检索结果-南通市图书馆

甜菜HIPPs基因家族鉴定与镉胁迫下的表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

作物学报 2023年第12期49卷 3302-3314页

作者：赵晓鑫黄烁淇谭文勃兴旺刘大丽黑龙江大学国家甜菜种质中期库黑龙江哈尔滨150080 黑龙江省普通高等学校甜菜遗传育种重点实验室/黑龙江大学现代农业与生态环境学院黑龙江哈尔滨150080

镉离子平衡和解毒调控是探索甜菜镉胁迫耐受机制的核心,也是利用甜菜进行重金属生物修复的基础。重金属相关的异戊二烯植物蛋白(HIPPs)是一类多功能金属伴侣蛋白,在镉离子吸收、转运及区隔化中发挥关键作用。前期甜菜响应镉胁迫的转录... 详细信息

镉离子平衡和解毒调控是探索甜菜镉胁迫耐受机制的核心,也是利用甜菜进行重金属生物修复的基础。重金属相关的异戊二烯植物蛋白(HIPPs)是一类多功能金属伴侣蛋白,在镉离子吸收、转运及区隔化中发挥关键作用。前期甜菜响应镉胁迫的转录组表达谱研究中,发现BvHIPPs存在差异表达。基于此,本研究通过生物信息学方法全基因组鉴定了BvHIPPs基因家族成员,并对其理化性质、进化关系、基因结构、顺式作用元件、染色体定位及在镉胁迫下的转录表达特性进行了深入的分析。结果表明,甜菜基因组中共有23个BvHIPPs家族成员,均含有HMA结构域和异戊二烯化基序,其中16个BvHIPPs被定位于细胞核。顺式作用元件分析发现BvHIPPs可参与多种生物与非生物胁迫响应。转录组数据表明23个BvHIPPs均不同程度的参与到甜菜对镉胁迫的应答过程,并且进一步的qRT-PCR分析验证了BvHIPPs应答镉胁迫的调控特点。结果表明,BvHIPPs可能在甜菜适应镉胁迫的过程中发挥着重要作用,研究结果为甜菜在重金属污染生物修复的分子机制研究奠定基础。

关键词：甜菜 HIPPs 镉胁迫基因家族鉴定转录表达特性

维普期刊数据库博看期刊

苹果MdPEPC基因家族鉴定及在腋芽萌发中的作用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物工程学报 2022年第10期38卷 3728-3739页

作者：李九洋时聪健孙亚硕高彩桢张曜辉檀鸣梁博文河北农业大学园艺学院

磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxykinase, PEPC)家族蛋白普遍存在各种植物中,在光合碳同化过程中起到重要作用,同时具有多种非光合生物学功能,但PEPC基因在苹果(Malus domestica Borkh.)中尚未研究报道。本研究以苹... 详细信息

磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxykinase, PEPC)家族蛋白普遍存在各种植物中,在光合碳同化过程中起到重要作用,同时具有多种非光合生物学功能,但PEPC基因在苹果(Malus domestica Borkh.)中尚未研究报道。本研究以苹果新基因组数据为基础,利用生物信息学方法对苹果PEPC家族成员(the members of apple PEPC family, MdPEPC)进行鉴定,并对其在不同组织中的表达谱以及去顶和细胞分裂素噻重氮苯基脲(thidazuron,TDZ)处理后苹果腋芽转录组中的表达模式进行分析,以期探究MdPEPC基因在参与苹果腋芽萌发中的作用。结果表明,苹果MdPEPC家族共有6个成员,分布于6条不同的染色体上,且理化特征较为相似;系统进化树及序列比对分析显示其可分为2个亚组(Group Ⅰ和Group Ⅱ),其中Ⅰ组含4个MdPEPC家族成员,属于植物型PEPCs,而MdPEPC4和MdPEPC5则与拟南芥细菌型AtPPC4聚类到Ⅱ组;共线性分析表明,MdPEPC成员之间不存在串联重复,含7对片段重复;顺式作用元件分析显示,MdPEPC家族成员不仅受光和逆境等影响,还受多种激素综合调控;表达谱显示,除MdPEPC4和MdPEPC5外,其他植物型MdPEPC在不同组织中均有表达。转录组数据分析表明,去顶和TDZ处理后MdPEPC1和MdPEPC3表达量上调,而MdPEPC2则在处理后48h明显下调表达。综上所述,本研究通过对苹果MdPEPC家族的鉴定和分析,筛选出MdPEPC1、MdPEPC2和MdPEPC3作为调控苹果腋芽萌发的候选基因,以便后期对其进行深入研究。

