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柑橘黄龙病常规pcr与qpcr检测体系的比较

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湖南农业科学 2022年第3期 1-5,12页

作者：邹剑锋郝晨星汤丹湖南农业大学动物医学院湖南长沙410128 湖南农业大学园艺学院湖南长沙410128

为促进湖南省柑橘产业的可持续发展,加强对柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)的监测预警,根据黄龙病菌耐热性亚洲种“Candidatus Liberibacter asiaticus”(CLas)DNA不同保守区域设计了8组引物,分别采用常规pcr和qpcr进行检测,比较2种方法... 详细信息

为促进湖南省柑橘产业的可持续发展,加强对柑橘黄龙病(Huanglongbing,HLB)的监测预警,根据黄龙病菌耐热性亚洲种“Candidatus Liberibacter asiaticus”(CLas)DNA不同保守区域设计了8组引物,分别采用常规pcr和qpcr进行检测,比较2种方法的灵敏度。结果表明:常规pcr供试的4组引物中,In1/In2引物未扩增出目的条带,其他3组引物的灵敏度由高到低排列依次为OI1/OI2>LB1/LB2=OL1/OL2,OI1/OI2这组引物对HLB菌的检测下限为98 pg/μL;qpcr供试的4组引物的灵敏度由高到低排列依次为LJ900f/LJ900r>Las-I-f/Las-I-r>HLBas/HLBr>Las-O-f/Las-O-r(根据可检测到最低浓度样本的Ct值排序),其中LJ900f/LJ900r这组引物对HLB菌的检测下限为9.8 pg/μL。另外,以湖南省郴州市汝城县农业局提供的11个柑橘HLB疑似样品为材料进行检测,引物LJ900r/LJ900f进行的qpcr检测,检出率为72.7%;引物OI1/OI2进行的常规pcr,检出率为45.5%;表明引物LJ900r/LJ900f结合qpcr方法对于HLB菌的检测效率更高。

关键词：柑橘黄龙病分子生物学实时荧光定量pcr 常规pcr 引物设计

常规pcr、实时定量pcr检测传染性皮下及造血器官坏死病毒的效果分析

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海洋水产研究 2008年第2期29卷 90-96页

作者：周优岳志芹梁成珠徐彪朱来华高宏伟孙敏刘荭汪东风中国海洋大学青岛266003 山东出入境检验检疫局青岛266002 深圳出入境检验检疫局 518001

对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)可感染世界各地养殖对虾,给对虾养殖业造成严重经济损失。本实验首次采用实时定量pcr法对广西地区的84份凡纳滨对虾样品进行检测,同时以常规pcr检测作对照。实时定量pcr检测阳性率为79·8%,常规... 详细信息

对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)可感染世界各地养殖对虾,给对虾养殖业造成严重经济损失。本实验首次采用实时定量pcr法对广西地区的84份凡纳滨对虾样品进行检测,同时以常规pcr检测作对照。实时定量pcr检测阳性率为79·8%,常规pcr检测阳性率为40·5%,表明广西地区养殖的凡纳滨对虾IHHNV的感染率较高。将二者检测均呈阳性的30份样品扩增产物进行序列分析测序,测序结果通过DNA STAR软件包进行分析,并通过NCBI Blast与GenBank中的序列进行比对。结果证明,测定的是IHHNV序列。30份样品的IHHNV序列很保守,可以分为4种类型,仅有两个碱基的位置发生变异。实时定量pcr检测IHHNV,快速、灵敏、准确,特异性好,可以作为检测对虾感染病毒的有效方法。

关键词：凡纳滨对虾传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV) 实时定量pcr 常规pcr 测序

NDM1基因常规pcr与荧光定量pcr检测方法的建立及其检测结果比较

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吉林大学学报（医学版） 2013年第3期39卷 625-629,F0003页

作者：陈宣男全首祯中国医学科学院阜外心血管病医院临床检验中心北京100037 空军总医院临床检验中心北京100142

目的:建立NDM1基因常规pcr和荧光定量pcr(FQ-pcr)检测方法,并对其检测结果进行比较。方法:设计3对NDM1基因常规pcr与FQ-pcr引物,建立常规pcr与FQ-pcr反应体系和条件,比较2种检测方法的特异性、灵敏度和对模拟临床样品的检测效果。结果:... 详细信息

目的:建立NDM1基因常规pcr和荧光定量pcr(FQ-pcr)检测方法,并对其检测结果进行比较。方法:设计3对NDM1基因常规pcr与FQ-pcr引物,建立常规pcr与FQ-pcr反应体系和条件,比较2种检测方法的特异性、灵敏度和对模拟临床样品的检测效果。结果:成功建立NDM1基因常规pcr和FQ-pcr检测方法;特异性检测,常规pcr与FQ-pcr检测7种常见病原菌均为阴性;灵敏度检测,常规pcr检测限为106 mL-1,FQ-pcr检测限为104 mL-1;模拟临床样品检测,常规pcr和FQ-pcr检测结果一致。结论:常规pcr与FQ-pcr均有很好的特异性,FQ-pcr灵敏度比常规pcr高100倍。

