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猪Sirt2、PPARδ、Suv39h1/2基因的SNPs检测及性状关联分析

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猪Sirt2、PPARδ、Suv39h1/2基因的SNPs检测及性状关联分析

作者：张敏浙江农林大学

学位级别：硕士

分子标记辅助选择(marker assisted selection, MAS)糅合传统育种方法，在动物遗传育种过程中得到了广泛应用。这种方法使得猪遗传改良的进程加快，在猪育种工作中占据愈加重要的作用。寻找并选择与猪的生产或繁殖性状相关的主效基因，... 详细信息

分子标记辅助选择(marker assisted selection, MAS)糅合传统育种方法，在动物遗传育种过程中得到了广泛应用。这种方法使得猪遗传改良的进程加快，在猪育种工作中占据愈加重要的作用。寻找并选择与猪的生产或繁殖性状相关的主效基因，是分子标记辅助选择的基础。本研究选取了NAD+依赖性去乙酰酶沉默信息调节因子-2(NAD＋-dependent deacetylase sirtuin-2, Sirt2)、过氧化物酶体增殖物激活受体δ(Peroxisome proliferator activated receptors δ, PPARδ)、花斑抑制因子同源物1/2(suppressor of variegation3-9homolog1/2, Suv39h1/2)个候选基因进行了研究。实验中，以猪毛囊为试验材料提取了537份长白猪、50份约克夏基因组DNA，另有实验室保存的36份杜洛克猪、24份嵊县花猪和50份嘉兴黑猪的基因组DNA，设计引物，通过PCR扩增得到各个基因位于外显子的部分序列，测序比对筛选各基因SNPs并对其等位基因频率和基因型频率以及Hardy-Weinberg平衡状态做了分析。对537只长白猪中得到的SNPs与部分生产性状进行关联分析。获得结果如下：1. Sirt2基因的表达产物为一种保守的NAD+依赖性去乙酰酶沉默信息调节因子，试验中于目的片段测序区共得到4个SNPs：59A/C、303A/G、350C/G和488A/G。测序峰图显示每个SNP处都有三种基因型，分别命名为AA、AB、BB、CC、CD、DD、EE、EF、FF、GG、GH和HH。卡方检验表明，59A/C和303A/G两个基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态，350C/G、488A/G显著偏离平衡状态。59A/C和303A/G六种基因型与长白猪生产性状关联分析结果表明，AA型个体初生重显著高于AB和BB型个体(P＜0.05);DD型个体平均日增重极显著高于CD型个体(P＜0.01)，显著优于CC型个体(P＜0.05)。2. PPARδ基因的表达产物过氧化物酶体增殖物激活受体是核激素受体超家族成员，试验中于目的片段测序区共得到1个SNP：69586A/G，测序峰图显示三种基因型，分别命名为II、IJ和JJ。卡方检验表明，此位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态，性状关联分析结果显示，JJ型个体背膘厚显著优于II、IJ型个体(P＜0.05)。3. Suv39h1基因的表达产物是组蛋白甲基化转移酶家族的一个成员，试验中于目的片段测序区得到2处SNPs：655A/G、920C/T，测序峰图显示六种基因型，分别命名为KK、KL、LL、MM、MN和NN。卡方检验表明，两位点均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态，性状关联分析结果显示，KK、KL和LL型个体之间均无显著差异;MM型个体100kg日龄显著低于MN、NN型个体(P＜0.05)。4. Suv39h2基因是组蛋白甲基化转移酶家族的一个成员，试验中目的片段测序区得到1个SNPs：23301C/G，测序峰图显示三种基因型，分别命名为OO、OP和PP。卡方检验表明，此位点极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态;性状关联分析结果显示，OP型个体断奶重显著优于OO、PP型个体(P＜0.05)。

关键词：猪去乙酰酶沉默信息调节因子-2基因过氧化物酶体增殖物激活受体δ基因花斑抑制因子同源物基因单核苷酸多态性性状关联分析

SSR标记在马氏珠母贝系谱鉴定、有效亲本估计及性状关联分析中的应用

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SSR标记在马氏珠母贝系谱鉴定、有效亲本估计及性状关联分析中的...