关键词：苹果 PEPC家族基因家族鉴定腋芽萌发分枝

甘草CHS基因家族鉴定、表达特性分析及其与甘草查尔酮A积累的关系研究

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

植物生理学报 2022年第1期58卷 141-154页

作者：何梦媛姚华李国治杨茂沈海涛石河子大学生命科学学院新疆植物药资源利用教育部重点实验室绿洲城镇与山盆系统生态兵团重点实验室新疆石河子832003 新疆维吾尔自治区药物研究所乌鲁木齐830004

查尔酮合成酶(CHS)是植物黄酮类化合物合成途径中的关键限速酶,与植物类黄酮化合物的合成有密切关系。为了解甘草(Glycyrrhiza uralensis) CHS基因家族与甘草查尔酮A (licochalcone A)合成、积累的关系,本文研究了非生物胁迫下不同时间... 详细信息

查尔酮合成酶(CHS)是植物黄酮类化合物合成途径中的关键限速酶,与植物类黄酮化合物的合成有密切关系。为了解甘草(Glycyrrhiza uralensis) CHS基因家族与甘草查尔酮A (licochalcone A)合成、积累的关系,本文研究了非生物胁迫下不同时间的甘草不同部位中甘草查尔酮A含量,进行了CHS基因家族表达特性和生物信息学分析。结果显示,甘草查尔酮A主要在甘草地下部分中积累,非生物胁迫明显提升地下部分甘草查尔酮A含量,其在盐胁迫处理6 h组的含量是对照组(0 h组)的2.41倍,而在聚乙二醇(PEG)胁迫2 h组的含量是对照组的1.76倍。基于对上述材料的转录组测序数据分析结果,发现有20个序列注释为CHS基因。其中,有14个GuCHS基因具有完整的读码框,且这些CHS基因具有时空表达差异性。非生物胁迫诱导地下部分中的GuCHS基因上调, GuCHS1、GuCHS4和GuCHS5经胁迫诱导后表达量最高分别为对照的31.3倍、25倍和35倍,在处理2 h组和12 h组上调最为明显,而GuCHS2仅在PEG胁迫下明显上调,表达量变化趋势与甘草查尔酮A含量变化趋势相似。14个GuCHS基因的生物信息学分析显示, GuCHS1、GuCHS2、GuCHS4和GuCHS5较其他GuCHS基因的启动子区域包含更多的G-box元件、MYC结合位点,故推测胁迫处理诱导茉莉酸、脱落酸等应激响应因子合成,调控地下部分GuCHS1、GuCHS2、GuCHS4和GuCHS5表达,提升甘草中甘草查尔酮A含量。本研究结果为优化甘草栽培体系、提升栽培甘草品质、探究GuCHS基因在甘草中的功能以及对甘草查尔酮A合成及调控机制提供研究基础。

关键词：甘草甘草查尔酮A GuCHS 基因家族鉴定生物信息学分析

文心兰PLC基因家族鉴定及其应答软腐菌侵染转录模式

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

应用与环境生物学报 2022年第3期28卷 614-622页

作者：林争春倪珊珊张春渝吴秋桢张舒婷张梓浩林玉玲赖钟雄福建农林大学园艺植物生物工程研究所福州350002

磷酸肌醇信号途径广泛参与生物体内多种细胞信号转导过程,PLC是该信号途径中的关键酶,在植物先天性免疫反应中起核心作用.为鉴定文心兰PLC基因家族成员、了解成员特征及其在应答软腐病菌侵染过程中的表达模式,基于‘南茜’文心兰应答软... 详细信息

