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牛POLB基因核心启动子鉴定及转录调控分析

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畜牧与兽医 2025年第1期57卷 1-6页

作者：吕世杰张格阳王香南冯亚杰乔智慧祁兴山张子敬施巧婷王二耀河南省农业科学院畜牧研究所河南郑州450002 神农种业实验室河南郑州450002 泌阳县畜牧技术服务中心河南泌阳463551

旨在筛选牛DNA聚合酶β(DNA polymeraseβ,POLB)基因核心启动子并对调控该基因表达的转录因子进行预测和鉴定。以牛POLB基因CDS区上游1751 bp序列为模板,构建5个包含不同截短长度的启动子报告基因载体,利用双荧光素酶报告基因系统鉴定... 详细信息

旨在筛选牛DNA聚合酶β(DNA polymeraseβ,POLB)基因核心启动子并对调控该基因表达的转录因子进行预测和鉴定。以牛POLB基因CDS区上游1751 bp序列为模板,构建5个包含不同截短长度的启动子报告基因载体,利用双荧光素酶报告基因系统鉴定核心启动子,利用AnimalTFDB 3.0预测核心启动子结合转录因子,过表达转录因子后分析其对牛POLB基因的转录调控功能。结果:在牛肌肉原代细胞中,构建的5个截短的启动子报告基因载体均具有转录起始活性,pGL3-151(-151~-1 bp)和pGL3-1351(-1351~-1 bp)的相对荧光素酶活性显著高于pGL3-551(-551~-1 bp)(P核心启动子区;AnimalTFDB 3.0预测核心启动子区存在转录因子特异性蛋白1(specificity protein 1,SP1)的结合位点;在牛肌肉原代细胞中过表达转录因子SP1,能够显著降低POLB基因的转录活性。本试验结果为进一步研究该基因表达调控机制提供参考。

关键词：牛 POLB基因核心启动子转录因子 SP1

核心启动子部分缺失的乙型肝炎病毒基因的真核克隆及其意义

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中华传染病杂志 2002年第3期20卷 140-143页

作者：彭劼骆抗先侯金林郭亚兵王战会第一军医大学南方医院感染内科广州510515

目的　构建乙型肝炎病毒 (HBV)核心启动子 (CP) 2 0 /2 1bp部分缺失 (nt 1748/1747至nt 1767)及同时存在的A1896点变异真核载体 ,以进一步研究其对病毒复制与转录的影响。方法　利用线性化的、从CP上游顺序开始的、含完整转录单元的HBV... 详细信息

目的　构建乙型肝炎病毒 (HBV)核心启动子 (CP) 2 0 /2 1bp部分缺失 (nt 1748/1747至nt 1767)及同时存在的A1896点变异真核载体 ,以进一步研究其对病毒复制与转录的影响。方法　利用线性化的、从CP上游顺序开始的、含完整转录单元的HBV基因克隆 (P3 .8Ⅰ质粒 )为工具 ,采用分子克隆、人工定点突变等技术构建突变重组载体。用脂质体法将重组载体转染HepG2细胞 ,提取细胞内DNA和RNA分别进行Southernblot、Northernblot分析。结果　经聚合酶链反应限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)初步鉴定和测序最终鉴定 ,突变重组载体构建成功 ;重组载体转染HepG2细胞后 ,提取细胞内DNA的Southernblot分析及细胞内RNA的Northernblot分析结果 ,均提示各变异株较野生株的HBVDNA复制水平及前C/前基因组mRNA、前S/SmRNA转录水平均显著下降。结论　HBVCP 2 0 /2

关键词：乙型肝炎病毒基因缺失病毒复制核心启动子肢质体法分子克隆

猪CYP11A1基因编码区扩增及核心启动子区的鉴定与分析

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南京农业大学学报 2022年第4期45卷 743-751页

作者：曾强关钦泽王思琪李齐发杜星南京农业大学动物科技学院江苏南京210095

[目的]本文旨在扩增猪CYP 11A1基因编码区,鉴定并分析其核心启动子区,探究猪CYP 11A1基因的转录调控机制。[方法]通过基因克隆测序技术获得猪CYP 11A1基因编码区全序列并对其序列特征进行分析;利用荧光素酶活性鉴定猪CYP 11A1基因核心... 详细信息

