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粤东上升流区不同水层可培养细菌多样性研究

热带海洋学报 2024年

作者：张敬凌娟石松标韦章良范利可粤东上升流区海洋生态系统综合观测研究站中国科学院南海海洋研究所海洋环境检测中心中国科学院南海海洋研究所中国科学院大学

上升流通过增强扩散和独特的环境驱动着近海生态系统中的物质循环和能量流动,直接影响环境中生物的生长、繁殖和分布,蕴藏了大量尚未培养和难培养的微生物和新基因资源。本研究从粤东上升流区表层、中层和底层共采集27份海水样品,探究... 详细信息

上升流通过增强扩散和独特的环境驱动着近海生态系统中的物质循环和能量流动,直接影响环境中生物的生长、繁殖和分布,蕴藏了大量尚未培养和难培养的微生物和新基因资源。本研究从粤东上升流区表层、中层和底层共采集27份海水样品,探究细菌多样性和分布模式及其与深度的相关性。采用纯培养方法共分离获得1928株细菌,通过16S rRNA基因序列分析,结果显示这些细菌分布在5门、9纲、32目、54科、121属中的262种。其中,假单胞菌(Pseudomonadota)为优势门,占46.9%;放线菌(Actinomycetia)为优势纲,占44.8%; Microbacteriales为优势目级类群,占21.2%。总体来说,中层海水分离得到的菌株多样性明显低于表层和底层海水环境,但三个层级环境分离获得的优势种群基本相同,最优类群均为Microbacteriales目。从不同水层海水中分离得到的潜在新菌数排序为:底层>表层>中层。从不同培养基分离得到的潜在新菌率排序为2216E培养基>R2A培养基>ISP2培养基>MSM培养基>IMK培养基。通过细菌多样性与环境因子的CCA (canonical correspondence analysis)表明,能显著影响细菌多样性变化的环境因子是叶绿素含量Chl(chlorophyll content)、活性硅酸盐ASS(active silicate salts)、活性磷酸盐AP(active phosphate)、氨及部分氨基酸Amm(ammonia)和生化需氧量BOD(biochemical oxygen demand)。本研究系统调查了粤东上流区可培养海洋细菌多样性及其分布情况,其结果为近海上升流区不同水层可培养细菌多样性研究积累了关键的资料和数据,也为近海典型上升流环境生物物种和基因资源的发掘和利用提供重要参考。

关键词：粤东上升流可培养细菌多样性不同分离培养基不同水层

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三份南海岛礁珊瑚砂样品中可培养细菌多样性

热带海洋学报 2022年第2期41卷 149-158页

作者：李存崔林青杨红强龙丽娟田新朋中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室(中国科学院南海海洋研究所) 广东广州510301 中国科学院边缘海与大洋地质重点实验室(中国科学院南海海洋研究所) 广东广州510301 南方海洋科学与工程广东省实验室(广州) 广东广州511458 中国科学院大学北京100049

岛礁珊瑚砂环境中存在着大量未被培养和利用的微生物资源,微生物多样性研究是了解微生物生态功能、开发和利用微生物资源的基础。文章采用多种寡营养培养基选择性分离南海岛礁珊瑚砂中的可培养细菌,共获得纯培养细菌菌株349株,通过16Sr... 详细信息

岛礁珊瑚砂环境中存在着大量未被培养和利用的微生物资源,微生物多样性研究是了解微生物生态功能、开发和利用微生物资源的基础。文章采用多种寡营养培养基选择性分离南海岛礁珊瑚砂中的可培养细菌,共获得纯培养细菌菌株349株,通过16SrRNA基因序列分析,发现它们隶属于4门(Actinobacteria、Proteobacteria、Firmicutes和Bacteroidetes)、6纲、26目、43科、73属、134种,可培养细菌的优势类群为放线菌门,占所有分离菌株数量的60%;而且还发现18个16S rRNA基因序列相似性低于97%的潜在新种。本研究使用改良优化的寡营养培养基进行分离,较好地显示出样品中微生物的群落组成,且获得了大量潜在的稀有新物种资源。研究结果表明,岛礁珊瑚砂样品的可培养细菌资源十分丰富、细菌群落所涉及的生态功能完整、潜在新种比例较高,为后期岛礁微生物资源挖掘打下了良好的基础,也为后期开发应用积累了丰富且稀有的菌种资源。

关键词：南海岛礁寡营养培养基可培养细菌多样性微生物资源

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中国典型冻土区土壤可培养细菌多样性

微生物学报 2011年第12期51卷 1595-1604页

作者：李淼冯海艳杨忠芳刘长征夏学齐王诚煜江丽珍蒋宏忱中国地质大学地球科学与资源学院北京100083 生物地质与环境地质国家重点实验室中国地质大学北京100083 青海省第五地质矿产勘察院西宁810028

