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在拉丁美洲和加勒比海地区大规模接种疫苗前后儿童甲型轮状病毒基因型分布的系统评价

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微生物学免疫学进展 2020年第6期48卷 52-52页

作者：白君(译) 陈继军(审校) 不详

在过去10年中,大多数拉丁美洲和加勒比海(LAC)国家在其国家免疫规划中纳入了口服轮状病毒活疫苗,取得了显著成果。然而,有研究认为,大规模的疫苗接种可能导致流行基因型的替代、新变异的出现或中和抗体逃逸突变,这可能会降低疫苗的有效... 详细信息

在过去10年中,大多数拉丁美洲和加勒比海(LAC)国家在其国家免疫规划中纳入了口服轮状病毒活疫苗,取得了显著成果。然而,有研究认为,大规模的疫苗接种可能导致流行基因型的替代、新变异的出现或中和抗体逃逸突变,这可能会降低疫苗的有效性。作者对发表在PubMed,Scielo和LILACS上的研究进行了系统回顾,只考虑具有轮状病毒大规模疫苗接种策略的LAC国家.

关键词：国家免疫规划轮状病毒基因型分布疫苗接种系统回顾中和抗体接种疫苗口服轮状病毒活疫苗

基于ARIMA模型的天津地区单中心HPV感染趋势及基因型特征

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中国感染控制杂志 2024年第10期23卷 1249-1257页

作者：李杨谭桂兰李怡谢晓媛李姝吴芳刘霞天津市妇女儿童保健中心妇女保健科天津300299

目的采用自回归移动平均(ARIMA)模型构建时间序列,分析天津地区单中心人乳头瘤病毒(HPV)感染趋势及基因型特征。方法选择2018年1月-2022年12月某院进行HPV检测的7236例女性患者,比较2018-2022年天津地区HPV感染情况及基因型分布。建立AR... 详细信息

目的采用自回归移动平均(ARIMA)模型构建时间序列,分析天津地区单中心人乳头瘤病毒(HPV)感染趋势及基因型特征。方法选择2018年1月-2022年12月某院进行HPV检测的7236例女性患者,比较2018-2022年天津地区HPV感染情况及基因型分布。建立ARIMA模型时间序列,分析模型拟合。预测2023年HPV感染数,并与实际发生数进行比较,评价模型的预测效果。结果2018-2022年天津地区HPV感染率为14.41%;HPV感染率在31~40岁年龄段最高,感染率为15.47%。阳性标本中HPV单一型别感染比率最高,占比为73.54%(767/1043),以高危型HPV为主。低危型感染占比最高的是HPV-6型,为2.59%,高危型感染占比最高的是HPV-16型,为16.06%。建立ARIMA模型,确定最佳模型为ARIMA(0,1,2)(0,1,1)12,其AIC值和BIC值分别为3.877、4.005,经白噪声检验Ljung-Box Q=8.828差异无统计学意义(P>0.05)。利用模型预测2023年HPV感染数,实际值、预测值的总体趋势基本保持一致,模型RMSE、MAPE、MAE分别为6.289、34.149、4.706,提示模型的预测效果较好。结论天津地区女性人群中,HPV病毒感染类型以单一高危型感染为主,其中HPV-16型感染率最高。天津地区HPV感染存在季节性,ARIMA模型在HPV感染流行趋势的预测中效果较好,适用于短期预测。

关键词：自回归移动平均模型人乳头瘤病毒基因型分布感染趋势 HPV

2015年至2016年华南地区丙型肝炎病毒基因型研究

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中华传染病杂志 2017年第10期35卷 605-611页

作者：吴涛王姣邢慧芸高艺郭晓磊高慧文杜珊菱肖芙蓉林锋海南省人民医院感染科海口570311 海南省人民医院疾病预防控制办公室海口570311 海南金域医学检验中心

目的研究华南地区HCV基因型组成情况，了解HCV在华南地区的传播现状和推断其传播趋势。方法应用PCR荧光探针法或直接测序法对近两年华南地区的3 524份样本的HCV基因亚型进行检测和分析；对于PCR荧光探针法不能确定分型的标本，进一步采... 详细信息