[目的]本文旨在扩增猪CYP 11A1基因编码区,鉴定并分析其核心启动子区,探究猪CYP 11A1基因的转录调控机制。[方法]通过基因克隆测序技术获得猪CYP 11A1基因编码区全序列并对其序列特征进行分析;利用荧光素酶活性鉴定猪CYP 11A1基因核心启动子区,再通过生物信息学分析猪CYP 11A1基因核心启动子区潜在的甲基化位点与转录因子结合位点;利用Western blot、RT-qPCR以及染色质免疫沉淀(ChIP)等分子生物学手段解析转录因子NR2C1对猪CYP 11A1基因的转录调控功能。[结果]猪CYP 11A1基因的编码区序列全长为1563 bp,在哺乳动物的进化过程中高度保守;猪CYP 11A1基因的核心启动子区为-398~-108 bp(转录起始位点为+1),序列特征分析发现猪CYP 11A1基因核心启动子区包含多个潜在的转录因子的结合元件,包括NR2C1、SOX10、NFIX和ELF5等;另外,转录因子NR2C1可促进猪CYP 11A1基因核心启动子区活性,同时显著上调体外培养的猪卵巢颗粒细胞中CYP 11A1基因的表达。[结论]哺乳动物CYP 11A1基因在进化过程中高度保守,转录因子NR2C1能够促进猪卵巢颗粒细胞中CYP 11A1基因的转录。

关键词：猪 CYP11A1基因核心启动子鉴定分析 NR2C1 转录调控

抑制HBV核心启动子转录活性的化合物筛选与鉴定

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第三军医大学学报 2021年第13期43卷 1192-1203页

作者：孙瑜雪魏霞飞李杰崔静王瑜伟胡接力重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室重庆400016 重庆市中医院检验科重庆市中医院感染性疾病中西医结合诊治实验室重庆400021

目的构建靶向核心启动子转录的稳定细胞系,筛选影响乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)转录的药物。方法利用HepG2细胞,以重组慢病毒的方式构建由HBV核心启动子驱动的Gaussia荧光素酶稳定表达细胞系(HepG2-Pcore-Gluc)。通过检测荧光... 详细信息

目的构建靶向核心启动子转录的稳定细胞系,筛选影响乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)转录的药物。方法利用HepG2细胞,以重组慢病毒的方式构建由HBV核心启动子驱动的Gaussia荧光素酶稳定表达细胞系(HepG2-Pcore-Gluc)。通过检测荧光素酶活性来反映核心启动子的活性变化情况。在HBV复制细胞模型中,通过Southern blot、荧光定量PCR等进一步评估经多轮筛选得到的化合物对HBV RNA、HBV DNA的影响。结果利用HepG2-Pcore-Gluc细胞模型筛选1450种小分子化合物,第1轮筛选到41种化合物,能影响荧光素酶活性2倍以上。将这41种化合物进行第2轮剂量依赖性测试,得到2种化合物:逆转素(Reversine)、SCH58261。进一步验证发现:Reversine在瞬时转染HBV1.3倍体的HepG2和HepG2.2.15细胞中,能够有效降低HBV RNA、HBV DNA以及HBeAg、HBsAg的水平。结论建立了一种新型、高效的抗乙肝药物筛选细胞模型(HepG2-Pcore-Gluc),利用该模型筛选到一种新型分子Reversine,该分子可以通过抑制HBV核心启动子的转录活性来抑制HBV RNA的转录。

关键词：逆转素乙型肝炎病毒核心启动子细胞模型药物筛选

二花脸猪linc-NORFA核心启动子鉴定与转录调控分析

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中国农业科学 2021年第15期54卷 3331-3342页

作者：杜星曾强刘禄李琦琦杨柳潘增祥李齐发南京农业大学动物科技学院

【目的】前期研究证实linc-NORFA作为母猪繁殖性状候选基因参与调控卵泡闭锁与卵泡颗粒细胞凋亡过程,进一步鉴定二花脸猪linc-NORFA核心启动子并分析其转录调控机制,为解析linc-NORFA介导猪卵泡闭锁的分子机制奠定理论基础并提供新的研... 详细信息

【目的】前期研究证实linc-NORFA作为母猪繁殖性状候选基因参与调控卵泡闭锁与卵泡颗粒细胞凋亡过程,进一步鉴定二花脸猪linc-NORFA核心启动子并分析其转录调控机制,为解析linc-NORFA介导猪卵泡闭锁的分子机制奠定理论基础并提供新的研究思路。【方法】采集二花脸猪耳组织样品并提取基因组DNA,利用PCR扩增和测序技术获得二花脸猪linc-NORFA5′调控区序列;通过构建缺失表达荧光报告载体并利用荧光素酶活性试验鉴定二花脸猪linc-NORFA核心启动子;利用生物信息学分析二花脸猪linc-NORFA核心启动子区序列特征与潜在的转录因子结合位点;构建猪FOXO1真核生物表达载体并进一步采用Western blot、qRT-PCR以及荧光素酶活性试验分析转录因子FOXO1过表达对二花脸猪linc-NORFA转录的影响;利用染色质免疫沉淀(ChIP)技术鉴定转录因子FOXO1与二花脸猪linc-NORFA核心启动子区的结合能力。【结果】通过克隆测序与序列拼接共获得二花脸猪linc-NORFA 5′调控区序列1 734 bp,其中包含两个潜在的CpG岛;利用荧光素酶活性试验证实linc-NORFA核心启动子位于-988—-684 bp(转录起始位点作为+1),生物信息学分析表明二花脸猪linc-NORFA核心启动子上包含多个转录因子的结合元件,例如ESR2、FOXO1、E2F1、BRCA1以及NFIC等;另外,ChIP试验还证实在猪卵巢颗粒细胞中FOXO1作为转录因子直接靶向结合在linc-NORFA的核心启动子区;进一步通过试验证实FOXO1过表达可显著下调linc-NORFA核心启动子区活性(P核心启动子区,同时证实FOXO1作为转录因子能够与linc-NORFA核心启动子区特异性结合,进而抑制后者的转录活性与表达。研究结果对探究linc-NORFA在猪卵泡闭锁过程中显著下调的分子机制具有重要意义。

