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细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

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西南大学学报（自然科学版） 2024年第6期46卷 98-108页

作者：陈铭丁勇高振国广州中医药大学第一附属医院重庆医院(重庆市北碚区中医院)耳鼻咽喉科重庆400700 川北医学院附属南充市中心医院四川南充637100

CDCA5高表达已被发现在多种肿瘤中具有致癌作用.运用生物信息学方法探讨CDCA5在泛癌中的表达特征,通过TCGA和GTEX数据库获得CDCA5在肿瘤样本和癌旁样本中的表达情况,从基因表达、生存分析、基因变异和免疫浸润等方面探讨了CDCA5在不同... 详细信息

CDCA5高表达已被发现在多种肿瘤中具有致癌作用.运用生物信息学方法探讨CDCA5在泛癌中的表达特征,通过TCGA和GTEX数据库获得CDCA5在肿瘤样本和癌旁样本中的表达情况,从基因表达、生存分析、基因变异和免疫浸润等方面探讨了CDCA5在不同肿瘤发病机制中的作用;通过GSCA(Gene Set Cancer Analysis)分析CDCA5表达与药物IC_(50)(半数抑制浓度)的关系并用免疫组化验证了该基因;通过STRING和GEPIA2数据库获取与CDCA5相关的基因并进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.结果表明:CDCA5在大多数肿瘤中高表达,且与部分肿瘤患者的预后存在明显的相关性.CDCA5表达与肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)显著相关并且TIICs标记物表现出不同的免疫浸润模式.拷贝数变异(CNV)与CDCA5的表达呈正相关,甲基化与CDCA5的表达呈负相关.IC_(50)数据显示多种药物可显著抑制CDCA5的表达.免疫组化实验证实了CDCA5在肝恶性肿瘤和结肠恶性肿瘤中具有促癌作用,可作为肿瘤治疗的生物标志物,为肿瘤治疗提供了一种新的研究方向.

关键词：细胞分裂周期相关蛋白5 泛癌分析免疫浸润肿瘤

泛癌分析GLI-1的免疫学作用与预后价值评估

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国际免疫学杂志 2024年第5期47卷 487-495页

作者：吴德盛陈娟重庆医科大学附属璧山医院骨科重庆重庆医科大学附属璧山医院病理科重庆

目的探讨GLI-1基因在泛癌中的免疫学作用和预后价值。方法从TCGA数据库获得了33种癌症的RNAseq数据和相应的临床信息, 评估GLI-1在33种癌症中的转录水平和预后价值, 揭示GLI-1基因改变和肿瘤突变负荷的关系。同时, 利用immunedeconv软件... 详细信息

目的探讨GLI-1基因在泛癌中的免疫学作用和预后价值。方法从TCGA数据库获得了33种癌症的RNAseq数据和相应的临床信息, 评估GLI-1在33种癌症中的转录水平和预后价值, 揭示GLI-1基因改变和肿瘤突变负荷的关系。同时, 利用immunedeconv软件包, 通过TIMER计算方法探究GLI-1与肿瘤微环境中免疫浸润细胞的相关性。结果研究表明GLI-1在13种癌症中低表达, 在9种癌症中高表达;进一步分析表明GLI-1在4种癌症中随着病理分期的增加而增加, 并提示与不良预后密切相关;遗传变异分析揭示GLI-1在33种癌症中的总体变异率为3%, 在皮肤恶性黑色素瘤变异率最高(超过10%)。在33种癌症中, 与非变异组相比, GLI-1变异组预后更差;同时KEGG富集分析证实GLI-1主要参与Hedgehog信号通路从而调控肿瘤的发生发展;免疫浸润分析提示, GLI-1的表达在绝大多数癌症中与免疫浸润细胞和免疫检查点显著相关。结论在泛癌研究中, GLI-1可能是一个潜在的预后标记和免疫治疗靶点, 伴有GLI-1突变和异常表达的患者在免疫治疗中可能获益, 但需要更多的基础实验和临床实验进一步证实。

关键词：泛癌分析 GLI-1 免疫浸润 Hedgehog信号通路预后价值

7-脱氢胆固醇还原酶在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

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中国科技期刊数据库医药 2024年第2期 0203-0208页

