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梭菌属分类研究进展：现状和展望(英文)

微生物学通报 2016年第5期43卷 1070-1074页

作者： Paul A.Lawson Department of Microbiology and Plant Biology University of Oklahoma Norman OK 73019 USA

目前构成梭菌属的微生物在系统发育和表型特征上不一致。多相分类数据表明,梭菌属物种之间差异大。大量基于16S rR NA基因的系统发育研究表明,梭菌属应被限定为梭菌属类群I,作为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)。尽管有这方面认... 详细信息

目前构成梭菌属的微生物在系统发育和表型特征上不一致。多相分类数据表明,梭菌属物种之间差异大。大量基于16S rR NA基因的系统发育研究表明,梭菌属应被限定为梭菌属类群I,作为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)。尽管有这方面认识,梭菌属新物种仍持续增加,这些新物种并不能与梭菌属类群I和标准种丁酸梭菌(***)形成一致分支,引发梭菌属分类上的混乱。本文明确了梭菌属物种的范围,即只包括模式种和梭菌属类群I。此外,4个物种念珠状真杆菌(Eubacterium moniliforme)、旋舞真杆菌(Eubacterium tarantellae)、最大八叠球菌(Sarcina maxima)和胃八叠球菌(Sarcina ventriculi)应被调至梭菌属,分别命名为念珠状梭菌(Clostridium moniliforme)、旋舞梭菌(Clostridium tarantellae)、最大梭菌(Clostridium maximum)和胃梭菌(Clostridium ventriculi)。一个新属哈撒韦氏菌属(Hathewaya)被提议成立,3个梭菌属物种溶组织梭菌(Clostridium histolyticum)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)和解朊梭菌(Clostridium proteolyticum)重新归为溶组织哈撒韦氏菌(Hathewaya histolytica)、泥渣哈撒韦氏菌(Hathewayalimosa)和解朊哈撒韦氏菌(Hathewaya proteolytica),其中Hathewaya histolytica为模式种。

关键词：梭菌属分类学狭义梭菌属哈撒韦氏菌属

宁波沿海陆源排污口弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)的分布特点

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海洋与湖沼 2016年第4期47卷 862-868页

作者：王祖忠王朝阳张迪骏司开学董丽莎张红燕崔晨茜韩姣姣周君苏秀榕宁波大学海洋学院宁波315211

弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5... 详细信息

弓形杆菌属(Arobacter sp.)和梭菌属(Clostridium sp.)广泛存在于水体和寄生在动物体内,极易造成水体污染和人畜共患病。采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析,得到1年中的3月、5月、8月和10月份各排污口弓形杆菌属和梭菌属生物的分布情况。研究结果表明:弓形杆菌属检测出两个种,分别是嗜低温弓形杆菌(Arcobacter cryaerophilus)、布氏弓形杆菌(Arcobacter butzleri)。梭菌属共检测出12个种,其中产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)检出次数最高,丁酸梭菌(Clostridium butyricum)次之;排污口的类型是影响弓形杆菌属检出量的重要因素。弓形杆菌属主要分布在氮,磷含量较高的工业排污口和市政排污口,而梭菌属只在3月份的S7宁海西店崔家综合排污口呈现出相对较高的比例(7.5%),其它排污口检出量均在2%以下;弓形杆菌属和梭菌属在10个排污口20个站位4个月份的检出次数呈现正相关性;由季节性的变化引起的气温差异也是影响弓形杆菌属生长的重要因素,弓形杆菌属在5月份的时候检出次数最大,梭菌属适宜生长温度范围较广10—65°C,受温度影响较小。

关键词：弓形杆菌属梭菌属 454焦磷酸测序陆源排污口检出次数

新诊断2型糖尿病患者肠道梭菌属与膳食相关性研究

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中国糖尿病杂志 2020年第2期28卷 106-111页

