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小麦NBS-LRR类抗病基因同源序列的分离与鉴定

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分子细胞生物学报 2006年第2期39卷 91-96页

作者：黄萱徐子勤陈立余王健西北大学省级生物技术重点实验室西安710069

根据已知植物抗病基因的保守区域设计引物,从抗锈病小麦品种西农88基因组DNA扩增出3条与植物抗病基因同源的序列,分别为WRGA1、WRGA2和WRGA14。这三条同源片段均含有典型的NBS-LRR类抗病基因所拥有的保守性结构域Kinase-2a、Kinase-3a... 详细信息

根据已知植物抗病基因的保守区域设计引物,从抗锈病小麦品种西农88基因组DNA扩增出3条与植物抗病基因同源的序列,分别为WRGA1、WRGA2和WRGA14。这三条同源片段均含有典型的NBS-LRR类抗病基因所拥有的保守性结构域Kinase-2a、Kinase-3a和疏水结构域(HD)．它们与部分已知NBS-LRR类抗病基因的氨基酸序列同源性为46．0%-9．9%,三个片段间在氨基酸水平上的同源性为80．7%-56．8%。Northern杂交表明WRGA1在小麦中受水杨酸正调控,属诱导型表达。

关键词：小麦 NBS—LRR 同源克隆技术抗病基因同源序列水杨酸

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水稻抗病基因同源序列与抗瘟性的关系

中国水稻科学 2008年第2期22卷 183-189页

作者：陈于敏范成明杨妍何月秋云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室云南省农业科学院农业经济与信息研究所云南昆明650205

利用11对抗病基因同源序列(RGA)引物扩增43个水稻品种的DNA片段和接种33个稻瘟菌株测定它们的抗病性。结果表明,抗病性聚类结果与DNA扩增条带聚类结果基本一致,两者相关系数达0.6117(α=0.01),即利用RGA分析品种的抗病性具有很好的代表... 详细信息

利用11对抗病基因同源序列(RGA)引物扩增43个水稻品种的DNA片段和接种33个稻瘟菌株测定它们的抗病性。结果表明,抗病性聚类结果与DNA扩增条带聚类结果基本一致,两者相关系数达0.6117(α=0.01),即利用RGA分析品种的抗病性具有很好的代表性,但相关性在引物间不同,从0.1701到0.5305。结合多态性分析,5对引物S1/AS3、S1INV/S2 INV、XLRR For/XLRR Rev、Pto-Kin 1 IN/Pto-Kin 2 IN、NLRR For/NLRR Rev可用于水稻品种的抗稻瘟病性分析,它们扩增的DNA条带数据与抗瘟性间达极显著相关。此外,除高感品种丽江新团黑谷和CO39两个品种未被聚类到不同的亚种外,RGA扩增的DNA条带还能区分水稻的籼粳亚种类型。

关键词：水稻抗病基因同源序列抗瘟性相关性

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辣椒抗病基因同源序列的克隆与分析

中国农业科学 2008年第1期41卷 169-175页

作者：张丽英陈儒钢张俊红欧阳波肖景华李汉霞叶志彪华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室国家蔬菜改良中心华中分中心

【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene ... 详细信息

【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗性基因。【结论】本研究在辣椒品系PR205中获得了抗病基因同源序列,为辣椒抗病基因的克隆奠定了基础。

关键词：辣椒抗病基因同源序列抗病基因 NBS-LRR

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不结球白菜抗病基因同源序列的克隆及分析

中国农业科学 2006年第12期39卷 2621-2626页

作者：王彦华侯喜林申书兴陈雪平王梅南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室河北农业大学园艺学院

目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NB... 详细信息

目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示,该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多拷贝。结论本研究成功获得了不结球白菜RGA序列,为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。

关键词：不结球白菜抗病基因同源序列 TIR-NBS-LRR Southern杂交

四川小麦遗传材料抗病基因同源序列的多样性分析

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麦类作物学报 2006年第2期26卷 21-26页

作者：张彬张怀渝刘汉梅罗培高任正隆四川农业大学生命科学院雅安625014 四川农业大学植物遗传育种省级重点实验室雅安625014

为了加快小麦抗性亲本的选配,培育具有持久抗性的小麦新品种,根据大多数已克隆的植物抗病基因所编码蛋白产物的NBS-LRR(核苷酸结合位点和富含亮氨酸区域,N ucleotide b ind ing s ite-leuc ine richrepeat)和STK(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,... 详细信息

