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东北地区部分犊牛感染贾第虫的基因型及基因亚型分析

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中国兽医学报 2012年第11期32卷 1679-1682,1707页

作者：张静苏艳白光彦王春仁高依然韩福松姜宁陈启军尹继刚吉林大学人兽共患病研究所人兽共患病研究教育部重点实验室吉林长春130062 吉林市丰满区小白山乡兽医站吉林吉林市132108 黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319

采用巢式PCR方法鉴定东北部分地区牛源贾第虫的基因型。提取DNA后经巢式PCR扩增TPI基因,扩增产物测序后用BLAST和MEGA 4.0软件进行同源性和系统发育分析。结果表明,吉林市和长春分离株属于蓝氏贾第虫的Assemblage E型;大庆分离株中蓝氏... 详细信息

采用巢式PCR方法鉴定东北部分地区牛源贾第虫的基因型。提取DNA后经巢式PCR扩增TPI基因,扩增产物测序后用BLAST和MEGA 4.0软件进行同源性和系统发育分析。结果表明,吉林市和长春分离株属于蓝氏贾第虫的Assemblage E型;大庆分离株中蓝氏贾第虫的Assemblage E和Assemblage A型均存在。

关键词：贾第虫基因型基因亚型

我国部分地区采供血机构发现HIV-1感染者的毒株基因亚型分析

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中国艾滋病性病 2020年第4期26卷 337-340页

作者：段蕾静张志敏蒋岩狄宇徐晴晴潘品良邱茂锋中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心参比实验室北京102206 北京市丰台区疾病预防控制中心微生物检验科北京100071

目的分析我国部分地区采供血机构发现1型艾滋病病毒(HIV-1)感染者的毒株基因亚型。方法收集2011-2015年重庆等14个省(自治区、直辖市)采供血机构发现的部分HIV-1感染者血浆样品,提取总核糖核酸(RNA),反转录后经巢式聚合酶链反应(PCR)扩... 详细信息

目的分析我国部分地区采供血机构发现1型艾滋病病毒(HIV-1)感染者的毒株基因亚型。方法收集2011-2015年重庆等14个省(自治区、直辖市)采供血机构发现的部分HIV-1感染者血浆样品,提取总核糖核酸(RNA),反转录后经巢式聚合酶链反应(PCR)扩增HIV-1 pol基因区片段。PCR产物测序后进行序列分析,计算pol基因区样本间基因离散率,并做系统进化树分析。结果共检测220份血浆样品,有173份经PCR扩增成功,其中60.1%(104份)来自西南地区(重庆、云南)、14.5%(25份)来自华东地区(江西、福建)、12.1%(21份)来自华北地区(天津、河北)、8.1%(14份)来自西北地区(青海、甘肃和新疆)、2.3%(4份)来自华南地区(海南)、2.3%(4份)来自东北地区(吉林、辽宁和内蒙古)、0.6%(1份)来自华中地区(湖北)。检出的基因亚型有8种,其中CRF07BC(50.9%,88份)和CRF01AE(28.9%,50份)所占比例较大,随后依次为CRF08BC(11.0%,19份)、CRF5501B(2.9%,5份)、B(2.9%,5份)、CRF85BC(0.6%,1份)、CRF6801B(0.6%,1份)和C(0.6%,1份);另有3份样品的基因亚型为未知亚型。近年在男男性行为者(MSM)中新被检出并流行的有CRF5501B和CRF6801B亚型。结论我国献血人群HIV-1感染者毒株的基因亚型分布日益多样化;主要流行于MSM的两种基因亚型在献血人群中被检出,提示采供血机构应进一步加强对献血员的背景调查和筛选。

关键词： 1型艾滋病病毒基因亚型系统进化树献血者

华北地区HBV基因亚型特点及其与核苷(酸)类抗HBV药物耐药突变的关系

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解放军医学杂志 2010年第6期35卷 629-631,634页

