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中国水产科学 2023年第3期30卷 259-267页

作者：高俊周琳聂志娟王耀辉徐钢春中国水产科学研究院淡水渔业研究中心农业农村部淡水渔业和种质资源利用重点实验室上海海洋大学水产与生命学院南通龙洋水产有限公司

为探究刀鲚(Coilia nasus)内皮素1 (endothelin 1, Edn1)基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性(single nucleotide ... 详细信息

为探究刀鲚(Coilia nasus)内皮素1 (endothelin 1, Edn1)基因对刀鲚上颌骨长度的影响,根据此前的基因组重测序结果以及刀鲚基因组数据库,通过PCR扩增得到刀鲚Edn1基因序列,并使用直接测序法筛选并分析单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,分析各位点的基因型,并计算各位点的基本遗传参数、基因型频率和基因频率,将筛选出的SNP位点与刀鲚上颌骨长度性状进行关联分析、连锁不平衡分析和双倍型分析。结果表明,在刀鲚Edn1基因中共挖掘出5个SNP位点,分别为T134C、A418C、G1322A、C1607T、A1636C。G1322A与A1636C两个位点之间处于连锁不平衡状态。关联分析结果显示, T134C位点和A418C位点与上颌骨长度性状之间存在显著相关性;双倍型分析结果显示,T134C位点和A418C位点组成的双倍型中,D3(杂合TC和纯合AA)的上颌骨长度显著长于D1(纯合TT和杂合AC)和D2(纯合TT和纯合CC)。此外,刀鲚开口高度/头长和上颌骨长/头长的皮尔逊相关系数r=0.41,属中等正相关。研究结果表明, T134C位点和A418C位点是刀鲚上颌骨长度的优势位点,双倍型D3为优势基因型。本研究可为刀鲚长颌骨分子标记辅助选育的候选标记提供科学依据。

关键词：刀鲚 Edn1基因性状关联分析双倍型分析连锁不平衡

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红鳍东方鲀生长激素释放激素(GHRH)基因多态性及其与生长性状的关联分析

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大连海洋大学学报 2022年第1期37卷 34-41页

作者：王梓祎苟盼盼杨金马明星杨诗晨李楠仇雪梅大连海洋大学水产与生命学院辽宁大连116023

为研究生长激素释放激素(growth hormone-releasing hormone,GHRH)基因对红鳍东方鲀Takifugu rubripes生长性状的影响,设计4对可覆盖GHRH基因全序列的PCR引物,采用直接测序法对序列进行分析比对以筛选多态位点。试验群体为随机挑选的21... 详细信息

为研究生长激素释放激素(growth hormone-releasing hormone,GHRH)基因对红鳍东方鲀Takifugu rubripes生长性状的影响,设计4对可覆盖GHRH基因全序列的PCR引物,采用直接测序法对序列进行分析比对以筛选多态位点。试验群体为随机挑选的219尾红鳍东方鲀,于该群体的6月龄及12月龄时测量其体质量、体长、体高等10个生长相关性状,随后将筛选出的多态位点与生长性状进行关联分析,并进行连锁不平衡及双倍型分析。结果表明:共筛选出7个SNPs位点,分别为C81T、G315C、C1083T、A1524G、G2107A、T2125C和G2256A,其中,C81T、G315C和A1524G 3个位点的多态性与大多数生长性状均存在显著关联性(P双倍型D4和D5的体质量平均值显著高于D3(P双倍型D5的体质量平均值显著高于D3(P双倍型D4和D5为优势基因型,12月龄群体中,双倍型D5为优势基因型,在后续红鳍东方鲀选育过程中可以优先选择这些位点和基因型。

关键词：红鳍东方鲀生长激素释放激素单核苷酸多态性关联分析连锁不平衡双倍型分析

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缢蛏选育系生长参数估计和α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及生长关联分析

缢蛏选育系生长参数估计和α-淀粉酶基因外显子区域SNPs筛选及生...

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作者：李浩上海海洋大学

学位级别：硕士

缢蛏(Sinonovacula constricta)广泛分布于我国沿海地区,是我国四大海产贝类之一,随着种质资源的退化以及海区环境的恶化,本实验室从2008年起一直以选择强度2.063、壳长为选择指标的条件下对浙江乐清群体进行选择育种,经过连续数代的选... 详细信息

缢蛏(Sinonovacula constricta)广泛分布于我国沿海地区,是我国四大海产贝类之一,随着种质资源的退化以及海区环境的恶化,本实验室从2008年起一直以选择强度2.063、壳长为选择指标的条件下对浙江乐清群体进行选择育种,经过连续数代的选育工作获得缢蛏快长选育系群体。为了评估选择指标稳定遗传的能力,采用平衡巢氏设计方法,按照1雄配2雌的方式,构建缢蛏7个半同胞家系和14个全同胞家系,分别测定各个家系60日龄、90日龄及150日龄的壳长、壳高。雄内雌间半同胞个体间具有较大的变异程度,存在显著的母性效应,故以父系半同胞组内相关法计算的狭义遗传力为缢蛏快长选育系生长性状遗传力的无偏估计值。60日龄、90日龄和150日龄壳长的狭义遗传力分别为0.298、0.541、0.574;60日龄、90日龄和150日龄壳高的狭义遗传力分别为0.139、0.519、0.518。壳长和壳高在3个日龄的遗传力属于中等遗传力水平,显示出较高的选择育种潜力。缢蛏幼贝壳长、壳高两个指标间的遗传相关和表型相关均为正相关(P型相关系数分别为0.910、0.882、0.912。表明缢蛏幼贝期以壳长或者壳高作为选育参数进行选择育种,可达到改良缢蛏快长选育系生长性状的效果。α-淀粉酶(Alpha amylase)是广泛存在于生物体内的消化酶,主要参与生物体内碳水化合物的代谢,为生物体提供维持生命、生长发育和繁殖所需的能量。为研究α-淀粉酶基因外显子与缢蛏(Sinonovacula constricta)生长性状的相关性,实验采用PCR产物直接测序比对获得18个候选SNPs位点,分别为:Rs-1:48 G/C、Rs-2:247 C/A、Rs-3:420 A/G、Rs-4:441C/T、Rs-5:537 G/T、Rs-6:837 G/T、Rs-7:936 A/G、Rs-8:952A/C、Rs-9:1047 T/G、Rs-10:1062 C/T、Rs-11:1287C/T、Rs-12:1350 A/C、Rs-13:1362 C/T、Rs-14:1371 C/T、Rs-15:1503T/C、Rs-16:1536 T/C、Rs-17:1737T/C、Rs-18:1788 C/T。随机选取同批繁殖、同塘养殖的缢蛏选育系群体,运用MassARRAY质谱检测方法进行SNPs位点的分型。结果显示:除Rs-13位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),Hardy-Weinberg平均值为0.581;多态信息含量平均值为0.237。基因型与生长性状的关联性分析结果表明:Rs-5:537 G/T与Rs-10:1062 C/T位点各个基因型个体之间部分性状存在显著性差异(P双倍型与生长性状的关联性分析显示:S6(壳高)高于S3、S5、S7(P双倍型中最高。所获得的缢蛏α-淀粉酶编码区外显子与生长性状相关的SNPs标记,能为缢蛏遗传改良特征标记筛选及定制培育提供有益参考。

关键词：缢蛏选择育种遗传力 α-淀粉酶基因 SNPs 双倍型分析

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