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蛱蝶科亚科间的分歧时间估计

科学通报 2008年第15期53卷 1809-1814页

作者：张敏曹天文金科任竹梅郭亚平施婧钟扬马恩波山西大学应用生物学研究所太原030006 山西省农业科学院植物保护研究所太原030031 复旦大学生命科学学院上海200433 上海生物信息技术研究中心上海201203

基于自行测定的以及GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-la仅基因序列，应用最大似然法、贝叶斯推断法及马尔可夫链蒙特卡罗方法探讨了世界蝶类最大科——蛱蝶科亚科间的系统发育关系，并对该科分子系统发育树各分支间的进化速率进行了... 详细信息

基于自行测定的以及GenBank收录的线粒体COI基因和核EF-la仅基因序列，应用最大似然法、贝叶斯推断法及马尔可夫链蒙特卡罗方法探讨了世界蝶类最大科——蛱蝶科亚科间的系统发育关系，并对该科分子系统发育树各分支间的进化速率进行了差异显著性检验．结合眼蝶亚科、蛱蝶亚科和瑟蛱蝶亚科的化石资料，获得了蛱蝶科所有12个亚科间首次分歧时间的平均估计值，为44．2-87．1Ma．研究结果有助于人们深入了解该科的起源与进化以及估计蝶类和其他复杂类群的分歧时间．

关键词：蛱蝶科系统发育分析分歧时间 COI EF-la

红树科6属cpDNA和nrDNA序列相对速率检验及分歧时间估计

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科学通报 2000年第1期45卷 40-44页

作者：钟扬施苏华唐先华黄椰林谈凤笑张晓艳中国科学院武汉植物研究所武汉430074 中山大学生命科学学院广州510275

基于红树科６属１０种及外类群的ｃｐＤＮＡｍａｔＫ基因和ｒｂｃＬ基因序列以及ｎｒＤＮＡＩＴＳ区序列，分别构建了分子系统发育树．对不同系统发育树中有关分支间的核苷酸序列置换速率进行了差异显著性检验．根据相对速率检验... 详细信息

基于红树科６属１０种及外类群的ｃｐＤＮＡｍａｔＫ基因和ｒｂｃＬ基因序列以及ｎｒＤＮＡＩＴＳ区序列，分别构建了分子系统发育树．对不同系统发育树中有关分支间的核苷酸序列置换速率进行了差异显著性检验．根据相对速率检验结果，结合现有分子进化资料，推算这些属间的首次分歧时间为１３２．２５Ｍａ前，分布于内陆的竹节树族（除竹节树外）与分布于海岸的红树族间的平均分歧时间为６４．１３Ｍａ前，而陆生的大叶竹节树和旁札木间的平均分歧时间为１９．９２Ｍａ前。

关键词：红树科 cpDNA nrDNA 相对速度检验分歧时间

唇口目苔藓动物分子系统演化及其主要类群分歧时间的推测

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科学通报 2005年第12期50卷 1205-1212页

作者：郝家胜李春香孙晓燕杨群中国科学院南京地质古生物研究所南京210008

对40种唇口目苔藓动物(包括新测的24种)线粒体16SrRNA基因序列进行了比较分析,运用邻接法和最大简约法构建了系统发生树;同时基于适宜的谱系发生关系和确证的化石记录资料,计算了唇口目苔藓动物16SrRNA基因的演化速率,并据此推测了唇口... 详细信息

对40种唇口目苔藓动物(包括新测的24种)线粒体16SrRNA基因序列进行了比较分析,运用邻接法和最大简约法构建了系统发生树;同时基于适宜的谱系发生关系和确证的化石记录资料,计算了唇口目苔藓动物16SrRNA基因的演化速率,并据此推测了唇口目2大主要类群(无囊类和狭义有囊类)的起源和分歧时间.结果显示,唇口目高级分类单元(超科及以上分类阶元)的系统发生大都和现今形态分类体系间存在明显的分歧;据估算,现生无囊类和狭义有囊类苔藓动物在约263Ma(中二叠纪,瓜德鲁普世)和183Ma(早侏罗纪)之前就已分化出来.