【目的】对比分析中国典型高纬度冻土区和高海拔冻土区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用NM、TSA、R2A 3种培养基分离培养不同冻土区土壤可培养细菌,用通用引物扩增分离的细菌16S rRNA基因,根据系统发育分析进行鉴定。【结果】从6... 详细信息

【目的】对比分析中国典型高纬度冻土区和高海拔冻土区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用NM、TSA、R2A 3种培养基分离培养不同冻土区土壤可培养细菌,用通用引物扩增分离的细菌16S rRNA基因,根据系统发育分析进行鉴定。【结果】从6个样品中得到冻土土壤可培养细菌的菌落数量为4.70×103-2.57×105 cfu/g(土壤干重),根据不同的菌落形态分离出144株可培养细菌。纯培养物的16S rRNA基因部分序列分析表明:我国高纬度冻土区土壤样品中的细菌分别属于Firmicutes分支(59.52%)、Gammaproteobacteria分支(38.10%)、Betaproteobacteria分支(2.38%),其中假单胞菌属(Pseudomonas)、芽胞杆菌属(Bacillus)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的菌株为该区域的三大优势菌群。我国高海拔冻土区土壤样品中分离细菌属于Gammaproteobacteria分支(89.22%)、Firmicutes分支(8.82%)和Bacteroidetes分支(1.96%)。优势菌群为假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】我国高纬度冻土区和高海拔冻土区土壤具有较高的可培养细菌多样性;不同类型冻土区土壤可培养细菌群落组成不同。本文研究结果将为我国冻土区土壤细菌资源研究与利用提供理论依据。

关键词：冻土大兴安岭青藏高原可培养细菌多样性 16S rRNA基因

青藏高原及其毗邻地区冰川雪坑中可培养细菌多样性及低温适应性的研究

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青藏高原及其毗邻地区冰川雪坑中可培养细菌多样性及低温适应性的...

作者：杨丽娟兰州大学

学位级别：硕士

冰雪环境是比较独特的生态系统,由于其低温、寡营养的极端环境为生命和生命大分子物质的保存提供了比较理想的环境,因此被认为是研究地球环境演化和宇宙生命进化等重大问题的“活化石”,冰雪生态系统中微生物来源于各种气溶胶和粉尘颗粒... 详细信息

