检索结果-南通市图书馆

NuA4结合核小体的结构揭示核小体组蛋白H4乙酰化机理

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

科学通报 2022年第35期67卷 4149-4151页

作者：瞿珂珂陈柱成清华大学生命科学学院北京100084

脱氧核糖核酸DNA携带遗传密码.真核生物的DNA缠绕组蛋白八聚体1.7圈形成核小体——染色体的基本组成单位.组蛋白H4的N端尾巴与邻近的核小体相互作用,促进染色体高级结构的形成以及异染色质沉默[1,2].核小体组装和异染色质形成阻碍了解码... 详细信息

脱氧核糖核酸DNA携带遗传密码.真核生物的DNA缠绕组蛋白八聚体1.7圈形成核小体——染色体的基本组成单位.组蛋白H4的N端尾巴与邻近的核小体相互作用,促进染色体高级结构的形成以及异染色质沉默[1,2].核小体组装和异染色质形成阻碍了解码DNA的遗传信息[3].生物体进化出了一系列的机制,常称为表观遗传机制,以克服核小体的阻碍.

关键词：核小体异染色质组蛋白八聚体遗传密码遗传信息真核生物 N端基本组成单位

RING型E3酶泛素化核小体组蛋白的化学机制

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国科学：化学 2023年第8期53卷 1455-1471页

作者：石强童泽彬邓智亨徐子昱艾华松刘扬刘磊清华大学化学系生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室北京100084

细胞内存在多种E3酶对核小体上不同赖氨酸位点进行选择性的泛素化,继而招募下游效应蛋白参与调控不同的细胞进程,如转录激活、基因沉默、DNA损伤修复等.近年来,复杂翻译后修饰蛋白质与其复合体化学合成技术的发展,及冷冻电子显微镜、核... 详细信息

细胞内存在多种E3酶对核小体上不同赖氨酸位点进行选择性的泛素化,继而招募下游效应蛋白参与调控不同的细胞进程,如转录激活、基因沉默、DNA损伤修复等.近年来,复杂翻译后修饰蛋白质与其复合体化学合成技术的发展,及冷冻电子显微镜、核磁共振、交联质谱等生物物理技术的进步,促进了E3对核小体进行泛素化反应的化学机制的解析.本文综述了四种E3酶(PRC1、BRCA1/BARD1、RNF168和Bre1)对核小体底物进行特异性泛素化修饰的相关化学生物学、生物化学和结构生物学机制研究进展.这些E3酶均通过经典的“精氨酸锚”结合核小体酸性口袋进行定位,再借助E3酶与其他核心组蛋白以及E2酶与DNA等多价互作方式,控制E2酶的活性半胱氨酸朝向底物的特定泛素化位点,诱导泛素从E2酶向底物的位点特异性转移.这些研究揭示了E3酶选择性泛素化核小体的化学原理,阐明了核小体上位点特异性泛素化的生成机制,为设计药物小分子干预细胞内核小体泛素化水平及治疗相关疾病提供了结构基础.

关键词：核小体泛素化修饰 E3酶化学机制

PR-DUB复合物结构与功能解析——特异性去除核小体H2AK119泛素化的分子机理

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国科学:生命科学 2023年第9期53卷 1324-1326页

作者：王倪吴旭东天津医科大学基础医学院细胞生物学系天津市医学表观遗传学重点实验室天津300070

细胞类型特异的染色质状态对基因表达程序有非常重要的影响.多梳家族蛋白(polycomb group,PcG)介导的转录抑制性染色质状态是一种重要的表观遗传调控机制,精细调控发育基因的正确时空表达和细胞的命运决定,其失调导致肿瘤等多种疾病[1].... 详细信息

细胞类型特异的染色质状态对基因表达程序有非常重要的影响.多梳家族蛋白(polycomb group,PcG)介导的转录抑制性染色质状态是一种重要的表观遗传调控机制,精细调控发育基因的正确时空表达和细胞的命运决定,其失调导致肿瘤等多种疾病[1].PcG蛋白往往形成复合物调控组蛋白修饰,其中PRC1催化H2AK119单泛素化(H2AK119ub1),PRC2催化H3K27甲基化(H3K27me),PR-DUB去除H2AK119ub1[2].

关键词：性染色质 DUB 功能解析细胞类型转录抑制核小体组蛋白修饰基因表达

核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物化学与生物物理进展 2013年第11期40卷 1088-1099页

作者：刘宏德罗坤马昕翟金城谢建明孙啸万亚坤东南大学生物电子学国家重点实验室南京210096 新疆医科大学第一附属医院神经外科循证医学研究所 830054 南京审计学院金审学院 211815 东南大学生命科学研究院南京210096

染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连.核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体位置、DNA的... 详细信息

染色质是真核DNA的存在方式,可以通过影响DNA的可及性调节基因转录,其基本单元为核小体,系由约147 bp的DNA缠绕在组蛋白八联体上形成的结构,核小体之间以连接DNA相连.核小体组蛋白上能发生甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体位置、DNA的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之间的长程相互作用有重要影响.近年,基于高通量测序技术,核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定.结果显示,这些标记的分布模式具有位点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征.本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应生物学功能、修饰之间的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容.该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机制有重要意义.