磷酸肌醇信号途径广泛参与生物体内多种细胞信号转导过程,PLC是该信号途径中的关键酶,在植物先天性免疫反应中起核心作用.为鉴定文心兰PLC基因家族成员、了解成员特征及其在应答软腐病菌侵染过程中的表达模式,基于‘南茜’文心兰应答软腐病菌侵染的转录组数据,利用生物信息学方法对其蛋白理化性质、亚细胞定位、二级结构、系统进化特征、保守氨基酸序列、蛋白互作网络及在文心兰感病过程中的表达模式(RPKM值)进行分析.共鉴定得到9个文心兰PLC基因家族成员,其编码蛋白的长度在332-600 aa,分子量(Mr)约为36.92×10^(3)-68.44×10^(3),等电点介于5.42-8.50,均属于不稳定亲水蛋白.亚细胞定位预测结果表明,文心兰PLC蛋白在过氧化物酶体、细胞核、细胞质、叶绿体和线粒体中均有分布.根据进化树和保守基序分析,文心兰PLC蛋白可分为PI-PLC和NPC 2个亚族,包含18个保守基序.String构建蛋白互作网络发现,PLC家族成员可能与PTEN3、PIP5K、PIS1以及G蛋白存在互作关系.RNA-seq表达量分析表明,9个文心兰PLC家族基因在‘南茜’文心兰不同感病时期(12 h和36 h)有明显不同的表达规律.其中,OhNPC1、OhPLC3以及OhPLC5在病原菌侵染初期与后期均显著上调表达,OhPLC4和OhPLC6在病原菌侵染后期显著上调表达.本研究表明OhNPC1、OhPLC3、OhPLC4、OhPLC5和OhPLC6可能在文心兰抵御软腐菌侵染过程中发挥重要作用.(图8表5参50)

关键词：文心兰 PLC 基因家族鉴定软腐菌表达分析

三七SBP转录因子基因家族鉴定与生物信息学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中成药 2023年第6期45卷 2073-2079页

作者：潘建英张诗焉郭宜欣唐诗成邓伟张子龙北京中医药大学北京102488 重庆大学重庆401331

目的鉴定三七SBP(PnSBP)家族,并分析其蛋白序列特征、功能特性及表达模式。方法采用生物信息学方法,从三七基因组文件中鉴定出具有完整开放阅读框的PnSBP基因,对其蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序(motif)、启动子顺式元件、蛋白互... 详细信息

目的鉴定三七SBP(PnSBP)家族,并分析其蛋白序列特征、功能特性及表达模式。方法采用生物信息学方法,从三七基因组文件中鉴定出具有完整开放阅读框的PnSBP基因,对其蛋白理化性质、亚细胞定位、保守基序(motif)、启动子顺式元件、蛋白互作网络、表达模式进行分析。结果共鉴定出33个PnSBP基因,均具有SBP-box结构域,系统进化树将拟南芥、水稻、三七的SBP基因共分为8个亚家族,PnSBP启动子有许多激素响应元件及MYB转录因子结合位点,表达分析发现摘蕾会引起6个PnSBP基因在芦头与主根中的表达升高,推测PnSBP家族可能参与调控三七皂苷的生物合成。结论本研究对PnSBP转录因子家族进行全基因组鉴定,初步筛选了在摘蕾后在主根与芦头表达升高的,转录调控皂苷生物合成过程的PnSBP基因。

关键词：三七 SBP转录因子基因家族鉴定生物信息学保守结构域

高温干旱复合胁迫下铁皮石斛MYB基因家族鉴定及表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生物技术通报 2024年

作者：田姗姗黄诗宇杨天为高曼熔张尚文何龙飞张向军李婷石前广西大学农学院广西农业科学院生物技术研究所

【目的】研究铁皮石斛Dendrobium catenatum MYB(DcMYB)基因转录因子家族成员的结构和功能，鉴定参与高温干旱复合胁迫的主要成员及其表达模式，为今后研究铁皮石斛适应逆境胁迫的生理机制提供参考。【方法】基于铁皮石斛的全基因组与... 详细信息