冰雪环境是比较独特的生态系统,由于其低温、寡营养的极端环境为生命和生命大分子物质的保存提供了比较理想的环境,因此被认为是研究地球环境演化和宇宙生命进化等重大问题的“活化石”,冰雪生态系统中微生物来源于各种气溶胶和粉尘颗粒,由此也被称为是一个天然的微生物“贮藏库”。因而我们对这一特殊生态系统中微生物的研究可以为古气候的重建提供信息,为研究生命起源和进化寻找线索,发掘极端环境下的生物学特性,寻找能被人类利用的特殊基因和嗜冷微生物及其分泌产物。本研究以青藏高原及其毗邻地区的阿尔泰山木斯岛冰川、天山1号冰川、老虎沟12号冰川、慕士塔格冰川、格拉丹东果曲冰川、扎当冰川以及德木拉冰川雪坑七个不同空间的冰川雪坑样品为实验材料,采用传统的恢复培养技术并结合16S rDNA分子鉴定的方法,分析了不同冰川雪坑中可培养细菌的多样性,并且对恢复获得的代表菌株的生理生化(温度、耐盐性、pH和胞外水解酶活性)进行了初步研究。得到以下结果：一、不同空间冰川雪坑中可培养细菌的多样性变化七个不同空间冰川雪坑中的52个样品共恢复得到的菌株经过传统的形态鉴定与酶切分型共得到82株不同的菌株,采用16S rDNA分子鉴定将这些菌株划分为6个类群(Actinobacteria,Firmicutes,Bacteroidete、α-,β-,γ-Proteobacteria,)的26个属：Arthrobacter、Mycetocola、Pseudomonas、 Sphingomonas、 Janthinobacterium、Brevundimonas、Polaromonas、Flavobacterium、Bacillus、 Caryophanon、Planococcus、Staphylococcus、Devosia、Clavibacter、Streptomyces、 Subtercola、Paracoccus、Acinetobacter、Stenotrophomonas、Cryobacterium、 Psychrobacter、Leifsonia、Salinibacterium、Microbacterium、Frondihabitans、 Chryseobacterium和3个未定属：Arcicella、Hymenobacter、Microbacteriaceae.。结合细菌来源分析表明：首先,不同空间冰川雪坑中可培养细菌的优势菌群不同;其次,各雪坑中分离出的种属在各个雪坑中存在普遍性和特殊性,其中Arthrobacter sp.在七个雪坑中均有分布,而Frondihabitans sp.、Leifsonia sp.、 Cryobacterium sp.等仅存在于一个冰川雪坑中;最后,可培养细菌的来源不同且较复杂,但总的来看来自冷环境的细菌占多数。二、可培养细菌在低温条件下的生理适应性特点恢复培养获得的经16SrRNA基因序列分析后确定种属的菌株其温度适应性、耐盐性和pH生长范围的检测,得出的结果是：1),多数菌株属于耐冷性细菌,可以在4-37℃温度范围内生长,个别菌株表现出嗜温细菌的特点;2),所有菌株都可以在不加任何盐的培养基上正常生长,在添加NaCl的培养基上也表现出了各自的生长特点。总体来看,所有菌株在盐度的耐受性上表现出比较能耐受盐的特点;3),48%的菌株在pH达到5以上才能够正常生长。总的来说,所有这些菌株多表现出来的是偏碱性的生长趋势;4),测试菌株在20℃产生胞外水解酶(淀粉酶、脂肪酶和纤维素酶)的结果显示：85%的菌株产生脂肪酶,所占比例最高,30%的菌株可以产生淀粉酶,19%的菌株能够产生纤维素酶。并且本研究所恢复培养得到的可培养细菌,一半以上均可以产生色素。除了天山1号冰川是革兰氏阴性菌(α、β-、γ-Proteobacteria)占多数以外,其它六个冰川雪坑中都是革兰氏阳性细菌(Actinobacteria、Firmicutes和Bacteroidete)占较高的比例,特别是高G+C(HGC)的Actinobacteria类群在慕士塔格、果曲和德木拉冰川雪坑中都占有绝对的优势。结果表明低温环境下生存的微生物存在适应这种环境的生理机制,进而也说明了低温环境中的微生物是自然选择和生物适应的结果。综上所述,青藏高原及其毗邻地区不同空间冰川雪坑中可培养细菌的多样性存在差异,与其所处地理位置及周围环境有显著的关系;可培养菌株在低温条件下表现出来的生理适应性说明了微生物选择和适应环境的能力,而这种能力能够为人类获得潜在的新型能源提供信息。

关键词：青藏高原及其毗邻地区冰川雪坑可培养细菌多样性低温适应性

种植菠菜和生菜对土壤可培养细菌多样性的影响

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吉林农业 2018年第12期 97-97,99页

作者：窦艳刘洪岺崔健宋立萍天津市滨海新区大港农业服务中心天津300270

菠菜和生菜均是人们较为喜爱的叶菜类蔬菜,为了提高菠菜和生菜的产量,不少农户均会对其进行连续种植和大面积种植,但是,种植实践结果却证实,连续高强度种植会导致这些蔬菜出现不同程度的连作障碍,主要是连作会导致土壤中的微生物(以细... 详细信息

菠菜和生菜均是人们较为喜爱的叶菜类蔬菜,为了提高菠菜和生菜的产量,不少农户均会对其进行连续种植和大面积种植,但是,种植实践结果却证实,连续高强度种植会导致这些蔬菜出现不同程度的连作障碍,主要是连作会导致土壤中的微生物(以细菌为主)群落失衡,因此,为了解决菠菜和生菜的连作障碍问题,就需合理分析其对土壤可培养细菌菌落和多样性的影响,再选择合理的植物与其进行轮作,才能不断提高其种植产量和种植土壤的利用效率。本文分别介绍了种植菠菜和生菜对土壤可培养细菌多样性的影响,在分析和比较了种植两种蔬菜对土壤中可培养细菌门的水平、放线菌门类群、厚壁菌门类群、变形菌门类群的影响,以期为后续菠菜和生菜合理种植提供有效参考。

关键词：菠菜生菜土壤可培养细菌多样性

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红鳍东方鲀稚鱼肠道可培养细菌的多样性

水产科学 2015年第10期34卷 652-656页

作者：李艳宇任盟张丛尧王连顺朱莹马悦欣大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室辽宁大连116023

使用2216E平板涂布法从肠道样品分离可培养细菌,通过16S r DNA测序鉴定细菌。所有分离的细菌分为变形菌门(包含γ-变形细菌纲和α-变形细菌纲)和厚壁菌门。其中以γ-变形细菌纲为优势(83.3%)。在属的水平,从肠道中共分离出弧菌属、希瓦... 详细信息