作者：吴芬芬吴家棋陈晓文徐宇徐州医科大学附属医院药学部江苏徐州221006

探究DHCR7(7-脱氢胆固醇还原酶)基因在肿瘤里的表达概况,以及临床预后关联情况。方法采用数据库(TCGA和GEO)的数据研究DHCR7在癌组织和癌旁组织里的表达差异情况,采用GEPIA2数据库里分析DHCR7不同表达情况肿瘤患者的OS(总生存率)和DFS... 详细信息

探究DHCR7(7-脱氢胆固醇还原酶)基因在肿瘤里的表达概况,以及临床预后关联情况。方法采用数据库(TCGA和GEO)的数据研究DHCR7在癌组织和癌旁组织里的表达差异情况,采用GEPIA2数据库里分析DHCR7不同表达情况肿瘤患者的OS(总生存率)和DFS(无病生存率);使用cBioPortal工具分析肿瘤的蛋白质结构的改变频率、突变位点信息及类型、copy number changes (CNA)和3D (three-dimensional)结构数据;使用TIMER2数据库分析DHCR7的表达与所有TCGA数据库中肿瘤免疫浸润的关系。结果与正常组织相比,DHCR7的表达水平在大多数人类肿瘤中增加,在几种原发性肿瘤组织中DHCR7的蛋白有更高的表达;DHCR7表达的升高与CESC、HNSC、BLCA和UVM癌症的的不良预后有关;DHCR7的最高改变频率在食管腺癌患者中约为22%,在不同类型的遗传改变中,扩增是最常见的类型;免疫细胞浸润分析结果显示DHCR7的表达与HNSC中CD8+ T细胞的浸润之间负相关。结论 DHCR7的表达水平在大多数人类肿瘤中升高,并且和临床不良预后紧密相关,DHCR7的表达的升高影响了肿瘤中免疫细胞的浸润,因此其可能作为肿瘤治疗新靶点。

关键词： 7-脱氢胆固醇还原酶临床预后泛癌分析免疫浸润

ANGPT1和TEK影响人类肿瘤进展的泛癌分析

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昆明医科大学学报 2024年第6期45卷 57-68页

作者：杜国庆刘志琴李姚史永华新疆医科大学基础医学院乌鲁木齐新疆830017 新疆地方病分子生物学重点实验室乌鲁木齐新疆830017

目的探讨血管生成素1(angiopoietins-1,ANGPT1)及其受体TEK(tyrosine kinase)在泛癌中的表达、预后及免疫浸润的情况。方法应用TIMER2.0、Kaplan-Meier plotter、UALCAN等数据库分析ANGPT1及TEK在泛癌中的表达、预后;利用SangerBox3.0及R软件分析ANGPT1、TEK与肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)、微卫星不稳定(microsatellite instability,MSI)、免疫检查点(immune checkpoint,ICP)、免疫浸润的相关性;使用String数据库、GO与KEGG分析鉴定与ANGPT1和TEK相关的蛋白及调节通路。结果ANGPT1和TEK在多数肿瘤中低表达(P癌、膀胱尿路上皮癌、乳腺浸润性癌等临床分期相关(P癌症的潜在临床预后标志物。

关键词： ANGPT1 TEK 泛癌分析 R语言

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基于网络数据库的TFEB泛癌分析

当代医药论丛 2024年第12期22卷 5-7页

作者：周小莉王香妮运城职业技术大学山西运城044000

目的:研究转录因子EB(TFEB)基因在人肿瘤组织中的表达、预后相关性及免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2分析各类肿瘤组织中TFEB的表达情况及其与患者预后的相关性,使用TIME2.0分析TFEB在肿瘤中与免疫浸润... 详细信息

目的:研究转录因子EB(TFEB)基因在人肿瘤组织中的表达、预后相关性及免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2分析各类肿瘤组织中TFEB的表达情况及其与患者预后的相关性,使用TIME2.0分析TFEB在肿瘤中与免疫浸润水平的相关性。结果:肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等肿瘤组织中TFEB高表达与预后相关,且与免疫浸润水平呈正相关。结论:TFEB表达与多种恶性肿瘤患者临床预后及免疫浸润水平相关,可作为肾上腺皮质癌、宫颈癌、胰腺腺癌等恶性肿瘤新的生物标志物。

