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水稻加工品质数量性状基因座(QTLs)分子定位研究

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Acta Genetica Sinica 2002年第9期29卷 791-797页

作者：梅捍卫罗利军郭龙彪王一平余新桥应存山黎志康中国水稻研究所 PlantBreeding GeneticsandBiochemistryDivision

检测了Lemont/特青RI群体 2 12个株系的糙米率 (BR)、精米率 (MR)和整精米率 (HR)等 3项加工品质性状 ,利用RFLP连锁图和线性模型的复合区间作图方法 (QTLMapperV1.0 )进行QTL定位研究。群体呈连续分布 ,双向超亲现象明显 ,HR较BR、MR... 详细信息

检测了Lemont/特青RI群体 2 12个株系的糙米率 (BR)、精米率 (MR)和整精米率 (HR)等 3项加工品质性状 ,利用RFLP连锁图和线性模型的复合区间作图方法 (QTLMapperV1.0 )进行QTL定位研究。群体呈连续分布 ,双向超亲现象明显 ,HR较BR、MR变异范围更大并偏向低值方向 ;分别检测到 1个MR、4个HR主效QTL ,其中QHr6和QHr7等 2个基因座具有较大遗传效应 ;分别检测到 12对影响BR、5对影响MR、16对影响HR的上位性基因座 ,上位性效应的影响大于主效QTLs。

关键词：水稻加工品质数量性状基因座分子定位

水稻低温发芽势的遗传及数量性状基因座分析(英文)

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Acta Genetica Sinica 2006年第11期33卷 998-1006页

作者：韩龙植张媛媛乔永利曹桂兰张三元金钟焕高熙宗中国农业科学院作物科学研究所/国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程/农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081 首尔大学校农业生命科学大学农学科吉林省农业科学院水稻研究所吉林公主岭136100 韩国农村振兴厅作物科学院

利用籼粳交“密阳23/吉冷1号”的F2:3代200个家系作为作图群体,在14℃条件下鉴定萌发7d、11d、14d和17d时低温发芽势,并利用由SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对不同萌发阶段的低温发芽势进行了数量性状基因座(QTLs)检测,同时进行了... 详细信息

利用籼粳交“密阳23/吉冷1号”的F2:3代200个家系作为作图群体,在14℃条件下鉴定萌发7d、11d、14d和17d时低温发芽势,并利用由SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对不同萌发阶段的低温发芽势进行了数量性状基因座(QTLs)检测,同时进行了低温发芽势与其他耐冷性状间的相关分析。结果表明,萌发7d时低温发芽势及其低温反应指数呈现向低发芽势和低的低温反应指数的偏态分布,而萌发11d、14d和17d时低温发芽势及其低温反应指数均呈现接近正态的单峰连续分布。萌发14d时低温发芽势与其他耐冷性的相关性较萌发7d、11d和17d时低温发芽势更为密切,与芽期耐冷性、幼苗期耐冷性、低温下幼苗生长能力和孕穗期耐冷性表现为显著或极显著的正相关。位于第2染色体RM29-RM262区间的qLVG2和第7染色体RM336-RM118区间的qLVG7-2、qCIVG7-2在萌发11d、14d和17d时均检测到;位于RM29-RM262区间的qCIVG2在萌发11d和14d时均检测到,并对表型变异的贡献率随着萌发进程而逐渐增加。与低温发芽势相关的qLVG2贡献率从6.9%增加到14.2%,qLVG7-2贡献率从9.9%增加到11.2%,而与发芽势的低温反应指数相关的qCIVG2贡献率从6.3%增加到9.0%,qCIVG7-2贡献率从8.3%增加12.9%。这些QTL的增效等位基因均来自强耐冷亲本吉冷1号,基因作用方式主要为部分显性。

关键词：水稻低温发芽势低温反应指数遗传相关性数量性状基因座

碱胁迫下粳稻幼苗前期耐碱性的数量性状基因座检测

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作物学报 2009年第2期35卷 301-308页

作者：祁栋灵郭桂珍李明哲杨春刚张俊国曹桂兰张三元徐锡哲周庆阳韩龙植中国农业科学院作物科学研究所国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081 中国热带农业科学院橡胶研究所/农业部热带作物栽培生理学重点开放实验室海南儋州571737 吉林省农业科学院水稻研究所吉林公主岭136100 韩国农村振兴厅农业生命工学研究院韩国水原441-707 四川农业大学园艺系四川雅安625014