使用2216E平板涂布法从肠道样品分离可培养细菌,通过16S r DNA测序鉴定细菌。所有分离的细菌分为变形菌门(包含γ-变形细菌纲和α-变形细菌纲)和厚壁菌门。其中以γ-变形细菌纲为优势(83.3%)。在属的水平,从肠道中共分离出弧菌属、希瓦氏菌属、假交替单胞菌属、亚硫酸杆菌属、芽孢杆菌属、Aliivibrio、发光杆菌属、科尔韦尔氏菌属8个属,其中弧菌属、希瓦氏菌属和假交替单胞菌属的种类占总数的70%。首次发现亚硫酸杆菌属和科尔韦尔氏菌属作为红鳍东方鲀稚鱼肠道菌群的一部分。

关键词：红鳍东方鲀可培养细菌多样性 γ-变形细菌纲弧菌属

新疆尉犁县Bozkol废弃古村落土壤可培养细菌的多样性分析

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新疆尉犁县Bozkol废弃古村落土壤可培养细菌的多样性分析

新疆Kiyik废弃古河道天然胡杨林土壤可培养细菌的多样性分析

第三届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运行服务研讨会

作者：艾尼江·尔斯曼玛丽帕·吐达洪马丽艳木·阿木东卡依尔·玉素甫艾尔肯·热合曼新疆大学生命科学与技术学院

对坐落在新疆尉犁县卡尔曲尕乡西南部的,塔克拉玛干沙漠北缘已发现的最大古村落废墟Bozkol(已废弃156年)天然胡杨林土壤可培养细菌的多样性进行了分析。使用LB(35株细菌)、TSB(30株细菌)和1/10浓度的稀释TSB(36株细菌)培养

关键词： Bozkol废弃古村落天然胡杨林土壤微生物可培养细菌多样性 16S rRNA 稀释培养基

来源： cnki会议评论

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新疆Kiyik废弃古河道天然胡杨林土壤可培养细菌的多样性分析

南海热带岛礁生物土壤结皮中细菌的分离及其固砂特性初步研究

第三届全国微生物资源学术暨国家微生物资源平台运行服务研讨会

作者：马丽艳木·阿木东玛丽帕·吐达洪卡依尔·玉素甫艾尼江·尔斯曼古丽斯玛依·艾拜都拉艾尔肯·热合曼新疆大学生命科学与技术学院

为了解位于中国新疆塔里木流域中游的KIYIK废弃古河道可培养细菌群落结构和多样性,从KIYIK废弃古河道胡杨林两个采样点(采样点I,采样点II)采集样品,

关键词： kiyik河中游天然胡杨林可培养细菌多样性 16S rRNA

来源： cnki会议评论

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热带海洋学报 2023年第6期42卷 101-110页

作者：黄谕王琳麦志茂李洁张偲中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室(中国科学院南海海洋研究所) 广东广州510301 中国科学院大学北京100049 南方海洋科学与工程广东省实验室(广州) 广东广州511458

南海热带岛礁生物土壤结皮中有大量可分泌胞外多糖的微生物,这一特性对固砂具有重要的促进作用。本研究利用TSA、改良TSA、MA三种培养基对采自南海永暑礁及三亚鹿回头海岸带的生物土壤结皮进行可培养细菌的分离纯化。本研究共分离纯化7... 详细信息

南海热带岛礁生物土壤结皮中有大量可分泌胞外多糖的微生物,这一特性对固砂具有重要的促进作用。本研究利用TSA、改良TSA、MA三种培养基对采自南海永暑礁及三亚鹿回头海岸带的生物土壤结皮进行可培养细菌的分离纯化。本研究共分离纯化70株细菌,并进行基于16S rRNA基因序列的鉴定,发现所分离的菌株属于3门5纲12目19科25属,厚壁菌门(Firmicutes)为优势门,芽孢杆菌属(Bacillus)为优势属。此外,有22株菌与已知物种16S rRNA基因相似性低于98.65%,为潜在的新物种。纯化菌株的胞外多糖采用乙醇沉淀法提取、苯酚硫酸法检测含量,发现19株菌胞外多糖含量高于0.013mg·mL-1。选取其中胞外多糖含量最高的9株菌进行土壤团聚能力的测定,发现将菌株SCSIO 17111(Lysobacter sp.)菌液喷洒于珊瑚砂表面能够使土壤团聚体保持稳定。针对粒径小于0.2mm的细砂,菌株SCSIO17111固结的砂土在经过干筛处理后,保留量可达92.7%。本研究可为岛礁珊瑚砂的固定、减少土壤流失提供高产胞外多糖菌株资源,还可以为促进岛礁生物土壤结皮的形成提供新的研究思路和方法。

关键词：南海岛礁可培养细菌多样性胞外多糖固砂

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