作者：高远镇广东海洋大学

学位级别：硕士

马氏珠母贝(Pinctadamartensii)是我国海水珍珠生产的主要贝种，已有40多年的大规模养殖，但还没有培育出优良的养殖品种，致使养殖群体性状退化，导致我国海水珍珠质量明显降低、国际竞争力下降。因此加强遗传育种的基础研究和分子标... 详细信息

马氏珠母贝(Pinctadamartensii)是我国海水珍珠生产的主要贝种，已有40多年的大规模养殖，但还没有培育出优良的养殖品种，致使养殖群体性状退化，导致我国海水珍珠质量明显降低、国际竞争力下降。因此加强遗传育种的基础研究和分子标记辅助育种的应用研究，培育出生长快、个体大、育珠性状好的珍珠贝品种具有重要意义。以马氏珠母贝选育系F为亲本，建立了36个家系，按照常规技术进行幼体培育和海区养成。7个月后，随机选取4个家系，每个家系取样30个个体，利用筛选的微卫星引物进行PCR扩增，分析候选家系的遗传结构和系谱。结果表明：(1)13个微卫星引物在四个家系中共检测到39个等位基因，每个位点的等位基因数在2之间，四个家系的平均观测杂合度(Ho)为0.531.597，平均期望杂合度(He)为0.474.507;(2)根据子代基因型成功的推断出四个家系的亲本基因型。以标记PM142为例，通过子代基因型推断出3#、4#、5#及10#四个家系双亲的基因型分别为116/112×116/112、122/112×116/112、116/112×112/103、122/112×116/112，随着标记数量的增多，可据此鉴别各个家系;用UPGMA法对120个样本进行聚类分析，98.3%的同一家系的子代个体能够聚到一起，分类结果与系谱来源基本一致。结果说明，这四个家系具有较高的遗传多样性，但家系间已出现明显的遗传分化。由于此方法首次成功应用在珍珠贝，为该物种群体系谱分析提供了一种新的便捷途径。从快速生长系F选择亲本进行群体繁殖，雌雄亲本数量分别为42和38个，人工解剖受精，按照常规技术进行幼体培育和海区养殖。从子代随机选取90个幼体，利用45对微卫星标记进进行PCR扩增，分析其遗传结构和有效亲本数量。结果共检测到45个微卫星位点，186个等位基因，每个位点的等位基因数在2之间，平均每个位点有4.13个等位基因。平均观察杂合度为0.543;平均Shannon多样性指数为1.012;平均PIC值为0.491。根据基因频率的似然率算法成功的推断出该群体含有30个全同胞家系，有效亲本数量为60个，有75%的亲本参与了繁殖。世代之间近交系数增量△F=0.83%，F代群体的近交系数F=3.27%。本研究结果说明：(1)该选系F具有较高的遗传变异;(2)本实验是人工解剖受精，在此情况下精子与卵子混合均匀但是有效亲本数量没有达到100%，推其原因可能为某些亲本间近交导致后代存活率降低。利用本实验室自主开发的50个马氏珠母贝EST-SSR标记,对马氏珠母贝F代快速生长选育群体的90个个体基因组DNA进行PCR扩增，然后使用统计软件SPSS对50个微卫星标记与马氏珠母贝总重、壳长、壳高、壳宽和韧带长相关性进行了方差分析。结果显示，共有18个微卫星标记与马氏珠母贝的5个生长性状相关，其它32个标记对性状的影响未达到显著水平。研究发现9个标记与总重显著相关(p性状相关的基因型。该研究结果为马氏珠母贝生长性状的进一步QTL定位和建立准确、有效的分子标记辅助育种工作打下了良好的基础。

关键词：马氏珠母贝微卫星标记系谱分析有效亲本数量性状关联分析

鸡Lpin2基因的时空表达特性及其遗传变异与性状的关联分析

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鸡Lpin2基因的时空表达特性及其遗传变异与性状的关联分析