关键词：苔藓动物分歧时间唇口目系统演化推测类群 rRNA基因序列分子线粒体16S 系统发生树最大简约法比较分析记录资料发生关系分类体系分类单元早侏罗纪二叠纪狭义化石分化

原生生物物种分歧时间和主要演化关系的定量计算

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河南师范大学学报(自然科学版) 2016年第3期44卷 115-124页

作者：李可群同济大学化学系

使用本文作者提出的分子绝对进化速率的计算公式和EF-1α,EF-2,NADH1和CytB等蛋白质分子,对原生生物的一些主要类群:藻类、真菌和原生动物的物种分歧时间和演化关系进行了定量计算.结果显示,原核生物沿着藻类→真菌→原生动物的方向演化... 详细信息

使用本文作者提出的分子绝对进化速率的计算公式和EF-1α,EF-2,NADH1和CytB等蛋白质分子,对原生生物的一些主要类群:藻类、真菌和原生动物的物种分歧时间和演化关系进行了定量计算.结果显示,原核生物沿着藻类→真菌→原生动物的方向演化.它们的演化关系为:(1)红藻自13.31亿年前分化出后,于11.74亿年前分化出绿藻,绿藻于4.527亿年前分化出藓类,4.37亿年前分化出蕨类;其他物种如石松类、肝苔类、团藻和小球藻分别于4.185亿年前、4.457亿年前、5.202亿年前和5.239亿年前分化出;(2)黏菌和卵菌均属于真菌进化分枝,分别于10.456亿年前和9.032亿年前分化出;(3)原生动物进化分枝中于10.45亿年前分化出孢子虫等,8.122亿年前领鞭毛虫与多细胞动物分化.这些结果均与基于化石记录的文献报道相符.

关键词：原生生物分歧时间演化关系藻类真菌定量计算

基于线粒体RNAs序列分析雁形目家禽的分歧时间

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中国农学通报 2011年第7期27卷 331-334页

作者：郭军汤青萍章双杰邹剑敏中国农业科学院家禽研究所江苏扬州225003

雁形目鸟类具有重要的社会经济意义和科学研究价值,部分种类已被驯化成为重要的家禽,然而雁形目内部物种之间的关系仍存在许多争议。由于线粒体基因组具有独特的遗传特点,因此选用线粒体RNAs序列标定雁形目部分鸟类的分歧时间,旨在进一... 详细信息

雁形目鸟类具有重要的社会经济意义和科学研究价值,部分种类已被驯化成为重要的家禽,然而雁形目内部物种之间的关系仍存在许多争议。由于线粒体基因组具有独特的遗传特点,因此选用线粒体RNAs序列标定雁形目部分鸟类的分歧时间,旨在进一步查明该类群系统进化关系。首先,采用酚仿法分别从太湖鹅和朗徳鹅血液中提取基因组DNA,PCR扩增获得线粒体RNAs基因序列。然后,从GenBank中提取10种鸟类线粒体DNA的同源序列,以鸵鸟为外群,采用贝叶斯法结合RNA结构信息重建系统发生关系;最后,以黑雁属与雁属的分歧时间为锚定点,利用r8s软件分析了雁形目物种间的分歧时间。结果表明,中国鹅与欧洲鹅的分歧时间为0.61百万年,番鸭与家鸭的分歧时间为15.5百万年。依据家鹅祖先分歧时间,联系当时发生的地学事件,推测家鹅祖先物种分化与更新世冰川运动有关。研究结果有助于中国水禽遗传资源的保护与利用。

关键词：雁形目线粒体RNAs 分歧时间物种形成

三种侧颈龟线粒体全基因组及侧颈龟亚目主要分类群系统发育关系和分歧时间

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三种侧颈龟线粒体全基因组及侧颈龟亚目主要分类群系统发育关系和...