【目的】研究铁皮石斛Dendrobium catenatum MYB(DcMYB)基因转录因子家族成员的结构和功能，鉴定参与高温干旱复合胁迫的主要成员及其表达模式，为今后研究铁皮石斛适应逆境胁迫的生理机制提供参考。【方法】基于铁皮石斛的全基因组与高温干旱复合胁迫处理后的转录组数据，筛选出响应高温干旱复合逆境的关键MYB转录因子，利用生物信息学方法进行分析和鉴定，实时荧光定量PCR分析在不同胁迫处理下的表达模式。【结果】鉴定出38个DcMYBs基因，可分为1R-MYB、R2R3-MYB和3R-MYB三种类型，其中R2R3-MYB占比89%;DcMYBs蛋白长为203-581aa，热稳定性佳，多具亲水性；亚细胞定位预测显示均存在于细胞核中，部分并存于其他细胞器；MEME分析揭示同亚组的MYB基因具有相似的结构特征；DcMYBs进化发育后将其分为19个亚组（D1-D19）；顺式作用元件预测结果表明DcMYBs参与生物、非生物胁迫与激素诱导，DcMYB6、DcMYB15、DcMYB16、DcMYB21、DcMYB23、DcMYB35均含有干旱响应元件MBS,DcMYB6、DcMYB35还具有4个ABA响应元件ABRE；在高温干旱复合胁迫下，R2R3-MYB亚家族基因被显著诱导，关键基因的RT-qPCR验证与转录组数据一致，DcMYB6、DcMYB35在胁迫下上调，DcMYB15、DcMYB16、DcMYB21、DcMYB23下调；外源脱落酸和20%PEG6000处理具有干旱响应元件MBS基因结果显示在处理后都呈现先上升后下降的趋势，这六个基因可能参与ABA信号途径与干旱胁迫的响应。【结论】逆境胁迫下从铁皮石斛中鉴定出38个DcMYBs基因，R2R3-MYB为主要类型，编码蛋白均具有良好的热稳定性和亲水性且预测主要定位于细胞核；DcMYBs基因与拟南芥MYB具有较高的同源性；特定基因被干旱和外源脱落酸显著诱导，其可能参与生物、非生物胁迫与激素诱导，在铁皮石斛逆境生长发育中发挥重要作用。

关键词：铁皮石斛高温干旱 MYB转录因子基因家族鉴定 RT-qPCR验证

红象牙杧果果实PG基因家族鉴定及基因功能分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

基因组学与应用生物学 2021年第11期40卷 3628-3638页

作者：代学慧雷亚欣黄小镂丛汉卿罗海燕陈业渊海南大学园艺学院海口570208 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所海口571101

杧果采后的快速软化对其经济价值有不利影响,多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因被认为对果实采后软化过程中果胶的降解起主要作用。本研究以红象牙杧果为对象,选取其自然后熟过程中的青熟期与完熟期两个阶段进行转录组测序,... 详细信息

杧果采后的快速软化对其经济价值有不利影响,多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因被认为对果实采后软化过程中果胶的降解起主要作用。本研究以红象牙杧果为对象,选取其自然后熟过程中的青熟期与完熟期两个阶段进行转录组测序,并得到转录组数据。据此,我们筛选出红象牙杧果中51个PG基因家族成员,并进行基因功能的分析。结果表明,在红象牙杧果后熟阶段的果肉中表达的基因有23个,且根据其表达量可分为上调、下调和基本不变三种表达模式。对这23个PG家族成员进行生物信息学分析发现,PG家族蛋白无跨膜结构,基因含有4~11个外显子。根据基序结构差异,可将PG基因大致分为两类,一类含有所有PG基因共有基序,另一类含有特有的基序。同时,利用系统发育树可将PG家族成员划分为6个分支,且红象牙杧果在6个分支中都有分布,这说明PG基因在种间具有一定的保守性。这23个基因中,随着杧果后熟过程表达量增加,且表达水平较高的基因mango034432、mango010108、mango029745、mango008398,被认为可能与果胶降解和果实软化高度相关。利用系统发育树进一步分析得知,在杧果成熟过程中高表达基因mango034432和mango029745与大多数已被鉴定为在果实软化中具有功能活性的基因聚在一起。因此,它们最有可能是杧果果实软化中的关键PG基因。本研究为进一步阐明果实软化中杧果PG基因的功能提供了科学依据。