关键词：转录因子EB 网络数据库泛癌分析预后免疫生物标志物

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CCNB1的泛癌分析

CCNB1的泛癌分析

泛癌分析长链非编码RNAMIR22HG的表达特征

2024中国肿瘤标志物学术大会暨CACA整合肿瘤学高峰论坛暨第十七届肿瘤标志物青年科学家论坛暨中国肿瘤标志物产业创新大会

作者：吴越张宇辰刘畅何浩宇张宁安徽医科大学

目的 :细胞周期蛋白Cyclin B1(CCNB1)是细胞周期蛋白家族的重要成员,可促进细胞从G2期进入M期,启动有丝分裂进程。先前的研究表明,CCNB1在肝癌、乳腺癌、食管癌、宫颈癌中异常表达,且与患者较低生存率密切相关。然而,针对CCNB1在泛癌中... 详细信息

目的 :细胞周期蛋白Cyclin B1(CCNB1)是细胞周期蛋白家族的重要成员,可促进细胞从G2期进入M期,启动有丝分裂进程。先前的研究表明,CCNB1在肝癌、乳腺癌、食管癌、宫颈癌中异常表达,且与患者较低生存率密切相关。然而,针对CCNB1在泛癌中的价值的研究仍未见报道。本研究旨在探索CCNB1在泛癌中的表达、预后、肿瘤微环境和体细胞突变等特征,探讨CCNB1在肿瘤发生和发展中的潜在作用。方法:本研究使用在线工具cBioPortal分析了CCNB1在肿瘤中的基因表达模式。使用TCGA和GTEx数据库,比较CCNB1在人类正常和肿瘤组织中的表达水平,使用R包"survival"探究预后价值,随后我们探究CCNB1和肿瘤患者临床特征间的关系。TIMER算法研究了免疫细胞浸润与CCNB1表达的关系,通过R包"maftools"分析肿瘤突变负荷相关性。最后使用GeneMANIA网络工具获取CCNB1相关基因并生成PPI网络,利用GO和KEGG富集分析探索CCNB1及其相关基因的生物学功能。结果:CCNB1在大多数肿瘤类型中以"深度缺失"和"突变"作为主要突变类型,在32种肿瘤类型中具有显著高表达。预后分析发现高表达水平的CCNB1是18种肿瘤的不良预后因子。CCNB1和多种肿瘤患者的临床特征密切相关,如TNM分期,组织分级等。"TIMER"免疫浸润分析观察到CCNB1表达与多种肿瘤的免疫微环境密切相关。肿瘤突变负荷相关性分析表面CCNB1与多种类型的肿瘤之间存在很强的相关性。最后使用GeneMANIA在线工具获取了20个CCNB1相关基因,GO和KEGG富集分析显示CCNB1及其相关基因在细胞周期通路和p53信号通路等癌症相关通路富集。结论:本研究系统分析了CCNB1在泛癌中的作用,发现CCNB1在多种癌症组织中的表达与正常组织存在显著差异,此外,CCNB1在细胞周期中具有重要作用,且与免疫细胞浸润和肿瘤突变负荷呈显著正相关。因此,CCNB1可能作为肿瘤诊断和治疗的一个潜在靶点。

关键词： CCNB1 泛癌分析肿瘤免疫微环境预后因子临床特征

来源： cnki会议评论

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南方医科大学学报 2022年第4期42卷 473-485页

作者：王惠黎雯雯张冬艳南方医科大学南方医院放疗科广东广州510515 南方医科大学南方医院肝病中心广东广州510515

目的泛癌分析长链非编码RNA(lncRNA)MIR22HG的表达及其与临床特征的关系。方法R语言分析癌症基因组图谱(TCGA)中MIR22HG在不同肿瘤组织中的表达及其与临床分期、淋巴结转移、肿瘤突变负荷(TMB)及微卫星不稳定(MSI)的关系;应用TIMER比较M... 详细信息