作者：汪玲安徽师范大学

学位级别：硕士

侧颈龟亚目(Pleurodira)代表了一支比较古老的分类群,它们与曲颈龟亚目(Cryptodira)共同构成地球上最为特化的一支爬行动物——龟鳖目(Testudinata)。尽管现生侧颈龟类仅分布在南半球的少数地区,但却代表了现生龟鳖目四分之一的物种多... 详细信息

侧颈龟亚目(Pleurodira)代表了一支比较古老的分类群,它们与曲颈龟亚目(Cryptodira)共同构成地球上最为特化的一支爬行动物——龟鳖目(Testudinata)。尽管现生侧颈龟类仅分布在南半球的少数地区,但却代表了现生龟鳖目四分之一的物种多样性。本研究采用PCR、Long–PCR及测序技术获得了代表蛇颈龟科(Chelidae)的皱面长颈龟(Chelodina rugosa)、玛塔蛇颈龟(Chelus fimbriata)以及代表美非侧颈龟科(Podocnemididae)的黄头侧颈龟(Podocnemis unifilis)线粒体全基因组序列并对其进行了生物信息学分析。三种侧颈龟线粒体基因组全长分别为16,592 bp、16,661bp和16,493 bp;均含有22个tRNA、2个rRNA和13个蛋白编码基因及一个主要非编码区——控制区(Control region,CR);其基因组结构、基因排列顺序和碱基组成均与典型的脊椎动物相似。与大多数脊椎动物(特别是与已测得线粒体全基因组的曲颈龟)相比,三种侧颈龟线粒体基因组的tRNAAsn和tRNACys基因之间都缺失典型的线粒体基因组轻链复制起点(origin of replication for the light–strand,OL)。这与已发表的非洲钢盔侧颈龟(Pelomedusa subrufa)缺失OL序列的情况相似,此表明缺失典型的OL可能是侧颈龟亚目成员的共同特征,代表了侧颈龟线粒体基因组的一种祖先性状。三种侧颈龟和已发表的非洲钢盔侧颈龟的控制区结构基本相同,其保守序列区都缺失CSB2和CSB3,提示这可能是侧颈龟类的另一个共同特征。本文选取了11科共31个龟鳖类物种,以2种鳄为外群,基于线粒体12个蛋白编码基因核苷酸序列的联合数据(10,254bp),重建了侧颈龟亚目主要分类群的系统发育树,并估算了龟鳖目主要类群的分歧时间。系统发育分析强烈支持侧颈龟亚目及曲颈龟亚目的单系性,两者的分歧时间约在晚三叠纪(Late Triassic) (～203.55 mya, 95% HPD: 202.10– 207.60 mya);侧颈龟科(Pelomedusidae)和美非侧颈龟科组成单系群——广义侧颈龟科(Pelomedusidae sensu lato),并在早白垩纪(～108mya, 95% HPD: 71.91–142.10 mya)分歧,这与当前估算的南美大陆和非洲大陆的分离时间(～100 mya)以及化石记录是一致的;蛇颈龟属(Chelus)与长颈龟属(Chelodina)是姐妹群关系,构成单系的蛇颈龟科。分歧时间分析表明,南美的蛇颈龟属与澳洲长颈龟属在晚白垩纪(～93 mya,95% HPD: 55.87–128.32 mya)分歧,这与有关蛇颈龟的化石记录是一致的,提示澳洲大陆脱离冈瓦纳古陆(Ganwana)的漂移运动及分离后的次大陆间的隔离可能是澳洲和南美洲蛇颈龟物种多样化的成因之一。

关键词：皱面长颈龟玛塔蛇颈龟黄头侧颈龟线粒体基因组控制区系统发育分析分歧时间

萧喙扁蝽Brachyrhynchus hsiaoi（Bl(?)te,1965）不同地理种群遗传多样性研究及分歧时间估算

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萧喙扁蝽Brachyrhynchus hsiaoi（Bl(?)te,1965）不同地理种群遗...