作者：宋钉町袁腾阿丽雅·塔依尔尼格尔·艾白都拉帕孜力亚·艾克拉木热比亚·努力新疆医科大学第一临床医学院乌鲁木齐830011 新疆医科大学基础医学院人体寄生虫学教研室乌鲁木齐830011

目的探讨新诊断T2DM患者肠道梭菌属(Clostridium)与膳食之间的相关性.方法选取2016年7月至2018年9月于新疆医科大学第一附属医院内分泌科门诊就诊的新诊断T2DM患者100例(T2DM组),另选取同期健康体检人群96名为正常对照组(NC).提取粪便... 详细信息

目的探讨新诊断T2DM患者肠道梭菌属(Clostridium)与膳食之间的相关性.方法选取2016年7月至2018年9月于新疆医科大学第一附属医院内分泌科门诊就诊的新诊断T2DM患者100例(T2DM组),另选取同期健康体检人群96名为正常对照组(NC).提取粪便标本中细菌总DNA.用半定量食物频数量表(FFQ)计算营养素摄入量;采用qPCR检测Clostridium水平,Pearson相关分析Clostridium与BMI、WHR、SBP、DBP、FPG、TG、TC、HDL-C、LDL-C及膳食营养素摄入量的相关性,Logistic回归分析T2DM的影响因素.结果T2DM组Clostridium丰度较NC组低(t=-12.55,P<0.01).Pearson相关分析显示,Clostridium起始模板量的对数值与维生素E(Vit E)摄入量呈正相关(r=0.40,P<0.01),与BMI、WHR、SBP、FPG、TC、TG、LDL-C、平均每人每日盐、油摄入量、蛋类、胆固醇摄入量呈负相关(r=-0.17、-0.17、-0.30、-0.46、-0.25、-0.15、-0.14、-0.15、-0.18、-0.17、-0.22,P<0.05).Logistic回归分析结果显示,Clostridium丰度、Vit E、蔬菜、钙和胆固醇摄入量是T2DM的影响因素.结论新诊断T2DM患者肠道中Clostridium较健康人群明显减少,与部分膳食营养素的摄入相关.

关键词：糖尿病,2型梭菌属膳食

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梭菌属在运动改善功能性便秘中的作用研究

梭菌属在运动改善功能性便秘中的作用研究

作者：贾增增山西医科大学

学位级别：硕士

目的:1.研究运动对功能性便秘模型小鼠6h内排黑便粒数的影响,明确运动对功能性便秘的改善作用;2.进一步研究运动对结肠5-羟色胺含量以及结肠梭菌属丰度的影响,探讨运动改善功能性便秘的可能机制。方法:选取8周龄左右SPF级昆明种小鼠40只... 详细信息

