文库。从文库中分离了一个编码α２，３唾液酸转移酶的ｃＤＮＡ。该ｃＤＮＡ序列含一个编码３４０个氨基酸的开放读框，推导的氨基酸序列与人颌下腺Ｇａｌβ１，３ＧａｌＮＡｃα２，３唾液酸转移酶相同，与猪颌下腺α２，３唾液酸转移酶有８３２％的同源性。表明从人胎肝ｃＤＮＡ文库中分离的ｃＤＮＡ所编码的蛋白为Ｇａｌβ１，３ＧａｌＮＡｃα２。

关键词：唾液酸转移酶人胎肝 cDNA 克隆测序

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单纯疱疹病毒2型糖蛋白D基因的克隆及测序

中华皮肤科杂志 2000年第6期33卷 418-419页

作者：宋彪方险峰白桦涂裕英中山医科大学附属第一医院皮肤科

随着单纯疱疹病毒(HSV)感染发病率的不断上升,HSV防治也成为性传播疾病防治的重要方面。HSV疫苗不仅可以预防HSV感染,而且还具有免疫治疗作用。本课题的目的是研究2型单纯疱疹病毒(HSV-2)的糖蛋白D(gD2)与人类白介素-2(hIL-2)的融合基... 详细信息

随着单纯疱疹病毒(HSV)感染发病率的不断上升,HSV防治也成为性传播疾病防治的重要方面。HSV疫苗不仅可以预防HSV感染,而且还具有免疫治疗作用。本课题的目的是研究2型单纯疱疹病毒(HSV-2)的糖蛋白D(gD2)与人类白介素-2(hIL-2)的融合基因工程亚单位疫苗。本实验用PCR方法扩增出gD2全基因片段,克隆至质粒pBluescriptsk(-)中构建重组质粒pBluescript-gD2,并测序。为进一步构建gD2与hIL-2融合疫苗并最终用于HSV-2感染的预防及抗复发治疗打下基础。

关键词： Ⅱ型单纯疱疹病毒糖蛋白D 克隆测序