作者：李晓东李庆虹李进周渝霞郝玉清戴久增李乐姚增涛张玲霞徐东平军事医学科学院北京100850 解放军302医院全军传染病研究所病毒性肝炎研究室

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因亚型在中国华北地区的分布情况及其对核苷(酸)类药物基因型耐药突变发生率的影响。方法提取2377例慢性乙肝(1942例)和乙肝相关肝硬化(435例)患者血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增反转录酶(RT)基因区,对PCR产物... 详细信息

目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因亚型在中国华北地区的分布情况及其对核苷(酸)类药物基因型耐药突变发生率的影响。方法提取2377例慢性乙肝(1942例)和乙肝相关肝硬化(435例)患者血清HBVDNA,采用巢式PCR扩增反转录酶(RT)基因区,对PCR产物直接测序,根据所测RT/S基因序列构建系统进化树确定HBV基因亚型,检测RT区耐药突变,将数据录入HBVdb数据库进行分析。结果感染HBV各基因亚型的例数为B1型10例(0.4%),B2型344例(14.5%),B3型6例(0.3%),B4型8例(0.3%),C1型28例(1.2%),C2型1937例(81.4%),C3型21例(0.9%),C4型6例(0.3%),D型17例(0.7%)。B2和C2亚型患者之间在性别、HBVDNA载量、总胆红素、丙氨酸氨基转移酶/天冬氨酸氨基转移酶(ALT/AST)水平、胆碱酯酶、凝血酶原活动度方面差异无统计学意义(P>0.05);慢性乙肝患者中,C2亚型病毒感染的拉米夫定耐药突变V173L、L180M、M204I和阿德福韦酯耐药突变A181V检出率显著高于B2亚型病毒感染(P亚型病毒感染的阿德福韦酯耐药突变N236T检出率显著高于C2亚型病毒感染(P=0.014)。结论我国华北地区流行的HBV以C型和B型为主,其中C2和B2为主要亚型,HBV基因亚型可能会影响临床核苷(酸)类药物的耐药突变发生率。

关键词：肝炎病毒,乙型基因亚型抗药性,病毒突变

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丙型肝炎病毒基因型与基因亚型的研究进展

中华传染病杂志 2012年第5期30卷 314-316页

作者：鞠威成军首都医科大学传染病学研究所北京地坛医院传染病研究所北京100015

HCV感染是一个全球性的严重公共卫生问题。目前，全世界约有1．8亿人感染HCV。HCV基因组的高度变异性是导致HCV持续感染以及预后不佳的重要因素，HCV基因型与肝病严重程度、感染途径、抗病毒治疗应答情况等相关，已受到人们越来越多的... 详细信息

HCV感染是一个全球性的严重公共卫生问题。目前，全世界约有1．8亿人感染HCV。HCV基因组的高度变异性是导致HCV持续感染以及预后不佳的重要因素，HCV基因型与肝病严重程度、感染途径、抗病毒治疗应答情况等相关，已受到人们越来越多的重视。现将近年来HCV基因型与基因亚型的研究综述如下。

关键词：丙型肝炎病毒基因型基因亚型 HCV感染 HCV基因型公共卫生问题 HCV基因组持续感染感染途径

2014—2018年成都市某医院13798例就诊女性HPV感染情况与基因亚型分析

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现代预防医学 2021年第3期48卷 542-545+558页

作者：陈静娴杨敏何迅游兰郑田利裴晓方四川大学华西公共卫生学院/华西第四医院成都医学院第一附属医院检验科

目的探讨四川省成都市新都区某医院女性人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)阳性感染情况,为HIV防控策略提供参考依据。方法选取2014年1月至2018年12月五年期间成都医学院第一附属医院13 798例就诊女性的宫颈上皮脱落细胞标本,采... 详细信息