目的:1.研究运动对功能性便秘模型小鼠6h内排黑便粒数的影响,明确运动对功能性便秘的改善作用;2.进一步研究运动对结肠5-羟色胺含量以及结肠梭菌属丰度的影响,探讨运动改善功能性便秘的可能机制。方法:选取8周龄左右SPF级昆明种小鼠40只,体质量（20±2）g,均为雄性,由山西医科大学动物实验中心提供,正式开始实验前,所有小鼠均需适应性喂养1周。将小鼠按照每组10只,分为4组,分别是空白组（A）、模型组（B）、阳性组（C）和实验组（D）。第1d-14d:A组给予生理盐水灌胃,每天1次;B组、C组和D组均给予复方地芬诺酯混悬液灌胃,每天1次。第15d-38d:A组和B组正常饲养不作干预;C组给予酪酸梭菌活菌散（宝乐安）混悬液灌胃,每天1次;D组每日规律进行自主跑笼运动2h。第39-41d:相应干预措施结束30min后,各组小鼠均一次性给予墨汁灌胃,记录每只小鼠6h内排黑便粒数,每天1次,总共3天,取三组数据的平均值。第42d:相应干预措施结束30min后,各组小鼠均颈椎脱臼处死,应用ELISA试剂盒检测小鼠结肠5-羟色胺含量;应用实时荧光定量PCR技术测定结肠梭菌属丰度。进一步分析梭菌属丰度、5-羟色胺含量与6h内排黑便粒数三者间的相关性及可能机制探讨。结果:1.实验第39-41d,与A组相比,B组小鼠6h内排黑便粒数明显减少,有统计学意义（P＜0.05）;与B组相比,C组和D组小鼠6h内排黑便粒数明显增多,有统计学意义（P＜0.05）。2.实验第42d后,与A组相比,B组小鼠结肠5-羟色胺含量明显减少,有统计学意义（P＜0.05）;与B组相比,C组和D组小鼠5-羟色胺含量明显增多,有统计学意义（P＜0.05）。3.与A组相比,B组小鼠结肠梭菌属丰度明显降低,有统计学意义（P＜0.05）;与B组相比,C组和D组小鼠结肠梭菌属丰度明显增高,有统计学意义（P＜0.05）。4.6h内排黑便粒数与结肠梭菌属丰度以及结肠5-羟色胺含量呈负相关。5.结肠梭菌属丰度与结肠5-羟色胺含量呈正相关。结论:1.运动可以增加FC模型小鼠6h内排便粒数,改善FC;2.运动改善FC的机制可能是通过上调结肠梭菌属丰度从而进一步增加结肠5-HT含量来实现的。

关键词：功能性便秘运动梭菌属 5-羟色胺

新疆哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中拟杆菌属和梭菌属结构特征分析

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新疆哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中拟杆菌属和梭菌...

作者：刘金宝新疆医科大学

学位级别：硕士

目的:分析新疆哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中拟杆菌属、梭菌属的结构特征,探讨两人群肠道两菌属的差异。方法:(1)使用16SrDNA-PCR-DGGE技术比较哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中两菌属结构的差异,将差异条带... 详细信息

目的:分析新疆哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中拟杆菌属、梭菌属的结构特征,探讨两人群肠道两菌属的差异。方法:(1)使用16SrDNA-PCR-DGGE技术比较哈萨克族正常血压人群和高血压人群肠道菌群中两菌属结构的差异,将差异条带克隆、测序,与Genebank数据库提供的序列进行比对,确定细菌种类。(2)采用16S rDNA荧光定量PCR技术对两人群粪便标本中拟杆菌属和梭菌属进行定量分析和比较。采用SPSS 17.0软件进行统计学分析。结果:(1)新疆哈萨克族高血压人群肠道梭菌属的16SrDNA V3区DGGE图谱中出现一条优势带,其在两组人群中出现的频率经分析后具有统计学意义(P﹤0.05)。基因序列在Genebank数据库上用Blast程序进行比对,确定为Uncultured bacterium clone nbw1009b01c1。(2)分别比较正常血压人群和高血压人群肠道菌群中拟杆菌属、梭菌属数量的对数值,均有显著性差异(P﹤0.01)。结论:肠道菌群中拟杆菌属和(或)梭菌属数量的变化以及细菌Uncultured bacterium clone nbw1009b01c1的出现,可能会影响新疆哈萨克族高血压的发生和发展。

关键词：拟杆菌属梭菌属高血压哈萨克族

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基于网络分析的梭菌属系统发育基因组学研究

基于网络分析的梭菌属系统发育基因组学研究

作者：李聪健云南大学

学位级别：硕士

梭菌属中的物种之间存在着巨大的异质性。基于16S r RNA序列的系统发育研究表明狭义梭菌属为真正的梭菌属。在狭义梭菌属中包含着一些重要的与植物相关的物种,比如非共生固氮菌。同时,植物内生环境宏基因组分析表明狭义梭菌属物种是内... 详细信息