目的研究华南地区HCV基因型组成情况，了解HCV在华南地区的传播现状和推断其传播趋势。方法应用PCR荧光探针法或直接测序法对近两年华南地区的3 524份样本的HCV基因亚型进行检测和分析；对于PCR荧光探针法不能确定分型的标本，进一步采用套式PCR测序后进行系统发育树分析。结果3 524例样本中广东省2 922例，福建省78例，海南省152例和广西壮族自治区372例。1b亚型为最主要的基因亚型（1 808/3 524，51.3%），其次为6a（925/3 524，26.2%）、2a（298/3 524，8.46%）、3a（246/3 524，6.98%）、3b（200/3 524，5.68%）和1a（27/3 524，0.77%）；此外发现6e亚型1例、6q亚型1例、6r亚型1例、6w亚型3例、6xa亚型2例、6n亚型2例、基因型6＂特殊病毒株＂1例。广东省的21个市县中，大部分地区主要基因型为1b，其次为6a；部分地区主要基因型为6a，其次为1b；所有地区未见4型、5型、7型。结论近两年1b和6a仍是广东省、广西壮族自治区和海南省最主要的两个流行基因型；在广东省的部分地区6a已经取代1b成为最主要基因型；广西壮族自治区、福建省近两年HCV基因型分布上变化不大。

关键词：华南地区丙型肝炎病毒聚合酶链反应-荧光探针法基因型分布系统发育树

无锡地区人乳头状瘤病毒感染状况及基因型分析

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山东医药 2011年第47期51卷 64-65页

作者：穆会君张滨谢平南京医科大学附属无锡市人民医院江苏无锡214023

目的了解无锡地区人乳头状瘤病毒(HPV)感染状况及其基因型分析,为其临床诊治提供依据。方法采用PCR-反向点杂交法检测2 684例妇女宫颈脱落细胞和669例皮肤科患者皮肤疣体HPV病毒DNA,并进行基因分型。结果 2 684例妇科样本中HPV感染693例... 详细信息

目的了解无锡地区人乳头状瘤病毒(HPV)感染状况及其基因型分析,为其临床诊治提供依据。方法采用PCR-反向点杂交法检测2 684例妇女宫颈脱落细胞和669例皮肤科患者皮肤疣体HPV病毒DNA,并进行基因分型。结果 2 684例妇科样本中HPV感染693例(25.82%);共检出21种HPV亚型,其中感染单一HPV亚型者495例(71.40%),两种以上者198例(28.60%);共检出HPV 1 012株,其中高危型占69.00%,低危型占31.00%。669例皮肤科标本中HPV感染630例(94.20%),共检出20种HPV亚型,检出感染单一HPV亚型420例(66.67%),两种以上者210例(33.33%);共检出HPV 933株,其中高危型占14.08%,低危型占85.92%。结论无锡地区妇科HPV感染率较高,感染亚型主要是高危型;皮肤科感染的HPV亚型主要为低危型。

关键词：人乳头瘤病毒基因型分布

高龋儿童口腔中变形链球菌基因型与传播来源的AP-PCR分析

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现代口腔医学杂志 2007年第3期21卷 328-329,244页

作者：胡晓燕李颂梅陵宣安徽医科大学附属口腔医院合肥230032

龋病是儿童最常见的口腔疾病,***是主要致龋菌。了解高龋儿童口腔中的***基因型分布及其传播来源和方式对儿童龋病的预防具有积极的意义。目前的研究认为,儿童口腔中的***主要是通过母子垂直传播等途径获得,所获得的***存在明显的基因... 详细信息

龋病是儿童最常见的口腔疾病,***是主要致龋菌。了解高龋儿童口腔中的***基因型分布及其传播来源和方式对儿童龋病的预防具有积极的意义。目前的研究认为,儿童口腔中的***主要是通过母子垂直传播等途径获得,所获得的***存在明显的基因多态性,不同基因型的***菌株可能在致龋过程中发挥了不同的作用,但是,***的基因型与致龋性之间的关系尚存在争议。[第一段]

关键词：基因型分布儿童口腔垂直传播 PCR分析变形链球菌儿童龋病基因多态性口腔疾病

膜显色DNA芯片技术检测丙型肝炎病毒基因型及临床意义

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江苏医药 2005年第6期31卷 463-464页

作者：王永忠毛红菊周国平吴国祥赵建龙常州市第三人民医院 213001 中国科学院上海微系统与信息技术研究所

目的了解丙型肝炎病毒基因型分布及其临床意义。方法应用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)对89例抗HCV阳性血清进行HCVRNA扩增,再应用膜显色DNA芯片技术,对HCV进行基因分型,并对部分标本用基因测序法作对照。结果89份抗HCV阳性血清中,检测出HC... 详细信息

目的了解丙型肝炎病毒基因型分布及其临床意义。方法应用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)对89例抗HCV阳性血清进行HCVRNA扩增,再应用膜显色DNA芯片技术,对HCV进行基因分型,并对部分标本用基因测序法作对照。结果89份抗HCV阳性血清中,检测出HCVRNA阳性73例。其中,HCV/1b型66例(90.4%),HCV/1a型1例(1.4%),2a型3例(4.1%),3b型3例(4.1%)。13例标本作基因测序分型对照,分型结果完全一致。15例献血员血清中未检出HCVRNA。结论HCV/1b型是江苏常州地区丙肝病毒优势株。膜显色DNA芯片可用于HCVRNA检测及基因分型检测,方法简便、快速、准确,适合临床推广应用及流行病学研究。

