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生物学教学 2002年第4期27卷 35-36页

作者：毛健民李季平河南省周口师范高等专科学校生物学系 466000

本文介绍了古菌这一特殊的生命形式及Woese基于对古菌研究所提出的生命的“三域学说”和由此构建的生命进化树。

关键词：古菌生命进化基因组序列

饲料中添加高羊毛氨酸硒对陕北白绒山羊羯羊瘤胃古菌结构与组成的影响

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江苏农业学报 2024年第2期40卷 331-341页

作者：李托李陇平屈雷榆林学院陕西省陕北绒山羊工程技术研究中心陕西榆林719000 榆林学院生命科学学院陕西榆林719000

为明确不同剂量高羊毛氨酸硒(SeHLan)对陕北白绒山羊羯羊瘤胃古菌结构与组成的影响,本研究选取发育一致的陕北白绒山羊羯羊32只,均分为4组,分别饲喂硒含量为0.016 mg/kg(CK)、0.300 mg/kg、0.600 mg/kg和1.200 mg/kg的饲料,饲养70 d后,... 详细信息

为明确不同剂量高羊毛氨酸硒(SeHLan)对陕北白绒山羊羯羊瘤胃古菌结构与组成的影响,本研究选取发育一致的陕北白绒山羊羯羊32只,均分为4组,分别饲喂硒含量为0.016 mg/kg(CK)、0.300 mg/kg、0.600 mg/kg和1.200 mg/kg的饲料,饲养70 d后,采集羯羊瘤胃液,提取DNA并利用古菌特异性引物进行PCR扩增,对古菌V4-V5区进行高通量测序和羯羊瘤胃液古菌结构与组成分析。结果表明:随着SeHLan添加量增加,各处理瘤胃液古菌α多样性指数呈现出先降低后增高的变化趋势,但处理间瘤胃液古菌α多样性指数差异均不显著。各处理瘤胃液,在门水平上广古菌门(Euryarchaeota)古菌,在科水平上甲烷短杆菌科(Methanobacteriaceae)古菌,在属水平上甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)古菌的相对丰度均接近80%,且随着饲料中SeHLan添加量增加,相对丰度呈现先降低后升高的变化趋势。0.600 mg/kg硒含量饲料处理的羯羊瘤胃液在门水平上广古菌门(Euryarchaeota)古菌,在科水平上甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)古菌,在属水平上甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)古菌,相对丰度显著低于其他3个处理。综上所述,饲料中添加SeHLan显著影响陕北白绒山羊羯羊瘤胃液古菌组成及结构,0.600 mg/kg硒含量饲料处理的羯羊瘤胃产甲烷菌丰度显著低于其他处理。

关键词：高羊毛氨酸硒陕北白绒山羊羯羊高通量测序瘤胃古菌

断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能与腹泻的相关性研究

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中国畜牧兽医 2024年第11期 4755-4764页

作者：潘成麟宋彤星章啸君楼芳芳胡旭进屠平光肖英平吕文涛华中农业大学动物科学技术学院浙江省农业科学院农产品质量安全与营养研究所省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室金华市农业科学研究院畜牧兽医研究所

【目的】研究断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能，分析古菌与断奶仔猪腹泻的相关性，为防治断奶仔猪腹泻提供理论依据。【方法】选取同批次24日龄健康断奶仔猪(H组)和腹泻断奶仔猪(D组)各32头，采集粪便后通过16S rRNA基因测序分析两组粪便... 详细信息