作者：钱宏革内蒙古师范大学

学位级别：硕士

萧喙扁蝽(Brachyrhynchus hsiaoi)隶属于昆虫纲(Insect)半翅目(Hemiptera)扁蝽总科(Aradoidea)扁蝽科(Aradidae)短喙扁蝽属(Brachyrhynchus Laporte,1833)。本文对6个萧喙扁蝽地理种群进行遗传多样性分析,选取2个线粒体基因(COⅠ、16S rRNA)与2个核基因(18S rDNA、28S rDNA)为研究对象,利用种群的单倍型及其网络图、遗传分化系数Fst、AMOVA、中性检验(Tajima’D值和Fu’sFs值)和Mismatch错配分析其种群间的遗传多样性及其种群遗传结构,从而进一步揭示萧喙扁蝽种群的进化规律及历史动态,为研究扁蝽科多样性提供理论依据。此外,本文还测定6个地理种群的萧喙扁蝽线粒体基因组,并利用线粒体基因组数据构建系统发育树(ML,BI)和利用化石标记估算不同地点萧喙扁蝽的种群分歧时间。研究主要得出以下结果:(1)6个样点萧喙扁蝽的线粒体基因组大小介于15,009-15,247bp之间,是一个环状闭合的DNA分子结构,由37个基因和1个AT富集构成,37个基因包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,其中有23个基因在J链编码、14个基因在N链编码。(2)基于13个蛋白质编码基因,利用ML和BI构建异翅亚目7个次目和2个胸喙亚目(外群)昆虫系统发育树,结果显示:臭虫次目为并系群,花蝽科和盲蝽科与蝽次目昆虫聚在一个进化枝上,猎蝽科为单独的一个进化枝;七个次目的拓扑结构(奇蝽次目+(鞭蝽次目+(黾蝽次目+(蝎蝽次目+(细蝽次目+(臭虫次目+蝽次目))))))。扁蝽科各亚科的ML和BI系统发育关系拓扑结构为:(棘扁蝽亚科+((扁蝽亚科+(霜扁蝽亚科+无脉扁蝽亚科)+短喙扁蝽亚科)));7个样点(包括李虎等人测定越南的萧喙扁蝽)的萧喙扁蝽的系统发育树拓扑结构(芒允+(昔马+(越南+(河口+(金秀+(田林+车八岭))))))。(3)利用化石标记估算分歧时间发现,异翅亚目昆虫分歧时间处于古生代二叠纪,分化时间分别大约为奇蝽次目(273.18Ma)、鞭蝽次目(258.16Ma)、黾蝽次目(249.06Ma)、蝎蝽次目(240.14Ma)、细蝽次目(232.51Ma)、臭虫次目(225.97Ma)、蝽次目(221.54Ma)。扁蝽科昆虫分歧时间估算显示,最早分化的为赫氏刺缘扁蝽,分化大约发生在192.30Ma;同扁蝽分化大约发生在169.10Ma;赫氏尖胸霜扁蝽分化大约发生在130.67Ma;无脉扁蝽属的分化大约发生在85.18Ma;等脊扁蝽与萧喙扁蝽的分化大约发生在118.64Ma;萧喙扁蝽种群中:最早分化的是芒允的萧喙扁蝽88.39Ma;昔马萧喙扁蝽40.65Ma;越南萧喙扁蝽32.12Ma;河口萧喙扁蝽12.68Ma;金秀萧喙扁蝽8.58Ma;车八岭和田林萧喙扁蝽分化最晚大约在2.28Ma。(4)获得79条萧喙扁蝽线粒体COI基因序列;共发现22个单倍型,核酸多样性为0.318748±0.153726,单倍型多样性为0.8926±0.0195;遗传变异主要来自种群间;Tajima’D值和Fu’sFs值为负值不显著。(5)获得80条线粒体16S rRNA基因序列,共发现9个单倍型,单倍型多样性为0.005747±0.0293、核苷酸多样性为0.247058±0.121956;遗传变异主要来自种群间;Tajima’D值和Fu’sFs值为正值,且不显著。(6)获得79条萧喙扁蝽核基因28S rDNA序列;共获得7个单倍型,单倍型多样性为0.5962±0.0607、核苷酸多样性为0.01770±0.083825。遗传变异主要发生在种群间;Tajima’D值为负值、Fu’sFs值为正值,但均不显著。(7)获得66条萧喙扁蝽18S rDNA基因序列;共获得17个单倍型,单倍型多样性为0.7068±0.0553、核苷酸多样性为0.110627±0.060573;遗传变异主要来自种群间;Tajima’D值和Fu’sFs值均为负值但不显著。主要结论:臭虫次目为并系群。异翅亚目中分化最早的是奇蝽次目。扁蝽科昆虫分歧时间估算显示,最早分化的为赫氏刺缘扁蝽,萧喙扁蝽种群中最早分化的是芒允萧喙扁蝽;18S rDNA基因最保守,COI基因进化最快。萧喙扁蝽的变异主要来自种群间;萧喙扁蝽种群进化比较平稳,未出现大规模的种群扩张。