关键词：二花脸猪卵巢颗粒细胞 Linc-NORFA 核心启动子转录调控

一种检测乙型肝炎病毒核心启动子区nt1758-1777缺失突变新方法的建立

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解放军医学杂志 2016年第3期41卷 189-194页

作者：粘学渊许智慧刘妍李晓东陈建宏秦雅群廖昊徐东平北京大学解放军302医院教学医院临床研究管理中心北京100039 解放军302医院临床研究管理中心北京100039

目的建立一种新的单管巢式实时荧光PCR熔解曲线法用于快速灵敏地筛检临床乙型肝炎病毒(HBV)样本核心启动子区nt1758-1777片段缺失突变。方法通过比对分析Gen Bank收录的HBV基因序列,设计通用巢式PCR引物,建立优化方法体系;对340例慢性... 详细信息

目的建立一种新的单管巢式实时荧光PCR熔解曲线法用于快速灵敏地筛检临床乙型肝炎病毒(HBV)样本核心启动子区nt1758-1777片段缺失突变。方法通过比对分析Gen Bank收录的HBV基因序列,设计通用巢式PCR引物,建立优化方法体系;对340例慢性乙型肝炎患者血清HBV CP区进行扩增,产物直接测序,并随机选择50例样本进行克隆测序,分析nt1758-1777缺失突变检出率。野生型和缺失型标准质粒来自于单克隆测序样本,并对两种标准质粒及克隆检测样本进行荧光定量PCR扩增,获得熔解曲线及熔解温度,得到熔解曲线的阳性标准。用新建立的方法对340份样本进行检测,并用焦磷酸测序加以验证。结果直接测序法检出16例(4.7%)阳性样本。标准质粒及克隆检测样本中缺失序列比例≥15%的样品,其熔解温度(Tm)≥88.3℃,遂将≥88.3℃作为新方法的阳性标准。用新方法检出47例(13.8%)阳性样本,其中用焦磷酸测序验证缺失突变比例≥1.0%的样本38例,<1.0%的样本9例;15份阴性样本缺失突变比例均<1.0%。用焦磷酸测序验证缺失突变比例1.0%作为阳性阈值,新方法对nt1758-1777缺失检测的阳性符合率为80.9%,阴性符合率为100%,两种方法的一致性Kappa值为0.671。结论与直接测序法相比,新方法可显著提高nt1758-1777缺失检出率,结合焦磷酸测序证实,可有效提高检测的准确性和经济性。该方法对建立HBV其他缺失突变的检测方法也可提供借鉴。

关键词：乙型肝炎病毒核心启动子基因缺失熔解曲线焦磷酸测序

HBsAg阳性母亲HBV核心启动子突变与宫内传播的关系

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中华流行病学杂志 2020年第6期41卷 902-907页

作者：武佳欣杨志清张睿君李雁笛赵甜静扆琳珠冯永亮丰淑英汪波王素萍山西医科大学流行病学教研室太原030001 山西省太原市第三人民医院妇产科 030001

目的分析HBV为C基因型的HBsAg阳性母亲核心启动子(BCP)区突变与宫内传播的关系。方法2011年6月至2013年7月太原市第三人民医院妇产科HBsAg阳性母亲及新生儿399对。收集一般人口学资料,采用荧光定量PCR和电化学发光法分别检测母婴血清HBV... 详细信息