关键词：染色质核小体组蛋白修饰分布模式高通量DNA测序

PAD4催化组蛋白瓜氨酸化对核小体结构的影响

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

PAD4催化组蛋白瓜氨酸化对核小体结构的影响

作者：尹思文河南大学

学位级别：硕士

中性粒细胞是机体防御体外微生物入侵的主要参与者之一,在先天免疫反应中起着重要作用。研究发现中性粒细胞可通过释放中性粒细胞胞外诱捕网(Neutrophil Extracellular Traps,NETs)参与清除入侵的病原体及外来微生物。关于NETs形成的具... 详细信息

中性粒细胞是机体防御体外微生物入侵的主要参与者之一,在先天免疫反应中起着重要作用。研究发现中性粒细胞可通过释放中性粒细胞胞外诱捕网(Neutrophil Extracellular Traps,NETs)参与清除入侵的病原体及外来微生物。关于NETs形成的具体机制目前仍存在争议,近年的研究认为PAD4催化的组蛋白瓜氨酸化对NETs的形成是至关重要的。大量研究指出NETs在炎症损伤、血栓形成甚至肿瘤转移中发挥着“双刃剑”的作用,越来越多的研究致力于消除NETs在疾病进程中的负面影响。染色质结构的解析是阐明染色质动力学在基因表达的表观遗传调控中的作用的关键。天然的染色质纤维在核内或从核中分离出来的结构是一个规则的螺旋状核小体多聚体,直径约30 nm,每11 nm约堆积6-7个核小体。核小体可以线性地排列在带有弯曲连接物DNA的螺线管型螺旋中,或者以来回之字形排列在由相对直的DNA连接物连接的两个起始堆叠的核小体中。然而,核小体核心颗粒(NCP)在串珠式核小体阵列中如何相互作用形成紧缩型30 nm染色质纤维的具体调节机制仍未研究清楚。PAD4(肽酰基精氨酸脱亚胺酶4),最先发现于HL-60细胞中,是一种Ca依赖的蛋白修饰酶,在2004年Wang等人详细阐明了PAD4的催化机理,可将肽酰精氨酸残基转变为肽酰瓜氨酸残基。组蛋白H3的N端非DNA结合区具有多个精氨酸残基暴露,PAD4可通过催化组蛋白H3的精氨酸瓜氨酸化修饰使得染色质解聚促进NETs产生。通过PAD4介导中性粒细胞组蛋白瓜氨酸化,使染色质解聚,从而促进NETs的形成。本研究在原核表达系统中表达组蛋白,仅使用一个原核表达载体同时表达组蛋白H2A、H2B、H3和H4。在组蛋白H2A和H4的N端依次加入His6-Tag和Thrombin蛋白酶切位点。鉴于组蛋白H2A-H2B和H3-H4之间的相互作用特性,使用镍柱亲和纯化一次便可得到四种组蛋白,在组蛋白纯化后使用Thrombin蛋白酶切除His-Tag。将Widom601序列合成于p UC57载体,通过PCR扩增获得197 bp的组装DNA序列。将纯化后His-Tag切除的四种组蛋白与组装DNA混合于2 M的Na Cl溶液中,4℃低温环境下,通过盐密度梯度透析方法,逐级将Na Cl溶液的浓度降低至0.2 M,在体外组装核小体。使用native-PAGE电泳和EMSA检测组装核小体,核小体DNA较游离的DNA具有明显的迁移滞后性,显示在体外成功组装核小体。使用原核表达载体p Cold I表达PAD4蛋白,并检测酶活性,在体外将PAD4与组蛋白共孵育使组蛋白瓜氨酸化。通过盐密度梯度透析方法体外组装瓜氨酸化核小体,使用原子力显微镜(AFM)对瓜氨酸化核小体和非瓜氨酸化核小体形态结构进行表征,瓜氨酸化核小体结构松散,致密性降低。荧光共振能量转移(FRET)和荧光热漂移(FTS)分别检测不同盐离子浓度和不同温度条件下两种核小体的稳定性,荧光共振能量转移结果表明瓜氨酸化核小体较非瓜氨酸化核小体特定位点DNA的线性距离上更长,可影响染色质丝致密度降低;荧光热漂移实验结果表明瓜氨酸化组蛋白八聚体稳定性更低;以上实验表明瓜氨酸化核小体致密性降低,更容易解聚。提取PAD4的4T1细胞系中染色质,并在体外与PAD4共孵育制备瓜氨酸化染色质,使用透射电镜检测瓜氨酸化染色质和非瓜氨酸化染色质的形态结构,结果表明瓜氨酸化后核小体堆积程度低,染色质结构更加松散。综上所述,PAD4将核小体中组蛋白瓜氨酸化导致组蛋白八聚体稳定性降低,核小体堆积程度降低,从而使染色质结构松散导致染色质解聚,使中性粒细胞释放解聚的染色质形成网状染色质丝,即形成NETs。因此,PAD4催化的组蛋白瓜氨酸化对NETs形成至关重要。