为了加快小麦抗性亲本的选配,培育具有持久抗性的小麦新品种,根据大多数已克隆的植物抗病基因所编码蛋白产物的NBS-LRR(核苷酸结合位点和富含亮氨酸区域,N ucleotide b ind ing s ite-leuc ine richrepeat)和STK(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,Ser/T hr K inase)保守结构域,合成24条简并引物,对四川省主要利用的82份小麦育种抗性亲本材料进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,筛选出多态性高的三对引物组合:P tok in1N/P tok in1N、C er3 l/XLRR INV 2、A S3/S2,进一步扩增,共获得123条带,其中54条带具有多态性,多态率达43.9%。U PGM A分析把82份材料分为两大类,其中LB 0485、C 866-1、R 116、R 185为I类,其余78份材料为Ⅱ类;Ⅱ类材料在遗传距离0.397处又分为Ⅱ-1和Ⅱ-2两个亚类。分析结果表明:(1)82份小麦供试材料间存在丰富的抗病基因同源序列的多样性,聚类分析结果与相应的抗性鉴定结果基本吻合;(2)国外引进的抗性材料与四川省广泛使用的小麦育种亲本材料的抗性背景不同,两者之间能够很好地区分开来;(3)R系材料具有广泛的抗性遗传基础,在大多数类群中均有分布。

关键词：小麦抗病基因同源序列聚类分析

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冬瓜抗病基因同源序列的克隆及分析

分子植物育种 2016年第7期14卷 1678-1683页

作者：刘文睿江彪彭庆务何晓明林毓娥梁肇均谢大森广东省农业科学院蔬菜研究所广东省蔬菜新技术研究重点实验室广州510640

以已知植物抗病基因的保守区域为基础设计简并引物,从冬瓜抗病材料B227基因组中分离NBS-LRR类抗病基因同源序列,共获得32条特异序列,其中17条具有完整开放阅读框。这17条序列的核苷酸同源性变化范围为56.4%~99.8%,氨基酸的同源性变化范... 详细信息

以已知植物抗病基因的保守区域为基础设计简并引物,从冬瓜抗病材料B227基因组中分离NBS-LRR类抗病基因同源序列,共获得32条特异序列,其中17条具有完整开放阅读框。这17条序列的核苷酸同源性变化范围为56.4%~99.8%,氨基酸的同源性变化范围为46.2%~100.0%。序列相似性分析结果表明,这些冬瓜抗病基因同源序列均包含P-loop,Kinase-2和GLPL等保守结构域。与已知抗病基因构建系统进化树,将这17个序列分为2个亚组,均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因。本研究将为抗病基因全长序列克隆、功能分析及定位等研究提供帮助。

关键词：冬瓜抗病基因同源序列 NBS-LRR 同源克隆

广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列多态性分析

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作物学报 2013年第7期39卷 1206-1213页

作者：唐志明陈建酉陆永法周华成莫雪娇毛兴学李晓方宁波市农业科学研究院作物研究所浙江宁波315040 广东省农业科学院水稻研究所广东广州510640 长江大学农学院湖北荆州434025

为掌握广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列(RGA)多态性变化,利用3对RGA标记分析了广东20世纪50年代初地方品种及1972、1980、1994和2008年主栽品种。按供试品种RGA-PCR指纹聚类,以相似系数0.81为标准,将171份品种分为20个类群。... 详细信息