梭菌属中的物种之间存在着巨大的异质性。基于16S r RNA序列的系统发育研究表明狭义梭菌属为真正的梭菌属。在狭义梭菌属中包含着一些重要的与植物相关的物种,比如非共生固氮菌。同时,植物内生环境宏基因组分析表明狭义梭菌属物种是内生菌群落中的主要成员之一。然而,内生梭菌的研究还是停留在几个物种中。本研究从滇重楼根茎中分离并鉴定出9株内生梭菌,经过基因组比较和系统发育分析,确定这9株新分离的菌株都属于狭义梭菌属。为了进一步探究内生梭菌基因组特征及多样性,本论文比较分析了内生与非内生梭菌基因组以及梭菌属ABE发酵(acetone-butanol-ethanol fermentation)通路相关酶基因的系统发育。结果表明内生与非内生环境下的梭菌菌株在基因组成上并无明显差异;ABE发酵通路中相较于产丁酸和产醇类的代谢通路,产乙酸的通路更为保守,与物种的演化更一致。近年来,从基因组层面重新审视梭菌属物种的系统发育关系备受关注。直系同源推断是系统发育基因组分析的基础。现有的直系同源推断主要是基于基因之间的序列同源关系,而基因家族之间更上层的关系在很大程度上是被忽视的。本论文开发设计了一种新的直系同源基因推断方法——OGProfiler,该方法基于社区发现算法,对基因的序列相似性网络进行层级制的分割聚类,在推断直系同源基因家族的同时,构建基因家族之间的高层次关系网络。通过基准数据集以及与Ortho Finder预测结果的比较两个方面验证了OGProfiler预测结果的可靠性。借助OGProfiler对梭菌属基因组完成了直系同源基因重新推断和基因家族关系网络构建。在单拷贝直系同源基因预测中,基于比较系统发育分析方法,发现OGProfiler与Ortho Finder并无明显差异。在基因家族关系网络中,结合基因家族功能注释结果,发现梭菌属中功能相同或相似的基因家族之间往往在序列上也存在着关联性。

关键词：梭菌属内生梭菌层级制聚类直系同源基因推断系统发育基因组学

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肠道梭菌属与2型糖尿病的相关性研究进展

中国微生态学杂志 2019年第11期31卷 1351-1355页

作者：帕孜力亚·艾克拉木尼格尔·艾白都拉阿丽雅·塔依尔袁腾宋钉町热比亚·努力新疆医科大学基础医学院

随着经济社会的发展和人类生活水平的提高,2型糖尿病及其慢性并发症不仅严重影响了患者自身的生活质量,而且也给其家庭和社会带来了沉重的负担,已逐渐成为全球突出的社会问题。如果人体内肠道菌群的结构和功能发生紊乱,则可能引起2型糖... 详细信息

随着经济社会的发展和人类生活水平的提高,2型糖尿病及其慢性并发症不仅严重影响了患者自身的生活质量,而且也给其家庭和社会带来了沉重的负担,已逐渐成为全球突出的社会问题。如果人体内肠道菌群的结构和功能发生紊乱,则可能引起2型糖尿病的发生,因此肠道菌群成为备受关注的研究对象。相关文献指出肠道菌群中的梭菌属与肠黏膜完整性、内脏脂肪、免疫稳态、能量代谢、肠蠕动有关。本文总结了梭菌属的生物学特性、在机体内的生理功能及与2型糖尿病之间的相关性,旨在为进一步研究肠道梭菌属与2型糖尿病间的关系提供参考。

关键词：肠道菌群 2型糖尿病梭菌属

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肥胖儿童肠道梭菌属的变化及意义

国际医药卫生导报 2019年第19期25卷 3234-3238页

作者：朱万英张立卢可斌赵敏张莹单县中心医院济宁医学院附属湖西医院儿科菏泽274300

目的分析7~14岁单纯性肥胖儿童与正常对照之间肠道梭菌属的相似性及多样性差别,探讨儿童单纯性肥胖对肠道优势菌属的影响。方法收集30例7~14岁单纯性肥胖和30例同年龄段健康儿童的粪便样品,提取粪便菌群总DNA,利用梭菌属16sDNA种属特异... 详细信息