【目的】研究断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能，分析古菌与断奶仔猪腹泻的相关性，为防治断奶仔猪腹泻提供理论依据。【方法】选取同批次24日龄健康断奶仔猪(H组)和腹泻断奶仔猪(D组)各32头，采集粪便后通过16S rRNA基因测序分析两组粪便样本古菌菌群结构，使用PICRUSt2软件预测肠道古菌功能，分析差异古菌与断奶仔猪腹泻的相关性。【结果】健康和腹泻断奶仔猪腹泻评分差异显著(P古菌门(Euryarchaeota)、泉古菌门(Crenarchaeota)和奇古菌门(Thaumarchaeota)为健康和腹泻仔猪优势古菌菌门；健康仔猪优势菌属为甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、Euryarchaeota＿norank和甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)。腹泻仔猪优势菌属为Euryarchaeota＿norank、甲烷八叠球菌属和甲烷短杆菌属。腹泻仔猪菌群多样性和丰富度高于健康仔猪，且健康和腹泻断奶仔猪的古菌菌群结构和功能差异显著(P古菌菌群结构差异主要体现在甲烷八叠球菌属、Euryarchaeota＿norank、恐硫球菌属(Sulfophobococcus)、Nitrosarchaeum、热网菌属(Pyrodictium)等菌属上；古菌菌群功能差异主要体现在脂多糖的生物合成、氨基酸生物合成、抗原处理和表达等通路上。相关性分析发现，甲烷八叠球菌属、恐硫球菌属、Euryarchaeota＿norank、甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)、火球菌属、甲烷卵圆形菌属(Methanocalculus)和Nitrosarchaeum的相对丰度与断奶仔猪腹泻均显著相关(P古菌菌群结构和功能存在显著差异，腹泻断奶仔猪Euryarchaeota＿norank相对丰度较高，而甲烷八叠球菌属相对丰度较低，Euryarchaeota＿norank、甲烷八叠球菌属和恐硫球菌属与断奶仔猪腹泻存在相关性。

关键词：断奶仔猪腹泻 16S rRNA 古菌

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五大连池火山区露头泉中细菌和古菌对扰动的响应

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生物技术 2024年第1期34卷 47-55页

作者：杨佳霓刘涛赵丹张爽潘虹孙新迪晏磊黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院黑龙江大庆163319 黑龙江省科学院自然与生态研究所黑龙江哈尔滨150090

[目的]探析五大连池火山区露头泉细菌和古菌的群落结构及其对扰动的响应。[方法]采集五大连池露头泉水样,按扰动程度将其分为农田组(A1,A2,A3)、村屯组(B1,B2,B3)、景区组(C1,C2,C3)和野外组(D1,D2,D3),利用高通量测序技术对各组别露头... 详细信息

[目的]探析五大连池火山区露头泉细菌和古菌的群落结构及其对扰动的响应。[方法]采集五大连池露头泉水样,按扰动程度将其分为农田组(A1,A2,A3)、村屯组(B1,B2,B3)、景区组(C1,C2,C3)和野外组(D1,D2,D3),利用高通量测序技术对各组别露头泉中细菌和古菌的群落结构进行测序分析。[结果]各露头泉之间菌群多样性存在显著差异,野外组露头泉的细菌和古菌多样性及其丰富度较高;露头泉微生物各物种互作关系网络复杂,但多以Proteobacteria、Actinobacteria和Bacteroidetes等为优势细菌门,以Parvarchaeota、Woesearchaeota和Verrucomicrobia等为优势古菌门;在不同程度的扰动影响下,某些露头泉出现了特异优势菌,如Helicobacteraceae、Verrucomicrobiaceae和Deferribacteres等。[结论]五大连池火山区露头泉分布着丰富的细菌和古菌,人为活动产生的不同程度扰动,导致露头泉中细菌和古菌的多样性、组成及丰度呈现差异化。

关键词：五大连池火山露头泉高通量测序细菌古菌多样性群落结构扰动

利用凝胶介质提高古菌DNA结合蛋白晶体的衍射分辨率

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生物化学与生物物理进展 2003年第3期30卷 471-473页

作者：王刚刚杨海涛饶子和清华大学生物科学与技术系教育部蛋白质科学重点实验室北京100084

在凝胶介质中结晶了极端嗜酸热菌Sulfolobus shibataeDNA结合蛋白Ssh10b ,与没有凝胶介质的条件下相比 ,晶体的出晶速度减缓 ,晶体的外形变得更规则 ,晶胞的C轴变短 ,晶体衍射分辨率从 0 65nm提高到了0 3 5nm .