作者：张彩霞河南农业大学

学位级别：硕士

Lpin2作为lipin家族(lipin1,Lpin2和lipin3)一员,是调控脂肪细胞发育及甘油三酯在脂肪细胞中沉积的关键基因。目前,Lpin2基因的研究主要集中在人、鼠和猪上,我们仅能在数据库上搜索到预测的鸡Lpin2基因mRNA序列,尚未见任何相关的研究报... 详细信息

Lpin2作为lipin家族(lipin1,Lpin2和lipin3)一员,是调控脂肪细胞发育及甘油三酯在脂肪细胞中沉积的关键基因。目前,Lpin2基因的研究主要集中在人、鼠和猪上,我们仅能在数据库上搜索到预测的鸡Lpin2基因mRNA序列,尚未见任何相关的研究报道。本研究进行了鸡Lpin2基因的转录产物的克隆、基因组结构分析、时空表达特性及其多态性与固始鸡资源群脂肪性状的关联研究。采用EST数据库搜索和RT-PCR相结合的方法获得了鸡Lpin2基因大致的cDNA序列,其长度约为3269bp,包含2664bp的CDS、176bp的5’UTR和429bp的3’UTR。CDS序列预测编码887个氨基酸蛋白,与人、鼠、猪和爪蟾属Lpin2的相似性分别为74.35%、74.67%、72.94%和69.73%,与Lpin1基因的相似性为54%。通过生物信息学分析,校正了鸡Lpin2基因组结构,结果显示鸡Lpin2基因编码序列跨越49kb,包含20个外显子,19个内含子,全部的第一外显子和大部分的第20外显子为非编码区,分别为5’UTR和3’UTR序列。为了检测鸡Lpin2基因在不同组织中的表达差异,本试验以成年黑羽鸡(地方鸡杂交品种)为研究对象,分别采用半定量PCR检测鸡总Lpin2基因在脑、心脏、肝脏等15个组织中mRNA的相对含量。结果显示,在所有组织中都可以检测到该基因的表达,在脑、心、肝、脾、肺、肾、卵巢中有较高的表达水平,在肌胃、小肠、腹脂、皮肤、皮脂、胸肌中表达量较低,在胰腺和腿肌中表达量最低。之后又通过TaqMan实时定量PCR进行绝对定量,结果显示,鸡Lpin2基因分别在卵巢和肝脏中表达量最高,显著高于其它组织(pA和c.1730A >T变异位点引起了酶切位点和编码氨基酸的改变;另外,启动子区域的测序结果也发现一个c.-599G>A变异。因此,根据这三个位点设计引物,采用PCR-RFLP方法检测它们在不同品种和固始鸡资源群的分布情况,并进行了性状关联分析。研究发现Lpin2基因的这三个多态位点与肝脏、皮脂重、皮脂率、肌间脂肪宽度及血液中合成脂类的前体物质甘油三酯和低密度脂蛋白含量显著相关(p<0.05)。本研究为进一步研究鸡Lpin2基因的功能及阐明鸡脂肪沉积的分子机理奠定了基础。

关键词：鸡 Lpin2基因时空表达荧光定量性状关联分析

猪ACADL基因单核苷酸多态性及其与脂肪沉积性状的关联分析

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湖北农业科学 2018年第A2期57卷 161-163页

作者：乔木郭咪咪武华玉吴俊静王德才刘贵生梅书棋彭先文湖北省农业科学院畜牧兽医研究所/动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室武汉430064 江夏区农业产业化服务中心武汉430200

分离、克隆了猪ACADL基因(Acyl-CoA dehydrogenase,long chain,长链酰基辅酶A脱氢酶),测序发现在猪ACADL基因内含子10存在两处单核苷酸多态(SNPs),并进行了单倍型分析,采用直接测序法在大白猪、长白猪和梅山猪群体中进行了基因分型,并... 详细信息

分离、克隆了猪ACADL基因(Acyl-CoA dehydrogenase,long chain,长链酰基辅酶A脱氢酶),测序发现在猪ACADL基因内含子10存在两处单核苷酸多态(SNPs),并进行了单倍型分析,采用直接测序法在大白猪、长白猪和梅山猪群体中进行了基因分型,并与脂肪沉积性状进行了关联分析。结果表明,该单倍型与肩部膘厚、6-7腰椎间膘厚、臀部膘厚和背最长肌肌内脂肪含量等性状存在显著相关(P<0.05),与平均背膘厚存在极显著相关(P<0.01)。

