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基于绝对节点坐标的DNA平衡构型研究

基于绝对节点坐标的DNA平衡构型研究

作者：严红南京航空航天大学

学位级别：硕士

由于DNA分子的特殊性使得其力学模型不同于一般的弹性杆，它具有极端细长形和超大变形性的特点。绝对节点坐标方法所定义的梁、板壳等单元均为等参单元，由其推导出的系统动力学方程能精确的描述柔性体的刚体运动和自身结构的大变形，... 详细信息

由于DNA分子的特殊性使得其力学模型不同于一般的弹性杆，它具有极端细长形和超大变形性的特点。绝对节点坐标方法所定义的梁、板壳等单元均为等参单元，由其推导出的系统动力学方程能精确的描述柔性体的刚体运动和自身结构的大变形，而且推导出的动力学方程得到对称的常数质量矩阵。因此，采用绝对节点坐标方法研究DNA的平衡构型变得可行。本文基于绝对节点坐标方法，详细推导平面和空间一维梁单元的弹性力计算公式，以及弹性力的雅可比矩阵。利用绝对节点坐标方法建立DNA分子链的力学模型，考虑界面相互作用的影响，推导考虑界面能影响的离散的平衡方程。研究界面能和弹性应变能对DNA分子链平衡构型的影响，以及在影响DNA的平衡构型时起主导作用的因素。研究结果表明绝对节点坐标方法能够很好的描述大范围的空间运动和自身结构大变形相结合的柔性体系统。通过绝对节点坐标方法建立的弹性细杆模型可以较好的描述DNA分子链的力学行为。DNA分子构型主要由界面能和自身的弹性应变能所主导。界面牵引力是导致DNA分子链折叠和展开的因素之一。

关键词：绝对节点坐标弹性力界面牵引力 DNA分子平衡构型

甲酰基基态的平衡构型——量子化学从头计算考察

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分子科学学报 1981年第1期 89-92页

作者：陈治文林景治汪汉卿陈英武中国科学院兰州化学物理研究所

本文报导利用从头计算量子化学方法考察甲酰基的基态平衡构型,键角较应用INDO或CNDO/2计算的结果为优,更接近实验值。

关键词：基态能级从头计算平衡构型键角化学键原子轨道几何构型键长甲酰基 CNDO

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DSPF模型用于VCl4平衡构型的研究

山西大学学报(自然科学版) 1982年第3期 37-40页

作者：杨频,汤定华山西大学天津师大

通过DSPF模型的定量计算,阐明了VCI4分子基态具有正四面体构型的化学键本质。

关键词：化学键基态分子结构能级正四面体平衡构型 VCI VCl4 DSPF

MX4~-型络离子的平衡构型和d-d跃迁谱

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科学通报 1981年第24期26卷 1501-1503页

作者：杨频黎乐民山西大学化学系北京大学化学系

双层点电荷配位场(DSPF)模型可用来研究MX~=型络离子的d轨道能级随键角的变化,预测其基态平衡构型。实验测得,由四面体畸变的CuCI~=结构具有D对称性。Cl—Cu—Cl键角为124.1°和102.7°,Cu—Cl键长平均为2.22。因而自由Cu离子的~2D态... 详细信息

双层点电荷配位场(DSPF)模型可用来研究MX~=型络离子的d轨道能级随键角的变化,预测其基态平衡构型。实验测得,由四面体畸变的CuCI~=结构具有D对称性。Cl—Cu—Cl键角为124.1°和102.7°,Cu—Cl键长平均为2.22。因而自由Cu离子的~2D态被一个D场分裂为四

关键词：络离子轨道能级 MX4 d-d 平衡构型键角化学键稳定化能跃迁

类锗烯(Tsi)X2GeLi(Tsi=C(SiMe3)3,X=Cl,Br)的平衡构型

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类锗烯(Tsi)X2GeLi(Tsi=C(SiMe3)3,X=Cl,Br)的平衡构型

HPXF(X=Li,Na)的构型及反应性能的从头算研究

中国化学会第30届学术年会-第十八分会：电子结构理论方法的发展与应用

作者：张明霞李文佐烟台大学化学化工学院

首次对大基团取代的类锗烯(Tsi)XGeLi(Tsi=C(SiMe),X=Cl,Br)的构型进行了理论研究。B3LYP/6-311+G(d,p)计算结果表明,(Tsi)XGeLi存在三种平衡构型:p-complex构型1、p-complex构型2和四面体构型3,其中p-complex构型1的能量最低,是最稳定... 详细信息

关键词：类锗烯(Tsi)X2GeLi(Tsi=C(SiMe3)3,X=Cl,Br) 平衡构型 B3LYP

来源： cnki会议评论

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高等学校化学学报 1998年第4期19卷 617-621页

作者：卢秀慧王沂轩邓从豪济南大学化学系山东大学化学院

用ＲＨＦ／６－３１Ｇ＊从头算解析梯度法优化了类磷烯ＨＰＸＦ（Ｘ＝Ｌｉ，Ｎａ）的平衡构型，分析了各构型的结构特点及稳定性．通过与磷烯（１ＨＰ）相比较，探讨了ＨＰＸＦ（Ｘ＝Ｌｉ，Ｎａ）的反应活性，还简单讨论了碱金属原子对... 详细信息