目的探讨四川省成都市新都区某医院女性人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)阳性感染情况,为HIV防控策略提供参考依据。方法选取2014年1月至2018年12月五年期间成都医学院第一附属医院13 798例就诊女性的宫颈上皮脱落细胞标本,采用基因扩增及导流杂交技术对21种HPV亚型进行分型检测。结果共检出HPV阳性样本2687例,阳性率19.47%,其中单一感染占比14.22%,多重感染占比5.25%;21种HPV基因亚型均被检出,其中高危型占83.95%,低危型占16.05%,检出率前三位的HPV亚型为HPV52、HPV16、HPV58;≤20岁年龄段HPV检出率最高,其次为21～30岁和≥61岁,检出率分别为30.91%、21.63%和20.50%。结论 2014—2018年成都市该医院女性HPV感染以单一型、高危型为主,以HPV52、HPV16和HPV58基因亚型多见,预防接种应选用包含这三种亚型的疫苗。

关键词：人乳头瘤病毒 HPV感染基因亚型宫颈癌

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我国汉坦病毒基因型和基因亚型的分布研究

病毒学报 2002年第3期18卷 211-216页

作者：王世文杭长寿王华解燕乡马本江中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京100052

为了搞清全国汉坦病毒的基因型和亚型的分布情况 ,广泛收集了全国各地汉坦病毒毒株、阳性病人血清和阳性鼠肺 ,并应用RT -PCR的方法 ,应用汉坦病毒型特异性引物 ,对这些不同来源的阳性标本中汉坦病毒型特异性M和S片段进行扩增和测序 ,... 详细信息

为了搞清全国汉坦病毒的基因型和亚型的分布情况 ,广泛收集了全国各地汉坦病毒毒株、阳性病人血清和阳性鼠肺 ,并应用RT -PCR的方法 ,应用汉坦病毒型特异性引物 ,对这些不同来源的阳性标本中汉坦病毒型特异性M和S片段进行扩增和测序 ,并与其它已知病毒序列进行比较 ,以明确其型别和亚型及其在全国的分布情况。结果表明 :我国HFRS各疫区仍然为HTNV和SEOV两型病毒 ,但亚型分布差异较大 ,其中HTNV可分为 9个亚型 ,SEOV则有 4～ 6个亚型。Q32株的部分M和S片段分属于H9和H2亚型 ,是一个基因重排病毒 ,而Nc16 7株在系统发生上与其它HTNV明显不同 ,比较核苷酸序列发现 ,其M片段与其它HTNV的同源性在 71 3%～ 76 7%之间 ,S片段与其它HTNV的同源性只有 5 2 3%～ 5 7 8% 。

关键词：汉坦病毒基因型基因亚型中国分布

德宏州ART后HIV低病毒血症毒株基因亚型和耐药分析

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中国艾滋病性病 2023年第10期29卷 1074-1080页

作者：段星陈泰霖王继宝曹东冬杨涛周素娟王译葵杨锦杨跃诚唐仁海叶润华丁盈盈何纳段松德宏傣族景颇族自治州疾病预防控制中心艾滋病性病防制科云南芒市678400 复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室上海200032 德宏傣族景颇族自治州人民医院云南芒市678400

目的探究接受抗病毒治疗的HIV/AIDS低病毒血症患者耐药情况和影响因素,基因亚型与耐药位点突变情况。方法纳入病毒载量50-999copies/mL的HIV/AIDS患者,巢式PCR扩增HIV-1的pol基因后进行耐药检测,根据世界卫生组织耐药标准和斯坦福大学... 详细信息