关键词：凝胶介质古菌 DNA结合蛋白分辨率蛋白晶体晶体衍射

极端嗜热古菌——芝田硫化叶菌DNA连接酶的生化性质

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生物化学与生物物理进展 2005年第2期32卷 122-128页

作者：赖小勤黄力中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室北京100080

极端嗜热古菌——芝田硫化叶菌DNA连接酶(Ssh连接酶) 的最适辅因子为ATP,在dATP存在时,该酶也能表现出较弱的连接活性. ATP或dATP都能够使该酶发生腺苷化,腺苷化的Ssh连接酶能够将腺苷基团转移至含切刻的DNA上. 电泳迁移率改变实验表明,... 详细信息

极端嗜热古菌——芝田硫化叶菌DNA连接酶(Ssh连接酶) 的最适辅因子为ATP,在dATP存在时,该酶也能表现出较弱的连接活性. ATP或dATP都能够使该酶发生腺苷化,腺苷化的Ssh连接酶能够将腺苷基团转移至含切刻的DNA上. 电泳迁移率改变实验表明,Ssh连接酶能够结合双链DNA,且与含切刻及不含切刻的DNA结合的亲和力相同,但不结合单链DNA. 酵母双杂交实验显示,硫磺矿硫化叶菌(与芝田硫化叶菌亲缘关系很近) 的DNA连接酶,与该菌所含的3个增殖细胞核抗原(PCNA) 同源蛋白中的一个(PCNA-1) 有相互作用,而与另外2个同源蛋白(PCNA-like和PCNA-2) 则无相互作用. 在古菌中高度保守的Sac10b蛋白家族成员Ssh10b能够激活Ssh连接酶的活性,而硫化叶菌中的主要染色体蛋白——7 ku DNA结合蛋白(Ssh7) 则对该酶活性没有影响.

关键词：古菌硫化叶菌 DNA连接酶 DNA结合 Saclob家族蛋白 PCNA

古菌细胞膜脂在古菌群落组成及其对环境响应研究中的应用

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应用生态学报 2012年第9期23卷 2609-2616页

作者：曹鹏沈菊培贺纪正中国科学院生态环境研究中心城市与区域生态国家重点实验室北京100085 中国科学院研究生院北京100049

古菌作为区别于细菌和真核生物的第3种生命形式广泛分布于各种生境,与碳、氮等元素的生物地球化学循环密切相关,在整个生态系统中具有重要作用.古菌细胞膜脂作为古菌重要的生物标志物,在其群落组成和对环境变化响应的研究中具有重要指... 详细信息

古菌作为区别于细菌和真核生物的第3种生命形式广泛分布于各种生境,与碳、氮等元素的生物地球化学循环密切相关,在整个生态系统中具有重要作用.古菌细胞膜脂作为古菌重要的生物标志物,在其群落组成和对环境变化响应的研究中具有重要指示作用.本文介绍了古菌细胞膜脂的结构特征及不同古菌类群间细胞膜脂结构差异,用以表征古菌群落的组成特征.环境中细胞膜脂丰度可反映古菌生物量,并可与基于DNA的分子生物学手段在结果准确性、分析效率和经济成本方面互补和互证.在重点介绍应用古菌细胞膜脂分析古菌群落组成和丰度的难点和重要性的基础上,结合影响古菌群落变化的环境因子如温度和pH,进一步阐述古菌与所处生境的关系,分析古菌群落演化过程及其在地球化学和地质历史事件研究方面的应用前景.