目的泛癌分析长链非编码RNA(lncRNA)MIR22HG的表达及其与临床特征的关系。方法R语言分析癌症基因组图谱(TCGA)中MIR22HG在不同肿瘤组织中的表达及其与临床分期、淋巴结转移、肿瘤突变负荷(TMB)及微卫星不稳定(MSI)的关系;应用TIMER比较MIR22HG表达与免疫浸润的关系;使用cBioPortal分析MIR22HG的突变频率及其与预后的关系;使用GDSC在线数据库分析MIR22HG与化疗药物敏感性的关系。利用GEO数据库肝癌数据集和12对肝癌标本验证MIR22HG在肝癌中的表达及其与索拉非尼治疗反应的关系;分析MIR22HG表达与索拉非尼治疗预后的关系;在肝癌细胞株HCC-LM3中过表达MIR22HG(NC组,MIR22HG过表达组),在肝癌细胞株MHCC-97H中敲除MIR22HG(NC组,sh-MIR22HG组),采用CCK-8检测肝癌细胞中MIR22HG对索拉非尼IC_(50)的影响。结果MIR22HG在大多数肿瘤中低表达(P癌、直肠癌及肾乳头状细胞癌中明显。多个数据集的分析结果验证MIR22HG在肝癌中低表达,且其低表达与肝癌进展相关(P癌患者索拉非尼治疗效果(AUC=0.8095)。过表达MIR22HG能降低肝癌细胞对索拉非尼的敏感性(IC_(50 NC) vs IC_(50 MIR22HG)=7.731 vs 15.61);而敲除MIR22HG的表达则能增加肝癌细胞对索拉非尼的敏感性(IC_(50 NC) vs IC50sh-MIR22HG=7.986 vs 5.085)。结论MIR22HG的表达与多种肿瘤的分期、有否淋巴结转移、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、免疫细胞浸润及化疗药物敏感性相关。

关键词：长链非编码RNA MIR22HG 泛癌分析肝癌索拉非尼

泛癌分析揭示PYCRs可以作为多种肿瘤尤其是肾透明细胞癌的预后标志物和治疗靶点

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泛癌分析揭示PYCRs可以作为多种肿瘤尤其是肾透明细胞癌的预后标...

作者：陈虹全福建医科大学

学位级别：硕士

目的:吡咯啉-5-羧酸还原酶(pyrroline-5-carboxylic acid reductase,PYCR)催化吡咯啉-5-羧酸(pyrroline-5-carboxylic acid,P5C)转化为脯氨酸,是脯氨酸合成的最后一个关键酶。已经研究并鉴定了3种PYCR的同工酶,分别是PYCR1、PYCR2和PYCR3。多项研究发现,PYCRs在肿瘤的发生和进展中起着重要的调控作用。然而目前为止,尚未有PYCRs在泛癌中的研究。本研究首先评估PYCRs在泛癌中的分子和免疫特征以及预后价值,随后在KIRC进一步分析了PYCRs的预后价值和调控机制,并构建了风险评分模型。最后我们通过体外实验分析了PYCR1和PYCR2对培养的肾癌细胞的生物学功能的影响。方法:1.从UCSC Xena网站下载了33种肿瘤的转录组表达数据、临床数据、免疫亚型和突变数据。从CCLE数据库下载肿瘤细胞系的转录组表达数据,从GTEx下载31种不同组织中转录组表达数据。利用生物信息学方法分析PYCRs在组织和细胞中的表达情况,并进行表达差异分析。2.单因素Cox回归分析和Kaplan–Meier(KM)方法分析PYCRs转录组的表达与33种肿瘤患者预后(OS、DFS、DSS、PFS)的关系。3.使用ESTIMATE算法对肿瘤微环境进行打分,CIBERSORT算法分析22免疫细胞浸润的丰度。分析PYCRs的表达与肿瘤免疫浸润的相关性。单样本基因集富集分析(ss GSEA)分析风险评分模型在KIRC中的免疫特征。4.将PYCRs转录组的表达数据与33种肿瘤的肿瘤分期、肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)进行相关性分析。5.使用GSEA富集分析33种肿瘤中PYCRs高低表达组以及风险评分模型高低亚组潜在的生物学途径。6.使用单因素Cox回归分析、Lasso回归分析和多因素Cox回归分析在KIRC中构建风险评分模型,构建风险评分模型的基因为PYCR1和PYCR2。7.单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析评估风险评分模型在KIRC中的潜在预后价值。8.在肾癌细胞Caki-1中敲减PYCR1和PYCR2,并鉴定蛋白表达水平。***-8法、Ed U掺入实验、伤口愈合试验、Transwell迁移实验等,在体外验证PYCR1和PYCR2基因敲减对肾癌细胞生物学行为的影响。结果:***在多种肿瘤中高表达。PYCR1在18种肿瘤中表达上调;PYCR2在15种肿瘤中表达上调,3种肿瘤中表达下调;PYCR3在15种肿瘤中表达上调,4种肿瘤中表达下调。***的表达还与多种肿瘤的分期存在显著相关性。PYCR1在9种肿瘤晚期患者中表达上调,2种肿瘤晚期患者中表达下调;PYCR2在6种肿瘤晚期患者中表达上调,2种肿瘤晚期患者中表达下调;PYCR3在3种肿瘤晚期患者中表达上调,1种肿瘤晚期患者中表达下调。***是多种肿瘤患者预后的不利因素。PYCR1是8种肿瘤患者预后OS的危险因素,PYCR2是8种肿瘤患者预后OS的危险因素,PYCR3是6种肿瘤患者预后OS的危险因素;PYCR1是1种肿瘤患者预后DFS的危险因素,PYCR2是3种肿瘤患者预后DFS的危险因素,PYCR3是3种肿瘤患者预后DFS的危险因素;PYCR1是11种肿瘤患者预后DSS的危险因素,PYC2是6种肿瘤患者预后DSS的危险因素,PYCR3是6种肿瘤患者预后DSS的危险因素;PYCR1是8种肿瘤患者预后PFS的危险因素,PYCR2是7种肿瘤患者预后PFS的危险因素,PYCR3是4种肿瘤患者预后PFS的危险因素。***的表达与多种肿瘤的TMB和MSI存在显著相关性。PYCR1与17种肿瘤的TMB呈正相关;PYCR2与6种肿瘤的TMB呈正相关,与4种肿瘤的TMB呈负相关;PYCR3与11种肿瘤的TMB呈正相关,与1种肿瘤的TMB呈负相关;PYCR1与17种肿瘤的MSI呈正相关;PYCR2与9种肿瘤的MSI呈正相关,与3种肿瘤的MSI呈负相关;PYCR3与9种肿瘤的MSI呈正相关,与2种肿瘤的MSI呈负相关。***的表达与多种肿瘤的肿瘤微环境和免疫细胞浸润存在显著相关性。我们发现PYCRs在不同肿瘤不同类型的免疫细胞浸润中发挥着不同的作用,PYCRs与免疫激活、免疫抑制基因共表达。6.在多种肿瘤中PYCRs低表达组在TNFαsignaling via NFKβ、Interferon gamma response、Inflammatory response和IL6 JAK STAT3 signaling通路中显著富集,PYCRs高表达组在G2/M checkpoint、EMT和E2F targets等通路中显著富集。7.在KIRC中使用PYCR1和PYCR2构建了预后风险