以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测... 详细信息

以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测。结果表明,上述性状在F3家系群中均表现为具有1～2个峰的连续分布,认为由主效基因和微效基因共同控制的数量性状。共检测到与碱胁迫下幼苗前期根数、根长和苗高及其相对碱害率相关的QTL26个,分布于第1、5、6、7、8、9和11染色体上。其中,碱胁迫下与根数相关的QTL4个,qRN6-1和qRN11对表型变异的解释率较大,分别为29.91%和13.42%;与根数相对碱害率相关的QTL5个,qRRN11-2对表型变异的解释率较大,为23.86%;与根长相关的QTL6个,qRRL11-2对表型变异的解释率较大,为21.06%;与根长相对碱害率相关的QTL2个,但对表型变异的解释率均较低;与苗高相关的QTL5个,qSH1和qSH11-2对表型变异的解释率较大,分别为15.81%和16.53%;与苗高相对碱害率相关的QTL4个,qRSH5和qRSH6-2对表型变异的解释率分别为29.89%和34.63%。而这些解释率较大的QTL所处的标记区间距离,除qRN6-1相对较小(19.0cM)外,其余QTL的标记区间距离均大于26.3cM,需作进一步的精细定位。在所检测到的QTL中,13个QTL的增效等位基因均来自耐碱亲本长白9号,而其余QTL的增效等位基因来自敏碱亲本高产106;基因的主要作用方式为超显性或部分显性。

关键词：水稻幼苗前期耐碱性微卫星标记数量性状基因座

拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因

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畜牧兽医学报 2020年第7期51卷 1515-1524页

作者：欧阳峰正王立刚岳静伟颜华张龙超侯欣华刘欣王立贤中国农业科学院北京畜牧兽医研究所农业部动物遗传育种与繁殖(家禽)重点实验室北京100193

旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcal... 详细信息

旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model,MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test,PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25358001~26696400 bp处(CNVR1)和54087201~54090000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。

关键词：大白×民猪F2代猪群体拷贝数变异数量性状基因座体高全基因组关联分析

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粳稻米碱消值的数量性状基因座检测

作物学报 2010年第1期36卷 115-120页

作者：黎毛毛徐磊任军芳曹桂兰余丽琴贺浩华韩龙植高熙宗中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程/农业部作物种质资源利用重点开放实验室北京100081 江西农业大学农学院江西南昌330045 江西省农业科学院水稻研究所江西南昌330200 首尔大学校农业生命科学大学农学科

利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数... 详细信息

利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与碱消值相关的QTL3个,qADV3、qADV5和qADV11,分别位于第3、第5和第11染色体的RM14870～RM1284、RM3838～RM3351和RM1812～RM332区间,对表型变异的解释率分别为6.5%、10.3%和8.1%。qADV5的增效等位基因来自碱消值较小的亲本XL005,qADV3和qADV11的增效等位基因来自碱消值较大的亲本DL115;基因作用方式表现为显性或超显性。

关键词：粳稻碱消值 SSR标记数量性状基因座

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粳稻粒形性状的数量性状基因座检测

中国农业科学 2009年第7期42卷 2255-2261页

作者：黎毛毛徐磊任军芳曹桂兰余丽琴贺浩华韩龙植高熙宗中国农业科学院作物科学研究所/国家农作物基因资源与基因改良重大科学工程/农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室江西农业大学农学院江西省农业科学院水稻研究所首尔大学校农业生命科学大学农学科

【目的】通过对粳稻粒形性状的QTL检测,为粳稻粒形性状相关QTL的精细定位和分子标记辅助选择育种提供理论依据。【方法】利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2代200个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比... 详细信息

【目的】通过对粳稻粒形性状的QTL检测,为粳稻粒形性状相关QTL的精细定位和分子标记辅助选择育种提供理论依据。【方法】利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2代200个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用复合区间作图法,利用SSR标记对上述粒形性状进行数量性状基因座检测。【结果】上述粒形性状在F2群体均呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与粒形性状相关的QTL16个,分布于第2、3、5和12染色体上。其中qGL3a、qGW2、qGW5、qGT2、qRLW2、qRLW3、qGWT2和qGWT3对表型变异的贡献率分别为15.42%、40.89%、13.54%、33.43%、13.82%、13.61%、12.51%和10.1%,为主效QTL。其中,qGW2、qGT2、qRLW2和qGWT2均位于第2染色体上的RM12776-RM324区间。在所检测到的16个QTL中,4个QTL的增效等位基因来源于小粒亲本XL005,而其余QTL的增效等位基因均来源于大粒亲本DL115。基因作用方式主要表现为加性或部分显性。【结论】粳稻粒形性状是由多基因控制的数量性状。第2染色体RM12776-RM324区间是分别与粒宽、粒厚、长宽比和千粒重相关的4个主效QTL的共同标记区间,与其相邻的2个标记(RM12776和RM324)应在分子标记辅助选择育种中探讨其利用价值。大粒亲本对稻谷粒长、粒宽、粒厚和千粒重等性状的增效作用显著。

关键词：粳稻粒形性状微卫星标记数量性状基因座基因作用

利用重组自交系群体检测水稻耐铝毒数量性状基因座

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作物学报 2005年第5期31卷 560-564页

作者：薛永江玲张文伟王春明马建锋万建民翟虎渠吉村醇南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室香川大学农学部中国农业科学院作物科学研究所北京100081 中国农业科学院作物科学研究所日本国立九州大学农学部