关键词：丙型肝炎病毒基因型临床意义逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR) 技术检测显色 HCV阳性血清 DNA芯片技术基因分型检测流行病学研究基因型分布 RNA扩增 RNA检测方法应用测序分型分型结果丙肝病毒常州地区推广应用

云南地区HCV基因型流行特征及耐药突变基因检测方法的初步建立

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云南地区HCV基因型流行特征及耐药突变基因检测方法的初步建立

作者：杨婉汝昆明理工大学

学位级别：硕士

丙型肝炎是由丙型肝炎病毒(HCV)引起的一种主要经血液传播的疾病,丙型肝炎病毒呈全球性流行,据统计,全球约有1.85亿人为HCV感染者。我国属HCV高感染区,丙型肝炎报告数在病毒性肝炎中也呈上升趋势。HCV的基因型分布复杂,呈明显的地域差... 详细信息

丙型肝炎是由丙型肝炎病毒(HCV)引起的一种主要经血液传播的疾病,丙型肝炎病毒呈全球性流行,据统计,全球约有1.85亿人为HCV感染者。我国属HCV高感染区,丙型肝炎报告数在病毒性肝炎中也呈上升趋势。HCV的基因型分布复杂,呈明显的地域差异性。目前HCV已发现8种基因型80多种亚型,我国以1b、2a型最常见。目前,针对HCV的直接抗病毒药物(DAA)已经应用于临床,该药具有强效抑制病毒复制,快速降低HCV病毒载量,提高了丙型肝炎治疗的持续病毒应答(SVR)。然而,随着DAA药物的广泛使用,加上HCV病毒复制时的高错配率和RNA聚合酶低保真性等特性致使HCV在DAA药物的压力下产生了耐药基因的突变,进而影响了丙肝治疗效果。HCV相关耐药基因突变又与HCV不同基因型和亚型直接相关。因此,阐明HCV基因型和亚型的分布以及耐药突变基因特征对丙肝的临床治疗具有重要的指导意义。此外,针对HCV DAA耐药突变的检测目前主要通过一代测序(Sanger)的方法,该方法具有灵敏度低、信息量小等不足也制约了HCV耐药位点的监测。基于此,本论文研究了云南地区HCV基因型和亚型流行特征,建立了基于新一代测序技术(NGS)HCV耐药突变基因的检测方法。首先,本论文研究了2018年云南地区的1464例样本,结果表明HCV基因型以3b(39.3%)、1b(21.0%)、3a(20.0%)、6n(8.8%)、2a(7.2%)、6a(2.1%),呈现出3b、3a和1b为主的分布特征。此外,我们针对昆明地区2008-2018年503例HCV阳性样本11年来基因型动态变化进行了分析,结果表明总体HCV基因型分布情况为3b(37.6%),3a(21.9%),1b(19.3%),2a(10.5%),6n(7.2%)。其中1b由2008年的13%到2018年的4%、2a由2008年的10%到2018年的0%均呈明显的逐年下降趋势。相反,3a从2008年的3%到2018年的16%、3b从2008年的9%到2018年的24%均呈明显的逐年上升趋势。其次,为了调查云南地区HCV治疗前耐药突变的流行特征,我们随机选取主要流行的HCV 1b(60例)、3a(60例)、3b(60例)、2a(30例)、6n(40例)。利用RT-PCR方法针对DAA作用靶点基因NS3、NS5A、NS5B进行了测序分析。结果表明,HCV 1b的NS3区容易发生M/V170I(54.5%)对波普瑞韦、M/V170I(52.7%)对西咪匹韦、M/V170I(52.7%)对特拉匹韦、M/V170I(52.7%)伏西瑞韦发生抗性耐药;NS5A区容易发生L28M(42.6%)而对达卡他韦、雷迪帕韦、奥比他韦发生抗性耐药;NS5B区容易发生C/R316N(80.4%)而对达塞布韦产生抗性耐药。3a的NS3区容易发生H170I(98.2%)而对伏西瑞韦产生抗性耐药。3b的NS3区容易发生H170I(98.1%)而对伏西瑞韦产生抗性耐药;NS5A区容易发生Q30K(100%)而对艾尔巴韦、雷迪帕韦、维拉他韦发生抗性耐药,D/G31M(98.1%)而对达卡他韦、艾尔巴韦发生抗性耐药。最后,我们针对云南地区HCV六种主要流行基因亚型(1b、2a、3a、3b和6n),根据HCV NS3、NS5A和NS5B三个区段耐药位点分布的特点,设计了50对多重PCR引物进行模板扩增,NGS检测结果表明高通量测序可以检出Sanger测序未检出的低频率耐药突变位点,其他位点两种检测方法结果基本一致且NGS测序检出的突变频率为100%。此外,我们还进行了特异性验证,结果说明此方法中设计的多重PCR引物对HCV病毒基因组具有特异性,说明HCV耐药突变基因下一代测序方法的初步建立。综上所述,本论文阐明了云南地区目前HCV基因型和亚型的分布特征,以及昆明地区HCV基因型和亚型11年来的变化规律,为HCV患者的治疗和预防提供了科学依据。此外,我们首次研究了云南地区DAA治疗前HCV主要流行基因型和亚型预存耐药突变特征,并初步建立了基于NGS技术HCV不同基因型亚型耐药突变基因检测方法,为下一步准确监控HCV DAA治疗中耐药突变提供了重要的技术手段。