关键词：红象牙杧果生物信息学分析基因家族鉴定 PG 果实软化

基于转录组的荔枝PAL基因家族鉴定及表达分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

分子植物育种 2023年第24期21卷 8036-8045页

作者：廖海达江帆何心蕊字楠华莫亦铭陈萍海南大学园艺学院海口570228 海南大学三亚南繁研究院三亚572025

本研究通过运用荔枝采后褐变的转录组数据,运用生物信息学的方法对荔枝PAL基因家族进行鉴定,然后分析其理化性质、蛋白的各级结构、保守基序、与其他物种的进化关系及荔枝采后室温下褐变的基因表达模式。结果表明,共在荔枝中鉴定出4个具... 详细信息

本研究通过运用荔枝采后褐变的转录组数据,运用生物信息学的方法对荔枝PAL基因家族进行鉴定,然后分析其理化性质、蛋白的各级结构、保守基序、与其他物种的进化关系及荔枝采后室温下褐变的基因表达模式。结果表明,共在荔枝中鉴定出4个具有PLN02457结构域的PAL基因。其蛋白质的长度为706~724个氨基酸,分子质量在39.990~43.759 kD,理论等电点存在于6.03~6.34之间,不稳定系数介于29.61~38.10,脂肪指数在88.87~93.40。各蛋白的α-螺旋介于54.72%~59.35%,无规则卷曲在30%左右,两者在二级结构中占比相对较高。4个荔枝PAL基因蛋白均存在MIO保守结构域,该结构域普遍存在于PAL基因家族蛋白中。4个荔枝PAL基因蛋白均存在PAL基因家族蛋白普遍出现的MIO保守结构域。通过多物种进化树分析发现荔枝与双子叶植物PAL基因家族的亲缘关系是相对较近的。4个荔枝PAL基因在室温下采后荔枝果皮发生褐变的过程中都展现了不同的表达模式。本研究发现了LcPAL2和LcPAL3 2个基因和PAL活性与荔枝果皮褐变有着很密切的联系,为进一步挖掘荔枝PAL基因功能提供了参考。

关键词：荔枝(Litchi chinensis Sonn.) 苯丙氨酸解氨酶基因家族鉴定生物信息学

裸果木谷胱甘肽过氧化物酶基因家族鉴定和NaCl胁迫下的响应特征

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

甘肃农业大学学报 2024年

作者：邓卓齐建伟黄海霞王小风甘肃农业大学林学院

【目的】鉴定裸果木叶组织谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase，GPX）基因家族，分析NaCl胁迫下，GPX活性变化规律和GPX基因的表达模式，为揭示裸果木应对盐胁迫的抗氧化防御机制提供参考。【方法】采用不同质量浓度的NaCl溶... 详细信息

【目的】鉴定裸果木叶组织谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase，GPX）基因家族，分析NaCl胁迫下，GPX活性变化规律和GPX基因的表达模式，为揭示裸果木应对盐胁迫的抗氧化防御机制提供参考。【方法】采用不同质量浓度的NaCl溶液处理育苗基质模拟盐胁迫，测定分析裸果木幼苗叶片的GPX活性变化，并基于叶组织转录组数据进行GPX基因家族鉴定和表达量分析。【结果】裸果木叶组织中共鉴定到4个GPX家族成员GPX1、GPX4、GPX6和GPX8，其编码的蛋白质共包含8个蛋白保守基序，均为亲水性蛋白质，且稳定性较强。裸果木叶片GPX活性随NaCl浓度增大呈先增加后降低的趋势，在1.5%NaCl溶液处理下活性最高，为对照的1.97倍，在2.5%NaCl溶液处理下，GPX活性也高于对照，但是差异不显著。盐胁迫下裸果木叶组织中GPX1、GPX6和GPX8基因表达显著上调，其中GPX1和GPX6基因表达量最高。【结论】裸果木叶组织GPX基因家族包含4个成员，其中GPX1和GPX6基因在盐胁迫下的高表达可能使叶片的GPX活性增强，从而使裸果木表现出较强的耐盐能力。

关键词：裸果木谷胱甘肽过氧化物酶盐胁迫基因家族鉴定基因表达量