关键词：吡咯啉-5-羧酸还原酶泛癌分析肾透明细胞癌肿瘤免疫预后

泛癌分析：孤儿受体GPR176在肿瘤预后和肿瘤免疫中的潜在意义

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泛癌分析：孤儿受体GPR176在肿瘤预后和肿瘤免疫中的潜在意义

作者：陈珍南昌大学

学位级别：硕士

背景和目的:G蛋白偶联受体176(GPR176)是G蛋白偶联受体家族的成员之一,其通过介导c AMP的合成来调控视交叉上核对昼夜节律的调控。然而,GPR176在肿瘤预后和肿瘤免疫微环境中的作用仍然未知;本文主要研究GPR176对肿瘤预后和肿瘤免疫微环... 详细信息

背景和目的:G蛋白偶联受体176(GPR176)是G蛋白偶联受体家族的成员之一,其通过介导c AMP的合成来调控视交叉上核对昼夜节律的调控。然而,GPR176在肿瘤预后和肿瘤免疫微环境中的作用仍然未知;本文主要研究GPR176对肿瘤预后和肿瘤免疫微环境的影响。方法:我们使用了几个可用的在线数据库,包括癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达(GTEx)、癌症细胞系百科全书(CCLE)、人类蛋白图谱(HPA)、基因表达谱交互分析2(GEPIA2)、肿瘤-免疫系统交互数据库(TISIDB)、肿瘤免疫评估资源2.0(TIMER2.0)、Cell Miner和药物-基因交互数据库(DGIdb),从表达水平、临床预后和表型、免疫浸润、肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、DNA错配修复基因、DNA甲基化和对不同癌症治疗的敏感性等方面探讨GPR176对预后和肿瘤免疫的潜在影响。结果:我们发现,相对于正常组织,GPR176在12种癌症中高表达,在14种癌症中低表达。在大多数类型的癌症中,GPR176表达水平显著升高的患者预后较差。GPR176的表达可以影响大多数肿瘤的免疫细胞浸润程度,并与TMB、MSI和DNA甲基化相关,还可以影响抗肿瘤药物的敏感性。结论:GPR176是预测肿瘤患者潜在预后和免疫治疗疗效的潜在生物标志物,有望为肿瘤精准化治疗提供新的方向。

关键词：泛癌分析 GPR176 预后肿瘤微环境