目的探究接受抗病毒治疗的HIV/AIDS低病毒血症患者耐药情况和影响因素,基因亚型与耐药位点突变情况。方法纳入病毒载量50-999copies/mL的HIV/AIDS患者,巢式PCR扩增HIV-1的pol基因后进行耐药检测,根据世界卫生组织耐药标准和斯坦福大学耐药数据库判定耐药、确定突变位点以及毒株对ART药物的敏感性,Logistic回归分析耐药影响因素。结果896例低病毒血症患者中65.6%(588例)pol基因扩增成功。总耐药率为24.7%(145/588),NNRITs耐药率最高,为21.3%(125/588),部分患者存在多重耐药。588例HIV/AIDS低病毒血症患者中HIV-1毒株BC重组亚型占25.2%(148人),B亚型占24.5%(144人),C亚型占23.5%(138人),CRF 01_AE亚型占14.3%(84人)。Logistic回归分析发现,耐药与HIV-1病毒亚型有关。B亚型耐药率最高,为43.1%(62/144),CRFs、C亚型、URFs耐药率分别为22.7%(32/141)、18.8%(26/138)、15.2%(25/165)。所有亚型中K103 N、M184V/I突变频率最高,分别产生了对EFV/NVP、3TC/FTC的高度耐药。结论德宏州接受ART的HIV/AIDS低病毒血症患者耐药较为常见,不同毒株基因亚型耐药率不同,出现了常见的几种耐药突变,并产生对NNRTIs和NRTIs的耐药。应及时监测该人群的耐药情况,为更换ART药物、改善预后提供依据。

关键词：艾滋病病毒低病毒血症耐药基因亚型

我国南方汉族人脊髓小脑性共济失调不同基因亚型的频率分布

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中华检验医学杂志 2004年第9期27卷 555-557页

作者：谢秋幼梁秀龄李洵桦中山大学附属第一医院神经科广州510080

目的　研究分析我国南方汉族人脊髓小脑性共济失调 (SCA)不同基因亚型的分布状况。方法　对临床诊断为SCA的 36个家系 4 3例患者和散发 38例患者 ,采用聚合酶链反应 (PCR)对SCA病的三核苷酸重复 (TNR)片段进行扩增 ,并用聚丙烯酰胺凝胶... 详细信息

目的　研究分析我国南方汉族人脊髓小脑性共济失调 (SCA)不同基因亚型的分布状况。方法　对临床诊断为SCA的 36个家系 4 3例患者和散发 38例患者 ,采用聚合酶链反应 (PCR)对SCA病的三核苷酸重复 (TNR)片段进行扩增 ,并用聚丙烯酰胺凝胶电泳和图像分析软件计算其长度 ,推算所有正常和异常扩增等位基因内TNR重复次数。结果　我国南方汉族人群的SCA患者中SCA3是最常见的类型 ,占 4 2 0 % ,而SCA2、SCA1、SCA7、SCA6和SCA12型分别为 7 4 %、4 9%、3 7%、2 5 %和 1 2 % ,未检出SCA8、SCA10、SCA17、DRPLA和FRDA亚型。结论　在家族性和散发性SCA患者中 ,SCA3为最常见类型 ,PCR检测可确立大部分患者的基因亚型。

关键词： SCA 基因亚型患者脊髓小脑性共济失调南方汉族扩增常见中国结论频率分布

云南省HIV感染婴儿病毒基因亚型和耐药性分析

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中华预防医学杂志 2013年第7期47卷 665-666页

作者：杨朝军马艳玲陈敏陈玲董莉娟杨莉云南省疾病预防控制中心性病艾滋病科昆明650022

对母婴传播感染HIV的婴儿需要早发现和早治疗以挽救他们的生命。HIV耐药株的出现是抗病毒治疗失败的主要原因。对HIV感染婴儿进行耐药基因型分析可以有效地开展抗病毒治疗，提升其生存质量。利用滤纸片干血斑样本能有效地对HIV-1感染婴... 详细信息

对母婴传播感染HIV的婴儿需要早发现和早治疗以挽救他们的生命。HIV耐药株的出现是抗病毒治疗失败的主要原因。对HIV感染婴儿进行耐药基因型分析可以有效地开展抗病毒治疗，提升其生存质量。利用滤纸片干血斑样本能有效地对HIV-1感染婴儿做出早期诊断，且利用十血斑技术进行HIV亚型和耐药性基因分析可以避免重复采样，提高检测效率，对艾滋病患儿的治疗具有重要意义。

关键词： HIV感染耐药性分析抗病毒治疗婴儿基因亚型云南省 HIV-1感染治疗失败