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安徽省2020年柯萨奇病毒a组4型分离株全基因组序列分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2024年第3期38卷 269-278页

作者：刘以诺葛盈露杨灵康孙永史永林安徽医科大学公共卫生学院合肥230032 安徽省疾病预防控制中心安徽省公共卫生研究院安徽省医疗卫生重点专科病原微生物分子生物学实验室合肥230601

目的了解安徽省柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV... 详细信息

目的了解安徽省柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析。结果系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国内地地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30%~100%,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点。选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14%,毒株进化主要依赖重组。重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段。结论安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注。

关键词：柯萨奇病毒a组4型全基因组系统进化分析

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柯萨奇病毒a组4型分离株全基因序列分析

中国病原生物学杂志 2021年第5期16卷 540-545页

作者：冯昌增张名许丹菡丛山日张铭润乔燕侯丁琳杨昭庆马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118

目的分析1株柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征。方法使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离。提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株... 详细信息

目的分析1株柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征。方法使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离。提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株的全基因组序列。利用MEGA7.0软件分别基于全长VP1序列和全基因组序列构建系统发育树;使用Geneious Prime 2020.1.2软件对全基因组及编码区各区段的核苷酸和氨基酸序列同源性进行分析,并对编码区氨基酸变异情况进行比较分析。结果从人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞上分离到1株CV-A4分离株,命名为R09220/YN/CHN/2009。基于全长VP1序列的系统进化分析显示,该分离株属于C2基因亚型。在全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的是CV-A4毒株CVA4/SZ/CHN/09(核苷酸为95.4%,氨基酸为98.7%)。与C2基因亚型内16株CV-A4代表株的全序列核苷酸相似性为88.4%~95.4%,氨基酸序列相似性为97.5%~98.7%。通过比较C2基因亚型内的23株CV-A4分离株的全基因组氨基酸序列,R09220/YN/CHN/2009共存在23个氨基酸变异位点,其中10个为其独有的变异位点。结论R09220/YN/CHN/2009为肠道病毒CV-A4,属于C2基因亚型,该亚型在中国大陆流行的CV-A4病毒中占据优势地位。

关键词：柯萨奇病毒a组4型全基因组系统进化分析

陕西省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒a组4型的基因特征

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病毒学报 2016年第2期32卷 145-149页

作者：王东艳徐艺张勇祝双利司源严冬梅朱晖杨倩冀天娇许文波中国疾病控制中心病毒病预防控制所卫生部医学病毒和病毒病重点实验室世界卫生组织西太平洋区脊髓灰质炎参比实验室北京102206 陕西省疾病预防控制中心西安710054

阐明从陕西省2006~2010年急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例中分离的柯萨奇病毒a组4型（Coxsackievirus A4,CV-A4）VP1编码区的基因特征,探索其在我国流行的优势基因型及其与AFP病例之间的关系。本研究通过逆转录-聚... 详细信息

阐明从陕西省2006~2010年急性弛缓性麻痹（Acute Flaccid Paralysis,AFP）病例中分离的柯萨奇病毒a组4型（Coxsackievirus A4,CV-A4）VP1编码区的基因特征,探索其在我国流行的优势基因型及其与AFP病例之间的关系。本研究通过逆转录-聚合酶链反应（Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR）对连续5年从AFP病例中分离的68株非脊灰肠道病毒（non-polio enteroviruses,NPEVs）进行分子定型,其中7株鉴定为CV-A4（7/68,10.3%）;使用特异性引物扩增CV-A4VP1编码区并进行核苷酸序列测定分析和基因进化分析,将CV-A4划分为A（基因组1）、B（基因组2）和C三个基因型,其中C基因型又划分为C1（基因组3）和C2（基因组4）两个基因亚型。中国分离的CV-A4均位于第4基因组,属于C2基因亚型,提示其可能为中国大陆CV-A4的优势基因亚型;7株陕西CV-A4毒株依据分离年代的不同位于不同的三个小进化分支里,且和来自山东和吉林两省的邻近年份的CV-A4毒株位于同一小分支,提示7株陕西CV-A4分离株和它们存在共同进化和共循环。在无脊髓灰质炎时代应进一步加强监测CV-A4在AFP病例NPEV所占的比例和动态变化。

关键词：急性弛缓性麻痹病例柯萨奇病毒a组4型亲缘关系进化树优势基因型

苏州市一起聚集性人感染柯萨奇病毒a组4型基因特征

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中华疾病控制杂志 2023年第3期27卷 363-367页

作者：董泽丰徐智慧王笛吴学飞雅雪蓉夏瑜沈强苏州市疾病预防控制中心病原微生物检验科苏州215004

目的对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase cha... 详细信息

目的对苏州市一起人呼吸道感染不明病原的聚集性疫情病例咽拭子样本进行初步病原分子鉴定,为疫情处置提供技术支撑。方法采集该起疫情病例咽拭子标本,实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(Real-time reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)方法检测可引起聚集性呼吸道感染疫情的常见病原(甲/乙型流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、冠状病毒、鼻病毒、偏肺病毒和腺病毒)核酸,同时采用FilmArray全自动医用PCR分析系统进行多病原筛查。对病例咽拭子标本进行高通量测序,并用特异性引物探针检测柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4, CV-A4)进行验证。结果该起疫情采样送检的18份咽拭子样本经Real-time RT-PCR方法检测,其中14份样本柯萨奇A4型病毒检测阳性。Real-time RT-PCR和高通量基因测序方法在病例咽拭子标本中均检出柯萨奇A4型病毒特异性基因片段。序列分析表明苏州该起疫情病毒株全基因组序列与NCBI数据库的MN964082病毒核酸一致性最高,为98.11%;VP1蛋白氨基酸序列与原型株AY421762一致性为98.03%,发现6个位点突变(T23V、A34T、S102A、A200T、I262V和Y285H)。结论 CV-A4可引起聚集性呼吸道感染疫情,对学龄儿童等免疫力较弱的人群应加强健康监测以便疫情早期处置。