关键词：猪 ACADL基因单核苷酸多态性性状关联分析

不同猪种CMYA3基因PCR-RFLP多态性及与部分经济性状的关联分析

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不同猪种CMYA3基因PCR-RFLP多态性及与部分经济性状的关联分析

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

第十次全国畜禽遗传标记研讨会

作者：许晓玲樊斌朱猛进赵书红刘榜华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室

本研究在本实验室已经获得的猪CMYA3(cardiomyopathy associated 3)基因部分 mRNA序列的基础上,在第九外显子和3’UTR区域设计引物扩增一个507bp的核苷酸片段,并在该片段发现一个具有Bsh1236I酶切位点的新的SNP位点。利用PCR-RFLP的方... 详细信息

本研究在本实验室已经获得的猪CMYA3(cardiomyopathy associated 3)基因部分 mRNA序列的基础上,在第九外显子和3’UTR区域设计引物扩增一个507bp的核苷酸片段,并在该片段发现一个具有Bsh1236I酶切位点的新的SNP位点。利用PCR-RFLP的方法在杜洛克猪、清平猪、玉山黑猪、小梅山猪、通城猪以及大花白猪中检测了该位点的基因型分布情况,同时对这6个猪种间的基因型频率的差异进行了x2检验。在通城猪、瑞典长白猪、英国大白猪三个纯种及其长大通和大长通两个三元杂种猪中检测了该位点的基因型,构建一般线性模型进行基因型与性状的关联分析,通过基因型与生长性状、胴体性状和肉质性状间关联分析发现该SNP 位点与胴体斜长和校正眼肌面积存在显著相关(P<0．05)。

关键词：猪 CMYA3基因 PCR-RFLP 性状关联分析

来源： cnki会议评论

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湖北农业科学 2017年第20期56卷 3948-3951页

作者：乔木程碧军武华玉胡华吴俊静刘贵生梅书棋彭先文湖北省农业科学院畜牧兽医研究所武汉430064 动物胚胎工程及分子育种湖北省重点实验室武汉430064 湖北省农业科学院农业经济技术研究所武汉430064

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F... 详细信息

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P<0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P<0.01)。

关键词：猪 RTL1基因单核苷酸多态性性状关联分析

刀鲚内皮素1基因SNP多态性及其与颌骨性状相关联分析

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中国水产科学 2023年第3期30卷 259-267页

作者：高俊周琳聂志娟王耀辉徐钢春中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室上海海洋大学水产与生命学院南通龙洋水产有限公司

为探究刀鲚(Coilia nasus)内皮素1 (endothelin 1, Edn1)基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性(single nucleotide ... 详细信息

为探究刀鲚(Coilia nasus)内皮素1 (endothelin 1, Edn1)基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,分析各位点的基因型,并计算各位点的基本遗传参数、基因型频率和基因频率,将筛选出的SNP位点与刀鲚上颌骨长度性状进行关联分析、连锁不平衡分析和双倍型分析。结果表明,在刀鲚Edn1基因中共挖掘出5个SNP位点,分别为T134C、A418C、G1322A、C1607T、A1636C。G1322A与A1636C两个位点之间处于连锁不平衡状态。关联分析结果显示, T134C位点和A418C位点与上颌骨长度性状之间存在显著相关性;双倍型分析结果显示,T134C位点和A418C位点组成的双倍型中,D3(杂合TC和纯合AA)的上颌骨长度显著长于D1(纯合TT和杂合AC)和D2(纯合TT和纯合CC)。此外,刀鲚开口高度/头长和上颌骨长/头长的皮尔逊相关系数r=0.41,属中等正相关。研究结果表明, T134C位点和A418C位点是刀鲚上颌骨长度的优势位点,双倍型D3为优势基因型。本研究可为刀鲚长颌骨分子标记辅助选育的候选标记提供科学依据。

关键词：刀鲚 Edn1基因性状关联分析双倍型分析连锁不平衡

棉花EXO70基因家族全基因组的鉴定及种间比较

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中国农业科学 2023年第23期56卷 4621-4663页