关键词： PAD4 中性粒细胞 NETs 组蛋白核小体瓜氨酸化

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

卷积神经网络在核小体定位识别中的应用

哈尔滨工程大学学报 2021年第5期42卷 751-758页

作者：崔颖施丹丹徐泽龙张兆功李建中哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院黑龙江哈尔滨150086 黑龙江大学计算机科学与技术学院黑龙江哈尔滨150080

为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行... 详细信息

为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。

关键词：计算生物学卷积神经网络 Z曲线理论核小体 DNA序列连接区

核小体重塑与去乙酰化酶复合物在γ珠蛋白调控中作用的研究进展

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

国际输血及血液学杂志 2022年第5期45卷 449-454页

作者：李静赖永榕广西医科大学第一附属医院血液科南宁530000

核小体重塑与去乙酰化酶(NuRD)复合物是同时具有组蛋白去乙酰化和染色质重塑活性的独特复合物, 在转录调节和DNA损伤修复过程中发挥重要功能。近年研究发现, NuRD复合物在γ珠蛋白的调控中, 亦发挥重要作用。NuRD复合物中的多个亚基, ... 详细信息

核小体重塑与去乙酰化酶(NuRD)复合物是同时具有组蛋白去乙酰化和染色质重塑活性的独特复合物, 在转录调节和DNA损伤修复过程中发挥重要功能。近年研究发现, NuRD复合物在γ珠蛋白的调控中, 亦发挥重要作用。NuRD复合物中的多个亚基, 如染色质螺旋酶DNA结合蛋白(CHD)、甲基化CpG结合蛋白(MBD)、GATA锌指结合域蛋白(GATAD)2、组蛋白去乙酰化酶(HDAC)1/2, 以及转移相关蛋白(MTA)亚基等, 通过不同机制参与沉默γ珠蛋白表达, 并且NuRD复合物与其他调控γ珠蛋白表达的转录因子之间亦有相互作用。基于提升γ珠蛋白的表达是治疗β血红蛋白病的策略之一, 笔者拟就NuRD复合物及其亚基在γ珠蛋白表达调控中的具体机制的研究进展进行综述, 旨在为治疗β血红蛋白病寻找新的分子调控靶点提供参考。

关键词：核小体 Mi-2核小体重塑与去乙酰化酶复合物珠蛋白类基因表达调控 β地中海贫血贫血镰状细胞性

基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物医学工程学杂志 2020年第3期37卷 496-501页

作者：崔颖徐泽龙李建中黑龙江大学电子工程学院哈尔滨150080 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院哈尔滨150001

本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计... 详细信息

本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计算候选核小体序列和连接序列到模型CSeqFM的欧氏距离作为特征集,投入到支持向量机(SVM)中训练和检验,通过十折交叉验证进行性能评估。结果显示,酵母核小体定位的敏感性、特异性、准确率和Matthews相关系数(MCC)分别为97.1%、96.9%、94.2%和0.89,受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)达到0.980 1。与其他相关Z曲线方法比较,CSeqFM方法在各项评估指标中均表现出优势,具有更好的识别效果。同时,将CSeqFM方法推广到线虫、人类和果蝇的核小体定位识别中,AUC均高于0.90,与iNuc-STNC和iNuc-PseKNC方法比较,CSeqFM方法也表现出较好的稳定性和有效性,进一步表明该方法具有较好的可靠性和识别效能。

关键词：序列特征支持向量机核小体 Z曲线位置权重矩阵欧氏距离

探究裂殖酵母中挤压核小体的位置结构和序列特征

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中文科技期刊数据库（全文版）自然科学 2022年第5期 50-53页

作者：郑燕内蒙古科技大学包头医学院·医学技术与麻醉学院内蒙古包头014040

基于裂殖酵母单碱基精度的核小体中心位置数据,统计分析了相邻核小体二分轴的间距,结果显示62%的核小体间存在挤压。根据挤压的位置将核小体分成了四类:标准核小体(147 bp);5’3’挤压核小体,5’挤压核小体和3’挤压核小体。然后以四类... 详细信息

基于裂殖酵母单碱基精度的核小体中心位置数据,统计分析了相邻核小体二分轴的间距,结果显示62%的核小体间存在挤压。根据挤压的位置将核小体分成了四类:标准核小体(147 bp);5’3’挤压核小体,5’挤压核小体和3’挤压核小体。然后以四类核小体序列的三核苷频率作为特征量,计算得到了四类核小体碱基对位置上的新对称相对熵的分布。结果显示四类核小体的熵分布都具有~10 bp周期性;当核小体受到挤压后三核苷使用偏好性和序列的组织性增强,且挤压后局部区域的位置发生了移动。

关键词：裂殖酵母核小体挤压新对称相对熵序列特征