关键词：新德里金属-β-内酰胺酶1基因常规pcr 荧光定量pcr

非洲猪瘟病毒常规pcr及Real-time pcr检测方法的建立

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中国预防兽医学报 2007年第6期29卷 458-461页

作者：张泉朱鸿飞孙怀昌扬州大学兽医学院江苏扬州225009 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所北京100081

根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)P72基因的核苷酸序列,设计并合成引物以及荧光标记的TaqMan探针,以含P72基因的重组质粒作为阳性模板,用于常规pcr和Real-time pcr方法的建立,结果表明常规pcr的检测灵敏度是600个拷贝... 详细信息

根据非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)P72基因的核苷酸序列,设计并合成引物以及荧光标记的TaqMan探针,以含P72基因的重组质粒作为阳性模板,用于常规pcr和Real-time pcr方法的建立,结果表明常规pcr的检测灵敏度是600个拷贝的病毒核酸分子,Real-time pcr的检测灵敏度是20个拷贝的病毒核酸分子,两种pcr检测方法均具有特异性强、简单快速的优点。可以用于出入境检验检疫部门对非洲猪瘟病毒的快速检测。

关键词：非洲猪瘟常规pcr Real-time pcr

利用常规pcr和实时荧光定量pcr检测杨梅凋萎病菌

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植物病理学报 2016年第1期46卷 1-10页

作者：任海英戚行江梁森苗郑锡良浙江省农业科学院园艺研究所杭州310021

凋萎病是近年来危害杨梅的主要病害。为了快速灵敏的检测杨梅凋萎病菌（Pestalotiopsis versicolor和P．microspo-ra），本研究开发了常规pcr和SYBRGreen实时荧光定量pcr技术各一套。利用P．versicolor（JN861773）和P．micros-pora（JN861776）的ITSl-5．8S rDNA-ITS2序列的相同部分设计引物对（PvmlL／PvmlR）。该引物对利用常规pcr技术能特异性扩增出杨梅凋萎病菌188bp的目标产物，而对照菌株则呈阴性。该常规pcr体系能够检测人工接种后21d和田间自然发病的有病症杨梅组织中的凋萎病菌。检测下限是0．6×10^5拷贝数。利用PvmlL／PvmlR进行SYBRGreen实时荧光定量pcr，检测灵敏度是常规pcr的100倍，检测下限是0．6×10^3拷贝数，能够检测出人工接种及田间已经感染但尚未表现症状的杨梅组织中的凋萎病菌。这两项技术，简单、快速、灵敏．特异性强．可以应用于杨梅凋萎病的诊断和苗木检疫。

关键词：杨梅凋萎病菌常规pcr SYBR Green实时荧光定量pcr 分子检测

PRV和CAstV-Ⅰ及CIAV纳米pcr检测方法与常规pcr检测方法敏感度的比较

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中国兽医科学 2021年第11期51卷 1376-1384页

作者：张民秀谢芝勋邓显文张艳芳罗思思谢丽基谢志勤刘加波范晴曾婷婷黄娇玲王盛广西壮族自治区兽医研究所广西兽医生物技术重点实验室广西南宁530001

为了比较PRV、CAstV-Ⅰ和CIAV的单重纳米pcr方法和单重pcr方法的敏感性,探讨靶基因GC含量和引物T_m值对纳米pcr和常规pcr的影响,本研究根据PRV的gE基因、CIAV的VP1基因和CAstV-Ⅰ的ORF1b基因设计了12对引物,运用这12对引物建立单重的纳... 详细信息

为了比较PRV、CAstV-Ⅰ和CIAV的单重纳米pcr方法和单重pcr方法的敏感性,探讨靶基因GC含量和引物T_m值对纳米pcr和常规pcr的影响,本研究根据PRV的gE基因、CIAV的VP1基因和CAstV-Ⅰ的ORF1b基因设计了12对引物,运用这12对引物建立单重的纳米pcr方法和常规pcr方法,分别优化纳米pcr和常规pcr方法的退火温度和引物浓度,比较两者的敏感性。结果显示,纳米pcr和常规pcr方法在最佳的反应条件下的敏感度基本一致,纳米pcr方法在敏感度上没有明显的优势;纳米pcr反应液对高GC含量靶基因的扩增比常规的pcr反应液更容易;纳米pcr的可选退火温度范围宽松,而常规pcr则需要严格的退火温度才能增强扩增效果或减少非特异性扩增;常规pcr的退火温度只与靶基因的GC含量呈现正显著相关(Ppcr的退火温度与靶基因的GC含量和引物T_m值无相关性。以上数据为相关的技术人员对于病原体检测技术的选择上提供了数据参考。