为掌握广东不同时期水稻主栽品种抗病基因同源序列(RGA)多态性变化,利用3对RGA标记分析了广东20世纪50年代初地方品种及1972、1980、1994和2008年主栽品种。按供试品种RGA-PCR指纹聚类,以相似系数0.81为标准,将171份品种分为20个类群。这五类品种分别分布于11、7、4、8和11个类群中,它们的Nei遗传多样性指数分别是0.801、0.682、0.493、0.603和0.527。相对于地方品种,1972、1980和1994年品种RGA多态性低是由于品种类群少及品种在各类群中分布均衡性差,2008年品种RGA多态性低是由于该年大多数品种属于同一类群,品种在各类群中分布均衡性差。因此保持品种抗性多样性,既要保证丰富类群,又要确保品种在各类群中分布均衡。近年来品种抗性背景趋同化是广东抗性多样性降低的主要原因,今后在新品种的选育上应均衡利用不同抗源。

关键词：水稻品种抗病基因同源序列多态性

基于NBS-LRR类R基因保守结构域克隆瓠瓜抗病基因同源序列

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华南农业大学学报 2015年第5期36卷 92-98页

作者：赵芹谢大森何晓明罗少波彭庆务广东省农业科学院蔬菜研究所广东广州510640

【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding s... 详细信息

【目的】分离鉴定瓠瓜Lagenaria siceraria抗病种质的抗病基因同源序列（Resistance gene analogs,RGAs）,为瓠瓜功能性抗病基因的克隆及分子标记辅助育种奠定基础.【方法】根据已知核苷酸结合位点和富亮氨酸重复（Nucleotide binding site and leucine rich repeat,NBS-LRR）类抗病基因保守区设计简并引物,从“大籽瓠”抗性材料基因组DNA中分离抗病基因同源序列,并利用生物信息学软件进行长度变异、保守结构域、同源比对与系统进化分析.【结果和结论】基于同源克隆策略,获得23条瓠瓜NBS抗病同源序列,命名为HNB1～HNB23,GenBank登录号为KJ908192～KJ908214.序列分析及同源比对结果表明,这些RGAs长度变异在242～261nt之间,18条序列具有连续开放阅读框（Open reading frame,ORF）,推导氨基酸序列具有P-loop、Kinase-2a典型NBS类R基因保守结构域;核苷酸序列相似性为41.5% ～98.8%,氨基酸序列相似性为21.5% ～100.0%;利用NCBIBlast同源搜索发现,与其他植物尤其是冬瓜、黄瓜、葫芦及丝瓜的已知R基因具有40% ～100%相似性;氨基酸序列聚类分析将其分为5个组;同源进化分析表明,23条瓠瓜RGAs均为non-TIR-NBS-LRR类R基因,与推导氨基酸序列多重比较结果一致.

关键词：瓠瓜 NBS-LRR类抗病基因同源序列简并引物序列分析

水稻品种抗瘟性表型与抗病基因同源序列相似性关系

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中国水稻科学 2005年第3期19卷 209-216页

作者：刘二明肖一龙易有金庄杰云郑康乐罗峰湖南农业大学生物安全科技学院湖南亚华种业股份有限公司湖南省攸县农业局湖南株洲412300 中国水稻研究所湖南省攸县农业局

用6对RGA引物,即RGA1(XLRR for/XLRR rev)、RGA2(XLRR inv1/XLRR inv2)、RGA3(NLRR for/NL RR rev)、RGA4(NLRR inv1/NLRR inv2)、RGA5(Pto kin1/Pto kin2)和RGA6(Pto kin3/Pto kin4)对21个品种进行RGA PCR的DNA指纹分析。以相似系数0.72和田间叶瘟严重度阈值0.84分别聚类,21个水稻品种均可以分成5类。尽管类与类之间没有一一对应关系,但抗谱广、抗性稳定或具持久抗瘟性的品种,能较好地聚为一类,如湘资3150、IR156、株两优02、ZR02。在6对引物中,RGA1和RGA2来自于水稻抗白叶枯病基因Xa21含LRR结构,RGA3来自于烟草N基因含LRR结构,上述3对引物比较适宜用于水稻稻瘟病抗性基因遗传背景分析。

关键词：抗病基因同源序列水稻品种相似性关系 DNA指纹分析表型持久抗瘟性株两优02 抗白叶枯病稻瘟病抗性相似系数对应关系 Xa21 背景分析基因遗传 for 引物 RGA 严重度 N基因结构叶瘟田间抗谱烟草