关键词： HCV 基因型分布耐药突变下一代测序

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针茅水孔蛋白基因多态性分析及其地理分布

生态学杂志 2008年第3期27卷 349-354页

作者：韩冰王艳芳杨劼苏婧内蒙古大学生命科学学院呼和浩特010018 内蒙古农业大学生物工程学院呼和浩特010018

以分布于内蒙古的草甸草原(森林草原)、典型草原、荒漠草原上的7种针茅属植物为材料,利用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分析了水孔蛋白基因的外显子1和内含子1的遗传多态性。结果表明:外显子1有AA、BB和CC3种基因型,内含... 详细信息

以分布于内蒙古的草甸草原(森林草原)、典型草原、荒漠草原上的7种针茅属植物为材料,利用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分析了水孔蛋白基因的外显子1和内含子1的遗传多态性。结果表明:外显子1有AA、BB和CC3种基因型,内含子1有DD、EE、FF和GG4种基因型;种间存在基因多态性,种内没有多态性,所有种均表现出遗传的单态性和100%的纯合度。从基因型地理分布看,AA基因型在草甸草原、森林草原、典型草原及荒漠草原区的针茅种上均有分布,BB、CC基因型只分布在荒漠草原区的针茅中;DD基因型分布于草甸草原、森林草原及典型草原区的针茅属植物中,荒漠草原区分布有EE、FF、GG等3种基因型。荒漠草原区的植物是旱生程度最强的一类草原群落,该区的3种针茅具有丰富的遗传多态性。

关键词：水孔蛋白基因 PCR-SSCP 遗传多态性基因型分布

GNB3基因C825T多态同哈萨克族人群肥胖的关联分析

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复旦学报（医学版） 2005年第4期32卷 427-429页

作者：周一俭梁鸿子王笑峰汪师贞林仁勇金力温浩复旦大学生命科学学院遗传学研究所上海200433 新疆医科大学第一附属医院中心实验室乌鲁木齐830054

目的探讨鸟苷酸结合蛋白基因β3亚单位(G-proteinβ3Subunit,GNB3)第10外显子C825T多态同中国哈萨克族人群肥胖的关系。方法应用PCR技术及限制性长度多态(RFLP)技术在277例哈萨克族正常体重者,121例超重者及102例肥胖者中检测GNB3基因C8... 详细信息

目的探讨鸟苷酸结合蛋白基因β3亚单位(G-proteinβ3Subunit,GNB3)第10外显子C825T多态同中国哈萨克族人群肥胖的关系。方法应用PCR技术及限制性长度多态(RFLP)技术在277例哈萨克族正常体重者,121例超重者及102例肥胖者中检测GNB3基因C825T多态性。结果GNB3基因C825T多态3种基因型分别为TT、CT及CC。其中CT、TT基因型分布频率在正常体重组、超重组及肥胖组分别为46.9%,54.5%,54.9%,23.4%,16.6%,20.6%,基因型分布在组间无显著性差异(P=0.39)。T等位基因分布在正常体重组、超重组及肥胖组分别为46.9%,43.8%,48.0%,组间也无显著性差异(P=0.63)。将正常体重及超重者按高血压及正常血压分层,发现超重及肥胖的高血压者TT基因型频率(26.2%)较正常体重的高血压者(14.7%)有增高趋势(P=0.061)。结论GNB3基因825T等位基因可能不是中国哈萨克族肥胖的主要遗传易感因子,但TT基因型可能在超重的高血压者中有一定作用,此基因在中国其他人群肥胖合并高血压中的作用有必要进行深入研究。

关键词：基因C825T 哈萨克族关联分析人群显著性差异结合蛋白基因正常体重等位基因分布高血压者遗传易感因子 GNB3基因肥胖的关系 PCR技术基因型分布基因型频率分布频率正常血压超重重组亚单位鸟苷酸中国外显子