关键词：异翅亚目萧喙扁蝽遗传多样性线粒体基因组分歧时间

COX I蛋白质分子确定“寒武纪生物大爆发”时期物种分歧时间

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生物学杂志 2016年第1期33卷 62-67页

作者：李可群同济大学化学系

使用经典分子钟分子COX I蛋白质和作者提出的同源生物分子绝对进化速率计算公式,对"寒武纪生物大爆发"期间的一些主要动物门类分歧时间进行了计算。结果表明:原口动物和后口动物分歧时间为5.60亿年前,后口动物中的头索动物、尾索动物、... 详细信息

使用经典分子钟分子COX I蛋白质和作者提出的同源生物分子绝对进化速率计算公式,对"寒武纪生物大爆发"期间的一些主要动物门类分歧时间进行了计算。结果表明:原口动物和后口动物分歧时间为5.60亿年前,后口动物中的头索动物、尾索动物、半索动物和棘皮动物的分歧时间分别为5.36亿年前、5.40亿年前、5.48亿年前和5.45亿年前。这些结果与化石记录基本符合,明显好于现有分子钟理论得到的结果。为研究生物起源和演化提供了一种的新的思路和方法。

关键词：寒武纪生物大爆发分歧时间绝对进化速率原口动物后口动物

九种鲱科鱼类线粒体DNA细胞色素b基因相对速率测试及分歧时间估计(英文)

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海洋渔业 2006年第1期28卷 5-12页

作者：程起群卢大儒中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业重点开放实验室上海200090 复旦大学遗传学研究所遗传工程国家重点实验室上海200433

对鲱科9种鱼类的线粒体细胞色素b(cytb)基因序列进行综合分析。结果表明:(1)用Ne ighbour-Join ing(NJ)法构建的分子系统树显示盖纹沙丁鱼属的3种鱼类形成一个单系类群,鲱属2种鱼类形成一个单系类群,它们的bootstrap支持率均为100%。金... 详细信息

对鲱科9种鱼类的线粒体细胞色素b(cytb)基因序列进行综合分析。结果表明:(1)用Ne ighbour-Join ing(NJ)法构建的分子系统树显示盖纹沙丁鱼属的3种鱼类形成一个单系类群,鲱属2种鱼类形成一个单系类群,它们的bootstrap支持率均为100%。金色小沙丁鱼和短体小沙丁鱼形成一个单系类群,在NJ树中的支持率达到或超过50%。欧洲黍鲱与太平洋鲱和大西洋鲱是单系起源,其bootstrap支持率高达100%。系统发育结果还支持沙丁鱼属鱼类与盖纹沙丁鱼属鱼类是单系类群,支持率分别为87%和95%。但单系类群I(包括大西洋鲱、太平洋鲱、欧洲黍鲱)和单系类群Ⅱ(包括欧洲沙丁鱼、加州沙丁鱼、南美拟沙丁鱼、斑点盖纹沙丁鱼)之间的系统发育关系尚不明确,因为它们之间的支持率很低。(2)dN/dS的比值显著的小于1(Z-test),提示由于功能限制,cytb基因受到强烈的负选择作用。(3)基于Tajim a的1D和2D相对速率测试表明,分子钟假说在鲱科鱼类中是成立的;鲱科鱼类的分歧时间是0.12至13.45百万年间。

关键词：鲱科鱼类 cytb 系统发育自然选择相对速率测试分歧时间