作者：董琰钰徐碧玉董泽宇汪露瑶陈锦文方磊浙江大学农业与生物技术学院

【目的】当前四倍体棉花的主栽品种是陆地棉与海岛棉，陆地棉产量高且适应性好，海岛棉纤维品质优异但产量一般。EXO70是胞外分泌体（exocyst complex）中的关键亚基，在植物生长发育、胁迫响应等方面发挥重要作用。通过全基因组水平鉴... 详细信息

【目的】当前四倍体棉花的主栽品种是陆地棉与海岛棉，陆地棉产量高且适应性好，海岛棉纤维品质优异但产量一般。EXO70是胞外分泌体（exocyst complex）中的关键亚基，在植物生长发育、胁迫响应等方面发挥重要作用。通过全基因组水平鉴定和分析陆地棉与海岛棉EXO70基因家族成员，并研究其在纤维发育、环境适应等方面的功能，有助于揭示陆地棉与海岛棉种间性状差异形成的分子基础。【方法】从拟南芥数据库（TAIR）获取EXO70家族蛋白序列作为参考序列，采用HMMER、ExPASy、MEME、TBtools等分析工具对陆地棉TM-1和海岛棉Hai7124基因组中EXO70家族成员进行鉴定与分析，系统比较该家族在基因表达模式、重要农艺性状的相关性、逆境响应等方面的异同点。【结果】通过对陆地棉和海岛棉的基因组水平分析，均鉴定出54个EXO70家族成员，根据系统进化发育可将其分为8个分支。陆地棉和海岛棉同源基因可一一对应，分布在陆地棉与海岛棉的20条染色体上，绝大多数成员为单外显子，但是两者间有12对同源基因在阅读框序列上存在较大差异。陆地棉与海岛棉大部分同源基因表达模式类似，但在同一纤维发育时期表达量存在差异，如分支A中的GH＿A04G1208与同源基因GB＿A04G1253。重要农艺性状关联分析中发现，海岛棉有16个EXO70基因与纤维品质性状显著相关，多于陆地棉；陆地棉有13个基因与产量性状衣分显著相关，多于海岛棉。发现部分性状关联的差异可能由海陆种间的基因结构差异造成，如GH＿A11G3714和GB＿A11G3791。在不同逆境胁迫下，陆地棉中有25个基因受诱导，显著多于海岛棉中10个受诱导基因。【结论】在棉花四倍体形成、分化与驯化过程中，陆地棉与海岛棉EXO70家族基因序列结构相对保守，基因表达模式也保持较高的一致性。海岛棉有更多的EXO70基因与纤维品质性状相关，陆地棉有更多的基因与产量性状相关且对环境逆境更为敏感。

关键词：陆地棉海岛棉 EXO70基因家族表达模式性状关联分析逆境响应

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团头鲂低氧耐受相关SNPs标记的开发

华中农业大学学报 2019年第2期38卷 23-29页

作者：陈柏湘王伟峰王卫民王焕岭华中农业大学水产学院武汉430070 广东佛山市南海百容水产良种有限公司佛山528216

为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs... 详细信息

为寻找耐低氧相关SNPs分子标记辅助团头鲂优良品种选育,利用团头鲂低氧耐受和敏感群体的转录组数据,进行SNPs位点的开发和鉴定,获得52 623个可能的SNPs位点,其中碱基转换和颠换型位点分别占57.4%(30 192个)和31.9%(16 802个);同义SNPs占编码区总SNPs的99.7%,非同义SNPs仅有32～35个;使用PCR-RFLP技术对筛选出的5个非同义的多态性SNPs进行耐低氧性状关联分析。结果显示,Plin2-A1157G和Hif-3α-A2917G位点的SNPs在团头鲂亲本群体中与低氧耐受性状显著相关,但在子代群体中却与低氧耐受性状无显著相关性。这说明亲代中筛选出的分子标记并不一定适用于子代群体,在利用分子标记辅助育种时需要考虑标记在子代中的有效性。

关键词：团头鲂低氧 SNP 性状关联分析