目的分析HBV为C基因型的HBsAg阳性母亲核心启动子(BCP)区突变与宫内传播的关系。方法2011年6月至2013年7月太原市第三人民医院妇产科HBsAg阳性母亲及新生儿399对。收集一般人口学资料,采用荧光定量PCR和电化学发光法分别检测母婴血清HBV DNA及HBV血清学标志物。选择HBV DNA载量≥106 IU/ml的113例母亲为研究对象,其新生儿发生宫内传播的22例为宫内传播组,随机选取其中22例未发生宫内传播者作为对照组,母亲HBV DNA经提取、扩增、克隆、测序和序列编辑及剪接后与从NCBI下载的标准序列比对进行基因分型,最终选择C基因型的39例母亲进行突变分析。结果HBV为C基因型(88.63%)的母亲共39例,其中宫内传播组19例,对照组20例。母亲A1762T/G1764A双突变率在两组差异显著(7.53%vs.27.72%,P<0.001)。非条件logistic回归分析显示A1762T/G1764A双突变可能是宫内传播的保护因素(aOR=0.065,95%CI:0.006~0.746,P=0.028)。母亲A1762T/G1764A双突变可能与新生儿HBeAg水平有关(P=0.050)。结论HBV C基因型的HBsAg阳性母亲HBV DNA BCP区A1762T/G1764A双突变可能降低HBV宫内传播的风险。

关键词：乙型肝炎病毒宫内传播核心启动子 HBs抗原 HBe抗原 A1762T/G1764A

HBV核心启动子突变与临床表现及病毒复制的关系

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中华实验和临床病毒学杂志 2005年第1期19卷 25-27页

作者：戴二黑刘恒军宋亚军陈翠英杨瑞馥石家庄市第五医院中心实验室 050021 军事医学科学院微生物流行病研究所

目的　探讨HBV核心启动子nt176 2～ 176 4突变与肝病严重性的关系以及对e系统状态和病毒复制的影响。方法　采用半套式突变特异PCR (msPCR)技术检测 97例各型肝病患者血清nt 176 2～ 176 4突变株的感染状况。结果　经测序和扩增产物电... 详细信息

目的　探讨HBV核心启动子nt176 2～ 176 4突变与肝病严重性的关系以及对e系统状态和病毒复制的影响。方法　采用半套式突变特异PCR (msPCR)技术检测 97例各型肝病患者血清nt 176 2～ 176 4突变株的感染状况。结果　经测序和扩增产物电泳证实 ,采用我们设计的引物建立的msPCR方法检测HBV感染者血清nt 176 2～ 176 4突变株和野生株的特异性强 ,方法可靠。急性肝炎、慢性肝炎轻度、中度、重度及肝硬化患者nt176 2～ 176 4突变株感染比例分别为 2 5、7 4 3、10 31、1 3和7 15 ,肝硬化患者nt 176 2～ 176 4突变株感染率显著高于慢性肝炎轻度患者 (P <0 .0 2 5 )。在 92例慢性HBV感染者中 ,野生株 (2 5 92 )、突变株 (42 92 )和混合感染者 (2 5 92 )血清HBeAg阳性率分别为80.0 %、5 6 0 %和 6 4.3% ;HBVDNA含量分别为 (4.4± 8.5 )× 10.8、(1.1± 1.36 )× 10.9和 (1.4± 1.8)× 10.9拷贝 ml;ALT异常率分别为 4 4.0 %、5 2.0 %和 4 2.6 % ;ALT水平分别为 (5 8.6± 79.0 )、(5 7.1± 75.2 )和(6 2 .6± 90.3)IU L ,以上各组之间比较差异无统计学意义。结论　msPCR技术检测nt176 2～ 176 4突变灵敏特异。nt176 2～ 176 4突变与肝病严重性有密切关系 ,这种相关性与突变株的e系统状态、高病毒复制无任何关?

关键词：突变株病毒复制核心启动子 HBV 血清轻度 e系统扩增产物混合感染引物

乙型肝炎病毒基本核心启动子及前C区突变与基因型的关系

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中华微生物学和免疫学杂志 2004年第6期24卷 421-425页

作者：房继莲魏来李若冰丛旭许军 Erwin Sablon 孙焱王豪王宇北京大学人民医院北京大学肝病研究所 Hepatitis Diagnostics Program Innogenetic N.V.Belgium

目的　探讨乙型肝炎病毒 (HBV)基本核心启动子 (BCP)及前C区突变与基因型之间的关系。方法　随机选取 113例慢性HBV感染者外周血 ,采用INNO LiPA法测定BCPT176 2 A176 4双突变及前C区A1896突变 ,测定HBVS基因序列明确基因型。结果　在... 详细信息

目的　探讨乙型肝炎病毒 (HBV)基本核心启动子 (BCP)及前C区突变与基因型之间的关系。方法　随机选取 113例慢性HBV感染者外周血 ,采用INNO LiPA法测定BCPT176 2 A176 4双突变及前C区A1896突变 ,测定HBVS基因序列明确基因型。结果　在C基因型感染者中BCPT176 2 A176 4双突变率明显高于B基因型感染者 ,差异有显著性 (34.2 %∶10 % ,χ2 =6 .74 ,P 0 .0 5 )。结论　与B基因型相比 ,C基因型感染者更易发生BCPT176 2 A176 4双突变。

关键词：乙型肝炎病毒核心启动子前C区突变基因型 HBV 前C基因 BCP