关键词：古菌细胞膜脂甘油二烷基甘油四醚化合物泉古菌醇 TEX86 pH

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古菌中蛋白甲基化修饰的研究进展

微生物学报 2019年第5期59卷 789-798页

作者：韩小云翟斌元申玉龙山东大学微生物技术国家重点实验室山东青岛266200

蛋白甲基化修饰是翻译后修饰的主要方式之一,越来越多的报道证实古菌中存在这类蛋白修饰。目前古菌中一些甲基转移酶已经鉴定出来,但对其作用机制还不太清楚。本文对目前古菌中已经发现的蛋白质甲基转移酶和甲基化修饰可能的作用进行了... 详细信息

蛋白甲基化修饰是翻译后修饰的主要方式之一,越来越多的报道证实古菌中存在这类蛋白修饰。目前古菌中一些甲基转移酶已经鉴定出来,但对其作用机制还不太清楚。本文对目前古菌中已经发现的蛋白质甲基转移酶和甲基化修饰可能的作用进行了总结。古菌中蛋白的甲基化修饰能够提高蛋白稳定性、影响侧链构象变化及与其他分子的相互作用,涉及DNA损伤修复和应激反应等途径。最后,本文对今后古菌中蛋白甲基化修饰的研究方向进行了展望。

关键词：古菌蛋白质翻译后修饰甲基化修饰

古菌独特的脱氧酮糖酸(ED)葡萄糖酵解途径

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微生物学报 2008年第8期48卷 1126-1131页

作者：刘天明申玉龙刘庆军刘波山东轻工业学院食品与生物工程学院济南250353 山东大学微生物技术国家重点实验室济南250100

葡萄糖通过"中心代谢途径"降解为丙酮酸的过程对于生物体物质及能量的代谢具有重要的作用。古菌的葡萄糖酵解过程具有与真核生物以及细菌葡萄糖代谢显著不同的特征。生化性质分析、基因组学、代谢组学等研究结果表明,古菌糖酵解Embden-M... 详细信息

葡萄糖通过"中心代谢途径"降解为丙酮酸的过程对于生物体物质及能量的代谢具有重要的作用。古菌的葡萄糖酵解过程具有与真核生物以及细菌葡萄糖代谢显著不同的特征。生化性质分析、基因组学、代谢组学等研究结果表明,古菌糖酵解Embden-Meyerhof(EM)与Entner-Doudoroff(ED)途径具有许多与真核生物及细菌经典的EM与ED途径不同的特异性酶类,其中ED糖酵解代谢又可分为非磷酸化与半磷酸化的糖酵解途径。古菌独特的ED糖酵解途径在代谢路径、酶、调节位点、表达调控、能量转化等方面与真核生物及细菌经典的糖酵解途径均存在明显的差异,反映了其适应极端的生理环境而形成可塑性代谢路径的能力。本文综述了古菌ED葡萄糖降解过程中的各种酶、调控机制以及能量转化特征的最新进展,并对进一步的研究方向做了展望。

关键词：古菌糖酵解 Entner-Doudoroff(ED)途径极端酶 ATP

古菌脂质的前处理方法比较及超高效液相色谱-高分辨质谱分析

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色谱 2020年第8期38卷 914-922页

作者：王小雪何祉安李欣宋庆浩邹欣薇宋雪瑶冯蕾上海交通大学药学院上海200240 上海交通大学分析测试中心上海200240 上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室上海200240 上海交通大学农业与生物学院上海200240

古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性... 详细信息

古菌是一类兼具真菌及细菌细胞特征、大多生活在极端环境下的单细胞微生物。由于膜结构及代谢通路的特殊性,研究古菌脂质对深入探究极端环境下生命的正常活动具有重要意义。前处理方法在组学分析中会极大影响最终结果的准确度及可靠性。该文基于超高效液相色谱-高分辨质谱联用(ultra-performance liquid chromatography-high resolution mass spectrometry,UPLC-HRMS)技术,以嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii为模式生物,采用Bligh-Dyer加酸法、Folch法、甲基叔丁基醚(methyl tert-butyl ether,MTBE)法及固相萃取(SPE)法提取脂质成分,从提取效率、重复性、歧视性等角度进行方法评价,并最终确定SPE法和MTBE法的提取重复性和提取效率最好,适合高通量古菌全脂质提取。利用SPE提取、高分辨质谱分析对***的常规脂质进行了全面分析,共鉴定到了1402种脂质。本研究旨在为古菌和其他极端微生物的非靶向脂质组学分析和脂质代谢研究提供方法参考。

关键词：脂质组学提取质谱裂解规律嗜热嗜压菌古菌