利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTL... 详细信息

利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTLs ,分别位于第1、5、8、9和11染色体上,各个QTL的贡献率在8 6 4 %～18 6 0 %之间,其中,位于第5、8和11染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本DV85 ,位于第1和9染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本Kinmaze。结合前人研究结果,讨论了稳定表达的耐铝毒基因座,为进一步开展水稻耐铝毒分子标记辅助选择育种和耐铝毒基因的图位克隆奠定了基础。

关键词：水稻耐铝性重组自交系群体数量性状基因座

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数量性状基因座(QTL)定位的研究进展

渝州大学学报（自然科学版） 2002年第3期19卷 8-13页

作者：李宏重庆工商大学包装与食品工程系重庆400033

对数量性状基因座 (QTL)的几种主要定位方法的统计学原理进行了综述 ,总结了每种方法的优缺点及其发展动态 ,特别是对新发展的多区间作图和多性状作图进行了较详细的介绍。

关键词：研究进展数量性状基因座基因定位分子标记遗传图谱多区间作图多性状作图

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水稻种子休眠性数量性状基因座的定位与分析

水稻种子休眠性数量性状基因座的定位与分析

作者：唐九友南京农业大学

学位级别：硕士

水稻种子休眠性是一个重要的农艺性状，培育适度休眠性的优良品种，对水稻生产尤为重要。本研究利用一个重组自交系群体在全基因组范围内对水稻种子休眠性QTL进行了检测，并进一步分析了各QTL对干热破除休眠处理的响应，以期找到效应值... 详细信息

水稻种子休眠性是一个重要的农艺性状，培育适度休眠性的优良品种，对水稻生产尤为重要。本研究利用一个重组自交系群体在全基因组范围内对水稻种子休眠性QTL进行了检测，并进一步分析了各QTL对干热破除休眠处理的响应，以期找到效应值高且易于被干热处理解除的休眠性QTL，为利用分子标记辅助选择(marker-assisted selection，MAS)培育适宜休眠性的优良品种提供理论依据。同时本研究对水稻品种N22的种子休眠性进行了QTL分析，考虑到QTL的检测受环境及G×E互作的影响，以N22为亲本之一分别构建了三个分离群体，并基于SSR标记构建的三套连锁图谱进行了QTL比较定位。结果如下： 1、水稻种子休眠性QTL定位及其对干热处理的响应利用Kinmaze(粳稻)／DV85(籼稻)杂交组合衍生的重组自交F家系(Recombinant Inbred Lines，RILs)进行了种子休眠性QTL的检测和遗传效应分析。以抽穗后35d的种子发芽率作为休眠性的表型值，分析亲本和81个家系的休眠性表现，采用区间作图法，在全基因组范围内共检测到4个种子休眠性QTL，分别位于第2、5、11染色体上，其中第2染色体存在2个QTL，各QTL的贡献率介于8.37％-17.40％之间。进一步研究了这些休眠性基因位点对干热破除休眠处理的响应，结果表明，来自DV85增强休眠性的QTL位点qDOR-2-1和qDOR-5，以及来自Kinmaze增强休眠性的QTL位点qDOR-11，易被干热处理破除休眠，这3个QTL效应较强，可在种子休眠性状的遗传改良中加以利用;而位于第2染色体上标记XNpb227-XNpb132之间的QTL位点qDOR-2-2却不易被干热处理破除休眠，该位点增强休眠性的基因来自DV85。 2、利用水稻品种N22组建的三个分离群体定位种子休眠性QTL 籼型水稻品种N22具有极强的种子休眠性，遗传学分析表明该品种的休眠性由1或2个主效基因控制，同时受到一些修饰基因的调节，但有关这些基因的染色体定位未见报道。本研究利用SSR标记，基于两个BCF群体：南粳35／N22／／南粳35、USSR5／N22／／USSR5，和一个F群体：USSR5／N22构建了三套遗传图谱，进而对水稻种子休眠性进行了QTL定位分析。结果在1、3、5、7及11染色体上共检测到5个学位论文水稻种子休眠性数量性状基因座的定位与分析主效休眠性QTL，分别命名为qs为乞一了、qsdNj一3、q.，力2一J、q&办2一7、qs力i一I了。除qs动Vj一了外，其他四个来自N22的QTL位点增强种子休眠性。qsdn一I在三个群体中同时检测到，且效应值相对较高，表达较为稳定，可望用于杭穗发芽品种的标记辅助选择 (marker一assisted Seleetion，MAs)分子育种中。位点叮s动1一万和叮吕办2一11分别在不同的两个群体检测到，且其效应因环境及遗传组成的改变而差异显著;而qsdNj一了和 qsd)，一7仅在一个群体中检测到，这两个位点的表达具有组合特异性。同时基于F:群体定位的结果对QTL的显性效应进行了估计，表明N22种子休眠性基因为不完全显性。关键词水稻;种子休眠性;数量性状基因座;干热处理;基因定位

关键词：水稻种子休眠性数量性状基因座干热处理基因定位