关键词：纳米pcr 常规pcr 敏感性退火温度

菌落pcr方法的建立及其与常规pcr方法的比较

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华南理工大学学报（自然科学版） 2004年第5期32卷 51-55页

作者：徐丽蔡俊鹏华南理工大学食品与生物工程学院广东广州510640

为建立一种快速、经济、敏感的pcr检测方法 ,以直接检测出环境、海产品等中的靶基因 ,通过pcr扩增已知携带tlh和tdh基因的副溶血弧菌标准菌株 ,并和常规pcr方法比较 ,初步建立了菌落pcr技术 ;再以副溶血弧菌标准菌株为阳性对照 ,以本实... 详细信息

为建立一种快速、经济、敏感的pcr检测方法 ,以直接检测出环境、海产品等中的靶基因 ,通过pcr扩增已知携带tlh和tdh基因的副溶血弧菌标准菌株 ,并和常规pcr方法比较 ,初步建立了菌落pcr技术 ;再以副溶血弧菌标准菌株为阳性对照 ,以本实验室自海洋环境中分离得到的数株野生菌株为检测对象 ,采用新建立的菌落pcr以及常规pcr方法对它们进行扩增比较 ,进一步证明了菌落pcr技术检测携带相关基因菌株的可靠性 .通过比较 ,发现菌落pcr和常规pcr的结果相当一致。

关键词：菌落pcr 常规pcr tdh基因 tlh基因

SSR-pcr和常规pcr检测不同地区并殖吸虫遗传变异的比较研究

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中国人兽共患病学报 2011年第11期27卷 1001-1004页

作者：单小云楼宏强胡野楼景屠平光方萍金华市中心医院金华321000 金华职业技术学院人畜共患病研究所金华321007 义乌市北苑医院义乌32000

目的以SSR-pcr和常规pcr对浙江省和福建省5个不同地区并殖吸虫进行遗传变异检测,比较两者对并殖吸虫的基因水平分类的差异。方法采用微卫星锚定pcr(SSR-pcr)对基因组DNA进行pcr扩增,扩增产物按Nei的方法计算遗传距离,并应用SPSS软件构... 详细信息

目的以SSR-pcr和常规pcr对浙江省和福建省5个不同地区并殖吸虫进行遗传变异检测,比较两者对并殖吸虫的基因水平分类的差异。方法采用微卫星锚定pcr(SSR-pcr)对基因组DNA进行pcr扩增,扩增产物按Nei的方法计算遗传距离,并应用SPSS软件构建系统进化树;采用常规pcr扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚单位(COI)及核糖体DNA第二间区(ITS2)的基因序列,测序后用BoiEdit软件分析同源性,用MEGA软件构建种系发生树。结果不同地区并殖吸虫标本的SSR-pcr产物呈多态性,浙江金华、浙江永嘉、福建周宁与福建平和、福建政和的标本存在明显的差异。前两者的遗传距离最近,为0.3333,浙江金华与福建平和的标本遗传距离最远,为0.8667。常规pcr基因序列分析显示浙江金华、浙江永嘉、福建周宁的标本之间在种系发生树上比较接近,浙江金华和浙江永嘉的标本最为接近。结论利用SSR-pcr和常规pcr进行并殖吸虫的遗传变异分析结果基本一致。SSR-pcr是一种比常规pcr更方便的并殖吸虫遗传变异研究方法。

关键词： SSR-pcr 常规pcr 并殖吸虫遗传变异

柑橘黄龙病常规pcr检测技术研究与初步应用

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植物保护 2018年第2期44卷 149-153页

作者：梁亮田志清胡雪芳张志民王士奎农业部农产品产后处理重点实验室农业部规划设计研究院北京100121

柑橘黄龙病是世界范围具有毁灭性危害的柑橘细菌性病害,在我国大部分柑橘产区发生,严重制约了我国柑橘产业的发展。本文根据黄龙病病原物亚洲韧皮杆菌核糖体16SrRNA基因设计了1对pcr引物HLBF468/HLBR877,并以此为基础建立了常规pcr反应... 详细信息

柑橘黄龙病是世界范围具有毁灭性危害的柑橘细菌性病害,在我国大部分柑橘产区发生,严重制约了我国柑橘产业的发展。本文根据黄龙病病原物亚洲韧皮杆菌核糖体16SrRNA基因设计了1对pcr引物HLBF468/HLBR877,并以此为基础建立了常规pcr反应体系,确定了检测体系的特异性和灵敏度。结果表明该体系的检测灵敏度比先前报道的常规pcr方法有了明显提高。利用建立的pcr体系完成了对广东和广西两省区果园柑橘黄龙病的抽样检测。本研究建立的常规pcr方法可以作为一种简便、准确、灵敏的检测技术应用于柑橘黄龙病的早期诊断。

关键词：柑橘黄龙病亚洲韧皮杆菌常规pcr 灵敏度早期诊断