关键词：实时荧光定量逆转录聚合酶链反应突变基因测序柯萨奇病毒a组4型

中国大陆地区柯萨奇病毒a组4型VP1区基因特征分析

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中国人兽共患病学报 2018年第11期34卷 1021-1025页

作者：姚学君姜仁杰管书慧刘秀兰盐城市疾病预防控制中心盐城224000

目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核... 详细信息

目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒a组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%～84.1%和92.5%～98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%～100.0%和91.5%～100.0%。结论针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。

关键词：柯萨奇病毒a组4型序列分析分子流行病学

一株分离自云南重症手足口病患者的柯萨奇病毒a组4型毒株的全基因组分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2021年第4期35卷 395-403页

作者：冯昌增张名许丹菡丛山日张光贤徐炽卢志敏杨昭庆马绍辉北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室昆明650118

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human ... 详细信息

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid,KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer,A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因,利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011,系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71,EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。

关键词：柯萨奇病毒a组4型系统进化分析重组分析

深圳地区2014年柯萨奇病毒a组4型VP1区基因特征分析

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中国人兽共患病学报 2015年第6期31卷 565-568,573页

作者：姚相杰何雅青蔡春林卓菲杨贵清深圳市疾病预防控制中心重大传染病监控实验室深圳518055 深圳市罗湖区疾病预防控制中心微生物检验科深圳518020

目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV... 详细信息

目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVAl6）、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株（AB268278）、以及台湾2008年分离株（AB571570）核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株（AB571563）、吉林2006年分离株（JQ715709）同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株（GQ253375）同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株（HQ728260）,共有6个氨基酸突变位点：N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。

关键词：疱疹性咽峡炎柯萨奇病毒a组4型 VP1序列分析亚型

柯萨奇病毒a组4型云南分离株的基因特征分析

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中国病毒病杂志 2016年第1期6卷 12-16页

作者：田子颖寸建萍李琼芬丁峥嵘赵智娴张杰田炳均云南省疾病预防控制中心昆明650022

目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute... 详细信息

目的对中国云南省6株和其他10个省(含中国台湾省)不同时间、不同来源分离的柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)VP1区基因特征进行分析。方法对云南省2014年手足口病实验室监测系统、2012年健康人群和2004年急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)监测系统中分离到的6株CV-A4病毒VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中CV-A4病毒VP1区基因参考序列和其他省CV-A4基因序列,用MEGA 5.0软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果云南6株CV-A4均为基因1型的B亚型(genotype1,subtype B)。与国内其他省毒株比较,除1998年2株山东省和2006年1株吉林省AFP分离株为基因1型的A亚型(genotype 1,subtype A),台湾省4株(AB571583、AB571584、AB571586、AB571587)为基因2型的B亚型(genotype 2,subtype B)外,其他中国分离株均为基因1型的B亚型。结论除CVA4病毒的原型株High Point(AY421762)外,国内外CV-A4病毒存在两个基因型,两个基因型又分为两个亚型,即A和B亚型;中国分离株大都为基因1型,其中又以B亚型为主。不同于EV-A71和CV-A16,CV-A4的基因型分布不是很广。

关键词：柯萨奇病毒a组4型 VP1基因基因特征分析

2019年云南省昆明市柯萨奇病毒a组4型毒株分离鉴定及其VP1基因特性分析

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中国生物制品学杂志 2022年第2期35卷 144-149,158页

作者：丛山日刘红波许丹菡张名冯昌增黄小琴孙浩杨昭庆马绍辉中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室云南昆明650118 威海市人力资源和社会保障局山东威海5323368

目的对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的VP1基因遗传特征进行分析。方法利用人横纹肌肉瘤RD细胞、人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Ver... 详细信息

目的对2019年云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者粪便中分离获得的柯萨奇病毒a组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的VP1基因遗传特征进行分析。方法利用人横纹肌肉瘤RD细胞、人胚肺二倍体KMB-17细胞和非洲绿猴肾Vero细胞分离病毒,以病毒RNA作为逆转录-聚合酶链反应(reverse transcriptionpolymerase chain reaction,RT-PCR)的模板,扩增病毒完整VP1基因,利用MEGA 6.06和Geneious 9.0.2等软件对VP1序列进行分析。结果选取8株CV-A4分离株进行分析,其完整VP1序列为915 bp,编码305个氨基酸。8株CV-A4云南分离株与CVA4/High Point/USA/1949/AF081295(简称原型株)的核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为83.4%~84.6%和97.0%~98.0%;与其他国内CV-A4参考株相比,核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为87.7%~97.0%和97.7%~99.3%。8株CV-A4云南分离株相互比对,核苷酸一致性和氨基酸同源性分别为91.0%~99.9%和97.7%~100.0%。CV-A4云南分离株与大部分中国分离株同属C2基因亚型。结论本研究中CV-A4分离株均是中国大陆地区优势流行株。

关键词：柯萨奇病毒a组4型分离鉴定 VP1序列进化分析遗传特性