用ＲＨＦ／６－３１Ｇ＊从头算解析梯度法优化了类磷烯ＨＰＸＦ（Ｘ＝Ｌｉ，Ｎａ）的平衡构型，分析了各构型的结构特点及稳定性．通过与磷烯（１ＨＰ）相比较，探讨了ＨＰＸＦ（Ｘ＝Ｌｉ，Ｎａ）的反应活性，还简单讨论了碱金属原子对ＨＰＸＦ（Ｘ＝Ｌｉ，Ｎａ）三元环构型稳定性和反应活性的影响．结果表明，ＨＰＬｉＦ和ＨＰＮａＦ均具有３种平衡构型，其中三元环构型最稳定，也是参加反应的基本构型；类磷烯与相应的１ＨＰ相比，可成为一种使反应容易控制、选择性好和易获得的亲电反应中间体．

关键词：磷烯反应活性从头算类磷烯平衡构型碱金属

全氟烷基磺酸酯C—O键断裂的同面S_N2反应

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化学学报 2005年第10期63卷 897-902,i002页

作者：郭丽虞忠衡朱士正陈庆云中国科学院化学研究所分子动态和稳态国家重点实验室北京100080 中国科学院上海有机化学研究所上海200032

用密度泛函理论研究了CF3SO3CF2CF3+F-的碳氧键断裂反应的机理.首先,用DFT方法优化了反应物、中间体、过渡态、产物的平衡构型,分析了碳氧键断裂反应的势能面变化.发现在SN2反应机理中,除了S—O断裂SN2反应外,引起C—O键断裂的同面进攻... 详细信息

用密度泛函理论研究了CF3SO3CF2CF3+F-的碳氧键断裂反应的机理.首先,用DFT方法优化了反应物、中间体、过渡态、产物的平衡构型,分析了碳氧键断裂反应的势能面变化.发现在SN2反应机理中,除了S—O断裂SN2反应外,引起C—O键断裂的同面进攻也是一个可能的反应途径.理论计算表明,最终反应的产物是受热力学控制的,S—O键的断裂绝对地优于C—O的断裂.因此,C—O断裂的同面机理虽然是可能的,但却难以被实验观察到.本文还讨论了端基—CF3在同面SN2反应中的邻位效应,以及基组对这个效应的影响.

关键词： SN2反应键断裂全氟烷基磺酸酯 DFT方法热力学控制理论研究密度泛函平衡构型反应机理反应途径实验观察邻位效应反应物中间体过渡态势能面计算表产物端基碳

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多元合金团簇构型优化的研究

材料科学与工艺 2008年第2期16卷 224-227页

作者：刘艳侠王月华马永庆戴玉梅辽宁大学物理系沈阳110036 大连海事大学机电与材料工程学院辽宁大连116026

为了研究多元合金基体的稳定性,探讨了获得多元合金团簇平衡几何构型的途径,根据随机行走思想编写了多元合金构型优化的计算程序,并铸造了3种合金样品,其基体成分分别为Fe7Cr0.68Mn2.0V1.47Ni1.37Si0.7C,Fe8Cr0.74Mn2.3V1.45Ni1.55Si0.5... 详细信息

为了研究多元合金基体的稳定性,探讨了获得多元合金团簇平衡几何构型的途径,根据随机行走思想编写了多元合金构型优化的计算程序,并铸造了3种合金样品,其基体成分分别为Fe7Cr0.68Mn2.0V1.47Ni1.37Si0.7C,Fe8Cr0.74Mn2.3V1.45Ni1.55Si0.5C,Fe7Cr0.80Mn1.86V1.47Ni1.47Si0.8C,研究了这3种Fe基多元合金奥氏体基体的稳定性及平衡几何构型.计算结果表明:合金1的奥氏体基体最稳定,合金3的奥氏体基体最不稳定,最容易转变成马氏体,与X射线衍射结果一致.

关键词：多元合金平衡构型随机行走能量最小化

MgH+,Mg2H+量子化学从头计算的研究

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化学学报 1984年第11期42卷 1123-1127页

作者：刘洪霖陈念贻戴定国华国栋中国科学院上海冶金研究所同济大学化学系同济大学化学系上海

用量子化学自洽场分子轨道从头计算方法,采用STO-3G基组计算了MgH,MgH离子的位能曲线与位能面;给出电子波函数与电子集居数;得到MgH的平衡构型键长γ***的平衡构型有C与D两类,前者为[Mg—Mg—H],键长γ2.41,γ1.63A;后者为[Mg—H—Mg],... 详细信息

用量子化学自洽场分子轨道从头计算方法,采用STO-3G基组计算了MgH,MgH离子的位能曲线与位能面;给出电子波函数与电子集居数;得到MgH的平衡构型键长γ***的平衡构型有C与D两类,前者为[Mg—Mg—H],键长γ2.41,γ1.63A;后者为[Mg—H—Mg],γ1.73A.前者的总能量比后者低50kcal/mol.还讨论了它们的稳定性.MgH的键长计算结果和实测值较吻合,MgH的平衡构型计算结果支持了Porter从热力学研究提出的假设.

关键词：平衡构型轨道能级 MgH Mg2H 键长化学键波函数波动力学成键轨道集居数分析簇离子