目的分析7~14岁单纯性肥胖儿童与正常对照之间肠道梭菌属的相似性及多样性差别,探讨儿童单纯性肥胖对肠道优势菌属的影响。方法收集30例7~14岁单纯性肥胖和30例同年龄段健康儿童的粪便样品,提取粪便菌群总DNA,利用梭菌属16sDNA种属特异性引物,进行PCR扩增,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得肥胖儿童和健康儿童肠道梭菌属的分子指纹图谱,进行多样性及相似性分析;同时测量肥胖和正常儿童的体质量、身高、BMI、血压、血脂、瘦素、血浆脂联素,探讨肥胖儿童与肠道优势菌属的关系及临床意义。结果肥胖组儿童BMI、SBP、TG、TC、LEP水平高于正常组(均P0.05);肥胖组梭菌属DGGE图谱的条带数目和H’指数均低于正常组,聚类分析结果示肥胖组内个体间及与正常组比较组间相似性均降低;梭菌属两组、正常组及肥胖组各组内DGGE图谱中的S及H’指数,均与BMI和LEP呈负相关,与ADP呈正相关。结论人类肠道菌群梭菌属组成的变化与儿童肥胖相关,肥胖儿童肠道梭菌属的多样性及相似性降低;肥胖儿童肠道梭菌属的多样性与BMI、ADP和LEP相关。

关键词：儿童肥胖梭菌属指纹图谱技术

新疆维、哈两民族粪样中韦荣球菌属和梭菌属水平与2型糖尿病的相关性研究

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中国微生态学杂志 2015年第1期27卷 6-9,13页

作者：赵海霞李琳琳毛新民张瑞熊建会王烨新疆医科大学药理教研室新疆乌鲁木齐830054 新疆医科大学中医学院新疆乌鲁木齐830054

目的探讨目标差异肠道菌群与新疆维吾尔族、哈萨克族2型糖尿病(T2DM)的相关性。方法采用16S r DNA实时荧光定量PCR对新疆维吾尔族、哈萨克族正常糖耐量及2型糖尿病患者粪样中韦荣球菌属和梭菌属水平进行检测。两组间均数比较采用t检验,... 详细信息

目的探讨目标差异肠道菌群与新疆维吾尔族、哈萨克族2型糖尿病(T2DM)的相关性。方法采用16S r DNA实时荧光定量PCR对新疆维吾尔族、哈萨克族正常糖耐量及2型糖尿病患者粪样中韦荣球菌属和梭菌属水平进行检测。两组间均数比较采用t检验,运用Pearson分析方法对差异肠道菌群与新疆维、哈两民族正常糖耐量及2型糖尿病人群的体检及生化指标进行相关性分析。结果 (1)16S r DNA实时定量PCR结果显示,韦荣球菌属及梭菌属水平在哈萨克族2型糖尿病组粪样中显著高于该民族正常糖耐量组(P=0.035,P=0.028)。(2)新疆维吾尔族、哈萨克族正常糖耐量人群和2型糖尿病人群粪样中韦荣球菌属水平与体重及体重指数(BMI)显著正相关(r=0.469,P=0.009;r=0.623,P=0.002),与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平显著负相关(r=-0.466,P=0.025);梭菌属水平与体重、空腹血糖(FBG)、甘油三酯(TG)水平显著正相关(r=0.375,P=0.049;r=0.398,P=0.033;r=0.375,P=0.041)。结论肠道中Veillonella spp和*** subgroup水平的变化可能与新疆哈萨克族、维吾尔族2型糖尿病的发病有关,需进一步深入探讨。

关键词：韦荣球菌属梭菌属新疆维吾尔族和哈萨克族2型糖尿病